website/archive/binaries/linux_x86/fasta34/Makefile.nm_fcom

   1
   2 #================ common .obj files
   3
   4 doinit.obj : doinit.c defs.h param.h upam.h structs.h uascii.h
   5         $(CC) $(CFLAGS) -c doinit.c
   6
   7 init_sw.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
   8         $(CC) $(CFLAGS) -c -DSSEARCH initfa.c /Foinit_sw.obj
   9
  10 init_ssw.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  11         $(CC) $(CFLAGS) -c -DOSEARCH initfa.c /Foinit_ssw.obj
  12
  13 init_rss.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  14         $(CC) $(CFLAGS) -c -DPRSS initfa.c /Foinit_rss.obj
  15
  16 init_rfx.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  17         $(CC) $(CFLAGS) -c -DPRSS -DFASTX initfa.c /Foinit_rfx.obj
  18
  19 init_fa.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  20         $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTA initfa.c /Foinit_fa.obj
  21
  22 init_ff.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  23         $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF initfa.c /Foinit_ff.obj
  24
  25 init_tf.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  26         $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF -DTFAST initfa.c /Foinit_tf.obj
  27
  28 init_fs.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  29         $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTS initfa.c /Foinit_fs.obj
  30
  31 init_fm.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  32         $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTM initfa.c /Foinit_fm.obj
  33
  34 init_tfs.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  35         $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTS -DTFAST  initfa.c /Foinit_tfs.obj
  36
  37 init_tfm.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  38         $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTM -DTFAST  initfa.c /Foinit_tfm.obj
  39
  40 init_tfa.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  41         $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTA -DTFAST initfa.c /Foinit_tfa.obj
  42
  43 init_fx.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  44         $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTX initfa.c /Foinit_fx.obj
  45
  46 init_tfx.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  47         $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTX -DTFAST initfa.c /Foinit_tfx.obj
  48
  49 init_fy.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  50         $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTY initfa.c /Foinit_fy.obj
  51
  52 init_tfy.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  53         $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTY -DTFAST initfa.c /Foinit_tfy.obj
  54
  55 #================ miscellaneous
  56
  57 htime.obj : htime.c
  58         $(CC) $(CFLAGS) -c htime.c
  59
  60 compacc.obj : compacc.c upam.h uascii.h param.h structs.h $(MWH) defs.h
  61         $(CC) $(CFLAGS) -c compacc.c
  62
  63 pssm_asn_subs.obj : pssm_asn_subs.c defs.h
  64         $(CC) $(CFLAGS) -c pssm_asn_subs.c
  65
  66 #================ display list of best hits / alignments
  67
  68 showbest.obj : $(SHOWBESTC) $(MWH) defs.h param.h structs.h  aln_structs.h drop_func.h
  69         $(CC) $(CFLAGS) -c $(SHOWBESTC) /Foshowbest.obj
  70
  71 showrss.obj : showrss.c $(MWH) defs.h param.h structs.h  aln_structs.h drop_func.h
  72         $(CC) $(CFLAGS) -c showrss.c
  73
  74 showun.obj : mshowbest.c $(MWH) defs.h aln_structs.h drop_func.h
  75         $(CC) $(CFLAGS) -c -DSHOWUN mshowbest.c /Foshowun.obj
  76
  77 showrel.obj : $(SHOWBESTC) $(MWH) defs.h aln_structs.h drop_func.h
  78         $(CC) $(CFLAGS) -c -DSHOWREL $(SHOWBESTC) /Foshowrel.obj
  79
  80 showsum.obj : showsum.c $(MWH) defs.h drop_func.h
  81         $(CC) $(CFLAGS) -c showsum.c
  82
  83 $(SHOWALIGN).obj : $(SHOWALIGN).c $(MWHP) defs.h structs.h param.h aln_structs.h drop_func.h
  84         $(CC) $(CFLAGS) -c $(SHOWALIGN).c /Fo$(SHOWALIGN).obj
  85
  86 $(SHOWALIGN)_u.obj : $(SHOWALIGN).c $(MWHP) defs.h structs.h param.h aln_structs.h drop_func.h
  87         $(CC) $(CFLAGS) -DSHOWUN -c /Fo$(SHOWALIGN)_u.obj $(SHOWALIGN).c
  88 re_getlib.obj : re_getlib.c mw.h mm_file.h
  89         $(CC) $(CFLAGS) -c re_getlib.c
  90
  91 lib_sel.obj : lib_sel.c defs.h structs.h
  92         $(CC) $(CFLAGS) -c lib_sel.c
  93
  94 c_dispn.obj : c_dispn.c defs.h structs.h param.h
  95         $(CC) $(CFLAGS) -c c_dispn.c
  96
  97 #================ statistical functions
  98
  99 karlin.obj : karlin.c param.h
 100         $(CC) $(CFLAGS) -c karlin.c
 101
 102 scaleswn.obj : scaleswn.c defs.h param.h structs.h $(MWH) alt_parms.h
 103         $(CC) $(CFLAGS) -c scaleswn.c
 104
 105 scaleswtf.obj : scaleswt.c defs.h param.h structs.h $(MWH) alt_parms.h
 106         $(CC) $(CFLAGS) -DFASTF -c scaleswt.c /Foscaleswtf.obj
 107
 108 scaleswts.obj : scaleswt.c defs.h param.h structs.h $(MWH) alt_parms.h
 109         $(CC) $(CFLAGS) -c scaleswt.c /Foscaleswts.obj
 110
 111 tatstats_fs.obj : tatstats.c tatstats.h
 112         $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTS tatstats.c /Fotatstats_fs.obj
 113
 114 tatstats_ff.obj : tatstats.c tatstats.h
 115         $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF tatstats.c /Fotatstats_ff.obj
 116
 117 tatstats_fm.obj : tatstats.c tatstats.h
 118         $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTM tatstats.c /Fotatstats_fm.obj
 119
 120 last_tat.obj : last_tat.c defs.h mm_file.h structs.h param.h
 121         $(CC) $(CFLAGS) -c last_tat.c
 122
 123 #================ drop functions - actual scores/alignments
 124
 125 drop_nfa.obj : dropnfa.c dropnfa.h param.h defs.h drop_func.h
 126         $(CC) $(CFLAGS) -c dropnfa.c /Fodrop_nfa.obj
 127
 128 # drop_ff, _fs, _fm must define FASTF, FASTS, and FASTM to ensure
 129 # that tatstats.h is built appropriately
 130
 131 drop_ff.obj : dropff2.c param.h defs.h tatstats.h drop_func.h
 132         $(CC) $(CFLAGS) -DFASTF -c dropff2.c /Fodrop_ff.obj
 133
 134 drop_tff.obj : dropff2.c param.h defs.h tatstats.h drop_func.h
 135         $(CC) $(CFLAGS) -DFASTF -DTFAST -c dropff2.c /Fodrop_tff.obj
 136
 137 drop_ff2.obj : dropff2.c param.h defs.h tatstats.h drop_func.h
 138         $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF  dropff2.c /Fodrop_ff2.obj
 139
 140 drop_tff2.obj : dropff2.c param.h defs.h tatstats.h drop_func.h
 141         $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF -DTFAST dropff2.c /Fodrop_tff.obj
 142
 143 drop_fs.obj : dropfs2.c param.h defs.h tatstats.h drop_func.h
 144         $(CC) $(CFLAGS) -DFASTS -c dropfs2.c /Fodrop_fs.obj
 145
 146 drop_tfs.obj : dropfs2.c param.h defs.h drop_func.h
 147         $(CC) $(CFLAGS) -c -DTFAST -DFASTS dropfs2.c /Fodrop_tfs.obj
 148
 149 drop_fm.obj : dropfs2.c param.h defs.h drop_func.h
 150         $(CC) $(CFLAGS) -c -DFASTM dropfs2.c /Fodrop_fm.obj
 151
 152 drop_tfm.obj : dropfs2.c param.h defs.h drop_func.h
 153         $(CC) $(CFLAGS) -c -DTFAST -DFASTM dropfs2.c /Fodrop_tfm.obj
 154
 155 drop_tfa.obj : dropnfa.c dropnfa.h upam.h param.h defs.h
 156         $(CC) $(CFLAGS) -c -DTFASTA dropnfa.c /Fodrop_tfa.obj
 157
 158 drop_fx.obj : dropfx.c upam.h param.h defs.h drop_func.h
 159         $(CC) $(CFLAGS) -c dropfx.c /Fodrop_fx.obj
 160
 161 drop_tfx.obj : dropfx.c upam.h param.h defs.h drop_func.h
 162         $(CC) $(CFLAGS) -c -DTFAST dropfx.c /Fodrop_tfx.obj
 163
 164 drop_fz.obj : dropfz2.c upam.h param.h defs.h aamap.h drop_func.h
 165         $(CC) $(CFLAGS) -c dropfz2.c /Fodrop_fz.obj
 166
 167 drop_tfz.obj : dropfz2.c upam.h param.h defs.h aamap.h drop_func.h
 168         $(CC) $(CFLAGS) -c -DTFAST dropfz2.c /Fodrop_tfz.obj
 169
 170 dropnsw.obj : dropnsw.c upam.h param.h structs.h drop_func.h
 171         $(CC) $(CFLAGS) -c dropnsw.c
 172
 173 dropgsw.obj : dropgsw.c dropgsw.h upam.h param.h structs.h drop_func.h
 174         $(CC) $(CFLAGS) -c dropgsw.c
 175
 176 dropgsw_sse2.obj : dropgsw.c dropgsw.h upam.h param.h structs.h drop_func.h
 177         $(CC) $(CFLAGS) -DSW_SSE2 -c dropgsw.c /Fodropgsw_sse2.obj
 178
 179 smith_waterman_altivec.obj : smith_waterman_altivec.c smith_waterman_altivec.h dropgsw.h defs.h param.h
 180         $(CC) $(CFLAGS) -c smith_waterman_altivec.c
 181
 182 smith_waterman_sse2.obj : smith_waterman_sse2.c smith_waterman_sse2.h dropgsw.h defs.h param.h
 183         $(CC) $(CFLAGS) -DSW_SSE2 -c smith_waterman_sse2.c
 184
 185 dropnw.obj : dropnw.c upam.h param.h structs.h drop_func.h
 186         $(CC) $(CFLAGS) -c dropnw.c
 187
 188 #================ reading query, libraries
 189
 190 getseq.obj : getseq.c defs.h uascii.h structs.h upam.h
 191         $(CC) $(CFLAGS) -c getseq.c
 192
 193 llgetaa.obj : llgetaa.c upam.h uascii.h
 194         $(CC) $(CFLAGS) -c -DNOLIB llgetaa.c
 195
 196 lgetlib.obj : $(NGETLIB).c altlib.h upam.h uascii.h mm_file.h
 197         $(CC) $(CFLAGS) -c $(NGETLIB).c /Folgetlib.obj
 198
 199 lgetaa_m.obj : mmgetaa.c altlib.h ncbl2_head.h upam.h uascii.h mm_file.h
 200         $(CC) $(CFLAGS) -c mmgetaa.c /Folgetaa_m.obj
 201
 202 ncbl_lib.obj : ncbl_lib.c ncbl_head.h
 203         $(CC) $(CFLAGS) -c ncbl_lib.c
 204
 205 ncbl2_mlib.obj : ncbl2_mlib.c ncbl2_head.h mm_file.h
 206         $(CC) $(CFLAGS) -c ncbl2_mlib.c
 207
 208 mysql_lib.obj : mysql_lib.c mm_file.h
 209         $(CC) $(CFLAGS) -c mysql_lib.c
 210
 211 pgsql_lib.obj : pgsql_lib.c mm_file.h
 212         $(CC) $(CFLAGS) -c pgsql_lib.c
 213
 214 #================ threading functions
 215
 216 pthr_subs2.obj : pthr_subs2.c thr.h pthr_subs.h
 217         $(CC) $(CFLAGS) -c pthr_subs2.c
 218
 219 uthr_subs.obj : uthr_subs.c thr.h uthr_subs.h
 220         $(CC) $(CFLAGS) -c uthr_subs.c
 221
 222 #================ translation
 223
 224 faatran.obj : faatran.c upam.h uascii.h
 225         $(CC) $(CFLAGS) -c faatran.c
 226
 227 url_subs.obj : url_subs.c structs.h param.h
 228         $(CC) $(CFLAGS) -c url_subs.c
 229
 230 $(NRAND).obj : $(NRAND).c
 231         $(CC) $(CFLAGS) -c $(NRAND).c
 232 #================ pvm/mpi specific functions
 233
 234 hostacc.obj : hostacc.c upam.h uascii.h
 235         $(CC) $(CFLAGS) hostacc.c
 236
 237 workacc.obj : workacc.c upam.h uascii.h param.h
 238         $(NCC) $(CFLAGS) workacc.c /Foworkacc.obj
 239
 240 #================ windows getopt()
 241
 242 getopt.obj : getopt.c
 243         $(CC) $(CFLAGS) -c getopt.c