website/archive/binaries/linux_x86/fasta34/test_s.sh

   1 #!/bin/csh -f
   2 echo ""
   3 echo "starting fasta34 - protein" `date` "on" `hostname`
   4 echo `uname -a`
   5 echo ""
   6 fasta34 -q -m 6 -Z 100000 mgstm1.aa:1-100 q > test_m1.ok2.html
   7 fasta34 -S -q -z 11 -O test_m1.ok2_p25 -s P250 mgstm1.aa:100-218 q
   8 echo "done"
   9 echo "starting fastxy34" `date`
  10 fastx34 -m 9 -S -q mgtt2_x.seq q > test_t2.xk2
  11 fasty34 -S -q mgtt2_x.seq q > test_t2.yk2
  12 fastx34 -m 9 -S -q -z 2 mgstm1.esq a > test_m1.xk2z2
  13 fasty34 -S -q -z 2 mgstm1.esq a > test_m1.yk2z2
  14 echo "done"
  15 echo "starting fastxy34 rev" `date`
  16 fastx34 -m 9 -q -m 5 mgstm1.rev q > test_m1.xk2r
  17 fasty34 -q -m 5 -M 200-300 -z 2 mgstm1.rev q > test_m1.yk2rz2
  18 fasty34 -q -m 5 -z 11 mgstm1.rev q > test_m1.yk2rz11
  19 echo "done"
  20 echo "starting ssearch34" `date`
  21 ssearch34 -m 9 -S -z 3 -q mgstm1.aa  q > test_m1.ssz3
  22 ssearch34 -q -M 200-300 -z 2 -Z 100000 -s P250 mgstm1.aa q > test_m1.ss_p25
  23 echo "done"
  24 echo "starting fasta34 - DNA" `date`
  25 fasta34 -q -z 2 mgstm1.seq %RMB 4 > test_m1.ok4z2
  26 fasta34 -q mgstm1.rev %RMB 4 > test_m1.ok4r
  27 echo "done"
  28 echo "starting tfasta34" `date`
  29 tfasta34 -q mgstm1.aa %RMB > test_m1.tk2
  30 echo "done"
  31 echo "starting tfastxy34" `date`
  32 tfastx34 -m 9 -q -i -3 -m 6 mgstm1.aa %p > test_m1.tx2.html
  33 tfasty34 -q -i -3 -N 5000 mgstm1.aa %p > test_m1.ty2
  34 echo "done"
  35 echo "starting fastf34" `date`
  36 fastf34 -q m1r.aa q > test_mf.ff_s
  37 echo "done"
  38 echo "starting tfastf34" `date`
  39 tfastf34 -q -E 0.0001 m1r.aa %r > test_mf.tf_r
  40 echo "done"
  41 echo "starting fasts34" `date`
  42 fasts34 -q n0.aa q > test_m1.fs_s
  43 echo "done"
  44 echo "starting tfasts34" `date`
  45 tfasts34 -q n0.aa %r > test_m1.ts_r
  46 echo "done"
  47 echo "done" `date`