webservices/compbio/ws/server/JronnWS.java

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  17  */\r
  18 package compbio.ws.server;\r
  19 \r
  20 import java.io.File;\r
  21 \r
  22 import javax.jws.WebService;\r
  23 \r
  24 import org.apache.log4j.Logger;\r
  25 \r
  26 import compbio.data.msa.JABAService;\r
  27 import compbio.data.msa.SequenceAnnotation;\r
  28 import compbio.engine.Configurator;\r
  29 import compbio.metadata.ChunkHolder;\r
  30 import compbio.runner.conservation.AACon;\r
  31 import compbio.runner.disorder.Jronn;\r
  32 \r
  33 @WebService(endpointInterface = "compbio.data.msa.SequenceAnnotation", targetNamespace = JABAService.V2_SERVICE_NAMESPACE, serviceName = "JronnWS")\r
  34 public class JronnWS extends SequenceAnnotationService<Jronn>\r
  35                 implements\r
  36                         SequenceAnnotation<Jronn> {\r
  37 \r
  38         private static Logger log = Logger.getLogger(JronnWS.class);\r
  39 \r
  40         public JronnWS() {\r
  41                 super(new Jronn(), log);\r
  42         }\r
  43 \r
  44         @Override\r
  45         public ChunkHolder pullExecStatistics(String jobId, long position) {\r
  46                 WSUtil.validateJobId(jobId);\r
  47                 String file = Configurator.getWorkDirectory(jobId) + File.separator\r
  48                                 + AACon.getStatFile();\r
  49                 return WSUtil.pullFile(file, position);\r
  50         }\r
  51 \r
  52 }\r