website/archive/binaries/mac/src/muscle/clustsetmsa.h

   1 #ifndef ClustSetMSA_h\r
   2 #define ClustSetMSA_h\r
   3 \r
   4 class MSA;\r
   5 class Clust;\r
   6 \r
   7 #include "clustset.h"\r
   8 #include "msadist.h"\r
   9 \r
  10 // Distance matrix based set.\r
  11 // Computes distances between leaves, never between\r
  12 // joined clusters (leaves this to distance matrix method).\r
  13 class ClustSetMSA : public ClustSet\r
  14         {\r
  15 public:\r
  16         ClustSetMSA(const MSA &msa, MSADist &MD) :\r
  17                 m_ptrMSA(&msa),\r
  18                 m_ptrMSADist(&MD)\r
  19                 {\r
  20                 }\r
  21 \r
  22 public:\r
  23         virtual unsigned GetLeafCount()\r
  24                 {\r
  25                 return m_ptrMSA->GetSeqCount();\r
  26                 }\r
  27         virtual const char *GetLeafName(unsigned uNodeIndex)\r
  28                 {\r
  29                 return m_ptrMSA->GetSeqName(uNodeIndex);\r
  30                 }\r
  31         virtual unsigned GetLeafId(unsigned uNodeIndex)\r
  32                 {\r
  33                 return m_ptrMSA->GetSeqId(uNodeIndex);\r
  34                 }\r
  35         virtual void JoinNodes(const Clust &C, unsigned uLeftNodeIndex,\r
  36           unsigned uRightNodeIndex, unsigned uJoinedNodeIndex,\r
  37           double *ptrdLeftLength, double *ptrdRightLength)\r
  38                 {\r
  39                 Quit("ClustSetMSA::JoinNodes, should never be called");\r
  40                 }\r
  41         virtual double ComputeDist(const Clust &C, unsigned uNodeIndex1,\r
  42           unsigned uNodeIndex2)\r
  43                 {\r
  44                 return m_ptrMSADist->ComputeDist(*m_ptrMSA, uNodeIndex1, uNodeIndex2);\r
  45                 }\r
  46 \r
  47 public:\r
  48         const MSA &GetMSA();\r
  49 \r
  50 private:\r
  51         const MSA *m_ptrMSA;\r
  52         MSADist *m_ptrMSADist;\r
  53         };\r
  54 \r
  55 #endif  // ClustSetMSA_h\r