website/archive/binaries/mac/src/tcoffee/t_coffee_source/define_header.h

   1 /*DEBUGGING*/
   2 /*#include "mshell.h"*/
   3 /*MEMORY MANAGEMENT*/
   4 #include <float.h>
   5 #define MY_EPS 1000*DBL_EPSILON
   6 //Maximum number of tries for interactibve things
   7 #define MAX_N_TRIES 3
   8
   9 //Maximum CACHE and Temporary file size and age (Mb and days, 0: unlimited)
  10 #define TMP_MAX_SIZE  0
  11 #define TMP_MAX_KEEP  10
  12 #define CACHE_MAX_SIZE  2000
  13 #define CACHE_MAX_KEEP  180
  14 #define MAX_N_PID       260000
  15 //Importnat Values Affecting the Program Behavior
  16 #define O2A_BYTE         50
  17 #define SCORE_K          10
  18 #define NORM_F           1000
  19 #define PAVIE_MAT_FACTOR 1000
  20 #define MAXID            100
  21 #define CLEAN_FUNCTION   NULL
  22 #define MINSIM_4_TCOFFEE 25 //The minimum similarity between a sequence and its PDB template
  23 #define MINCOV_4_TCOFFEE 25 //The minimum similarity between a sequence and its PDB template
  24
  25
  26 #define TRACE_TYPE       int
  27 #define MAX_LEN_FOR_DP   600
  28
  29
  30 #define GIVE_MEMORY_BACK 0
  31 #define MEMSET0   1
  32 #define NO_MEMSET0 0
  33 /*OUTPUT DEFINITIONS*/
  34 #define  NO_COLOR_RESIDUE 127
  35 #define  NO_COLOR_GAP 126
  36 #define  CLOSE_HTML_SPAN -1
  37 /*SPECIAL_CODES*/
  38 #define GAP_CODE 60
  39 /*TYPE DEFINITIONS*/
  40
  41 //Formats
  42 #define BLAST_XML 100
  43 #define BLAST_TXT 101
  44
  45 /*SWITCHES*/
  46
  47
  48 #define USED 1
  49 #define UNUSED 2
  50
  51
  52 #define TEMPLATES 1
  53 #define NOTEMPLATES 0
  54
  55 #define EXTEND 1
  56 #define RESIZE 2
  57
  58 #define SEN                0
  59 #define SPE                1
  60 #define REC                2
  61 #define SEN2              2
  62
  63 #define ALL               1
  64 #define SEGMENTS          2
  65 #define DIAGONALS         3
  66
  67 #define START_STATE       0
  68 #define END_STATE         1
  69
  70 #define KEEP_CASE         2 /*Hard set in several places*/
  71 #define LOWER_CASE        0
  72 #define UPPER_CASE        1
  73 #define CHANGE_CASE       3
  74 #define KEEP_GAP          0
  75 #define RM_GAP            1
  76
  77 #define KEEP_NAME         1
  78
  79 #define CHECK             0
  80 #define NO_CHECK          1
  81 #define FORCE             2
  82 #define STORE             3
  83 #define FLUSH             4
  84 #define DUMP              5
  85
  86
  87 #define ON                8
  88 #define OFF               9
  89 #define LOCKED_ON         10
  90 #define LOCKED_OFF        11
  91
  92 #define YES               12
  93 #define NO                13
  94 #define MAYBE             14
  95
  96 #define NEVER             15
  97 #define ALWAYS            16
  98 #define SOMETIMES         17
  99
 100 #define UPPER             18
 101 #define LOWER             19
 102 #define DELETE            20
 103 #define SWITCHCASE        21
 104
 105 #define VECTOR            22
 106 #define NON_VECTOR        23
 107 #define NON_PROFILE       24
 108 #define BOOTSTRAP         25
 109
 110 #define HEADER            26
 111 #define NO_HEADER         27
 112
 113 #define VERY_VERBOSE      28
 114 #define VERBOSE           29
 115 #define SHORT             30
 116 #define VERY_SHORT        31
 117
 118 #define OVERLAP           32
 119 #define NO_OVERLAP        33
 120
 121 #define PRINT             34
 122 #define NO_PRINT          35
 123
 124 #define FREE_ALN              36
 125 #define DECLARE_ALN           37
 126 #define EXTRACT_ALN           38
 127 #define CLEAN                 39
 128 #define INTERACTIVE           40
 129 #define NON_INTERACTIVE       41
 130 #define PAD                   42
 131 #define NO_PAD                43
 132
 133 #define SET               44
 134 #define UNSET             45
 135 #define RESET             48
 136 #define ISSET             49
 137 #define GET               50
 138
 139 #define ENV               52
 140 #define LLOCK             53
 141 #define LERROR            54
 142 #define LWARNING          55
 143 #define LSET              56
 144 #define LRESET            57
 145 #define LCHECK            58
 146 #define LREAD             59
 147 #define LRELEASE          60
 148
 149 #define RETURN_ON_FAILURE    61
 150 #define EXIT_ON_FAILURE    62
 151 #define IGNORE_FAILURE     63
 152
 153 #define _START 64
 154 #define _TERM  65
 155
 156 #define GOP               0
 157 #define GCP               1
 158 #define GEP               2
 159
 160 #define BOTTOM             0
 161 #define TOP                1
 162
 163 #define FORWARD            -1
 164 #define BACKWARD            1
 165
 166 #define GO_LEFT            -1
 167 #define GO_RIGHT            1
 168
 169 #define LOCAL            1
 170 #define GLOBAL           2
 171 #define LALIGN           3
 172 #define MOCCA            4
 173
 174 #define TRUE             1
 175 #define FALSE            0
 176
 177 #define NEW              1
 178 #define OLD              0
 179
 180 #define RANDOM           0
 181 #define DETERMINISTIC    1
 182
 183 #define GREEDY           1
 184 #define NON_GREEDY       0
 185
 186 #define IS_FATAL         1
 187 #define IS_NOT_FATAL     0
 188 #define NO_REPORT        2
 189 #define INSTALL          3
 190 #define INSTALL_OR_DIE   4
 191
 192 #define OPTIONAL         1
 193 #define NON_OPTIONAL     0
 194
 195 #define GV_MAXIMISE      1
 196 #define GV_MINIMISE      0
 197
 198 #define MAXIMISE      1
 199 #define MINIMISE      0
 200
 201 #define ALLOWED          0
 202 #define FORBIDEN         -99999999
 203 #define END_ARRAY        -99999990
 204 #define SOFT_COPY 1
 205 #define HARD_COPY 2
 206
 207 #define VERY_SLOW 0
 208 #define SLOW 1
 209 #define FAST 2
 210 #define VERY_FAST 3
 211 #define SUPER_FAST 4
 212 #define ULTRA_FAST 5
 213
 214 #define CODE 1
 215 #define DECODE 2
 216 #define CODELIST 3
 217
 218 /*Identity measure*/
 219 #define UNGAPED_POSITIONS 1
 220 #define ALIGNED_POSITIONS 2
 221 #define AVERAGE_POSITIONS 3
 222 #define NOMATRIX         NULL
 223 #define NOGROUP          NULL
 224 #define NOALN            NULL
 225
 226 /*SIZE DEFINITIONS*/
 227 #define SIZE_OF_INT      10
 228 #define UNDEFINED        FORBIDEN
 229 #define UNDEFINED_INT    UNDEFINED
 230 #define UNDEFINED_FLOAT  UNDEFINED
 231 #define UNDEFINED_DOUBLE UNDEFINED
 232 #define UNDEFINED_CHAR   125
 233 #define UNDEFINED_SHORT  -125
 234 #define UNDEFINED_2      0
 235 #define UNDEFINED_RESIDUE '>'
 236
 237
 238
 239 #define FACTOR           1
 240 #define MAX_N_SEQ        1
 241 #define MAX_N_ALN        1
 242 #define MAX_LEN_ALN      1
 243 #define MAX_N_LIST       100
 244
 245 #define COMMENT_SIZE     1000
 246 #define MAXNAMES         100
 247 #define FILENAMELEN      500            /* Max. file name length */
 248 #define MAX_N_PARAM      2000
 249 #define MAX_PARAM_LEN    200
 250 #define MAX_LINE_LENGTH  10000
 251 #define ALN_LINE_LENGTH  50
 252 #define SHORT_STRING     10
 253 #define STRING           300
 254 #define LONG_STRING      1000
 255 #define VERY_LONG_STRING 10000
 256
 257 #define AA_ALPHABET            "acdefghiklmnpqrstvwy-ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY"
 258 #define DNA_ALPHABET           "AGCTUNRYMKSWHBVD-agctunrymkswhbvd"
 259 #define RNAONLY_ALPHABET       "Uu"
 260 #define BLAST_AA_ALPHABET      "arndcqeghilkmfpstwyvbzx*"
 261 #define NAMES_ALPHABET         "1234567890ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdefghijklmnopqrstuvwxyz_|�-!%@&#-+=."
 262
 263 #define SIZEOF_AA_MAT   60
 264 #define GAP_LIST         "-.#*~"
 265 #define SSPACE           "   "
 266
 267 #define MATCH            1
 268 #define UNALIGNED        2
 269 #define GAP              3
 270
 271 #define MNE 3
 272 #define CODE4PROTEINS  10
 273 #define CODE4DNA       20
 274
 275 #define STOCKHOLM_CHAR 'z'
 276 #define STOCKHOLM_STRING "z"
 277
 278
 279 /*CODE SHORT CUTS*/
 280
 281 /*1-COMMAND LINE PROCESSING*/
 282 #define GET_COMMAND_LINE_INFO ((strncmp ( argv[1], "-h",2)==0)||(strncmp ( argv[1], "-man",4)==0)||(strncmp ( argv[1], "-",1)!=0))
 283 #define NEXT_ARG_IS_FLAG ((argc<=(a+1)) ||(( argv[a+1][0]=='-') && !(is_number(argv[a+1]))))
 284
 285
 286 /*UTIL MACROS*/
 287 #define BORDER(p1,l1,p2,l2) ((p1==0 || p2==0 || p1==l1 || p2==l2)?1:0)
 288 #define GET_CASE(f,c) ((f==UPPER_CASE)?toupper(c):((f==LOWER_CASE)?tolower(c):c))
 289
 290 #define SWAP(x,y) {x=x+y;y=x+y; x=y-x; y=y-2*x;}
 291 #define SWAPP(x,y,tp) {tp=y;y=x;x=tp;}
 292
 293 #define MAX(x, y) (((x) >(y)) ? (x):(y))
 294 #define MAX2(x, y) (((x) >(y)) ? (x):(y))
 295 #define MAX3(x,y,z) (MAX(MAX(x,y),z))
 296 #define MAX4(a,b,c,d) (MAX(MAX(a,b),MAX(c,d)))
 297 #define MAX5(a,b,c,d,e) (MAX2((MAX3(a,b,c)),(MAX2(d,e))))
 298 #define MAX6(a,b,c,d,e,f) (MAX2((MAX3(a,b,c)),(MAX3(c,d,e))))
 299
 300 #define MIN(x, y) (((x) <(y)) ? (x):(y))
 301 #define FABS(x) ((x<0)?(-x):(x))
 302 #define is_defined(x) ((x==UNDEFINED)?0:1)
 303 #define a_better_than_b(x,y,m) ((m==1)?(((x)>(y))?1:0):(((x)<(y))?1:0))
 304 #define is_in_range(x,min,max) ((x>=min && x<=max)?1:0)
 305 /*#define bod_a_b(x,y,m)   ((m==1)?(MAX((x),(y))):(MIN((x),(y))))
 306 #define bo_a_b(x,y,m)    ((x==UNEFINED)?y:((y==UNDEFINED)?x:bod_a_b(y,y,m)))
 307 #define best_of_a_b(x,y,m)   ((x==UNDEFINED && y==UNDEFINED)?(UNDEFINED):(bo_a_b(x,y,m)))
 308 */
 309
 310
 311 #define DIE(x)  HERE(x);exit(0);
 312 #define best_of_a_b(x,y,m) ((m==1)?(MAX((x),(y))):(MIN((x),(y))))
 313
 314 #define strm(x,y)            ((vstrcmp((x),(y))==0)?1:0)
 315 #define strnm(x,y,n)           ((vstrncmp((x),(y),(n))==0)?1:0)
 316 #define strm2(a,b,c)         (strm(a,b) || strm(a,c))
 317 #define strm3(a,b,c,d)       (strm2(a,b,c) || strm(a,d))
 318 #define strm4(a,b,c,d,e)     (strm2(a,b,c) || strm2(a,d,e))
 319 #define strm5(a,b,c,d,e,f)   (strm2(a,b,c) || strm3(a,d,e,f))
 320 #define strm6(a,b,c,d,e,f,g) (strm3(a,b,c,d) || strm3(a,e,f,g))
 321 #define declare_name(x) (x=vcalloc (MAX(FILENAMELEN,L_tmpnam)+1, sizeof (char)))
 322 #define is_parameter(x) (x[0]=='-' && !isdigit(x[1]))
 323
 324 /*Freing functions*/
 325 #define free_2(a, b)            free(a);free(b)
 326 #define free_1(a)               free(a)
 327 #define free_3(a, b, c)         free_2(a,b);free_1(c)
 328 #define free_4(a, b, c,d)       free_2(a,b);free_2(c,d)
 329 #define free_5(a, b, c,d,e)     free_3(a,b,e);free_2(c,d)
 330 #define free_6(a, b, c,d,e,f)   free_3(a,b,e);free_3(c,d,f)
 331 #define free_7(a, b, c,d,e,f,g) free_3(a,b,e);free_4(c,d,f,g)
 332 /*2-FILE PARSING*/
 333 #define SEPARATORS "\n \t,;"
 334 #define LINE_SEPARATOR "\n#TC_LINE_SEPARATOR\n"
 335 #define TC_REC_SEPARATOR "#### TC REC SEPARATOR ###"
 336
 337 /*END 1-*/
 338
 339
 340 /*WIDOWS/UNIX DISTINCTIONS
 341 #if defined(_WIN32) || defined(__WIN32__) ||  defined(__WINDOWS__) || defined(__MSDOS__) || defined(__DOS__) || defined(__NT__) || defined(__WIN32__)
 342 #define WIN32
 343 #define TO_NULL_DEVICE " >nul"
 344 #define    NULL_DEVICE "nul"
 345 #define CWF "/"
 346 #else
 347 #define TO_NULL_DEVICE " >/dev/null 2>&1"
 348 #define    NULL_DEVICE "/dev/null"
 349 */
 350
 351 #if defined(_WIN32) || defined(__WIN32__) ||  defined(__WINDOWS__) || defined(__MSDOS__) || defined(__DOS__) || defined(__NT__) || defined(__WIN32__)
 352 #define WIN32
 353 #define TO_NULL_DEVICE " >>t_coffee.log"
 354 #define    NULL_DEVICE "t_coffee.log"
 355 #define CWF "/" /*ClustalW Flag*/
 356 #else
 357 #define TO_NULL_DEVICE " >>/dev/null 2>&1"
 358 #define    NULL_DEVICE "/dev/null"
 359
 360
 361 #define CWF "-" /*ClustaW Flag*/
 362 #endif
 363
 364 /*Generic Data*/
 365 #define EMAIL "cedric.notredame@europe.com"
 366 #define URL "http://www.tcoffee.org"
 367
 368 #define PERL_HEADER "#!/usr/bin/env perl"
 369
 370 //Optimize the Score Computation in DP
 371 #define TC_SCORE_2(x,y) (SCORE_K*CL->M[Aln->seq_al[l_s[0][0]][x]-'A'][Aln->seq_al[l_s[1][0]][y]-'A']-SCORE_K*CL->nomatch)
 372 #define TC_SCORE_N(x,y) ((CL->get_dp_cost)(Aln, pos, ns[0], l_s[0], x, pos, ns[1], l_s[1], y, CL))
 373 #define TC_SCORE(x,y)  ((CL->get_dp_cost==slow_get_dp_cost && CL->evaluate_residue_pair==evaluate_matrix_score && ns[0]+ns[1]==2 && x>=0 && j>=0)? (TC_SCORE_2(x,y)):(TC_SCORE_N(x,y)))
 374
 375 #define NULL_2 NULL,NULL
 376 #define NULL_3 NULL_2,NULL
 377 #define NULL_4 NULL_2,NULL_2
 378 #define NULL_5 NULL_3,NULL_2
 379 #define NULL_6 NULL_4,NULL_2
 380 #define NULL_7 NULL_5,NULL_2
 381 /*               PROGRAM PATH                  */
 382
 383
 384 //ERROR MESSAGES
 385
 386
 387 #define ADDRESS_BUILT_IN "built_in"
 388 #define PROGRAM_BUILT_IN "t_coffee"
 389 #define TEST_WWWSITE_4_TCOFFEE "www.google.com"
 390
 391
 392 //TclinkdbStart
 393
 394 #define TCOFFEE_4_TCOFFEE "t_coffee"
 395 #define TCOFFEE_type "sequence_multiple_aligner"
 396 #define TCOFFEE_ADDRESS "http://www.tcoffee.org"
 397 #define TCOFFEE_language "C"
 398 #define TCOFFEE_language2 "C"
 399 #define TCOFFEE_source "http://www.tcoffee.org/Packages/T-COFFEE_distribution.tar.gz"
 400 #define TCOFFEE_update_action "always"
 401 #define TCOFFEE_mode "tcoffee,mcoffee,rcoffee,expresso,3dcoffee"
 402 #define CLUSTALW2_4_TCOFFEE "clustalw2"
 403 #define CLUSTALW2_type "sequence_multiple_aligner"
 404 #define CLUSTALW2_ADDRESS "http://www.clustal.org"
 405 #define CLUSTALW2_language "C++"
 406 #define CLUSTALW2_language2 "CXX"
 407 #define CLUSTALW2_source "http://www.clustal.org/download/2.0.10/clustalw-2.0.10-src.tar.gz"
 408 #define CLUSTALW2_mode "mcoffee,rcoffee"
 409 #define CLUSTALW2_version "2.0.10"
 410 #define CLUSTALW_4_TCOFFEE "clustalw"
 411 #define CLUSTALW_type "sequence_multiple_aligner"
 412 #define CLUSTALW_ADDRESS "http://www.clustal.org"
 413 #define CLUSTALW_language "C"
 414 #define CLUSTALW_language2 "C"
 415 #define CLUSTALW_source "http://www.clustal.org/download/1.X/ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalW/clustalw1.82.UNIX.tar.gz"
 416 #define CLUSTALW_mode "mcoffee,rcoffee"
 417 #define CLUSTALW_version "1.82"
 418 #define DIALIGNT_4_TCOFFEE "dialign-t"
 419 #define DIALIGNT_type "sequence_multiple_aligner"
 420 #define DIALIGNT_ADDRESS "http://dialign-tx.gobics.de/"
 421 #define DIALIGNT_DIR "/usr/share/dialign-tx/"
 422 #define DIALIGNT_language "C"
 423 #define DIALIGNT_language2 "C"
 424 #define DIALIGNT_source "http://dialign-tx.gobics.de/DIALIGN-TX_1.0.2.tar.gz"
 425 #define DIALIGNT_mode "mcoffee"
 426 #define DIALIGNT_binary "dialign-t"
 427 #define DIALIGNT_version "1.0.2"
 428 #define DIALIGNTX_4_TCOFFEE "dialign-tx"
 429 #define DIALIGNTX_type "sequence_multiple_aligner"
 430 #define DIALIGNTX_ADDRESS "http://dialign-tx.gobics.de/"
 431 #define DIALIGNTX_DIR "/usr/share/dialign-tx/"
 432 #define DIALIGNTX_language "C"
 433 #define DIALIGNTX_language2 "C"
 434 #define DIALIGNTX_source "http://dialign-tx.gobics.de/DIALIGN-TX_1.0.2.tar.gz"
 435 #define DIALIGNTX_mode "mcoffee"
 436 #define DIALIGNTX_binary "dialign-tx"
 437 #define DIALIGNTX_version "1.0.2"
 438 #define POA_4_TCOFFEE "poa"
 439 #define POA_type "sequence_multiple_aligner"
 440 #define POA_ADDRESS "http://www.bioinformatics.ucla.edu/poa/"
 441 #define POA_language "C"
 442 #define POA_language2 "C"
 443 #define POA_source "http://downloads.sourceforge.net/poamsa/poaV2.tar.gz"
 444 #define POA_DIR "/usr/share/"
 445 #define POA_FILE1 "blosum80.mat"
 446 #define POA_mode "mcoffee"
 447 #define POA_binary "poa"
 448 #define POA_version "2.0"
 449 #define PROBCONS_4_TCOFFEE "probcons"
 450 #define PROBCONS_type "sequence_multiple_aligner"
 451 #define PROBCONS_ADDRESS "http://probcons.stanford.edu/"
 452 #define PROBCONS_language2 "CXX"
 453 #define PROBCONS_language "C++"
 454 #define PROBCONS_source "http://probcons.stanford.edu/probcons_v1_12.tar.gz"
 455 #define PROBCONS_mode "mcoffee"
 456 #define PROBCONS_binary "probcons"
 457 #define PROBCONS_version "1.12"
 458 #define MAFFT_4_TCOFFEE "mafft"
 459 #define MAFFT_type "sequence_multiple_aligner"
 460 #define MAFFT_ADDRESS "http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/online/server/"
 461 #define MAFFT_language "C"
 462 #define MAFFT_language "C"
 463 #define MAFFT_source "http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/mafft-6.603-with-extensions-src.tgz"
 464 #define MAFFT_windows "http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/mafft-6.603-mingw.tar"
 465 #define MAFFT_mode "mcoffee,rcoffee"
 466 #define MAFFT_binary "mafft.tar.gz"
 467 #define MAFFT_version "6.603"
 468 #define MUSCLE_4_TCOFFEE "muscle"
 469 #define MUSCLE_type "sequence_multiple_aligner"
 470 #define MUSCLE_ADDRESS "http://www.drive5.com/muscle/"
 471 #define MUSCLE_language "C++"
 472 #define MUSCLE_language2 "GPP"
 473 #define MUSCLE_source "http://www.drive5.com/muscle/downloads3.7/muscle3.7_src.tar.gz"
 474 #define MUSCLE_windows "http://www.drive5.com/muscle/downloads3.7/muscle3.7_win32.zip"
 475 #define MUSCLE_linux "http://www.drive5.com/muscle/downloads3.7/muscle3.7_linux_ia32.tar.gz"
 476 #define MUSCLE_mode "mcoffee,rcoffee"
 477 #define MUSCLE_version "3.7"
 478 #define MUS4_4_TCOFFEE "mus4"
 479 #define MUS4_type "sequence_multiple_aligner"
 480 #define MUS4_ADDRESS "http://www.drive5.com/muscle/"
 481 #define MUS4_language "C++"
 482 #define MUS4_language2 "GPP"
 483 #define MUS4_source "http://www.drive5.com/muscle/muscle4.0_src.tar.gz"
 484 #define MUS4_mode "mcoffee,rcoffee"
 485 #define MUS4_version "4.0"
 486 #define PCMA_4_TCOFFEE "pcma"
 487 #define PCMA_type "sequence_multiple_aligner"
 488 #define PCMA_ADDRESS "ftp://iole.swmed.edu/pub/PCMA/"
 489 #define PCMA_language "C"
 490 #define PCMA_language2 "C"
 491 #define PCMA_source "ftp://iole.swmed.edu/pub/PCMA/pcma.tar.gz"
 492 #define PCMA_mode "mcoffee"
 493 #define PCMA_version "1.0"
 494 #define KALIGN_4_TCOFFEE "kalign"
 495 #define KALIGN_type "sequence_multiple_aligner"
 496 #define KALIGN_ADDRESS "http://msa.cgb.ki.se"
 497 #define KALIGN_language "C"
 498 #define KALIGN_language2 "C"
 499 #define KALIGN_source "http://msa.cgb.ki.se/downloads/kalign/current.tar.gz"
 500 #define KALIGN_mode "mcoffee"
 501 #define KALIGN_version "1.0"
 502 #define AMAP_4_TCOFFEE "amap"
 503 #define AMAP_type "sequence_multiple_aligner"
 504 #define AMAP_ADDRESS "http://bio.math.berkeley.edu/amap/"
 505 #define AMAP_language "C++"
 506 #define AMAP_language2 "CXX"
 507 #define AMAP_source "http://amap-align.googlecode.com/files/amap.2.0.tar.gz"
 508 #define AMAP_mode "mcoffee"
 509 #define AMAP_version "2.0"
 510 #define PRODA_4_TCOFFEE "proda"
 511 #define PRODA_type "sequence_multiple_aligner"
 512 #define PRODA_ADDRESS "http://proda.stanford.edu"
 513 #define PRODA_language "C++"
 514 #define PRODA_language2 "CXX"
 515 #define PRODA_source "http://proda.stanford.edu/proda_1_0.tar.gz"
 516 #define PRODA_mode "mcoffee"
 517 #define PRODA_version "1.0"
 518 #define FSA_4_TCOFFEE "fsa"
 519 #define FSA_type "sequence_multiple_aligner"
 520 #define FSA_ADDRESS "http://fsa.sourceforge.net/"
 521 #define FSA_language "C++"
 522 #define FSA_language2 "CXX"
 523 #define FSA_source "http://sourceforge.net/projects/fsa/files/fsa-1.15.3.tar.gz/download/"
 524 #define FSA_mode "mcoffee"
 525 #define FSA_version "1.15.3"
 526 #define PRANK_4_TCOFFEE "prank"
 527 #define PRANK_type "sequence_multiple_aligner"
 528 #define PRANK_ADDRESS "http://www.ebi.ac.uk/goldman-srv/prank/"
 529 #define PRANK_language "C++"
 530 #define PRANK_language2 "CXX"
 531 #define PRANK_source "http://www.ebi.ac.uk/goldman-srv/prank/src/prank/prank.src.100303.tgz"
 532 #define PRANK_mode "mcoffee"
 533 #define PRANK_version "100303"
 534 #define SAP_4_TCOFFEE "sap"
 535 #define SAP_type "structure_pairwise_aligner"
 536 #define SAP_ADDRESS "http://mathbio.nimr.mrc.ac.uk/wiki/Software"
 537 #define SAP_language "C"
 538 #define SAP_language2 "C"
 539 #define SAP_source "http://mathbio.nimr.mrc.ac.uk/download/sap-1.1.1.tar.gz"
 540 #define SAP_mode "expresso,3dcoffee"
 541 #define SAP_version "1.1.1"
 542 #define TMALIGN_4_TCOFFEE "TMalign"
 543 #define TMALIGN_type "structure_pairwise_aligner"
 544 #define TMALIGN_ADDRESS "http://zhang.bioinformatics.ku.edu/TM-align/TMalign.f"
 545 #define TMALIGN_language "Fortran"
 546 #define TMALIGN_language2 "Fortran"
 547 #define TMALIGN_source "http://zhang.bioinformatics.ku.edu/TM-align/TMalign.f"
 548 #define TMALIGN_linux "http://zhang.bioinformatics.ku.edu/TM-align/TMalign_32.gz"
 549 #define TMALIGN_mode "expresso,3dcoffee"
 550 #define TMALIGN_version "1.0"
 551 #define MUSTANG_4_TCOFFEE "mustang"
 552 #define MUSTANG_type "structure_pairwise_aligner"
 553 #define MUSTANG_ADDRESS "http://www.cs.mu.oz.au/~arun/mustang"
 554 #define MUSTANG_language "C++"
 555 #define MUSTANG_language2 "CXX"
 556 #define MUSTANG_source "http://ww2.cs.mu.oz.au/~arun/mustang/mustang_v3.2.1.tgz"
 557 #define MUSTANG_mode "expresso,3dcoffee"
 558 #define MUSTANG_version "3.2.1"
 559 #define LSQMAN_4_TCOFFEE "lsqman"
 560 #define LSQMAN_type "structure_pairwise_aligner"
 561 #define LSQMAN_ADDRESS "empty"
 562 #define LSQMAN_language "empty"
 563 #define LSQMAN_language2 "empty"
 564 #define LSQMAN_source "empty"
 565 #define LSQMAN_update_action "never"
 566 #define LSQMAN_mode "expresso,3dcoffee"
 567 #define ALIGN_PDB_4_TCOFFEE "align_pdb"
 568 #define ALIGN_PDB_type "structure_pairwise_aligner"
 569 #define ALIGN_PDB_ADDRESS "empty"
 570 #define ALIGN_PDB_language "empty"
 571 #define ALIGN_PDB_language2 "empty"
 572 #define ALIGN_PDB_source "empty"
 573 #define ALIGN_PDB_update_action "never"
 574 #define ALIGN_PDB_mode "expresso,3dcoffee"
 575 #define FUGUE_4_TCOFFEE "fugueali"
 576 #define FUGUE_type "structure_pairwise_aligner"
 577 #define FUGUE_ADDRESS "http://www-cryst.bioc.cam.ac.uk/fugue/download.html"
 578 #define FUGUE_language "empty"
 579 #define FUGUE_language2 "empty"
 580 #define FUGUE_source "empty"
 581 #define FUGUE_update_action "never"
 582 #define FUGUE_mode "expresso,3dcoffee"
 583 #define DALILITEc_4_TCOFFEE "dalilite.pl"
 584 #define DALILITEc_type "structure_pairwise_aligner"
 585 #define DALILITEc_ADDRESS "built_in"
 586 #define DALILITEc_ADDRESS2 "http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/services/dalilite"
 587 #define DALILITEc_language "Perl"
 588 #define DALILITEc_language2 "Perl"
 589 #define DALILITEc_source "empty"
 590 #define DALILITEc_update_action "never"
 591 #define DALILITEc_mode "expresso,3dcoffee"
 592 #define PROBCONSRNA_4_TCOFFEE "probconsRNA"
 593 #define PROBCONSRNA_type "RNA_multiple_aligner"
 594 #define PROBCONSRNA_ADDRESS "http://probcons.stanford.edu/"
 595 #define PROBCONSRNA_language "C++"
 596 #define PROBCONSRNA_language2 "CXX"
 597 #define PROBCONSRNA_source "http://probcons.stanford.edu/probconsRNA.tar.gz"
 598 #define PROBCONSRNA_mode "mcoffee,rcoffee"
 599 #define PROBCONSRNA_version "1.0"
 600 #define CONSAN_4_TCOFFEE "sfold"
 601 #define CONSAN_type "RNA_pairwise_aligner"
 602 #define CONSAN_ADDRESS "http://selab.janelia.org/software/consan/"
 603 #define CONSAN_language "empty"
 604 #define CONSAN_language2 "empty"
 605 #define CONSAN_source "empty"
 606 #define CONSAN_update_action "never"
 607 #define CONSAN_mode "rcoffee"
 608 #define RNAPLFOLD_4_TCOFFEE "RNAplfold"
 609 #define RNAPLFOLD_type "RNA_secondarystructure_predictor"
 610 #define RNAPLFOLD_ADDRESS "http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/"
 611 #define RNAPLFOLD_language "C"
 612 #define RNAPLFOLD_language2 "C"
 613 #define RNAPLFOLD_source "http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/ViennaRNA-1.7.2.tar.gz"
 614 #define RNAPLFOLD_mode "rcoffee,"
 615 #define RNAPLFOLD_version "1.7.2"
 616 #define PHYLIP_4_TCOFFEE "retree"
 617 #define PHYLIP_type "RNA_secondarystructure_predictor"
 618 #define PHYLIP_ADDRESS "http://evolution.gs.washington.edu/phylip/"
 619 #define PHYLIP_language "C"
 620 #define PHYLIP_language2 "C"
 621 #define PHYLIP_source "http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.69.tar.gz"
 622 #define PHYLIP_mode "trmsd,"
 623 #define PHYLIP_version "3.69"
 624 #define HMMTOP_4_TCOFFEE "hmmtop"
 625 #define HMMTOP_type "protein_secondarystructure_predictor"
 626 #define HMMTOP_ADDRESS "www.enzim.hu/hmmtop/"
 627 #define HMMTOP_language "C"
 628 #define HMMTOP_language2 "C"
 629 #define HMMTOP_source "empty"
 630 #define HMMTOP_update_action "never"
 631 #define HMMTOP_mode "tcoffee"
 632 #define GOR4_4_TCOFFEE "gorIV"
 633 #define GOR4_type "protein_secondarystructure_predictor"
 634 #define GOR4_ADDRESS "http://mig.jouy.inra.fr/logiciels/gorIV/"
 635 #define GOR4_language "C"
 636 #define GOR4_language2 "C"
 637 #define GOR4_source "http://mig.jouy.inra.fr/logiciels/gorIV/GOR_IV.tar.gz"
 638 #define GOR4_update_action "never"
 639 #define GOR4_mode "tcoffee"
 640 #define EBIWUBLASTc_4_TCOFFEE "wublast.pl"
 641 #define EBIWUBLASTc_type "protein_homology_predictor"
 642 #define EBIWUBLASTc_ADDRESS "built_in"
 643 #define EBIWUBLASTc_ADDRESS2 "http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/services/wublast"
 644 #define EBIWUBLASTc_language "Perl"
 645 #define EBIWUBLASTc_language2 "Perl"
 646 #define EBIWUBLASTc_source "empty"
 647 #define EBIWUBLASTc_update_action "never"
 648 #define EBIWUBLASTc_mode "psicoffee,expresso,accurate"
 649 #define EBIBLASTPGPc_4_TCOFFEE "blastpgp.pl"
 650 #define EBIBLASTPGPc_type "protein_homology_predictor"
 651 #define EBIBLASTPGPc_ADDRESS "built_in"
 652 #define EBIBLASTPGPc_ADDRESS2 "http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/services/blastpgp"
 653 #define EBIBLASTPGPc_language "Perl"
 654 #define EBIBLASTPGPc_language2 "Perl"
 655 #define EBIBLASTPGPc_source "empty"
 656 #define EBIBLASTPGPc_update_action "never"
 657 #define EBIBLASTPGPc_mode "psicoffee,expresso,accurate"
 658 #define NCBIWEBBLAST_4_TCOFFEE "blastcl3"
 659 #define NCBIWEBBLAST_type "protein_homology_predictor"
 660 #define NCBIWEBBLAST_ADDRESS "ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST"
 661 #define NCBIWEBBLAST_language "C"
 662 #define NCBIWEBBLAST_language2 "C"
 663 #define NCBIWEBBLAST_source "empty"
 664 #define NCBIWEBBLAST_update_action "never"
 665 #define NCBIWEBBLAST_mode "psicoffee,expresso,3dcoffee"
 666 #define blastall_4_TCOFFEE "blastall"
 667 #define blastall_type "protein_homology_predictor"
 668 #define blastall_ADDRESS "ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST"
 669 #define blastall_language "C"
 670 #define blastall_language2 "C"
 671 #define blastall_source "empty"
 672 #define blastall_update_action "never"
 673 #define blastall_mode "psicoffee,expresso,3dcoffee"
 674 #define NCBIBLAST_4_TCOFFEE "legacy_blast.pl"
 675 #define NCBIBLAST_type "protein_homology_predictor"
 676 #define NCBIBLAST_ADDRESS "ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST"
 677 #define NCBIBLAST_language "C"
 678 #define NCBIBLAST_language2 "C"
 679 #define NCBIBLAST_source "empty"
 680 #define NCBIBLAST_update_action "never"
 681 #define NCBIBLAST_mode "psicoffee,expresso,3dcoffee"
 682 #define SOAPLITE_4_TCOFFEE "SOAP::Lite"
 683 #define SOAPLITE_type "library"
 684 #define SOAPLITE_ADDRESS "http://cpansearch.perl.org/src/MKUTTER/SOAP-Lite-0.710.08/Makefile.PL"
 685 #define SOAPLITE_language "Perl"
 686 #define SOAPLITE_language2 "Perl"
 687 #define SOAPLITE_source "empty"
 688 #define _update_action "never"
 689 #define SOAPLITE_mode "none"
 690 #define XMLSIMPLE_4_TCOFFEE "XML::Simple"
 691 #define XMLSIMPLE_type "library"
 692 #define XMLSIMPLE_ADDRESS "http://search.cpan.org/~grantm/XML-Simple-2.18/lib/XML/Simple.pm"
 693 #define XMLSIMPLE_language "Perl"
 694 #define XMLSIMPLE_language2 "Perl"
 695 #define XMLSIMPLE_source "empty"
 696 #define XMLSIMPLE_mode "psicoffee,expresso,accurate"
 697 //TclinkdbEnd
 698 /*New Methods*/
 699 /********************************************/
 700 /*            Various Methoids              */
 701 /********************************************/
 702 #define METHODS_4_TCOFFEE  "~/.t_coffee/methods/"
 703 #define METHOD_4_MSA_WEIGHTS "petra_weight"
 704 /********************************************/
 705 /*            SEQAN LIBRARY                  */
 706 /********************************************/
 707 #define SEQAN_TCOFFEE_4_TCOFFEE "seqan_tcoffee"
 708 /********************************************/
 709 /*            REFORMATING  AND UTILITIES                 */
 710 /********************************************/
 711 #define WGET_4_TCOFFEE "wget"
 712 #define WGET_ADDRESS "http://www.gnu.org/software/wget/"
 713
 714 #define CURL_4_TCOFFEE "curl"
 715 #define CURL_ADDRESS "http://curl.haxx.se/"
 716
 717 #define SEQ_REFORMAT_4_TCOFFEE          "seq_reformat"
 718 #define PS2PDF                          "ps2pdf"
 719 #define EXTRACT_FROM_PDB_4_TCOFFEE      "extract_from_pdb"
 720 #define BLAST_ALN2FASTA_ALN             "blast_aln2fasta_aln.pl"
 721 #define FASTA_ALN2FASTA_ALN_UNIQUE_NAME "fasta_aln2fasta_aln_unique_name.pl"
 722 #define MSF_ALN2FASTA_ALN               "msf_aln2fasta_aln.pl"
 723 #define SEQ2MSA_WEIGHT        "seq2msa_weight"
 724 /********************************************/
 725 /*            DEPRECATED DEF                */
 726 /********************************************/
 727 //Deprecated definitions
 728 #define SIB_BLAST_4_TCOFFEE "blastall.remote"
 729 #define LOCAL_BLAST_4_TCOFFEE "blastall"
 730 #define BLAST_DB_4_TCOFFEE "nr"
 731 #define NCBI_BLAST_4_TCOFFEE ""
 732 /********************************************/
 733 /*            PARAMETER_FILE                */
 734 /********************************************/
 735
 736
 737
 738
 739 /*               PARAMETER FILES               */
 740 #define COLOR_FILE         "seq_reformat.color"
 741 /*This file specifies the 10 colors available to seq_reformat.
 742 If the file is not on the system, hard coded defaults will be used.
 743 The format is as follow:
 744
 745 -------------------------------------------------------------------------------------------
 746 <Your comments (as many lines as needed >
 747 *
 748 <number in the range 0-9> <HTML code> <R value (float)> <G value (float)> <B value (float)>
 749 -------------------------------------------------------------------------------------------
 750 the RGB values are used for the post-script generation, the html code is used in html documents.
 751 */
 752 #define DATE "Fri Feb 18 08:27:45 CET 2011 - Revision 596"
 753 #define PROGRAM "T-COFFEE"
 754 #define VERSION "Version_8.99"
 755 #define AUTHOR "Cedric Notredame "
 756 #define DISTRIBUTION_ADDRESS "www.tcoffee.org/Packages/"
 757 /******************************COPYRIGHT NOTICE*******************************/
 758 /*© Centro de Regulacio Genomica */
 759 /*and */
 760 /*Cedric Notredame */
 761 /*Fri Feb 18 08:27:45 CET 2011 - Revision 596. */
 762 /*All rights reserved.*/
 763 /*This file is part of T-COFFEE.*/
 764 /**/
 765 /*    T-COFFEE is free software; you can redistribute it and/or modify*/
 766 /*    it under the terms of the GNU General Public License as published by*/
 767 /*    the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or*/
 768 /*    (at your option) any later version.*/
 769 /**/
 770 /*    T-COFFEE is distributed in the hope that it will be useful,*/
 771 /*    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of*/
 772 /*    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the*/
 773 /*    GNU General Public License for more details.*/
 774 /**/
 775 /*    You should have received a copy of the GNU General Public License*/
 776 /*    along with Foobar; if not, write to the Free Software*/
 777 /*    Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA*/
 778 /*...............................................                                                                                      |*/
 779 /*  If you need some more information*/
 780 /*  cedric.notredame@europe.com*/
 781 /*...............................................                                                                                                                                     |*/
 782 /**/
 783 /**/
 784 /*      */
 785 /******************************COPYRIGHT NOTICE*******************************/