website/archive/binaries/mac/src/fasta34/structs.h

   1
   2 /* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: structs.h,v 1.36 2006/06/22 02:35:05 wrp Exp $ */
   3
   4 #include "aln_structs.h"
   5
   6 struct hist_str {
   7   int histflg;
   8   int *hist_a;
   9   int histint, min_hist, max_hist, maxh;
  10   long entries;
  11   int z_calls;
  12   char stat_info[MAX_STR];
  13 };
  14
  15 struct db_str {
  16   long entries;
  17   unsigned long length;
  18   int carry;
  19 };
  20
  21 struct mngmsg           /* Message from host to manager */
  22 {
  23   int n0;               /* Integer returned by hgetseq */
  24   int nm0;              /* number of segments */
  25   int nmoff;            /* length of fastf segment */
  26   unsigned char *aa0a;  /* annotation array */
  27   char ann_arr[MAX_FN]; /* annotation characters */
  28   int ann_flg;          /* have annotation array, characters */
  29   char tname[MAX_FN];   /* Query sequence name */
  30   int tnamesize;        /* Query name size */
  31   int qsfnum[10];
  32   int nqsfnum;
  33   int qsfnum_n[10];
  34   int nqsfnum_n;
  35   char lname[MAX_FN];   /* Library  file  name */
  36   char *lbnames[MAX_LF]; /* list of library files */
  37   struct lmf_str *lb_mfd[MAX_LF];       /* list of opened file pointers */
  38
  39   int max_tot;          /* function defined total sequence area */
  40   int maxn;             /* longest library sequence chunk */
  41   int dupn;             /* overlap to use when segmenting sequence (p_comp) */
  42   int qoff;             /* overlap when segmenting long query sequence */
  43   int loff;             /* overlap when segmenting long library sequences */
  44   int maxt3;            /* overlap for tranlated sequences */
  45   int qdnaseq;          /* query is protein (0)/dna (1) */
  46   int ldnaseq;          /* library is protein (0)/dna (1) */
  47   int qframe;           /* number of possible query frames */
  48   int nframe;           /* frame for TFASTA */
  49   int nitt1;            /* nframe-1 */
  50   int thr_fact;         /* fudge factor for threads */
  51   int s_int;            /* sampling interval for statistics */
  52   int ql_start;         /* starting query sequence */
  53   int ql_stop;          /* ending query sequence */
  54   int nln;              /* number of library names */
  55   int pbuf_siz;         /* buffer size for sequences send in p2_complib */
  56   char qtitle[MAX_FN];  /* query title */
  57   char ltitle[MAX_FN];  /* library title */
  58   char flstr[MAX_FN];   /* FASTLIBS string */
  59   char outfile[MAX_FN];
  60   char label [MAXLN];   /* Output label */
  61   char f_id0[4];        /* function id for markx==10 */
  62   char f_id1[4];        /* function id for markx==10 */
  63   char sqnam[4];        /* "aa" or "nt" */
  64   char sqtype[10];      /* "DNA" or "protein" */
  65   int long_info;        /* long description flag*/
  66   long sq0off, sq1off;  /* offset into aa0, aa1 */
  67   int markx;            /* alignment display type */
  68   int seqnm;            /* query sequence number */
  69   int nbr_seq;          /* number of library sequences */
  70   int term_code;        /* add termination codes to proteins if absent */
  71   int n1_high;          /* upper limit on sequence length */
  72   int n1_low;           /* lower limit on sequence length */
  73   double e_cut;         /* e_value for display */
  74   double e_low;         /* e_value for display */
  75   int e_cut_set;        /* e_value deliberately set */
  76   int pamd1;            /* 1st dimension of pam matrix */
  77   int pamd2;            /* 2nd dimension of pam matrix */
  78   int revcomp;          /* flag to do reverse complement */
  79   int quiet;            /* quiet option */
  80   int nrelv;            /* number of interesting scores */
  81   int srelv;            /* number of scores to show in showbest */
  82   int arelv;            /* number of scores to show at alignment */
  83   int z_bits;           /* z_bits==1: show bit score, ==0 show z-score */
  84   char alab[3][24];     /* labels for alignment scores */
  85   int nohist;           /* no histogram option */
  86   int nshow;
  87   int mshow;            /* number of scores to show */
  88   int mshow_flg;
  89   int ashow;            /* number of alignments to show */
  90   int nmlen;            /* length of name label */
  91   int show_code;        /* show alignment code in -m 9;  ==1 => identity only, ==2 alignment code*/
  92   int self;             /* self comparison */
  93   int thold;            /* threshold */
  94   int last_calc_flg;    /* needs a last calculation stage */
  95   int qshuffle; /* shuffle the query and do additional comparisons */
  96   int shuff_max;        /* number of shuffles to perform */
  97   int shuff_node;       /* number of shuffles/worker node */
  98   int shuff_wid;
  99   int stages;           /* number of stages */
 100   double Lambda, K, H;  /* Karlin-Altschul parameters */
 101   int escore_flg;       /* use escore calculated by do_work() */
 102   struct hist_str hist;
 103   struct db_str db;
 104   void *pstat_void;
 105   struct a_struct aln;  /* has llen, llnctx, llnctx_flg, showall */
 106   struct a_res_str a_res; /* has individual alignment coordinates */
 107   char dfile [MAX_FN];  /* file for dumping scores to */
 108 };
 109
 110