website/archive/binaries/mac/src/clustalw/src/interface/InteractiveMenu.h

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 /**
   7  * Mark Larkin 12 Dec 2005.
   8  * Interactive menu class. It uses the object userParameters for
   9  * all the session variables.
  10  */
  11 #ifndef INTERACTIVEMENU_H
  12 #define INTERACTIVEMENU_H
  13
  14 #include <string>
  15 #include "../Clustal.h"
  16 #include "../general/clustalw.h"
  17 #include "../general/userparams.h"
  18 #include "../general/utils.h"
  19 #include "../substitutionMatrix/globalmatrix.h"
  20
  21 namespace clustalw
  22 {
  23
  24 using namespace std;
  25
  26 class InteractiveMenu
  27 {
  28     public:
  29         /* Functions */
  30         InteractiveMenu();
  31         ~InteractiveMenu();
  32         void mainMenu();
  33
  34         /* Attributes */
  35
  36     private:
  37         /* Functions */
  38         void doSystem();
  39         void multipleAlignMenu();
  40         void profileAlignMenu();
  41         void ssOptionsMenu();
  42         int secStrOutputOptions();
  43         void phylogeneticTreeMenu();
  44         void treeFormatOptionsMenu();
  45         void formatOptionsMenu();
  46         void pairwiseMenu();
  47         void multiMenu();
  48         void gapPenaltiesMenu();
  49         int readMatrix(int alignResidueType, int alignType, MatMenu menu);
  50         void clusteringAlgorithmMenu();
  51         void iterationMenu();
  52
  53         /* Attributes */
  54         Clustal* clustalObj;
  55         string phylipName;
  56         string clustalName;
  57         string distName;
  58         string nexusName;
  59         //string fasta_name;
  60         string p1TreeName;
  61         string p2TreeName;
  62         string secStructOutputTxt[4]; // Changed to a string array
  63         string lin1;
  64         MatMenu dnaMatrixMenu;
  65         MatMenu matrixMenu;
  66         MatMenu pwMatrixMenu;
  67         char choice;
  68 };
  69 }
  70 #endif
  71