website/dm_javadoc/compbio/data/msa/Metadata.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_24) on Fri Aug 12 14:32:03 BST 2011 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 Metadata\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2011-08-12">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="Metadata";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/Metadata.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html" title="interface in compbio.data.msa"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
  59 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../../../index.html?compbio/data/msa/Metadata.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="Metadata.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 <TR>\r
  78 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  79   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;CONSTR&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
  80 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  81 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;CONSTR&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
  82 </TR>\r
  83 </TABLE>\r
  84 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  85 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  86 \r
  87 <HR>\r
  88 <!-- ======== START OF CLASS DATA ======== -->\r
  89 <H2>\r
  90 <FONT SIZE="-1">\r
  91 compbio.data.msa</FONT>\r
  92 <BR>\r
  93 Interface Metadata&lt;T&gt;</H2>\r
  94 <DL>\r
  95 <DT><B>All Known Subinterfaces:</B> <DD><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;T&gt;, <A HREF="../../../compbio/data/msa/SequenceAnnotation.html" title="interface in compbio.data.msa">SequenceAnnotation</A>&lt;T&gt;</DD>\r
  96 </DL>\r
  97 <HR>\r
  98 <DL>\r
  99 <DT><PRE>public interface <B>Metadata&lt;T&gt;</B></DL>\r
 100 </PRE>\r
 101 \r
 102 <P>\r
 103 <HR>\r
 104 \r
 105 <P>\r
 106 \r
 107 <!-- ========== METHOD SUMMARY =========== -->\r
 108 \r
 109 <A NAME="method_summary"><!-- --></A>\r
 110 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 111 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 112 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 113 <B>Method Summary</B></FONT></TH>\r
 114 </TR>\r
 115 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 116 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 117 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="type parameter in Metadata">T</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 118 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getLimit(java.lang.String)">getLimit</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;presetName)</CODE>\r
 119 \r
 120 <BR>\r
 121 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Get a Limit for a preset.</TD>\r
 122 </TR>\r
 123 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 124 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 125 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/LimitsManager.html" title="class in compbio.metadata">LimitsManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="type parameter in Metadata">T</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 126 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getLimits()">getLimits</A></B>()</CODE>\r
 127 \r
 128 <BR>\r
 129 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;List Limits supported by a web service.</TD>\r
 130 </TR>\r
 131 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 132 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 133 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="type parameter in Metadata">T</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 134 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getPresets()">getPresets</A></B>()</CODE>\r
 135 \r
 136 <BR>\r
 137 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Get presets supported by a web service</TD>\r
 138 </TR>\r
 139 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 140 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 141 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="type parameter in Metadata">T</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 142 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getRunnerOptions()">getRunnerOptions</A></B>()</CODE>\r
 143 \r
 144 <BR>\r
 145 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Get options supported by a web service</TD>\r
 146 </TR>\r
 147 </TABLE>\r
 148 &nbsp;\r
 149 <P>\r
 150 \r
 151 <!-- ============ METHOD DETAIL ========== -->\r
 152 \r
 153 <A NAME="method_detail"><!-- --></A>\r
 154 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 155 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 156 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 157 <B>Method Detail</B></FONT></TH>\r
 158 </TR>\r
 159 </TABLE>\r
 160 \r
 161 <A NAME="getRunnerOptions()"><!-- --></A><H3>\r
 162 getRunnerOptions</H3>\r
 163 <PRE>\r
 164 <A HREF="../../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="type parameter in Metadata">T</A>&gt; <B>getRunnerOptions</B>()</PRE>\r
 165 <DL>\r
 166 <DD>Get options supported by a web service\r
 167 <P>\r
 168 <DD><DL>\r
 169 \r
 170 <DT><B>Returns:</B><DD>RunnerConfig the list of options and parameters supported by a
 171          web service.</DL>\r
 172 </DD>\r
 173 </DL>\r
 174 <HR>\r
 175 \r
 176 <A NAME="getPresets()"><!-- --></A><H3>\r
 177 getPresets</H3>\r
 178 <PRE>\r
 179 <A HREF="../../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="type parameter in Metadata">T</A>&gt; <B>getPresets</B>()</PRE>\r
 180 <DL>\r
 181 <DD>Get presets supported by a web service\r
 182 <P>\r
 183 <DD><DL>\r
 184 \r
 185 <DT><B>Returns:</B><DD>PresetManager the object contains information about presets
 186          supported by a web service</DL>\r
 187 </DD>\r
 188 </DL>\r
 189 <HR>\r
 190 \r
 191 <A NAME="getLimit(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 192 getLimit</H3>\r
 193 <PRE>\r
 194 <A HREF="../../../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="type parameter in Metadata">T</A>&gt; <B>getLimit</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;presetName)</PRE>\r
 195 <DL>\r
 196 <DD>Get a Limit for a preset.\r
 197 <P>\r
 198 <DD><DL>\r
 199 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>presetName</CODE> - the name of the preset. if no name is provided, then the
 200             default preset is returned. If no limit for a particular
 201             preset is defined then the default preset is returned\r
 202 <DT><B>Returns:</B><DD>Limit</DL>\r
 203 </DD>\r
 204 </DL>\r
 205 <HR>\r
 206 \r
 207 <A NAME="getLimits()"><!-- --></A><H3>\r
 208 getLimits</H3>\r
 209 <PRE>\r
 210 <A HREF="../../../compbio/metadata/LimitsManager.html" title="class in compbio.metadata">LimitsManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="type parameter in Metadata">T</A>&gt; <B>getLimits</B>()</PRE>\r
 211 <DL>\r
 212 <DD>List Limits supported by a web service.\r
 213 <P>\r
 214 <DD><DL>\r
 215 \r
 216 <DT><B>Returns:</B><DD>LimitManager</DL>\r
 217 </DD>\r
 218 </DL>\r
 219 <!-- ========= END OF CLASS DATA ========= -->\r
 220 <HR>\r
 221 \r
 222 \r
 223 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 224 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 225 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 226 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 227 <TR>\r
 228 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 229 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 230 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
 231   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
 232   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 233   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 234   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
 235   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/Metadata.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 236   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 237   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 238   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 239   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 240   </TR>\r
 241 </TABLE>\r
 242 </TD>\r
 243 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 244 </EM>\r
 245 </TD>\r
 246 </TR>\r
 247 \r
 248 <TR>\r
 249 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 250 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html" title="interface in compbio.data.msa"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
 251 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
 252 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 253   <A HREF="../../../index.html?compbio/data/msa/Metadata.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 254 &nbsp;<A HREF="Metadata.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 255 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 256   <!--\r
 257   if(window==top) {\r
 258     document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 259   }\r
 260   //-->\r
 261 </SCRIPT>\r
 262 <NOSCRIPT>\r
 263   <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 264 </NOSCRIPT>\r
 265 \r
 266 \r
 267 </FONT></TD>\r
 268 </TR>\r
 269 <TR>\r
 270 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
 271   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;CONSTR&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
 272 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
 273 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;CONSTR&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
 274 </TR>\r
 275 </TABLE>\r
 276 <A NAME="skip-navbar_bottom"></A>\r
 277 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
 278 \r
 279 <HR>\r
 280 \r
 281 </BODY>\r
 282 </HTML>\r