website/archive/binaries/mac/src/clustalw/src/multipleAlign/LowScoreSegProfile.cpp

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 #ifdef HAVE_CONFIG_H
   7     #include "config.h"
   8 #endif
   9 #include "LowScoreSegProfile.h"
  10
  11 namespace clustalw
  12 {
  13
  14 LowScoreSegProfile::LowScoreSegProfile(int prfLen, int firstS, int lastS)
  15     : prfLength(prfLen),
  16       firstSeq(firstS),
  17       lastSeq(lastS)
  18 {
  19     profile.resize(prfLength + 2, vector<int>(LENCOL + 2));
  20 }
  21
  22 void LowScoreSegProfile::calcLowScoreSegProfile(const SeqArray* seqArray,
  23                                 int matrix[NUMRES][NUMRES], vector<int>* seqWeight)
  24 {
  25     vector<vector<int> > weighting;
  26     int d, i, res;
  27     int r, pos;
  28     int f;
  29     int _gapPos1 = userParameters->getGapPos1();
  30     int _gapPos2 = userParameters->getGapPos2();
  31     int _maxAA = userParameters->getMaxAA();
  32
  33     weighting.resize(NUMRES + 2, vector<int>(prfLength + 2));
  34
  35     for (r = 0; r < prfLength; r++)
  36     {
  37         for (d = 0; d <= _maxAA; d++)
  38         {
  39             weighting[d][r] = 0;
  40             for (i = firstSeq; i < lastSeq; i++)
  41             {
  42                 if (r + 1 < (int)(*seqArray)[i + 1].size() - 1)
  43                 {
  44                     if (d == (*seqArray)[i + 1][r + 1])
  45                     {
  46                         weighting[d][r] += (*seqWeight)[i];
  47                     }
  48                 }
  49             }
  50         }
  51
  52         weighting[_gapPos1][r] = 0;
  53
  54         for (i = firstSeq; i < lastSeq; i++)
  55         {
  56             if (r + 1 < (int)(*seqArray)[i + 1].size() - 1)
  57             {
  58                 if (_gapPos1 == (*seqArray)[i + 1][r + 1])
  59                 {
  60                     weighting[_gapPos1][r] += (*seqWeight)[i];
  61                 }
  62             }
  63         }
  64
  65         weighting[_gapPos2][r] = 0;
  66
  67         for (i = firstSeq; i < lastSeq; i++)
  68         {
  69             if (r + 1 < (int)(*seqArray)[i + 1].size() - 1)
  70             {
  71                 if (_gapPos2 == (*seqArray)[i + 1][r + 1])
  72                 {
  73                     weighting[_gapPos2][r] += (*seqWeight)[i];
  74                 }
  75             }
  76         }
  77     }
  78
  79     for (pos = 0; pos < prfLength; pos++)
  80     {
  81         for (res = 0; res <= _maxAA; res++)
  82         {
  83             f = 0;
  84
  85             for (d = 0; d <= _maxAA; d++)
  86             {
  87                 f += (weighting[d][pos] * matrix[d][res]);
  88             }
  89
  90             f += (weighting[_gapPos1][pos] * matrix[_gapPos1][res]);
  91             f += (weighting[_gapPos2][pos] * matrix[_gapPos2][res]);
  92             profile[pos + 1][res] = f;
  93         }
  94         f = 0;
  95
  96         for (d = 0; d <= _maxAA; d++)
  97         {
  98             f += (weighting[d][pos] * matrix[d][_gapPos1]);
  99         }
 100
 101         f += (weighting[_gapPos1][pos] * matrix[_gapPos1][_gapPos1]);
 102         f += (weighting[_gapPos2][pos] * matrix[_gapPos2][_gapPos1]);
 103         profile[pos + 1][_gapPos1] = f;
 104         f = 0;
 105
 106         for (d = 0; d <= _maxAA; d++)
 107         {
 108             f += (weighting[d][pos] * matrix[d][_gapPos2]);
 109         }
 110         f += (weighting[_gapPos1][pos] * matrix[_gapPos1][_gapPos2]);
 111         f += (weighting[_gapPos2][pos] * matrix[_gapPos2][_gapPos2]);
 112         profile[pos + 1][_gapPos2] = f;
 113     }
 114 }
 115
 116 }