website/archive/binaries/mac/src/clustalo/src/hhalign/hhfullalignment.h

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
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   3 /*********************************************************************
   4  * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
   5  *
   6  * Copyright (C) 2010 University College Dublin
   7  *
   8  * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License as
  10  * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
  11  * License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * This file is part of Clustal-Omega.
  14  *
  15  ********************************************************************/
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  17 /*
  18  * RCS $Id: hhfullalignment.h 243 2011-05-31 13:49:19Z fabian $
  19  */
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  21 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  22 // Class for output alignment of query against template sequences
  23 //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
  24
  25 class FullAlignment
  26 {
  27 public:
  28   FullAlignment(int maxseqdis=MAXSEQDIS);
  29   ~FullAlignment();
  30   void FreeMemory();
  31   int Build(HMM& q, Hit& hit);
  32   void PrintHeader(FILE* outf, HMM& q, Hit& hit);
  33   void PrintHHR(FILE* outf, Hit& hit);
  34   void PrintA2M(FILE* outf, Hit& hit);
  35   void PrintFASTA(FILE* outf, Hit& hit);
  36   void PrintA3M(FILE* outf, Hit& hit);
  37   void OverWriteSeqs(char **ppcFirstProf, char **ppcSecndProf);
  38   int identities;      // number of identical residues in query and template sequence
  39   float score_sim;     // substitution matrix similarity score between query and template
  40
  41 private:
  42   HalfAlignment* qa; //query and template parts of the alignment
  43   HalfAlignment* ta; //query and template parts of the alignment
  44   char symbol[LINELEN];         //symbol[h] = symbol (= - . + |) indicating match score for col h of alignment
  45   void ClearSymbols()      {for (int h=0; h<LINELEN-1; h++) symbol[h]=' ';}
  46   void AddColumns(int i, int j, char prev_state, char state, float S);
  47   void AddGaps();
  48   int ScoreChr(float S) {return (S<-1.5?'=':(S<-0.5?'-':(S<0.5?'.':(S<1.5?'+':'|'))));}
  49 };