website/archive/binaries/mac/src/clustalw/src/pairwise/PairwiseAlignBase.h

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 #ifndef PAIRWISEALIGNBASE_H
   7 #define PAIRWISEALIGNBASE_H
   8
   9 #include <vector>
  10 #include "../alignment/Alignment.h"
  11
  12 namespace clustalw
  13 {
  14
  15 class PairwiseAlignBase
  16 {
  17     public:
  18   virtual ~PairwiseAlignBase(){};
  19         /* Functions */
  20         virtual void pairwiseAlign(Alignment *alignPtr, DistMatrix *distMat, int iStart,
  21                                    int iEnd, int jStart, int jEnd) = 0;
  22         /* Attributes */
  23
  24     private:
  25         /* Functions */
  26
  27         /* Attributes */
  28 };
  29
  30 }
  31 #endif