website/archive/binaries/mac/src/disembl/Tisean_3.0.1/source_c/rbf.c

   1 /*
   2  *   This file is part of TISEAN
   3  *
   4  *   Copyright (c) 1998-2007 Rainer Hegger, Holger Kantz, Thomas Schreiber
   5  *
   6  *   TISEAN is free software; you can redistribute it and/or modify
   7  *   it under the terms of the GNU General Public License as published by
   8  *   the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
   9  *   (at your option) any later version.
  10  *
  11  *   TISEAN is distributed in the hope that it will be useful,
  12  *   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13  *   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14  *   GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  *   You should have received a copy of the GNU General Public License
  17  *   along with TISEAN; if not, write to the Free Software
  18  *   Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301  USA
  19  */
  20 /*Author: Rainer Hegger. Last modified: Mar 11, 2002 */
  21 #include <stdio.h>
  22 #include <stdlib.h>
  23 #include <string.h>
  24 #include <limits.h>
  25 #include "routines/tsa.h"
  26 #include <math.h>
  27
  28 #define WID_STR "Fits a RBF-model to the data"
  29
  30 char *outfile=NULL,stdo=1,MAKECAST=0;
  31 char *infile=NULL;
  32 char setdrift=1;
  33 int DIM=2,DELAY=1,CENTER=10,STEP=1;
  34 unsigned int COLUMN=1;
  35 unsigned int verbosity=0xff;
  36 long CLENGTH=1000;
  37 unsigned long LENGTH=ULONG_MAX,INSAMPLE=ULONG_MAX,exclude=0;
  38
  39 double *series,*coefs;
  40 double varianz,interval,min;
  41 double **center;
  42
  43 void show_options(char *progname)
  44 {
  45   what_i_do(progname,WID_STR);
  46   fprintf(stderr," Usage: %s [options]\n",progname);
  47   fprintf(stderr," Options:\n");
  48   fprintf(stderr,"Everything not being a valid option will be interpreted"
  49           " as a possible"
  50           " datafile.\nIf no datafile is given stdin is read. Just - also"
  51           " means stdin\n");
  52   fprintf(stderr,"\t-l # of data to use [default: all from file]\n");
  53   fprintf(stderr,"\t-x # of lines to be ignored [default: 0]\n");
  54   fprintf(stderr,"\t-c column to read [default: %u]\n",COLUMN);
  55   fprintf(stderr,"\t-m embedding dimension [default: %d]\n",DIM);
  56   fprintf(stderr,"\t-d delay [default: %d]\n",DELAY);
  57   fprintf(stderr,"\t-p number of centers [default: %d]\n",CENTER);
  58   fprintf(stderr,"\t-X deactivate drift [default: activated]\n");
  59   fprintf(stderr,"\t-s steps to forecast [default: %d]\n",STEP);
  60   fprintf(stderr,"\t-n # of points for insample [default: # of data]\n");
  61   fprintf(stderr,"\t-L steps to cast [default: none]\n");
  62   fprintf(stderr,"\t-o output file name [default: 'datafile'.rbf]\n");
  63   fprintf(stderr,"\t-V verbosity level [default: 1]\n\t\t"
  64           "0='only panic messages'\n\t\t"
  65           "1='+ input/output messages'\n");
  66   fprintf(stderr,"\t-h show these options\n");
  67   exit(0);
  68 }
  69
  70 void scan_options(int n,char **in)
  71 {
  72   char *out;
  73
  74   if ((out=check_option(in,n,'l','u')) != NULL)
  75     sscanf(out,"%lu",&LENGTH);
  76   if ((out=check_option(in,n,'x','u')) != NULL)
  77     sscanf(out,"%lu",&exclude);
  78   if ((out=check_option(in,n,'c','u')) != NULL)
  79     sscanf(out,"%u",&COLUMN);
  80   if ((out=check_option(in,n,'m','u')) != NULL)
  81     sscanf(out,"%u",&DIM);
  82   if ((out=check_option(in,n,'d','u')) != NULL)
  83     sscanf(out,"%u",&DELAY);
  84   if ((out=check_option(in,n,'p','u')) != NULL)
  85     sscanf(out,"%u",&CENTER);
  86   if ((out=check_option(in,n,'X','n')) != NULL)
  87     setdrift=0;
  88   if ((out=check_option(in,n,'s','u')) != NULL)
  89     sscanf(out,"%u",&STEP);
  90   if ((out=check_option(in,n,'V','u')) != NULL)
  91     sscanf(out,"%u",&verbosity);
  92   if ((out=check_option(in,n,'n','u')) != NULL)
  93     sscanf(out,"%lu",&INSAMPLE);
  94   if ((out=check_option(in,n,'L','u')) != NULL) {
  95     MAKECAST=1;
  96     sscanf(out,"%lu",&CLENGTH);
  97   }
  98   if ((out=check_option(in,n,'o','o')) != NULL) {
  99     stdo=0;
 100     if (strlen(out) > 0)
 101       outfile=out;
 102   }
 103 }
 104
 105 double avdistance(void)
 106 {
 107   int i,j,k;
 108   double dist=0.0;
 109
 110   for (i=0;i<CENTER;i++)
 111     for (j=0;j<CENTER;j++)
 112       if (i != j)
 113         for (k=0;k<DIM;k++)
 114           dist += sqr(center[i][k]-center[j][k]);
 115
 116   return sqrt(dist/(CENTER-1)/CENTER/DIM);
 117 }
 118
 119 double rbf(double *act,double *cen)
 120 {
 121   static double denum;
 122   double r=0;
 123   int i;
 124
 125   denum=2.0*varianz*varianz;
 126
 127   for (i=0;i<DIM;i++)
 128     r += sqr(*(act-i*DELAY)-cen[i]);
 129
 130   return exp(-r/denum);
 131 }
 132
 133 void drift(void)
 134 {
 135   double *force,h,h1,step=1e-2,step1;
 136   int i,j,k,l,d2=DIM;
 137
 138   check_alloc(force=(double*)malloc(sizeof(double)*d2));
 139   for (l=0;l<20;l++) {
 140     for (i=0;i<CENTER;i++) {
 141       for (j=0;j<d2;j++) {
 142         force[j]=0.0;
 143         for (k=0;k<CENTER;k++) {
 144           if (k != i) {
 145             h=center[i][j]-center[k][j];
 146             force[j] += h/sqr(h)/fabs(h);
 147           }
 148         }
 149       }
 150       h=0.0;
 151       for (j=0;j<d2;j++)
 152         h += sqr(force[j]);
 153       step1=step/sqrt(h);
 154       for (j=0;j<d2;j++) {
 155         h1 = step1*force[j];
 156         if (((center[i][j]+h1) > -0.1) && ((center[i][j]+h1) < 1.1))
 157           center[i][j] += h1;
 158       }
 159     }
 160   }
 161   free(force);
 162 }
 163
 164 void make_fit(void)
 165 {
 166   double **mat,*hcen;
 167   double h;
 168   int i,j,n,nst;
 169
 170   check_alloc(mat=(double**)malloc(sizeof(double*)*(CENTER+1)));
 171   for (i=0;i<=CENTER;i++)
 172     check_alloc(mat[i]=(double*)malloc(sizeof(double)*(CENTER+1)));
 173   check_alloc(hcen=(double*)malloc(sizeof(double)*CENTER));
 174
 175   for (i=0;i<=CENTER;i++) {
 176     coefs[i]=0.0;
 177     for (j=0;j<=CENTER;j++)
 178       mat[i][j]=0.0;
 179   }
 180
 181   for (n=(DIM-1)*DELAY;n<INSAMPLE-STEP;n++) {
 182     nst=n+STEP;
 183     for (i=0;i<CENTER;i++)
 184       hcen[i]=rbf(&series[n],center[i]);
 185     coefs[0] += series[nst];
 186     mat[0][0] += 1.0;
 187     for (i=1;i<=CENTER;i++)
 188       mat[i][0] += hcen[i-1];
 189     for (i=1;i<=CENTER;i++) {
 190       coefs[i] += series[nst]*(h=hcen[i-1]);
 191       for (j=1;j<=i;j++)
 192         mat[i][j] += h*hcen[j-1];
 193     }
 194   }
 195
 196   h=(double)(INSAMPLE-STEP-(DIM-1)*DELAY);
 197   for (i=0;i<=CENTER;i++) {
 198     coefs[i] /= h;
 199     for (j=0;j<=i;j++) {
 200       mat[i][j] /= h;
 201       mat[j][i]=mat[i][j];
 202     }
 203   }
 204
 205   solvele(mat,coefs,(unsigned int)(CENTER+1));
 206
 207   for (i=0;i<=CENTER;i++)
 208     free(mat[i]);
 209   free(mat);
 210   free(hcen);
 211 }
 212
 213 double forecast_error(unsigned long i0,unsigned long i1)
 214 {
 215   int i,n;
 216   double h,error=0.0;
 217
 218   for (n=i0+(DIM-1)*DELAY;n<i1-STEP;n++) {
 219     h=coefs[0];
 220     for (i=1;i<=CENTER;i++)
 221       h += coefs[i]*rbf(&series[n],center[i-1]);
 222     error += (series[n+STEP]-h)*(series[n+STEP]-h);
 223   }
 224
 225   return sqrt(error/(i1-i0-STEP-(DIM-1)*DELAY));
 226 }
 227
 228 void make_cast(FILE *out)
 229 {
 230   double *cast,new_el;
 231   int i,n,dim;
 232
 233   dim=(DIM-1)*DELAY;
 234   check_alloc(cast=(double*)malloc(sizeof(double)*(dim+1)));
 235   for (i=0;i<=dim;i++)
 236     cast[i]=series[LENGTH-1-dim+i];
 237
 238   for (n=0;n<CLENGTH;n++) {
 239     new_el=coefs[0];
 240     for (i=1;i<=CENTER;i++)
 241       new_el += coefs[i]*rbf(&cast[dim],center[i-1]);
 242     fprintf(out,"%e\n",new_el*interval+min);
 243     for (i=0;i<dim;i++)
 244       cast[i]=cast[i+1];
 245     cast[dim]=new_el;
 246   }
 247 }
 248
 249 int main(int argc,char **argv)
 250 {
 251   char stdi=0;
 252   int i,j,cstep;
 253   double sigma,av;
 254   FILE *file=NULL;
 255
 256   if (scan_help(argc,argv))
 257     show_options(argv[0]);
 258
 259   scan_options(argc,argv);
 260 #ifndef OMIT_WHAT_I_DO
 261   if (verbosity&VER_INPUT)
 262     what_i_do(argv[0],WID_STR);
 263 #endif
 264
 265   infile=search_datafile(argc,argv,&COLUMN,verbosity);
 266   if (infile == NULL)
 267     stdi=1;
 268
 269   if (outfile == NULL) {
 270     if (!stdi) {
 271       check_alloc(outfile=(char*)calloc(strlen(infile)+5,(size_t)1));
 272       strcpy(outfile,infile);
 273       strcat(outfile,".rbf");
 274     }
 275     else {
 276       check_alloc(outfile=(char*)calloc((size_t)10,(size_t)1));
 277       strcpy(outfile,"stdin.rbf");
 278     }
 279   }
 280   if (!stdo)
 281     test_outfile(outfile);
 282
 283   series=(double*)get_series(infile,&LENGTH,exclude,COLUMN,verbosity);
 284   rescale_data(series,LENGTH,&min,&interval);
 285   variance(series,LENGTH,&av,&varianz);
 286
 287   if (INSAMPLE > LENGTH)
 288     INSAMPLE=LENGTH;
 289
 290   if (CENTER > LENGTH)
 291     CENTER = LENGTH;
 292
 293   if (MAKECAST)
 294     STEP=1;
 295
 296   check_alloc(coefs=(double*)malloc(sizeof(double)*(CENTER+1)));
 297   check_alloc(center=(double**)malloc(sizeof(double*)*CENTER));
 298   for (i=0;i<CENTER;i++)
 299     check_alloc(center[i]=(double*)malloc(sizeof(double)*DIM));
 300
 301   cstep=LENGTH-1-(DIM-1)*DELAY;
 302   for (i=0;i<CENTER;i++)
 303     for (j=0;j<DIM;j++)
 304       center[i][j]=series[(DIM-1)*DELAY-j*DELAY+(i*cstep)/(CENTER-1)];
 305
 306   if (setdrift)
 307     drift();
 308   varianz=avdistance();
 309   make_fit();
 310
 311   if (!stdo) {
 312     file=fopen(outfile,"w");
 313     if (verbosity&VER_INPUT)
 314       fprintf(stderr,"Opened %s for writing\n",outfile);
 315     fprintf(file,"#Center points used:\n");
 316     for (i=0;i<CENTER;i++) {
 317       fprintf(file,"#");
 318       for (j=0;j<DIM;j++)
 319         fprintf(file," %e",center[i][j]*interval+min);
 320       fprintf(file,"\n");
 321     }
 322     fprintf(file,"#variance= %e\n",varianz*interval);
 323     fprintf(file,"#Coefficients:\n");
 324     fprintf(file,"#%e\n",coefs[0]*interval+min);
 325     for (i=1;i<=CENTER;i++)
 326       fprintf(file,"#%e\n",coefs[i]*interval);
 327   }
 328   else {
 329     if (verbosity&VER_INPUT)
 330       fprintf(stderr,"Writing to stdout\n");
 331     fprintf(stdout,"#Center points used:\n");
 332     for (i=0;i<CENTER;i++) {
 333       fprintf(stdout,"#");
 334       for (j=0;j<DIM;j++)
 335         fprintf(stdout," %e",center[i][j]*interval+min);
 336       fprintf(stdout,"\n");
 337     }
 338     fprintf(stdout,"#variance= %e\n",varianz*interval);
 339     fprintf(stdout,"#Coefficients:\n");
 340     fprintf(stdout,"#%e\n",coefs[0]*interval+min);
 341     for (i=1;i<=CENTER;i++)
 342       fprintf(stdout,"#%e\n",coefs[i]*interval);
 343   }
 344   av=sigma=0.0;
 345   for (i=0;i<INSAMPLE;i++) {
 346     av += series[i];
 347     sigma += series[i]*series[i];
 348   }
 349   av /= INSAMPLE;
 350   sigma=sqrt(fabs(sigma/INSAMPLE-av*av));
 351   if (!stdo)
 352     fprintf(file,"#insample error= %e\n",forecast_error(0LU,INSAMPLE)/sigma);
 353   else
 354     fprintf(stdout,"#insample error= %e\n",forecast_error(0LU,INSAMPLE)/sigma);
 355
 356   if (INSAMPLE < LENGTH) {
 357     av=sigma=0.0;
 358     for (i=INSAMPLE;i<LENGTH;i++) {
 359       av += series[i];
 360       sigma += series[i]*series[i];
 361     }
 362     av /= (LENGTH-INSAMPLE);
 363     sigma=sqrt(fabs(sigma/(LENGTH-INSAMPLE)-av*av));
 364     if (!stdout)
 365       fprintf(file,"#out of sample error= %e\n",
 366               forecast_error(INSAMPLE,LENGTH)/sigma);
 367     else
 368       fprintf(stdout,"#out of sample error= %e\n",
 369               forecast_error(INSAMPLE,LENGTH)/sigma);
 370   }
 371
 372   if (MAKECAST) {
 373     if (!stdo)
 374       make_cast(file);
 375     else
 376       make_cast(stdout);
 377   }
 378
 379   if (!stdo)
 380     fclose(file);
 381
 382   return 0;
 383 }