website/archive/binaries/mac/src/clustalo/src/hhalign/hhalign.h

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   4  * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
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   6  * Copyright (C) 2010 University College Dublin
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   8  * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
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  10  * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
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  12  *
  13  * This file is part of Clustal-Omega.
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  18  * RCS $Id: hhalign.h 241 2011-05-04 14:37:17Z fabian $
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  22 extern int
  23 hhalign(char **ppcFirstProf, int iFirstCnt, double *pdWeightsL,
  24         char **ppcSecndProf, int iSecndCnt, double *pdWeightsR,
  25         double *dScore_p, hmm_light *prHMM,
  26         char *pcPrealigned1, char *pcRepresent1,
  27         char *pcPrealigned2, char *pcRepresent2,
  28         hhalign_para rHhalignPara,
  29         int iFlag,
  30         char zcAux[], char zcError[]);