website/archive/binaries/mac/src/clustalw/src/tree/UPGMA/Node.cpp

   1 #ifdef HAVE_CONFIG_H
   2     #include "config.h"
   3 #endif
   4 #include "Node.h"
   5 #include "../../general/VectorUtility.h"
   6 #include "../../general/debuglogObject.h"
   7 #include "../../general/clustalw.h"
   8 #include <iostream>
   9 #include <sstream>
  10 namespace clustalw
  11
  12 {
  13
  14 Node::Node(int _seqNum, double *dists, int numDist)
  15     : next(0),
  16       left(0),
  17       right(0),
  18       size(1),
  19       seqNum(_seqNum),
  20       height(0.0),
  21       ptrToDistMatRow(dists),
  22       minDist(numeric_limits<double>::max()),
  23       indexToMinDist(-1),
  24       numDists(numDist),
  25       order(0)
  26 {
  27     allElements.resize(1);
  28     allElements[0] = seqNum;
  29
  30     if (ptrToDistMatRow)
  31     {
  32         findMinDist();
  33     }
  34 }
  35
  36
  37 void Node::merge(Node **rightNode, double _height)
  38 {
  39     left = new Node(*this);
  40     right = *rightNode;
  41
  42     left->ptrToDistMatRow = 0;
  43     size = left->size + right->size;
  44     seqNum = -1;
  45     height = _height;
  46     left->height = height;
  47     right->height = height;
  48
  49     vectorutils::mergeVectors(&allElements, &(right->allElements));
  50     right->allElements.clear();
  51
  52     if (next == right)
  53     {
  54         next = right->next;
  55     }
  56     else
  57     {
  58         *rightNode = right->next;
  59     }
  60 }
  61
  62
  63 void Node::findMinDist()
  64 {
  65     double *distIterator = ptrToDistMatRow;
  66     double *minDistSoFar = distIterator++;
  67
  68     // We search from the end of our area of the array
  69     for(int i = numDists; --i; distIterator++) // When --i gets to zero it will stop
  70     {
  71         if ((*distIterator >= 0) && (*distIterator < *minDistSoFar))
  72         {
  73             minDistSoFar = distIterator;
  74         }
  75     }
  76
  77     minDist = *minDistSoFar;
  78     indexToMinDist = minDistSoFar - ptrToDistMatRow;
  79 }
  80
  81 void Node::printElements()
  82 {
  83     for(int i = 0; i < (int)allElements.size(); i++)
  84     {
  85         cout << " " << allElements[i];
  86     }
  87     cout << "\n";
  88 }
  89
  90 string Node::elementsToString()
  91 {
  92     ostringstream elems;
  93     for(int i = 0; i < (int)allElements.size(); i++)
  94     {
  95         elems << " " << allElements[i];
  96     }
  97     return elems.str();
  98 }
  99
 100 void Node::makeEmpty()
 101 {
 102     makeEmpty(this);
 103 }
 104
 105 void Node::makeEmpty(Node* t)
 106 {
 107     if(t != 0)
 108     {
 109         makeEmpty(t->left);
 110         makeEmpty(t->right);
 111         delete t;
 112     }
 113     t = 0;
 114 }
 115
 116 }