website/archive/binaries/mac/src/clustalw/src/Makefile

   1 # Makefile.in generated by automake 1.10.2 from Makefile.am.
   2 # src/Makefile.  Generated from Makefile.in by configure.
   3
   4 # Copyright (C) 1994, 1995, 1996, 1997, 1998, 1999, 2000, 2001, 2002,
   5 # 2003, 2004, 2005, 2006, 2007, 2008  Free Software Foundation, Inc.
   6 # This Makefile.in is free software; the Free Software Foundation
   7 # gives unlimited permission to copy and/or distribute it,
   8 # with or without modifications, as long as this notice is preserved.
   9
  10 # This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 # but WITHOUT ANY WARRANTY, to the extent permitted by law; without
  12 # even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A
  13 # PARTICULAR PURPOSE.
  14
  15
  16
  17 # Andreas Wilm (UCD): 2007-12-10
  18 # Generated using the following sites
  19 # http://www.openismus.com/documents/linux/automake/automake.shtml
  20 # http://www.bioinf.uni-freiburg.de/~mmann/HowTo/automake.html
  21
  22
  23 pkgdatadir = $(datadir)/clustalw
  24 pkglibdir = $(libdir)/clustalw
  25 pkgincludedir = $(includedir)/clustalw
  26 am__cd = CDPATH="$${ZSH_VERSION+.}$(PATH_SEPARATOR)" && cd
  27 install_sh_DATA = $(install_sh) -c -m 644
  28 install_sh_PROGRAM = $(install_sh) -c
  29 install_sh_SCRIPT = $(install_sh) -c
  30 INSTALL_HEADER = $(INSTALL_DATA)
  31 transform = $(program_transform_name)
  32 NORMAL_INSTALL = :
  33 PRE_INSTALL = :
  34 POST_INSTALL = :
  35 NORMAL_UNINSTALL = :
  36 PRE_UNINSTALL = :
  37 POST_UNINSTALL = :
  38 build_triplet = i386-apple-darwin10.6.0
  39 host_triplet = i386-apple-darwin10.6.0
  40 target_triplet = i386-apple-darwin10.6.0
  41 bin_PROGRAMS = clustalw2$(EXEEXT)
  42 subdir = src
  43 DIST_COMMON = $(srcdir)/Makefile.am $(srcdir)/Makefile.in \
  44         $(srcdir)/clustalw_version.h.in $(srcdir)/config.h.in
  45 ACLOCAL_M4 = $(top_srcdir)/aclocal.m4
  46 am__aclocal_m4_deps = $(top_srcdir)/configure.ac
  47 am__configure_deps = $(am__aclocal_m4_deps) $(CONFIGURE_DEPENDENCIES) \
  48         $(ACLOCAL_M4)
  49 mkinstalldirs = $(install_sh) -d
  50 CONFIG_HEADER = config.h
  51 CONFIG_CLEAN_FILES = clustalw_version.h
  52 am__installdirs = "$(DESTDIR)$(bindir)"
  53 binPROGRAMS_INSTALL = $(INSTALL_PROGRAM)
  54 PROGRAMS = $(bin_PROGRAMS)
  55 am_clustalw2_OBJECTS = FullPairwiseAlign.$(OBJEXT) \
  56         FastPairwiseAlign.$(OBJEXT) MSFFileParser.$(OBJEXT) \
  57         FileReader.$(OBJEXT) PIRFileParser.$(OBJEXT) \
  58         RSFFileParser.$(OBJEXT) GDEFileParser.$(OBJEXT) \
  59         InFileStream.$(OBJEXT) ClustalFileParser.$(OBJEXT) \
  60         PearsonFileParser.$(OBJEXT) FileParser.$(OBJEXT) \
  61         EMBLFileParser.$(OBJEXT) RootedClusterTree.$(OBJEXT) \
  62         UPGMAAlgorithm.$(OBJEXT) Node.$(OBJEXT) \
  63         RootedGuideTree.$(OBJEXT) RootedTreeOutput.$(OBJEXT) \
  64         Tree.$(OBJEXT) ClusterTree.$(OBJEXT) TreeInterface.$(OBJEXT) \
  65         UnRootedClusterTree.$(OBJEXT) ClusterTreeOutput.$(OBJEXT) \
  66         RandomGenerator.$(OBJEXT) NJTree.$(OBJEXT) \
  67         AlignmentSteps.$(OBJEXT) InteractiveMenu.$(OBJEXT) \
  68         CommandLineParser.$(OBJEXT) SubMatrix.$(OBJEXT) \
  69         Iteration.$(OBJEXT) MSA.$(OBJEXT) \
  70         MyersMillerProfileAlign.$(OBJEXT) ProfileStandard.$(OBJEXT) \
  71         ProfileWithSub.$(OBJEXT) ProfileBase.$(OBJEXT) \
  72         LowScoreSegProfile.$(OBJEXT) OutputFile.$(OBJEXT) \
  73         UserParameters.$(OBJEXT) Utility.$(OBJEXT) \
  74         InvalidCombination.$(OBJEXT) DebugLog.$(OBJEXT) \
  75         ClustalWResources.$(OBJEXT) VectorOutOfRange.$(OBJEXT) \
  76         SymMatrix.$(OBJEXT) Stats.$(OBJEXT) Help.$(OBJEXT) \
  77         Alignment.$(OBJEXT) AlignmentOutput.$(OBJEXT) \
  78         ObjectiveScore.$(OBJEXT) Sequence.$(OBJEXT) Clustal.$(OBJEXT) \
  79         main.$(OBJEXT)
  80 clustalw2_OBJECTS = $(am_clustalw2_OBJECTS)
  81 clustalw2_LDADD = $(LDADD)
  82 DEFAULT_INCLUDES = -I.
  83 depcomp = $(SHELL) $(top_srcdir)/depcomp
  84 am__depfiles_maybe = depfiles
  85 CXXCOMPILE = $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) \
  86         $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS)
  87 CXXLD = $(CXX)
  88 CXXLINK = $(CXXLD) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) $(AM_LDFLAGS) $(LDFLAGS) \
  89         -o $@
  90 COMPILE = $(CC) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) \
  91         $(CPPFLAGS) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS)
  92 CCLD = $(CC)
  93 LINK = $(CCLD) $(AM_CFLAGS) $(CFLAGS) $(AM_LDFLAGS) $(LDFLAGS) -o $@
  94 SOURCES = $(clustalw2_SOURCES)
  95 DIST_SOURCES = $(clustalw2_SOURCES)
  96 RECURSIVE_TARGETS = all-recursive check-recursive dvi-recursive \
  97         html-recursive info-recursive install-data-recursive \
  98         install-dvi-recursive install-exec-recursive \
  99         install-html-recursive install-info-recursive \
 100         install-pdf-recursive install-ps-recursive install-recursive \
 101         installcheck-recursive installdirs-recursive pdf-recursive \
 102         ps-recursive uninstall-recursive
 103 RECURSIVE_CLEAN_TARGETS = mostlyclean-recursive clean-recursive \
 104   distclean-recursive maintainer-clean-recursive
 105 ETAGS = etags
 106 CTAGS = ctags
 107 DIST_SUBDIRS = $(SUBDIRS)
 108 DISTFILES = $(DIST_COMMON) $(DIST_SOURCES) $(TEXINFOS) $(EXTRA_DIST)
 109 ACLOCAL = ${SHELL} /Users/jimp/jaba/apache-tomcat-6.0.28/webapps/jaba/binaries/src/clustalw/missing --run aclocal-1.10
 110 AMTAR = ${SHELL} /Users/jimp/jaba/apache-tomcat-6.0.28/webapps/jaba/binaries/src/clustalw/missing --run tar
 111 AUTOCONF = ${SHELL} /Users/jimp/jaba/apache-tomcat-6.0.28/webapps/jaba/binaries/src/clustalw/missing --run autoconf
 112 AUTOHEADER = ${SHELL} /Users/jimp/jaba/apache-tomcat-6.0.28/webapps/jaba/binaries/src/clustalw/missing --run autoheader
 113 AUTOMAKE = ${SHELL} /Users/jimp/jaba/apache-tomcat-6.0.28/webapps/jaba/binaries/src/clustalw/missing --run automake-1.10
 114 AWK = awk
 115 CC = gcc
 116 CCDEPMODE = depmode=gcc3
 117 CFLAGS = -g -O2
 118 CLUSTALW_NAME = ClustalW
 119 CLUSTALW_VERSION = 2.0.12
 120 CPPFLAGS =
 121 CXX = g++
 122 CXXCPP = g++ -E
 123 CXXDEPMODE = depmode=gcc3
 124 CXXFLAGS = -g -O2
 125 CYGPATH_W = echo
 126 DEFS = -DHAVE_CONFIG_H
 127 DEPDIR = .deps
 128 ECHO_C = \c
 129 ECHO_N =
 130 ECHO_T =
 131 EGREP = /usr/bin/grep -E
 132 EXEEXT =
 133 GREP = /usr/bin/grep
 134 INSTALL = /usr/bin/install -c
 135 INSTALL_DATA = ${INSTALL} -m 644
 136 INSTALL_PROGRAM = ${INSTALL}
 137 INSTALL_SCRIPT = ${INSTALL}
 138 INSTALL_STRIP_PROGRAM = $(install_sh) -c -s
 139 LDFLAGS =
 140 LIBOBJS =
 141 LIBS =
 142 LTLIBOBJS =
 143 MAKEINFO = ${SHELL} /Users/jimp/jaba/apache-tomcat-6.0.28/webapps/jaba/binaries/src/clustalw/missing --run makeinfo
 144 MKDIR_P = .././install-sh -c -d
 145 OBJEXT = o
 146 PACKAGE = clustalw
 147 PACKAGE_BUGREPORT = clustalw@ucd.ie
 148 PACKAGE_NAME = clustalw
 149 PACKAGE_STRING = clustalw 2.0.12
 150 PACKAGE_TARNAME = clustalw
 151 PACKAGE_VERSION = 2.0.12
 152 PATH_SEPARATOR = :
 153 RANLIB = ranlib
 154 SET_MAKE =
 155 SHELL = /bin/sh
 156 STRIP =
 157 VERSION = 2.0.12
 158 abs_builddir = /Users/jimp/jaba/apache-tomcat-6.0.28/webapps/jaba/binaries/src/clustalw/src
 159 abs_srcdir = /Users/jimp/jaba/apache-tomcat-6.0.28/webapps/jaba/binaries/src/clustalw/src
 160 abs_top_builddir = /Users/jimp/jaba/apache-tomcat-6.0.28/webapps/jaba/binaries/src/clustalw
 161 abs_top_srcdir = /Users/jimp/jaba/apache-tomcat-6.0.28/webapps/jaba/binaries/src/clustalw
 162 ac_ct_CC = gcc
 163 ac_ct_CXX = g++
 164 am__include = include
 165 am__leading_dot = .
 166 am__quote =
 167 am__tar = ${AMTAR} chof - "$$tardir"
 168 am__untar = ${AMTAR} xf -
 169 bindir = ${exec_prefix}/bin
 170 build = i386-apple-darwin10.6.0
 171 build_alias =
 172 build_cpu = i386
 173 build_os = darwin10.6.0
 174 build_vendor = apple
 175 builddir = .
 176 datadir = ${datarootdir}
 177 datarootdir = ${prefix}/share
 178 docdir = ${datarootdir}/doc/${PACKAGE_TARNAME}
 179 dvidir = ${docdir}
 180 exec_prefix = ${prefix}
 181 host = i386-apple-darwin10.6.0
 182 host_alias =
 183 host_cpu = i386
 184 host_os = darwin10.6.0
 185 host_vendor = apple
 186 htmldir = ${docdir}
 187 includedir = ${prefix}/include
 188 infodir = ${datarootdir}/info
 189 install_sh = $(SHELL) /Users/jimp/jaba/apache-tomcat-6.0.28/webapps/jaba/binaries/src/clustalw/install-sh
 190 libdir = ${exec_prefix}/lib
 191 libexecdir = ${exec_prefix}/libexec
 192 localedir = ${datarootdir}/locale
 193 localstatedir = ${prefix}/var
 194 mandir = ${datarootdir}/man
 195 mkdir_p = $(top_builddir)/./install-sh -c -d
 196 oldincludedir = /usr/include
 197 pdfdir = ${docdir}
 198 prefix = /usr/local
 199 program_transform_name = s,x,x,
 200 psdir = ${docdir}
 201 sbindir = ${exec_prefix}/sbin
 202 sharedstatedir = ${prefix}/com
 203 srcdir = .
 204 sysconfdir = ${prefix}/etc
 205 target = i386-apple-darwin10.6.0
 206 target_alias =
 207 target_cpu = i386
 208 target_os = darwin10.6.0
 209 target_vendor = apple
 210 top_build_prefix = ../
 211 top_builddir = ..
 212 top_srcdir = ..
 213
 214 # we do not use GNU-style files: NEWS README AUTHORS ChangeLog
 215 AUTOMAKE_OPTIONS = foreign
 216 SUBDIRS =
 217 clustalw2_SOURCES = ./pairwise/PairwiseAlignBase.h \
 218  ./pairwise/FastPairwiseAlign.h \
 219  ./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp \
 220  ./pairwise/FullPairwiseAlign.h \
 221  ./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp \
 222  ./fileInput/FileParser.h \
 223  ./fileInput/EMBLFileParser.h \
 224  ./fileInput/MSFFileParser.cpp \
 225  ./fileInput/FileReader.cpp \
 226  ./fileInput/PIRFileParser.cpp \
 227  ./fileInput/MSFFileParser.h \
 228  ./fileInput/FileReader.h \
 229  ./fileInput/RSFFileParser.cpp \
 230  ./fileInput/PIRFileParser.h \
 231  ./fileInput/GDEFileParser.cpp \
 232  ./fileInput/RSFFileParser.h \
 233  ./fileInput/GDEFileParser.h \
 234  ./fileInput/InFileStream.cpp \
 235  ./fileInput/ClustalFileParser.cpp \
 236  ./fileInput/PearsonFileParser.cpp \
 237  ./fileInput/InFileStream.h \
 238  ./fileInput/ClustalFileParser.h \
 239  ./fileInput/PearsonFileParser.h \
 240  ./fileInput/FileParser.cpp \
 241  ./fileInput/EMBLFileParser.cpp \
 242  ./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp \
 243  ./tree/UPGMA/RootedGuideTree.h \
 244  ./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp \
 245  ./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.h \
 246  ./tree/UPGMA/RootedClusterTree.h \
 247  ./tree/UPGMA/Node.cpp \
 248  ./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.h \
 249  ./tree/UPGMA/upgmadata.h \
 250  ./tree/UPGMA/Node.h \
 251  ./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp \
 252  ./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp \
 253  ./tree/Tree.cpp \
 254  ./tree/ClusterTree.cpp \
 255  ./tree/AlignmentSteps.h \
 256  ./tree/Tree.h \
 257  ./tree/ClusterTree.h \
 258  ./tree/ClusterTreeAlgorithm.h \
 259  ./tree/TreeInterface.cpp \
 260  ./tree/UnRootedClusterTree.cpp \
 261  ./tree/ClusterTreeOutput.cpp \
 262  ./tree/TreeInterface.h \
 263  ./tree/dayhoff.h \
 264  ./tree/UnRootedClusterTree.h \
 265  ./tree/RandomGenerator.cpp \
 266  ./tree/NJTree.cpp \
 267  ./tree/ClusterTreeOutput.h \
 268  ./tree/RandomGenerator.h \
 269  ./tree/NJTree.h \
 270  ./tree/AlignmentSteps.cpp \
 271  ./interface/InteractiveMenu.cpp \
 272  ./interface/CommandLineParser.cpp \
 273  ./interface/InteractiveMenu.h \
 274  ./interface/CommandLineParser.h \
 275  ./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp \
 276  ./substitutionMatrix/SubMatrix.h \
 277  ./substitutionMatrix/globalmatrix.h \
 278  ./substitutionMatrix/matrices.h \
 279  ./multipleAlign/Iteration.cpp \
 280  ./multipleAlign/MSA.cpp \
 281  ./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp \
 282  ./multipleAlign/ProfileBase.h \
 283  ./multipleAlign/ProfileStandard.cpp \
 284  ./multipleAlign/LowScoreSegProfile.h \
 285  ./multipleAlign/Iteration.h \
 286  ./multipleAlign/MSA.h \
 287  ./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.h \
 288  ./multipleAlign/ProfileStandard.h \
 289  ./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp \
 290  ./multipleAlign/ProfileAlignAlgorithm.h \
 291  ./multipleAlign/ProfileBase.cpp \
 292  ./multipleAlign/ProfileWithSub.h \
 293  ./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp \
 294  ./general/ClustalWResources.h \
 295  ./general/OutputFile.cpp \
 296  ./general/VectorOutOfRange.h \
 297  ./general/UserParameters.cpp \
 298  ./general/SymMatrix.h \
 299  ./general/Utility.cpp \
 300  ./general/clustalw.h \
 301  ./general/OutputFile.h \
 302  ./general/param.h \
 303  ./general/utils.h \
 304  ./general/UserParameters.h \
 305  ./general/SquareMat.h \
 306  ./general/Utility.h \
 307  ./general/SequenceNotFoundException.h \
 308  ./general/InvalidCombination.cpp \
 309  ./general/Array2D.h \
 310  ./general/RandomAccessLList.h \
 311  ./general/general.h \
 312  ./general/debuglogObject.h \
 313  ./general/statsObject.h \
 314  ./general/userparams.h \
 315  ./general/DebugLog.cpp \
 316  ./general/ClustalWResources.cpp \
 317  ./general/VectorUtility.h \
 318  ./general/VectorOutOfRange.cpp \
 319  ./general/SymMatrix.cpp \
 320  ./general/DebugLog.h \
 321  ./general/Stats.cpp \
 322  ./general/Stats.h \
 323  ./Help.cpp \
 324  ./Help.h \
 325  ./alignment/Alignment.cpp \
 326  ./alignment/AlignmentOutput.cpp \
 327  ./alignment/Alignment.h \
 328  ./alignment/AlignmentOutput.h \
 329  ./alignment/ObjectiveScore.cpp \
 330  ./alignment/Sequence.cpp \
 331  ./alignment/ObjectiveScore.h \
 332  ./alignment/Sequence.h \
 333  ./Clustal.cpp \
 334  ./Clustal.h \
 335  ./clustalw_version.h \
 336  ./main.cpp
 337
 338 all: config.h
 339         $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) all-recursive
 340
 341 .SUFFIXES:
 342 .SUFFIXES: .cpp .o .obj
 343 $(srcdir)/Makefile.in:  $(srcdir)/Makefile.am  $(am__configure_deps)
 344         @for dep in $?; do \
 345           case '$(am__configure_deps)' in \
 346             *$$dep*) \
 347               ( cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh ) \
 348                 && { if test -f $@; then exit 0; else break; fi; }; \
 349               exit 1;; \
 350           esac; \
 351         done; \
 352         echo ' cd $(top_srcdir) && $(AUTOMAKE) --foreign  src/Makefile'; \
 353         cd $(top_srcdir) && \
 354           $(AUTOMAKE) --foreign  src/Makefile
 355 .PRECIOUS: Makefile
 356 Makefile: $(srcdir)/Makefile.in $(top_builddir)/config.status
 357         @case '$?' in \
 358           *config.status*) \
 359             cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh;; \
 360           *) \
 361             echo ' cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@ $(am__depfiles_maybe)'; \
 362             cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@ $(am__depfiles_maybe);; \
 363         esac;
 364
 365 $(top_builddir)/config.status: $(top_srcdir)/configure $(CONFIG_STATUS_DEPENDENCIES)
 366         cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
 367
 368 $(top_srcdir)/configure:  $(am__configure_deps)
 369         cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
 370 $(ACLOCAL_M4):  $(am__aclocal_m4_deps)
 371         cd $(top_builddir) && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) am--refresh
 372
 373 config.h: stamp-h1
 374         @if test ! -f $@; then \
 375           rm -f stamp-h1; \
 376           $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) stamp-h1; \
 377         else :; fi
 378
 379 stamp-h1: $(srcdir)/config.h.in $(top_builddir)/config.status
 380         @rm -f stamp-h1
 381         cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status src/config.h
 382 $(srcdir)/config.h.in:  $(am__configure_deps)
 383         cd $(top_srcdir) && $(AUTOHEADER)
 384         rm -f stamp-h1
 385         touch $@
 386
 387 distclean-hdr:
 388         -rm -f config.h stamp-h1
 389 clustalw_version.h: $(top_builddir)/config.status $(srcdir)/clustalw_version.h.in
 390         cd $(top_builddir) && $(SHELL) ./config.status $(subdir)/$@
 391 install-binPROGRAMS: $(bin_PROGRAMS)
 392         @$(NORMAL_INSTALL)
 393         test -z "$(bindir)" || $(MKDIR_P) "$(DESTDIR)$(bindir)"
 394         @list='$(bin_PROGRAMS)'; for p in $$list; do \
 395           p1=`echo $$p|sed 's/$(EXEEXT)$$//'`; \
 396           if test -f $$p \
 397           ; then \
 398             f=`echo "$$p1" | sed 's,^.*/,,;$(transform);s/$$/$(EXEEXT)/'`; \
 399            echo " $(INSTALL_PROGRAM_ENV) $(binPROGRAMS_INSTALL) '$$p' '$(DESTDIR)$(bindir)/$$f'"; \
 400            $(INSTALL_PROGRAM_ENV) $(binPROGRAMS_INSTALL) "$$p" "$(DESTDIR)$(bindir)/$$f" || exit 1; \
 401           else :; fi; \
 402         done
 403
 404 uninstall-binPROGRAMS:
 405         @$(NORMAL_UNINSTALL)
 406         @list='$(bin_PROGRAMS)'; for p in $$list; do \
 407           f=`echo "$$p" | sed 's,^.*/,,;s/$(EXEEXT)$$//;$(transform);s/$$/$(EXEEXT)/'`; \
 408           echo " rm -f '$(DESTDIR)$(bindir)/$$f'"; \
 409           rm -f "$(DESTDIR)$(bindir)/$$f"; \
 410         done
 411
 412 clean-binPROGRAMS:
 413         -test -z "$(bin_PROGRAMS)" || rm -f $(bin_PROGRAMS)
 414 clustalw2$(EXEEXT): $(clustalw2_OBJECTS) $(clustalw2_DEPENDENCIES)
 415         @rm -f clustalw2$(EXEEXT)
 416         $(CXXLINK) $(clustalw2_OBJECTS) $(clustalw2_LDADD) $(LIBS)
 417
 418 mostlyclean-compile:
 419         -rm -f *.$(OBJEXT)
 420
 421 distclean-compile:
 422         -rm -f *.tab.c
 423
 424 include ./$(DEPDIR)/Alignment.Po
 425 include ./$(DEPDIR)/AlignmentOutput.Po
 426 include ./$(DEPDIR)/AlignmentSteps.Po
 427 include ./$(DEPDIR)/Clustal.Po
 428 include ./$(DEPDIR)/ClustalFileParser.Po
 429 include ./$(DEPDIR)/ClustalWResources.Po
 430 include ./$(DEPDIR)/ClusterTree.Po
 431 include ./$(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Po
 432 include ./$(DEPDIR)/CommandLineParser.Po
 433 include ./$(DEPDIR)/DebugLog.Po
 434 include ./$(DEPDIR)/EMBLFileParser.Po
 435 include ./$(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Po
 436 include ./$(DEPDIR)/FileParser.Po
 437 include ./$(DEPDIR)/FileReader.Po
 438 include ./$(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Po
 439 include ./$(DEPDIR)/GDEFileParser.Po
 440 include ./$(DEPDIR)/Help.Po
 441 include ./$(DEPDIR)/InFileStream.Po
 442 include ./$(DEPDIR)/InteractiveMenu.Po
 443 include ./$(DEPDIR)/InvalidCombination.Po
 444 include ./$(DEPDIR)/Iteration.Po
 445 include ./$(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Po
 446 include ./$(DEPDIR)/MSA.Po
 447 include ./$(DEPDIR)/MSFFileParser.Po
 448 include ./$(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Po
 449 include ./$(DEPDIR)/NJTree.Po
 450 include ./$(DEPDIR)/Node.Po
 451 include ./$(DEPDIR)/ObjectiveScore.Po
 452 include ./$(DEPDIR)/OutputFile.Po
 453 include ./$(DEPDIR)/PIRFileParser.Po
 454 include ./$(DEPDIR)/PearsonFileParser.Po
 455 include ./$(DEPDIR)/ProfileBase.Po
 456 include ./$(DEPDIR)/ProfileStandard.Po
 457 include ./$(DEPDIR)/ProfileWithSub.Po
 458 include ./$(DEPDIR)/RSFFileParser.Po
 459 include ./$(DEPDIR)/RandomGenerator.Po
 460 include ./$(DEPDIR)/RootedClusterTree.Po
 461 include ./$(DEPDIR)/RootedGuideTree.Po
 462 include ./$(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Po
 463 include ./$(DEPDIR)/Sequence.Po
 464 include ./$(DEPDIR)/Stats.Po
 465 include ./$(DEPDIR)/SubMatrix.Po
 466 include ./$(DEPDIR)/SymMatrix.Po
 467 include ./$(DEPDIR)/Tree.Po
 468 include ./$(DEPDIR)/TreeInterface.Po
 469 include ./$(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Po
 470 include ./$(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Po
 471 include ./$(DEPDIR)/UserParameters.Po
 472 include ./$(DEPDIR)/Utility.Po
 473 include ./$(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Po
 474 include ./$(DEPDIR)/main.Po
 475
 476 .cpp.o:
 477         $(CXXCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ $<
 478         mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
 479 #       source='$<' object='$@' libtool=no \
 480 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 481 #       $(CXXCOMPILE) -c -o $@ $<
 482
 483 .cpp.obj:
 484         $(CXXCOMPILE) -MT $@ -MD -MP -MF $(DEPDIR)/$*.Tpo -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
 485         mv -f $(DEPDIR)/$*.Tpo $(DEPDIR)/$*.Po
 486 #       source='$<' object='$@' libtool=no \
 487 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 488 #       $(CXXCOMPILE) -c -o $@ `$(CYGPATH_W) '$<'`
 489
 490 FullPairwiseAlign.o: ./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp
 491         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FullPairwiseAlign.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Tpo -c -o FullPairwiseAlign.o `test -f './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp
 492         mv -f $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Tpo $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Po
 493 #       source='./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp' object='FullPairwiseAlign.o' libtool=no \
 494 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 495 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FullPairwiseAlign.o `test -f './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp
 496
 497 FullPairwiseAlign.obj: ./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp
 498         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FullPairwiseAlign.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Tpo -c -o FullPairwiseAlign.obj `if test -f './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; fi`
 499         mv -f $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Tpo $(DEPDIR)/FullPairwiseAlign.Po
 500 #       source='./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp' object='FullPairwiseAlign.obj' libtool=no \
 501 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 502 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FullPairwiseAlign.obj `if test -f './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./pairwise/FullPairwiseAlign.cpp'; fi`
 503
 504 FastPairwiseAlign.o: ./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp
 505         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FastPairwiseAlign.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Tpo -c -o FastPairwiseAlign.o `test -f './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp
 506         mv -f $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Tpo $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Po
 507 #       source='./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp' object='FastPairwiseAlign.o' libtool=no \
 508 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 509 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FastPairwiseAlign.o `test -f './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp
 510
 511 FastPairwiseAlign.obj: ./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp
 512         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FastPairwiseAlign.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Tpo -c -o FastPairwiseAlign.obj `if test -f './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; fi`
 513         mv -f $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Tpo $(DEPDIR)/FastPairwiseAlign.Po
 514 #       source='./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp' object='FastPairwiseAlign.obj' libtool=no \
 515 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 516 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FastPairwiseAlign.obj `if test -f './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./pairwise/FastPairwiseAlign.cpp'; fi`
 517
 518 MSFFileParser.o: ./fileInput/MSFFileParser.cpp
 519         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MSFFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MSFFileParser.Tpo -c -o MSFFileParser.o `test -f './fileInput/MSFFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/MSFFileParser.cpp
 520         mv -f $(DEPDIR)/MSFFileParser.Tpo $(DEPDIR)/MSFFileParser.Po
 521 #       source='./fileInput/MSFFileParser.cpp' object='MSFFileParser.o' libtool=no \
 522 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 523 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MSFFileParser.o `test -f './fileInput/MSFFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/MSFFileParser.cpp
 524
 525 MSFFileParser.obj: ./fileInput/MSFFileParser.cpp
 526         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MSFFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MSFFileParser.Tpo -c -o MSFFileParser.obj `if test -f './fileInput/MSFFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/MSFFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/MSFFileParser.cpp'; fi`
 527         mv -f $(DEPDIR)/MSFFileParser.Tpo $(DEPDIR)/MSFFileParser.Po
 528 #       source='./fileInput/MSFFileParser.cpp' object='MSFFileParser.obj' libtool=no \
 529 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 530 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MSFFileParser.obj `if test -f './fileInput/MSFFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/MSFFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/MSFFileParser.cpp'; fi`
 531
 532 FileReader.o: ./fileInput/FileReader.cpp
 533         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FileReader.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FileReader.Tpo -c -o FileReader.o `test -f './fileInput/FileReader.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/FileReader.cpp
 534         mv -f $(DEPDIR)/FileReader.Tpo $(DEPDIR)/FileReader.Po
 535 #       source='./fileInput/FileReader.cpp' object='FileReader.o' libtool=no \
 536 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 537 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FileReader.o `test -f './fileInput/FileReader.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/FileReader.cpp
 538
 539 FileReader.obj: ./fileInput/FileReader.cpp
 540         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FileReader.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FileReader.Tpo -c -o FileReader.obj `if test -f './fileInput/FileReader.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/FileReader.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/FileReader.cpp'; fi`
 541         mv -f $(DEPDIR)/FileReader.Tpo $(DEPDIR)/FileReader.Po
 542 #       source='./fileInput/FileReader.cpp' object='FileReader.obj' libtool=no \
 543 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 544 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FileReader.obj `if test -f './fileInput/FileReader.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/FileReader.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/FileReader.cpp'; fi`
 545
 546 PIRFileParser.o: ./fileInput/PIRFileParser.cpp
 547         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT PIRFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/PIRFileParser.Tpo -c -o PIRFileParser.o `test -f './fileInput/PIRFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/PIRFileParser.cpp
 548         mv -f $(DEPDIR)/PIRFileParser.Tpo $(DEPDIR)/PIRFileParser.Po
 549 #       source='./fileInput/PIRFileParser.cpp' object='PIRFileParser.o' libtool=no \
 550 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 551 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o PIRFileParser.o `test -f './fileInput/PIRFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/PIRFileParser.cpp
 552
 553 PIRFileParser.obj: ./fileInput/PIRFileParser.cpp
 554         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT PIRFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/PIRFileParser.Tpo -c -o PIRFileParser.obj `if test -f './fileInput/PIRFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/PIRFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/PIRFileParser.cpp'; fi`
 555         mv -f $(DEPDIR)/PIRFileParser.Tpo $(DEPDIR)/PIRFileParser.Po
 556 #       source='./fileInput/PIRFileParser.cpp' object='PIRFileParser.obj' libtool=no \
 557 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 558 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o PIRFileParser.obj `if test -f './fileInput/PIRFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/PIRFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/PIRFileParser.cpp'; fi`
 559
 560 RSFFileParser.o: ./fileInput/RSFFileParser.cpp
 561         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RSFFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RSFFileParser.Tpo -c -o RSFFileParser.o `test -f './fileInput/RSFFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/RSFFileParser.cpp
 562         mv -f $(DEPDIR)/RSFFileParser.Tpo $(DEPDIR)/RSFFileParser.Po
 563 #       source='./fileInput/RSFFileParser.cpp' object='RSFFileParser.o' libtool=no \
 564 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 565 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RSFFileParser.o `test -f './fileInput/RSFFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/RSFFileParser.cpp
 566
 567 RSFFileParser.obj: ./fileInput/RSFFileParser.cpp
 568         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RSFFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RSFFileParser.Tpo -c -o RSFFileParser.obj `if test -f './fileInput/RSFFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/RSFFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/RSFFileParser.cpp'; fi`
 569         mv -f $(DEPDIR)/RSFFileParser.Tpo $(DEPDIR)/RSFFileParser.Po
 570 #       source='./fileInput/RSFFileParser.cpp' object='RSFFileParser.obj' libtool=no \
 571 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 572 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RSFFileParser.obj `if test -f './fileInput/RSFFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/RSFFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/RSFFileParser.cpp'; fi`
 573
 574 GDEFileParser.o: ./fileInput/GDEFileParser.cpp
 575         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT GDEFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/GDEFileParser.Tpo -c -o GDEFileParser.o `test -f './fileInput/GDEFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/GDEFileParser.cpp
 576         mv -f $(DEPDIR)/GDEFileParser.Tpo $(DEPDIR)/GDEFileParser.Po
 577 #       source='./fileInput/GDEFileParser.cpp' object='GDEFileParser.o' libtool=no \
 578 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 579 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o GDEFileParser.o `test -f './fileInput/GDEFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/GDEFileParser.cpp
 580
 581 GDEFileParser.obj: ./fileInput/GDEFileParser.cpp
 582         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT GDEFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/GDEFileParser.Tpo -c -o GDEFileParser.obj `if test -f './fileInput/GDEFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/GDEFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/GDEFileParser.cpp'; fi`
 583         mv -f $(DEPDIR)/GDEFileParser.Tpo $(DEPDIR)/GDEFileParser.Po
 584 #       source='./fileInput/GDEFileParser.cpp' object='GDEFileParser.obj' libtool=no \
 585 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 586 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o GDEFileParser.obj `if test -f './fileInput/GDEFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/GDEFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/GDEFileParser.cpp'; fi`
 587
 588 InFileStream.o: ./fileInput/InFileStream.cpp
 589         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InFileStream.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InFileStream.Tpo -c -o InFileStream.o `test -f './fileInput/InFileStream.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/InFileStream.cpp
 590         mv -f $(DEPDIR)/InFileStream.Tpo $(DEPDIR)/InFileStream.Po
 591 #       source='./fileInput/InFileStream.cpp' object='InFileStream.o' libtool=no \
 592 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 593 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InFileStream.o `test -f './fileInput/InFileStream.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/InFileStream.cpp
 594
 595 InFileStream.obj: ./fileInput/InFileStream.cpp
 596         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InFileStream.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InFileStream.Tpo -c -o InFileStream.obj `if test -f './fileInput/InFileStream.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/InFileStream.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/InFileStream.cpp'; fi`
 597         mv -f $(DEPDIR)/InFileStream.Tpo $(DEPDIR)/InFileStream.Po
 598 #       source='./fileInput/InFileStream.cpp' object='InFileStream.obj' libtool=no \
 599 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 600 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InFileStream.obj `if test -f './fileInput/InFileStream.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/InFileStream.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/InFileStream.cpp'; fi`
 601
 602 ClustalFileParser.o: ./fileInput/ClustalFileParser.cpp
 603         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClustalFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Tpo -c -o ClustalFileParser.o `test -f './fileInput/ClustalFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/ClustalFileParser.cpp
 604         mv -f $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Tpo $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Po
 605 #       source='./fileInput/ClustalFileParser.cpp' object='ClustalFileParser.o' libtool=no \
 606 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 607 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClustalFileParser.o `test -f './fileInput/ClustalFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/ClustalFileParser.cpp
 608
 609 ClustalFileParser.obj: ./fileInput/ClustalFileParser.cpp
 610         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClustalFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Tpo -c -o ClustalFileParser.obj `if test -f './fileInput/ClustalFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/ClustalFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/ClustalFileParser.cpp'; fi`
 611         mv -f $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Tpo $(DEPDIR)/ClustalFileParser.Po
 612 #       source='./fileInput/ClustalFileParser.cpp' object='ClustalFileParser.obj' libtool=no \
 613 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 614 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClustalFileParser.obj `if test -f './fileInput/ClustalFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/ClustalFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/ClustalFileParser.cpp'; fi`
 615
 616 PearsonFileParser.o: ./fileInput/PearsonFileParser.cpp
 617         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT PearsonFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Tpo -c -o PearsonFileParser.o `test -f './fileInput/PearsonFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/PearsonFileParser.cpp
 618         mv -f $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Tpo $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Po
 619 #       source='./fileInput/PearsonFileParser.cpp' object='PearsonFileParser.o' libtool=no \
 620 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 621 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o PearsonFileParser.o `test -f './fileInput/PearsonFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/PearsonFileParser.cpp
 622
 623 PearsonFileParser.obj: ./fileInput/PearsonFileParser.cpp
 624         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT PearsonFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Tpo -c -o PearsonFileParser.obj `if test -f './fileInput/PearsonFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/PearsonFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/PearsonFileParser.cpp'; fi`
 625         mv -f $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Tpo $(DEPDIR)/PearsonFileParser.Po
 626 #       source='./fileInput/PearsonFileParser.cpp' object='PearsonFileParser.obj' libtool=no \
 627 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 628 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o PearsonFileParser.obj `if test -f './fileInput/PearsonFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/PearsonFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/PearsonFileParser.cpp'; fi`
 629
 630 FileParser.o: ./fileInput/FileParser.cpp
 631         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FileParser.Tpo -c -o FileParser.o `test -f './fileInput/FileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/FileParser.cpp
 632         mv -f $(DEPDIR)/FileParser.Tpo $(DEPDIR)/FileParser.Po
 633 #       source='./fileInput/FileParser.cpp' object='FileParser.o' libtool=no \
 634 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 635 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FileParser.o `test -f './fileInput/FileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/FileParser.cpp
 636
 637 FileParser.obj: ./fileInput/FileParser.cpp
 638         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT FileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/FileParser.Tpo -c -o FileParser.obj `if test -f './fileInput/FileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/FileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/FileParser.cpp'; fi`
 639         mv -f $(DEPDIR)/FileParser.Tpo $(DEPDIR)/FileParser.Po
 640 #       source='./fileInput/FileParser.cpp' object='FileParser.obj' libtool=no \
 641 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 642 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o FileParser.obj `if test -f './fileInput/FileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/FileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/FileParser.cpp'; fi`
 643
 644 EMBLFileParser.o: ./fileInput/EMBLFileParser.cpp
 645         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT EMBLFileParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Tpo -c -o EMBLFileParser.o `test -f './fileInput/EMBLFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/EMBLFileParser.cpp
 646         mv -f $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Tpo $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Po
 647 #       source='./fileInput/EMBLFileParser.cpp' object='EMBLFileParser.o' libtool=no \
 648 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 649 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o EMBLFileParser.o `test -f './fileInput/EMBLFileParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./fileInput/EMBLFileParser.cpp
 650
 651 EMBLFileParser.obj: ./fileInput/EMBLFileParser.cpp
 652         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT EMBLFileParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Tpo -c -o EMBLFileParser.obj `if test -f './fileInput/EMBLFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/EMBLFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/EMBLFileParser.cpp'; fi`
 653         mv -f $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Tpo $(DEPDIR)/EMBLFileParser.Po
 654 #       source='./fileInput/EMBLFileParser.cpp' object='EMBLFileParser.obj' libtool=no \
 655 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 656 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o EMBLFileParser.obj `if test -f './fileInput/EMBLFileParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './fileInput/EMBLFileParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./fileInput/EMBLFileParser.cpp'; fi`
 657
 658 RootedClusterTree.o: ./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp
 659         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedClusterTree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Tpo -c -o RootedClusterTree.o `test -f './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp
 660         mv -f $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Po
 661 #       source='./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp' object='RootedClusterTree.o' libtool=no \
 662 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 663 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedClusterTree.o `test -f './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp
 664
 665 RootedClusterTree.obj: ./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp
 666         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedClusterTree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Tpo -c -o RootedClusterTree.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; fi`
 667         mv -f $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/RootedClusterTree.Po
 668 #       source='./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp' object='RootedClusterTree.obj' libtool=no \
 669 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 670 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedClusterTree.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedClusterTree.cpp'; fi`
 671
 672 UPGMAAlgorithm.o: ./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp
 673         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UPGMAAlgorithm.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Tpo -c -o UPGMAAlgorithm.o `test -f './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp
 674         mv -f $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Tpo $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Po
 675 #       source='./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp' object='UPGMAAlgorithm.o' libtool=no \
 676 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 677 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UPGMAAlgorithm.o `test -f './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp
 678
 679 UPGMAAlgorithm.obj: ./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp
 680         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UPGMAAlgorithm.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Tpo -c -o UPGMAAlgorithm.obj `if test -f './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; fi`
 681         mv -f $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Tpo $(DEPDIR)/UPGMAAlgorithm.Po
 682 #       source='./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp' object='UPGMAAlgorithm.obj' libtool=no \
 683 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 684 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UPGMAAlgorithm.obj `if test -f './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/UPGMAAlgorithm.cpp'; fi`
 685
 686 Node.o: ./tree/UPGMA/Node.cpp
 687         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Node.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Node.Tpo -c -o Node.o `test -f './tree/UPGMA/Node.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/Node.cpp
 688         mv -f $(DEPDIR)/Node.Tpo $(DEPDIR)/Node.Po
 689 #       source='./tree/UPGMA/Node.cpp' object='Node.o' libtool=no \
 690 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 691 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Node.o `test -f './tree/UPGMA/Node.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/Node.cpp
 692
 693 Node.obj: ./tree/UPGMA/Node.cpp
 694         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Node.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Node.Tpo -c -o Node.obj `if test -f './tree/UPGMA/Node.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/Node.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/Node.cpp'; fi`
 695         mv -f $(DEPDIR)/Node.Tpo $(DEPDIR)/Node.Po
 696 #       source='./tree/UPGMA/Node.cpp' object='Node.obj' libtool=no \
 697 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 698 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Node.obj `if test -f './tree/UPGMA/Node.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/Node.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/Node.cpp'; fi`
 699
 700 RootedGuideTree.o: ./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp
 701         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedGuideTree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Tpo -c -o RootedGuideTree.o `test -f './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp
 702         mv -f $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Tpo $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Po
 703 #       source='./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp' object='RootedGuideTree.o' libtool=no \
 704 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 705 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedGuideTree.o `test -f './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp
 706
 707 RootedGuideTree.obj: ./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp
 708         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedGuideTree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Tpo -c -o RootedGuideTree.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; fi`
 709         mv -f $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Tpo $(DEPDIR)/RootedGuideTree.Po
 710 #       source='./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp' object='RootedGuideTree.obj' libtool=no \
 711 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 712 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedGuideTree.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedGuideTree.cpp'; fi`
 713
 714 RootedTreeOutput.o: ./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp
 715         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedTreeOutput.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Tpo -c -o RootedTreeOutput.o `test -f './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp
 716         mv -f $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Tpo $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Po
 717 #       source='./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp' object='RootedTreeOutput.o' libtool=no \
 718 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 719 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedTreeOutput.o `test -f './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp
 720
 721 RootedTreeOutput.obj: ./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp
 722         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RootedTreeOutput.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Tpo -c -o RootedTreeOutput.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; fi`
 723         mv -f $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Tpo $(DEPDIR)/RootedTreeOutput.Po
 724 #       source='./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp' object='RootedTreeOutput.obj' libtool=no \
 725 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 726 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RootedTreeOutput.obj `if test -f './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UPGMA/RootedTreeOutput.cpp'; fi`
 727
 728 Tree.o: ./tree/Tree.cpp
 729         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Tree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Tree.Tpo -c -o Tree.o `test -f './tree/Tree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/Tree.cpp
 730         mv -f $(DEPDIR)/Tree.Tpo $(DEPDIR)/Tree.Po
 731 #       source='./tree/Tree.cpp' object='Tree.o' libtool=no \
 732 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 733 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Tree.o `test -f './tree/Tree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/Tree.cpp
 734
 735 Tree.obj: ./tree/Tree.cpp
 736         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Tree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Tree.Tpo -c -o Tree.obj `if test -f './tree/Tree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/Tree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/Tree.cpp'; fi`
 737         mv -f $(DEPDIR)/Tree.Tpo $(DEPDIR)/Tree.Po
 738 #       source='./tree/Tree.cpp' object='Tree.obj' libtool=no \
 739 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 740 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Tree.obj `if test -f './tree/Tree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/Tree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/Tree.cpp'; fi`
 741
 742 ClusterTree.o: ./tree/ClusterTree.cpp
 743         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClusterTree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClusterTree.Tpo -c -o ClusterTree.o `test -f './tree/ClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/ClusterTree.cpp
 744         mv -f $(DEPDIR)/ClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/ClusterTree.Po
 745 #       source='./tree/ClusterTree.cpp' object='ClusterTree.o' libtool=no \
 746 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 747 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClusterTree.o `test -f './tree/ClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/ClusterTree.cpp
 748
 749 ClusterTree.obj: ./tree/ClusterTree.cpp
 750         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClusterTree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClusterTree.Tpo -c -o ClusterTree.obj `if test -f './tree/ClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/ClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/ClusterTree.cpp'; fi`
 751         mv -f $(DEPDIR)/ClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/ClusterTree.Po
 752 #       source='./tree/ClusterTree.cpp' object='ClusterTree.obj' libtool=no \
 753 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 754 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClusterTree.obj `if test -f './tree/ClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/ClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/ClusterTree.cpp'; fi`
 755
 756 TreeInterface.o: ./tree/TreeInterface.cpp
 757         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT TreeInterface.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/TreeInterface.Tpo -c -o TreeInterface.o `test -f './tree/TreeInterface.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/TreeInterface.cpp
 758         mv -f $(DEPDIR)/TreeInterface.Tpo $(DEPDIR)/TreeInterface.Po
 759 #       source='./tree/TreeInterface.cpp' object='TreeInterface.o' libtool=no \
 760 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 761 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o TreeInterface.o `test -f './tree/TreeInterface.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/TreeInterface.cpp
 762
 763 TreeInterface.obj: ./tree/TreeInterface.cpp
 764         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT TreeInterface.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/TreeInterface.Tpo -c -o TreeInterface.obj `if test -f './tree/TreeInterface.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/TreeInterface.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/TreeInterface.cpp'; fi`
 765         mv -f $(DEPDIR)/TreeInterface.Tpo $(DEPDIR)/TreeInterface.Po
 766 #       source='./tree/TreeInterface.cpp' object='TreeInterface.obj' libtool=no \
 767 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 768 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o TreeInterface.obj `if test -f './tree/TreeInterface.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/TreeInterface.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/TreeInterface.cpp'; fi`
 769
 770 UnRootedClusterTree.o: ./tree/UnRootedClusterTree.cpp
 771         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UnRootedClusterTree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Tpo -c -o UnRootedClusterTree.o `test -f './tree/UnRootedClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UnRootedClusterTree.cpp
 772         mv -f $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Po
 773 #       source='./tree/UnRootedClusterTree.cpp' object='UnRootedClusterTree.o' libtool=no \
 774 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 775 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UnRootedClusterTree.o `test -f './tree/UnRootedClusterTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/UnRootedClusterTree.cpp
 776
 777 UnRootedClusterTree.obj: ./tree/UnRootedClusterTree.cpp
 778         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UnRootedClusterTree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Tpo -c -o UnRootedClusterTree.obj `if test -f './tree/UnRootedClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UnRootedClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UnRootedClusterTree.cpp'; fi`
 779         mv -f $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Tpo $(DEPDIR)/UnRootedClusterTree.Po
 780 #       source='./tree/UnRootedClusterTree.cpp' object='UnRootedClusterTree.obj' libtool=no \
 781 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 782 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UnRootedClusterTree.obj `if test -f './tree/UnRootedClusterTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/UnRootedClusterTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/UnRootedClusterTree.cpp'; fi`
 783
 784 ClusterTreeOutput.o: ./tree/ClusterTreeOutput.cpp
 785         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClusterTreeOutput.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Tpo -c -o ClusterTreeOutput.o `test -f './tree/ClusterTreeOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/ClusterTreeOutput.cpp
 786         mv -f $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Tpo $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Po
 787 #       source='./tree/ClusterTreeOutput.cpp' object='ClusterTreeOutput.o' libtool=no \
 788 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 789 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClusterTreeOutput.o `test -f './tree/ClusterTreeOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/ClusterTreeOutput.cpp
 790
 791 ClusterTreeOutput.obj: ./tree/ClusterTreeOutput.cpp
 792         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClusterTreeOutput.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Tpo -c -o ClusterTreeOutput.obj `if test -f './tree/ClusterTreeOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/ClusterTreeOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/ClusterTreeOutput.cpp'; fi`
 793         mv -f $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Tpo $(DEPDIR)/ClusterTreeOutput.Po
 794 #       source='./tree/ClusterTreeOutput.cpp' object='ClusterTreeOutput.obj' libtool=no \
 795 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 796 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClusterTreeOutput.obj `if test -f './tree/ClusterTreeOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/ClusterTreeOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/ClusterTreeOutput.cpp'; fi`
 797
 798 RandomGenerator.o: ./tree/RandomGenerator.cpp
 799         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RandomGenerator.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RandomGenerator.Tpo -c -o RandomGenerator.o `test -f './tree/RandomGenerator.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/RandomGenerator.cpp
 800         mv -f $(DEPDIR)/RandomGenerator.Tpo $(DEPDIR)/RandomGenerator.Po
 801 #       source='./tree/RandomGenerator.cpp' object='RandomGenerator.o' libtool=no \
 802 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 803 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RandomGenerator.o `test -f './tree/RandomGenerator.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/RandomGenerator.cpp
 804
 805 RandomGenerator.obj: ./tree/RandomGenerator.cpp
 806         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT RandomGenerator.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/RandomGenerator.Tpo -c -o RandomGenerator.obj `if test -f './tree/RandomGenerator.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/RandomGenerator.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/RandomGenerator.cpp'; fi`
 807         mv -f $(DEPDIR)/RandomGenerator.Tpo $(DEPDIR)/RandomGenerator.Po
 808 #       source='./tree/RandomGenerator.cpp' object='RandomGenerator.obj' libtool=no \
 809 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 810 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o RandomGenerator.obj `if test -f './tree/RandomGenerator.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/RandomGenerator.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/RandomGenerator.cpp'; fi`
 811
 812 NJTree.o: ./tree/NJTree.cpp
 813         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT NJTree.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/NJTree.Tpo -c -o NJTree.o `test -f './tree/NJTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/NJTree.cpp
 814         mv -f $(DEPDIR)/NJTree.Tpo $(DEPDIR)/NJTree.Po
 815 #       source='./tree/NJTree.cpp' object='NJTree.o' libtool=no \
 816 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 817 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o NJTree.o `test -f './tree/NJTree.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/NJTree.cpp
 818
 819 NJTree.obj: ./tree/NJTree.cpp
 820         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT NJTree.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/NJTree.Tpo -c -o NJTree.obj `if test -f './tree/NJTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/NJTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/NJTree.cpp'; fi`
 821         mv -f $(DEPDIR)/NJTree.Tpo $(DEPDIR)/NJTree.Po
 822 #       source='./tree/NJTree.cpp' object='NJTree.obj' libtool=no \
 823 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 824 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o NJTree.obj `if test -f './tree/NJTree.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/NJTree.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/NJTree.cpp'; fi`
 825
 826 AlignmentSteps.o: ./tree/AlignmentSteps.cpp
 827         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT AlignmentSteps.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Tpo -c -o AlignmentSteps.o `test -f './tree/AlignmentSteps.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/AlignmentSteps.cpp
 828         mv -f $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Tpo $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Po
 829 #       source='./tree/AlignmentSteps.cpp' object='AlignmentSteps.o' libtool=no \
 830 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 831 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o AlignmentSteps.o `test -f './tree/AlignmentSteps.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./tree/AlignmentSteps.cpp
 832
 833 AlignmentSteps.obj: ./tree/AlignmentSteps.cpp
 834         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT AlignmentSteps.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Tpo -c -o AlignmentSteps.obj `if test -f './tree/AlignmentSteps.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/AlignmentSteps.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/AlignmentSteps.cpp'; fi`
 835         mv -f $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Tpo $(DEPDIR)/AlignmentSteps.Po
 836 #       source='./tree/AlignmentSteps.cpp' object='AlignmentSteps.obj' libtool=no \
 837 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 838 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o AlignmentSteps.obj `if test -f './tree/AlignmentSteps.cpp'; then $(CYGPATH_W) './tree/AlignmentSteps.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./tree/AlignmentSteps.cpp'; fi`
 839
 840 InteractiveMenu.o: ./interface/InteractiveMenu.cpp
 841         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InteractiveMenu.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Tpo -c -o InteractiveMenu.o `test -f './interface/InteractiveMenu.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./interface/InteractiveMenu.cpp
 842         mv -f $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Tpo $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Po
 843 #       source='./interface/InteractiveMenu.cpp' object='InteractiveMenu.o' libtool=no \
 844 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 845 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InteractiveMenu.o `test -f './interface/InteractiveMenu.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./interface/InteractiveMenu.cpp
 846
 847 InteractiveMenu.obj: ./interface/InteractiveMenu.cpp
 848         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InteractiveMenu.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Tpo -c -o InteractiveMenu.obj `if test -f './interface/InteractiveMenu.cpp'; then $(CYGPATH_W) './interface/InteractiveMenu.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./interface/InteractiveMenu.cpp'; fi`
 849         mv -f $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Tpo $(DEPDIR)/InteractiveMenu.Po
 850 #       source='./interface/InteractiveMenu.cpp' object='InteractiveMenu.obj' libtool=no \
 851 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 852 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InteractiveMenu.obj `if test -f './interface/InteractiveMenu.cpp'; then $(CYGPATH_W) './interface/InteractiveMenu.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./interface/InteractiveMenu.cpp'; fi`
 853
 854 CommandLineParser.o: ./interface/CommandLineParser.cpp
 855         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT CommandLineParser.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/CommandLineParser.Tpo -c -o CommandLineParser.o `test -f './interface/CommandLineParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./interface/CommandLineParser.cpp
 856         mv -f $(DEPDIR)/CommandLineParser.Tpo $(DEPDIR)/CommandLineParser.Po
 857 #       source='./interface/CommandLineParser.cpp' object='CommandLineParser.o' libtool=no \
 858 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 859 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o CommandLineParser.o `test -f './interface/CommandLineParser.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./interface/CommandLineParser.cpp
 860
 861 CommandLineParser.obj: ./interface/CommandLineParser.cpp
 862         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT CommandLineParser.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/CommandLineParser.Tpo -c -o CommandLineParser.obj `if test -f './interface/CommandLineParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './interface/CommandLineParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./interface/CommandLineParser.cpp'; fi`
 863         mv -f $(DEPDIR)/CommandLineParser.Tpo $(DEPDIR)/CommandLineParser.Po
 864 #       source='./interface/CommandLineParser.cpp' object='CommandLineParser.obj' libtool=no \
 865 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 866 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o CommandLineParser.obj `if test -f './interface/CommandLineParser.cpp'; then $(CYGPATH_W) './interface/CommandLineParser.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./interface/CommandLineParser.cpp'; fi`
 867
 868 SubMatrix.o: ./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp
 869         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT SubMatrix.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/SubMatrix.Tpo -c -o SubMatrix.o `test -f './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp
 870         mv -f $(DEPDIR)/SubMatrix.Tpo $(DEPDIR)/SubMatrix.Po
 871 #       source='./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp' object='SubMatrix.o' libtool=no \
 872 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 873 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o SubMatrix.o `test -f './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp
 874
 875 SubMatrix.obj: ./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp
 876         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT SubMatrix.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/SubMatrix.Tpo -c -o SubMatrix.obj `if test -f './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; then $(CYGPATH_W) './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; fi`
 877         mv -f $(DEPDIR)/SubMatrix.Tpo $(DEPDIR)/SubMatrix.Po
 878 #       source='./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp' object='SubMatrix.obj' libtool=no \
 879 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 880 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o SubMatrix.obj `if test -f './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; then $(CYGPATH_W) './substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./substitutionMatrix/SubMatrix.cpp'; fi`
 881
 882 Iteration.o: ./multipleAlign/Iteration.cpp
 883         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Iteration.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Iteration.Tpo -c -o Iteration.o `test -f './multipleAlign/Iteration.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/Iteration.cpp
 884         mv -f $(DEPDIR)/Iteration.Tpo $(DEPDIR)/Iteration.Po
 885 #       source='./multipleAlign/Iteration.cpp' object='Iteration.o' libtool=no \
 886 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 887 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Iteration.o `test -f './multipleAlign/Iteration.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/Iteration.cpp
 888
 889 Iteration.obj: ./multipleAlign/Iteration.cpp
 890         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Iteration.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Iteration.Tpo -c -o Iteration.obj `if test -f './multipleAlign/Iteration.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/Iteration.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/Iteration.cpp'; fi`
 891         mv -f $(DEPDIR)/Iteration.Tpo $(DEPDIR)/Iteration.Po
 892 #       source='./multipleAlign/Iteration.cpp' object='Iteration.obj' libtool=no \
 893 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 894 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Iteration.obj `if test -f './multipleAlign/Iteration.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/Iteration.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/Iteration.cpp'; fi`
 895
 896 MSA.o: ./multipleAlign/MSA.cpp
 897         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MSA.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MSA.Tpo -c -o MSA.o `test -f './multipleAlign/MSA.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/MSA.cpp
 898         mv -f $(DEPDIR)/MSA.Tpo $(DEPDIR)/MSA.Po
 899 #       source='./multipleAlign/MSA.cpp' object='MSA.o' libtool=no \
 900 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 901 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MSA.o `test -f './multipleAlign/MSA.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/MSA.cpp
 902
 903 MSA.obj: ./multipleAlign/MSA.cpp
 904         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MSA.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MSA.Tpo -c -o MSA.obj `if test -f './multipleAlign/MSA.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/MSA.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/MSA.cpp'; fi`
 905         mv -f $(DEPDIR)/MSA.Tpo $(DEPDIR)/MSA.Po
 906 #       source='./multipleAlign/MSA.cpp' object='MSA.obj' libtool=no \
 907 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 908 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MSA.obj `if test -f './multipleAlign/MSA.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/MSA.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/MSA.cpp'; fi`
 909
 910 MyersMillerProfileAlign.o: ./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp
 911         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MyersMillerProfileAlign.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Tpo -c -o MyersMillerProfileAlign.o `test -f './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp
 912         mv -f $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Tpo $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Po
 913 #       source='./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp' object='MyersMillerProfileAlign.o' libtool=no \
 914 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 915 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MyersMillerProfileAlign.o `test -f './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp
 916
 917 MyersMillerProfileAlign.obj: ./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp
 918         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT MyersMillerProfileAlign.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Tpo -c -o MyersMillerProfileAlign.obj `if test -f './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; fi`
 919         mv -f $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Tpo $(DEPDIR)/MyersMillerProfileAlign.Po
 920 #       source='./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp' object='MyersMillerProfileAlign.obj' libtool=no \
 921 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 922 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o MyersMillerProfileAlign.obj `if test -f './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/MyersMillerProfileAlign.cpp'; fi`
 923
 924 ProfileStandard.o: ./multipleAlign/ProfileStandard.cpp
 925         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileStandard.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileStandard.Tpo -c -o ProfileStandard.o `test -f './multipleAlign/ProfileStandard.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileStandard.cpp
 926         mv -f $(DEPDIR)/ProfileStandard.Tpo $(DEPDIR)/ProfileStandard.Po
 927 #       source='./multipleAlign/ProfileStandard.cpp' object='ProfileStandard.o' libtool=no \
 928 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 929 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileStandard.o `test -f './multipleAlign/ProfileStandard.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileStandard.cpp
 930
 931 ProfileStandard.obj: ./multipleAlign/ProfileStandard.cpp
 932         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileStandard.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileStandard.Tpo -c -o ProfileStandard.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; fi`
 933         mv -f $(DEPDIR)/ProfileStandard.Tpo $(DEPDIR)/ProfileStandard.Po
 934 #       source='./multipleAlign/ProfileStandard.cpp' object='ProfileStandard.obj' libtool=no \
 935 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 936 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileStandard.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileStandard.cpp'; fi`
 937
 938 ProfileWithSub.o: ./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp
 939         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileWithSub.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Tpo -c -o ProfileWithSub.o `test -f './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp
 940         mv -f $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Tpo $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Po
 941 #       source='./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp' object='ProfileWithSub.o' libtool=no \
 942 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 943 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileWithSub.o `test -f './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp
 944
 945 ProfileWithSub.obj: ./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp
 946         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileWithSub.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Tpo -c -o ProfileWithSub.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; fi`
 947         mv -f $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Tpo $(DEPDIR)/ProfileWithSub.Po
 948 #       source='./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp' object='ProfileWithSub.obj' libtool=no \
 949 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 950 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileWithSub.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileWithSub.cpp'; fi`
 951
 952 ProfileBase.o: ./multipleAlign/ProfileBase.cpp
 953         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileBase.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileBase.Tpo -c -o ProfileBase.o `test -f './multipleAlign/ProfileBase.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileBase.cpp
 954         mv -f $(DEPDIR)/ProfileBase.Tpo $(DEPDIR)/ProfileBase.Po
 955 #       source='./multipleAlign/ProfileBase.cpp' object='ProfileBase.o' libtool=no \
 956 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 957 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileBase.o `test -f './multipleAlign/ProfileBase.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/ProfileBase.cpp
 958
 959 ProfileBase.obj: ./multipleAlign/ProfileBase.cpp
 960         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ProfileBase.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ProfileBase.Tpo -c -o ProfileBase.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileBase.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileBase.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileBase.cpp'; fi`
 961         mv -f $(DEPDIR)/ProfileBase.Tpo $(DEPDIR)/ProfileBase.Po
 962 #       source='./multipleAlign/ProfileBase.cpp' object='ProfileBase.obj' libtool=no \
 963 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 964 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ProfileBase.obj `if test -f './multipleAlign/ProfileBase.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/ProfileBase.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/ProfileBase.cpp'; fi`
 965
 966 LowScoreSegProfile.o: ./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp
 967         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT LowScoreSegProfile.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Tpo -c -o LowScoreSegProfile.o `test -f './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp
 968         mv -f $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Tpo $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Po
 969 #       source='./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp' object='LowScoreSegProfile.o' libtool=no \
 970 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 971 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o LowScoreSegProfile.o `test -f './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp
 972
 973 LowScoreSegProfile.obj: ./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp
 974         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT LowScoreSegProfile.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Tpo -c -o LowScoreSegProfile.obj `if test -f './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; fi`
 975         mv -f $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Tpo $(DEPDIR)/LowScoreSegProfile.Po
 976 #       source='./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp' object='LowScoreSegProfile.obj' libtool=no \
 977 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 978 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o LowScoreSegProfile.obj `if test -f './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; then $(CYGPATH_W) './multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp'; fi`
 979
 980 OutputFile.o: ./general/OutputFile.cpp
 981         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT OutputFile.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/OutputFile.Tpo -c -o OutputFile.o `test -f './general/OutputFile.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/OutputFile.cpp
 982         mv -f $(DEPDIR)/OutputFile.Tpo $(DEPDIR)/OutputFile.Po
 983 #       source='./general/OutputFile.cpp' object='OutputFile.o' libtool=no \
 984 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 985 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o OutputFile.o `test -f './general/OutputFile.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/OutputFile.cpp
 986
 987 OutputFile.obj: ./general/OutputFile.cpp
 988         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT OutputFile.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/OutputFile.Tpo -c -o OutputFile.obj `if test -f './general/OutputFile.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/OutputFile.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/OutputFile.cpp'; fi`
 989         mv -f $(DEPDIR)/OutputFile.Tpo $(DEPDIR)/OutputFile.Po
 990 #       source='./general/OutputFile.cpp' object='OutputFile.obj' libtool=no \
 991 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 992 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o OutputFile.obj `if test -f './general/OutputFile.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/OutputFile.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/OutputFile.cpp'; fi`
 993
 994 UserParameters.o: ./general/UserParameters.cpp
 995         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UserParameters.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UserParameters.Tpo -c -o UserParameters.o `test -f './general/UserParameters.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/UserParameters.cpp
 996         mv -f $(DEPDIR)/UserParameters.Tpo $(DEPDIR)/UserParameters.Po
 997 #       source='./general/UserParameters.cpp' object='UserParameters.o' libtool=no \
 998 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
 999 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UserParameters.o `test -f './general/UserParameters.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/UserParameters.cpp
1000
1001 UserParameters.obj: ./general/UserParameters.cpp
1002         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT UserParameters.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/UserParameters.Tpo -c -o UserParameters.obj `if test -f './general/UserParameters.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/UserParameters.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/UserParameters.cpp'; fi`
1003         mv -f $(DEPDIR)/UserParameters.Tpo $(DEPDIR)/UserParameters.Po
1004 #       source='./general/UserParameters.cpp' object='UserParameters.obj' libtool=no \
1005 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1006 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o UserParameters.obj `if test -f './general/UserParameters.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/UserParameters.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/UserParameters.cpp'; fi`
1007
1008 Utility.o: ./general/Utility.cpp
1009         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Utility.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Utility.Tpo -c -o Utility.o `test -f './general/Utility.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/Utility.cpp
1010         mv -f $(DEPDIR)/Utility.Tpo $(DEPDIR)/Utility.Po
1011 #       source='./general/Utility.cpp' object='Utility.o' libtool=no \
1012 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1013 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Utility.o `test -f './general/Utility.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/Utility.cpp
1014
1015 Utility.obj: ./general/Utility.cpp
1016         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Utility.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Utility.Tpo -c -o Utility.obj `if test -f './general/Utility.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/Utility.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/Utility.cpp'; fi`
1017         mv -f $(DEPDIR)/Utility.Tpo $(DEPDIR)/Utility.Po
1018 #       source='./general/Utility.cpp' object='Utility.obj' libtool=no \
1019 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1020 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Utility.obj `if test -f './general/Utility.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/Utility.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/Utility.cpp'; fi`
1021
1022 InvalidCombination.o: ./general/InvalidCombination.cpp
1023         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InvalidCombination.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InvalidCombination.Tpo -c -o InvalidCombination.o `test -f './general/InvalidCombination.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/InvalidCombination.cpp
1024         mv -f $(DEPDIR)/InvalidCombination.Tpo $(DEPDIR)/InvalidCombination.Po
1025 #       source='./general/InvalidCombination.cpp' object='InvalidCombination.o' libtool=no \
1026 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1027 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InvalidCombination.o `test -f './general/InvalidCombination.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/InvalidCombination.cpp
1028
1029 InvalidCombination.obj: ./general/InvalidCombination.cpp
1030         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT InvalidCombination.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/InvalidCombination.Tpo -c -o InvalidCombination.obj `if test -f './general/InvalidCombination.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/InvalidCombination.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/InvalidCombination.cpp'; fi`
1031         mv -f $(DEPDIR)/InvalidCombination.Tpo $(DEPDIR)/InvalidCombination.Po
1032 #       source='./general/InvalidCombination.cpp' object='InvalidCombination.obj' libtool=no \
1033 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1034 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o InvalidCombination.obj `if test -f './general/InvalidCombination.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/InvalidCombination.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/InvalidCombination.cpp'; fi`
1035
1036 DebugLog.o: ./general/DebugLog.cpp
1037         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT DebugLog.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/DebugLog.Tpo -c -o DebugLog.o `test -f './general/DebugLog.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/DebugLog.cpp
1038         mv -f $(DEPDIR)/DebugLog.Tpo $(DEPDIR)/DebugLog.Po
1039 #       source='./general/DebugLog.cpp' object='DebugLog.o' libtool=no \
1040 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1041 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o DebugLog.o `test -f './general/DebugLog.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/DebugLog.cpp
1042
1043 DebugLog.obj: ./general/DebugLog.cpp
1044         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT DebugLog.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/DebugLog.Tpo -c -o DebugLog.obj `if test -f './general/DebugLog.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/DebugLog.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/DebugLog.cpp'; fi`
1045         mv -f $(DEPDIR)/DebugLog.Tpo $(DEPDIR)/DebugLog.Po
1046 #       source='./general/DebugLog.cpp' object='DebugLog.obj' libtool=no \
1047 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1048 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o DebugLog.obj `if test -f './general/DebugLog.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/DebugLog.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/DebugLog.cpp'; fi`
1049
1050 ClustalWResources.o: ./general/ClustalWResources.cpp
1051         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClustalWResources.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClustalWResources.Tpo -c -o ClustalWResources.o `test -f './general/ClustalWResources.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/ClustalWResources.cpp
1052         mv -f $(DEPDIR)/ClustalWResources.Tpo $(DEPDIR)/ClustalWResources.Po
1053 #       source='./general/ClustalWResources.cpp' object='ClustalWResources.o' libtool=no \
1054 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1055 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClustalWResources.o `test -f './general/ClustalWResources.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/ClustalWResources.cpp
1056
1057 ClustalWResources.obj: ./general/ClustalWResources.cpp
1058         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ClustalWResources.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ClustalWResources.Tpo -c -o ClustalWResources.obj `if test -f './general/ClustalWResources.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/ClustalWResources.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/ClustalWResources.cpp'; fi`
1059         mv -f $(DEPDIR)/ClustalWResources.Tpo $(DEPDIR)/ClustalWResources.Po
1060 #       source='./general/ClustalWResources.cpp' object='ClustalWResources.obj' libtool=no \
1061 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1062 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ClustalWResources.obj `if test -f './general/ClustalWResources.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/ClustalWResources.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/ClustalWResources.cpp'; fi`
1063
1064 VectorOutOfRange.o: ./general/VectorOutOfRange.cpp
1065         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT VectorOutOfRange.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Tpo -c -o VectorOutOfRange.o `test -f './general/VectorOutOfRange.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/VectorOutOfRange.cpp
1066         mv -f $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Tpo $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Po
1067 #       source='./general/VectorOutOfRange.cpp' object='VectorOutOfRange.o' libtool=no \
1068 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1069 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o VectorOutOfRange.o `test -f './general/VectorOutOfRange.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/VectorOutOfRange.cpp
1070
1071 VectorOutOfRange.obj: ./general/VectorOutOfRange.cpp
1072         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT VectorOutOfRange.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Tpo -c -o VectorOutOfRange.obj `if test -f './general/VectorOutOfRange.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/VectorOutOfRange.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/VectorOutOfRange.cpp'; fi`
1073         mv -f $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Tpo $(DEPDIR)/VectorOutOfRange.Po
1074 #       source='./general/VectorOutOfRange.cpp' object='VectorOutOfRange.obj' libtool=no \
1075 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1076 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o VectorOutOfRange.obj `if test -f './general/VectorOutOfRange.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/VectorOutOfRange.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/VectorOutOfRange.cpp'; fi`
1077
1078 SymMatrix.o: ./general/SymMatrix.cpp
1079         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT SymMatrix.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/SymMatrix.Tpo -c -o SymMatrix.o `test -f './general/SymMatrix.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/SymMatrix.cpp
1080         mv -f $(DEPDIR)/SymMatrix.Tpo $(DEPDIR)/SymMatrix.Po
1081 #       source='./general/SymMatrix.cpp' object='SymMatrix.o' libtool=no \
1082 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1083 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o SymMatrix.o `test -f './general/SymMatrix.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/SymMatrix.cpp
1084
1085 SymMatrix.obj: ./general/SymMatrix.cpp
1086         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT SymMatrix.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/SymMatrix.Tpo -c -o SymMatrix.obj `if test -f './general/SymMatrix.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/SymMatrix.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/SymMatrix.cpp'; fi`
1087         mv -f $(DEPDIR)/SymMatrix.Tpo $(DEPDIR)/SymMatrix.Po
1088 #       source='./general/SymMatrix.cpp' object='SymMatrix.obj' libtool=no \
1089 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1090 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o SymMatrix.obj `if test -f './general/SymMatrix.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/SymMatrix.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/SymMatrix.cpp'; fi`
1091
1092 Stats.o: ./general/Stats.cpp
1093         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Stats.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Stats.Tpo -c -o Stats.o `test -f './general/Stats.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/Stats.cpp
1094         mv -f $(DEPDIR)/Stats.Tpo $(DEPDIR)/Stats.Po
1095 #       source='./general/Stats.cpp' object='Stats.o' libtool=no \
1096 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1097 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Stats.o `test -f './general/Stats.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./general/Stats.cpp
1098
1099 Stats.obj: ./general/Stats.cpp
1100         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Stats.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Stats.Tpo -c -o Stats.obj `if test -f './general/Stats.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/Stats.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/Stats.cpp'; fi`
1101         mv -f $(DEPDIR)/Stats.Tpo $(DEPDIR)/Stats.Po
1102 #       source='./general/Stats.cpp' object='Stats.obj' libtool=no \
1103 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1104 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Stats.obj `if test -f './general/Stats.cpp'; then $(CYGPATH_W) './general/Stats.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./general/Stats.cpp'; fi`
1105
1106 Help.o: ./Help.cpp
1107         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Help.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Help.Tpo -c -o Help.o `test -f './Help.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./Help.cpp
1108         mv -f $(DEPDIR)/Help.Tpo $(DEPDIR)/Help.Po
1109 #       source='./Help.cpp' object='Help.o' libtool=no \
1110 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1111 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Help.o `test -f './Help.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./Help.cpp
1112
1113 Help.obj: ./Help.cpp
1114         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Help.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Help.Tpo -c -o Help.obj `if test -f './Help.cpp'; then $(CYGPATH_W) './Help.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./Help.cpp'; fi`
1115         mv -f $(DEPDIR)/Help.Tpo $(DEPDIR)/Help.Po
1116 #       source='./Help.cpp' object='Help.obj' libtool=no \
1117 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1118 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Help.obj `if test -f './Help.cpp'; then $(CYGPATH_W) './Help.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./Help.cpp'; fi`
1119
1120 Alignment.o: ./alignment/Alignment.cpp
1121         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Alignment.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Alignment.Tpo -c -o Alignment.o `test -f './alignment/Alignment.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/Alignment.cpp
1122         mv -f $(DEPDIR)/Alignment.Tpo $(DEPDIR)/Alignment.Po
1123 #       source='./alignment/Alignment.cpp' object='Alignment.o' libtool=no \
1124 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1125 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Alignment.o `test -f './alignment/Alignment.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/Alignment.cpp
1126
1127 Alignment.obj: ./alignment/Alignment.cpp
1128         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Alignment.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Alignment.Tpo -c -o Alignment.obj `if test -f './alignment/Alignment.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/Alignment.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/Alignment.cpp'; fi`
1129         mv -f $(DEPDIR)/Alignment.Tpo $(DEPDIR)/Alignment.Po
1130 #       source='./alignment/Alignment.cpp' object='Alignment.obj' libtool=no \
1131 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1132 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Alignment.obj `if test -f './alignment/Alignment.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/Alignment.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/Alignment.cpp'; fi`
1133
1134 AlignmentOutput.o: ./alignment/AlignmentOutput.cpp
1135         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT AlignmentOutput.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Tpo -c -o AlignmentOutput.o `test -f './alignment/AlignmentOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/AlignmentOutput.cpp
1136         mv -f $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Tpo $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Po
1137 #       source='./alignment/AlignmentOutput.cpp' object='AlignmentOutput.o' libtool=no \
1138 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1139 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o AlignmentOutput.o `test -f './alignment/AlignmentOutput.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/AlignmentOutput.cpp
1140
1141 AlignmentOutput.obj: ./alignment/AlignmentOutput.cpp
1142         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT AlignmentOutput.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Tpo -c -o AlignmentOutput.obj `if test -f './alignment/AlignmentOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/AlignmentOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/AlignmentOutput.cpp'; fi`
1143         mv -f $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Tpo $(DEPDIR)/AlignmentOutput.Po
1144 #       source='./alignment/AlignmentOutput.cpp' object='AlignmentOutput.obj' libtool=no \
1145 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1146 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o AlignmentOutput.obj `if test -f './alignment/AlignmentOutput.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/AlignmentOutput.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/AlignmentOutput.cpp'; fi`
1147
1148 ObjectiveScore.o: ./alignment/ObjectiveScore.cpp
1149         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ObjectiveScore.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Tpo -c -o ObjectiveScore.o `test -f './alignment/ObjectiveScore.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/ObjectiveScore.cpp
1150         mv -f $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Tpo $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Po
1151 #       source='./alignment/ObjectiveScore.cpp' object='ObjectiveScore.o' libtool=no \
1152 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1153 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ObjectiveScore.o `test -f './alignment/ObjectiveScore.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/ObjectiveScore.cpp
1154
1155 ObjectiveScore.obj: ./alignment/ObjectiveScore.cpp
1156         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT ObjectiveScore.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Tpo -c -o ObjectiveScore.obj `if test -f './alignment/ObjectiveScore.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/ObjectiveScore.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/ObjectiveScore.cpp'; fi`
1157         mv -f $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Tpo $(DEPDIR)/ObjectiveScore.Po
1158 #       source='./alignment/ObjectiveScore.cpp' object='ObjectiveScore.obj' libtool=no \
1159 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1160 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o ObjectiveScore.obj `if test -f './alignment/ObjectiveScore.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/ObjectiveScore.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/ObjectiveScore.cpp'; fi`
1161
1162 Sequence.o: ./alignment/Sequence.cpp
1163         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Sequence.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Sequence.Tpo -c -o Sequence.o `test -f './alignment/Sequence.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/Sequence.cpp
1164         mv -f $(DEPDIR)/Sequence.Tpo $(DEPDIR)/Sequence.Po
1165 #       source='./alignment/Sequence.cpp' object='Sequence.o' libtool=no \
1166 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1167 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Sequence.o `test -f './alignment/Sequence.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./alignment/Sequence.cpp
1168
1169 Sequence.obj: ./alignment/Sequence.cpp
1170         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Sequence.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Sequence.Tpo -c -o Sequence.obj `if test -f './alignment/Sequence.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/Sequence.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/Sequence.cpp'; fi`
1171         mv -f $(DEPDIR)/Sequence.Tpo $(DEPDIR)/Sequence.Po
1172 #       source='./alignment/Sequence.cpp' object='Sequence.obj' libtool=no \
1173 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1174 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Sequence.obj `if test -f './alignment/Sequence.cpp'; then $(CYGPATH_W) './alignment/Sequence.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./alignment/Sequence.cpp'; fi`
1175
1176 Clustal.o: ./Clustal.cpp
1177         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Clustal.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Clustal.Tpo -c -o Clustal.o `test -f './Clustal.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./Clustal.cpp
1178         mv -f $(DEPDIR)/Clustal.Tpo $(DEPDIR)/Clustal.Po
1179 #       source='./Clustal.cpp' object='Clustal.o' libtool=no \
1180 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1181 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Clustal.o `test -f './Clustal.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./Clustal.cpp
1182
1183 Clustal.obj: ./Clustal.cpp
1184         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT Clustal.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/Clustal.Tpo -c -o Clustal.obj `if test -f './Clustal.cpp'; then $(CYGPATH_W) './Clustal.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./Clustal.cpp'; fi`
1185         mv -f $(DEPDIR)/Clustal.Tpo $(DEPDIR)/Clustal.Po
1186 #       source='./Clustal.cpp' object='Clustal.obj' libtool=no \
1187 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1188 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o Clustal.obj `if test -f './Clustal.cpp'; then $(CYGPATH_W) './Clustal.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./Clustal.cpp'; fi`
1189
1190 main.o: ./main.cpp
1191         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT main.o -MD -MP -MF $(DEPDIR)/main.Tpo -c -o main.o `test -f './main.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./main.cpp
1192         mv -f $(DEPDIR)/main.Tpo $(DEPDIR)/main.Po
1193 #       source='./main.cpp' object='main.o' libtool=no \
1194 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1195 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o main.o `test -f './main.cpp' || echo '$(srcdir)/'`./main.cpp
1196
1197 main.obj: ./main.cpp
1198         $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -MT main.obj -MD -MP -MF $(DEPDIR)/main.Tpo -c -o main.obj `if test -f './main.cpp'; then $(CYGPATH_W) './main.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./main.cpp'; fi`
1199         mv -f $(DEPDIR)/main.Tpo $(DEPDIR)/main.Po
1200 #       source='./main.cpp' object='main.obj' libtool=no \
1201 #       DEPDIR=$(DEPDIR) $(CXXDEPMODE) $(depcomp) \
1202 #       $(CXX) $(DEFS) $(DEFAULT_INCLUDES) $(INCLUDES) $(AM_CPPFLAGS) $(CPPFLAGS) $(AM_CXXFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -o main.obj `if test -f './main.cpp'; then $(CYGPATH_W) './main.cpp'; else $(CYGPATH_W) '$(srcdir)/./main.cpp'; fi`
1203
1204 # This directory's subdirectories are mostly independent; you can cd
1205 # into them and run `make' without going through this Makefile.
1206 # To change the values of `make' variables: instead of editing Makefiles,
1207 # (1) if the variable is set in `config.status', edit `config.status'
1208 #     (which will cause the Makefiles to be regenerated when you run `make');
1209 # (2) otherwise, pass the desired values on the `make' command line.
1210 $(RECURSIVE_TARGETS):
1211         @failcom='exit 1'; \
1212         for f in x $$MAKEFLAGS; do \
1213           case $$f in \
1214             *=* | --[!k]*);; \
1215             *k*) failcom='fail=yes';; \
1216           esac; \
1217         done; \
1218         dot_seen=no; \
1219         target=`echo $@ | sed s/-recursive//`; \
1220         list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
1221           echo "Making $$target in $$subdir"; \
1222           if test "$$subdir" = "."; then \
1223             dot_seen=yes; \
1224             local_target="$$target-am"; \
1225           else \
1226             local_target="$$target"; \
1227           fi; \
1228           (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) $$local_target) \
1229           || eval $$failcom; \
1230         done; \
1231         if test "$$dot_seen" = "no"; then \
1232           $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) "$$target-am" || exit 1; \
1233         fi; test -z "$$fail"
1234
1235 $(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS):
1236         @failcom='exit 1'; \
1237         for f in x $$MAKEFLAGS; do \
1238           case $$f in \
1239             *=* | --[!k]*);; \
1240             *k*) failcom='fail=yes';; \
1241           esac; \
1242         done; \
1243         dot_seen=no; \
1244         case "$@" in \
1245           distclean-* | maintainer-clean-*) list='$(DIST_SUBDIRS)' ;; \
1246           *) list='$(SUBDIRS)' ;; \
1247         esac; \
1248         rev=''; for subdir in $$list; do \
1249           if test "$$subdir" = "."; then :; else \
1250             rev="$$subdir $$rev"; \
1251           fi; \
1252         done; \
1253         rev="$$rev ."; \
1254         target=`echo $@ | sed s/-recursive//`; \
1255         for subdir in $$rev; do \
1256           echo "Making $$target in $$subdir"; \
1257           if test "$$subdir" = "."; then \
1258             local_target="$$target-am"; \
1259           else \
1260             local_target="$$target"; \
1261           fi; \
1262           (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) $$local_target) \
1263           || eval $$failcom; \
1264         done && test -z "$$fail"
1265 tags-recursive:
1266         list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
1267           test "$$subdir" = . || (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) tags); \
1268         done
1269 ctags-recursive:
1270         list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
1271           test "$$subdir" = . || (cd $$subdir && $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) ctags); \
1272         done
1273
1274 ID: $(HEADERS) $(SOURCES) $(LISP) $(TAGS_FILES)
1275         list='$(SOURCES) $(HEADERS) $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
1276         unique=`for i in $$list; do \
1277             if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
1278           done | \
1279           $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
1280               END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
1281         mkid -fID $$unique
1282 tags: TAGS
1283
1284 TAGS: tags-recursive $(HEADERS) $(SOURCES) config.h.in $(TAGS_DEPENDENCIES) \
1285                 $(TAGS_FILES) $(LISP)
1286         tags=; \
1287         here=`pwd`; \
1288         if ($(ETAGS) --etags-include --version) >/dev/null 2>&1; then \
1289           include_option=--etags-include; \
1290           empty_fix=.; \
1291         else \
1292           include_option=--include; \
1293           empty_fix=; \
1294         fi; \
1295         list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
1296           if test "$$subdir" = .; then :; else \
1297             test ! -f $$subdir/TAGS || \
1298               tags="$$tags $$include_option=$$here/$$subdir/TAGS"; \
1299           fi; \
1300         done; \
1301         list='$(SOURCES) $(HEADERS) config.h.in $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
1302         unique=`for i in $$list; do \
1303             if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
1304           done | \
1305           $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
1306               END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
1307         if test -z "$(ETAGS_ARGS)$$tags$$unique"; then :; else \
1308           test -n "$$unique" || unique=$$empty_fix; \
1309           $(ETAGS) $(ETAGSFLAGS) $(AM_ETAGSFLAGS) $(ETAGS_ARGS) \
1310             $$tags $$unique; \
1311         fi
1312 ctags: CTAGS
1313 CTAGS: ctags-recursive $(HEADERS) $(SOURCES) config.h.in $(TAGS_DEPENDENCIES) \
1314                 $(TAGS_FILES) $(LISP)
1315         tags=; \
1316         list='$(SOURCES) $(HEADERS) config.h.in $(LISP) $(TAGS_FILES)'; \
1317         unique=`for i in $$list; do \
1318             if test -f "$$i"; then echo $$i; else echo $(srcdir)/$$i; fi; \
1319           done | \
1320           $(AWK) '{ files[$$0] = 1; nonempty = 1; } \
1321               END { if (nonempty) { for (i in files) print i; }; }'`; \
1322         test -z "$(CTAGS_ARGS)$$tags$$unique" \
1323           || $(CTAGS) $(CTAGSFLAGS) $(AM_CTAGSFLAGS) $(CTAGS_ARGS) \
1324              $$tags $$unique
1325
1326 GTAGS:
1327         here=`$(am__cd) $(top_builddir) && pwd` \
1328           && cd $(top_srcdir) \
1329           && gtags -i $(GTAGS_ARGS) $$here
1330
1331 distclean-tags:
1332         -rm -f TAGS ID GTAGS GRTAGS GSYMS GPATH tags
1333
1334 distdir: $(DISTFILES)
1335         @srcdirstrip=`echo "$(srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
1336         topsrcdirstrip=`echo "$(top_srcdir)" | sed 's/[].[^$$\\*]/\\\\&/g'`; \
1337         list='$(DISTFILES)'; \
1338           dist_files=`for file in $$list; do echo $$file; done | \
1339           sed -e "s|^$$srcdirstrip/||;t" \
1340               -e "s|^$$topsrcdirstrip/|$(top_builddir)/|;t"`; \
1341         case $$dist_files in \
1342           */*) $(MKDIR_P) `echo "$$dist_files" | \
1343                            sed '/\//!d;s|^|$(distdir)/|;s,/[^/]*$$,,' | \
1344                            sort -u` ;; \
1345         esac; \
1346         for file in $$dist_files; do \
1347           if test -f $$file || test -d $$file; then d=.; else d=$(srcdir); fi; \
1348           if test -d $$d/$$file; then \
1349             dir=`echo "/$$file" | sed -e 's,/[^/]*$$,,'`; \
1350             if test -d $(srcdir)/$$file && test $$d != $(srcdir); then \
1351               cp -pR $(srcdir)/$$file $(distdir)$$dir || exit 1; \
1352             fi; \
1353             cp -pR $$d/$$file $(distdir)$$dir || exit 1; \
1354           else \
1355             test -f $(distdir)/$$file \
1356             || cp -p $$d/$$file $(distdir)/$$file \
1357             || exit 1; \
1358           fi; \
1359         done
1360         list='$(DIST_SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
1361           if test "$$subdir" = .; then :; else \
1362             test -d "$(distdir)/$$subdir" \
1363             || $(MKDIR_P) "$(distdir)/$$subdir" \
1364             || exit 1; \
1365             distdir=`$(am__cd) $(distdir) && pwd`; \
1366             top_distdir=`$(am__cd) $(top_distdir) && pwd`; \
1367             (cd $$subdir && \
1368               $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) \
1369                 top_distdir="$$top_distdir" \
1370                 distdir="$$distdir/$$subdir" \
1371                 am__remove_distdir=: \
1372                 am__skip_length_check=: \
1373                 distdir) \
1374               || exit 1; \
1375           fi; \
1376         done
1377 check-am: all-am
1378 check: check-recursive
1379 all-am: Makefile $(PROGRAMS) config.h
1380 installdirs: installdirs-recursive
1381 installdirs-am:
1382         for dir in "$(DESTDIR)$(bindir)"; do \
1383           test -z "$$dir" || $(MKDIR_P) "$$dir"; \
1384         done
1385 install: install-recursive
1386 install-exec: install-exec-recursive
1387 install-data: install-data-recursive
1388 uninstall: uninstall-recursive
1389
1390 install-am: all-am
1391         @$(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) install-exec-am install-data-am
1392
1393 installcheck: installcheck-recursive
1394 install-strip:
1395         $(MAKE) $(AM_MAKEFLAGS) INSTALL_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" \
1396           install_sh_PROGRAM="$(INSTALL_STRIP_PROGRAM)" INSTALL_STRIP_FLAG=-s \
1397           `test -z '$(STRIP)' || \
1398             echo "INSTALL_PROGRAM_ENV=STRIPPROG='$(STRIP)'"` install
1399 mostlyclean-generic:
1400
1401 clean-generic:
1402
1403 distclean-generic:
1404         -test -z "$(CONFIG_CLEAN_FILES)" || rm -f $(CONFIG_CLEAN_FILES)
1405
1406 maintainer-clean-generic:
1407         @echo "This command is intended for maintainers to use"
1408         @echo "it deletes files that may require special tools to rebuild."
1409 clean: clean-recursive
1410
1411 clean-am: clean-binPROGRAMS clean-generic mostlyclean-am
1412
1413 distclean: distclean-recursive
1414         -rm -rf ./$(DEPDIR)
1415         -rm -f Makefile
1416 distclean-am: clean-am distclean-compile distclean-generic \
1417         distclean-hdr distclean-tags
1418
1419 dvi: dvi-recursive
1420
1421 dvi-am:
1422
1423 html: html-recursive
1424
1425 info: info-recursive
1426
1427 info-am:
1428
1429 install-data-am:
1430
1431 install-dvi: install-dvi-recursive
1432
1433 install-exec-am: install-binPROGRAMS
1434
1435 install-html: install-html-recursive
1436
1437 install-info: install-info-recursive
1438
1439 install-man:
1440
1441 install-pdf: install-pdf-recursive
1442
1443 install-ps: install-ps-recursive
1444
1445 installcheck-am:
1446
1447 maintainer-clean: maintainer-clean-recursive
1448         -rm -rf ./$(DEPDIR)
1449         -rm -f Makefile
1450 maintainer-clean-am: distclean-am maintainer-clean-generic
1451
1452 mostlyclean: mostlyclean-recursive
1453
1454 mostlyclean-am: mostlyclean-compile mostlyclean-generic
1455
1456 pdf: pdf-recursive
1457
1458 pdf-am:
1459
1460 ps: ps-recursive
1461
1462 ps-am:
1463
1464 uninstall-am: uninstall-binPROGRAMS
1465
1466 .MAKE: $(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS) $(RECURSIVE_TARGETS) install-am \
1467         install-strip
1468
1469 .PHONY: $(RECURSIVE_CLEAN_TARGETS) $(RECURSIVE_TARGETS) CTAGS GTAGS \
1470         all all-am check check-am clean clean-binPROGRAMS \
1471         clean-generic ctags ctags-recursive distclean \
1472         distclean-compile distclean-generic distclean-hdr \
1473         distclean-tags distdir dvi dvi-am html html-am info info-am \
1474         install install-am install-binPROGRAMS install-data \
1475         install-data-am install-dvi install-dvi-am install-exec \
1476         install-exec-am install-html install-html-am install-info \
1477         install-info-am install-man install-pdf install-pdf-am \
1478         install-ps install-ps-am install-strip installcheck \
1479         installcheck-am installdirs installdirs-am maintainer-clean \
1480         maintainer-clean-generic mostlyclean mostlyclean-compile \
1481         mostlyclean-generic pdf pdf-am ps ps-am tags tags-recursive \
1482         uninstall uninstall-am uninstall-binPROGRAMS
1483
1484 # Tell versions [3.59,3.63) of GNU make to not export all variables.
1485 # Otherwise a system limit (for SysV at least) may be exceeded.
1486 .NOEXPORT: