website/dm_javadoc/compbio/metadata/Parameter.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Wed Nov 24 12:17:18 GMT 2010 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 Parameter\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2010-11-24">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="Parameter";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/Parameter.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
  59 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../../index.html?compbio/metadata/Parameter.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="Parameter.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 <TR>\r
  78 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  79   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#fields_inherited_from_class_compbio.metadata.Option">FIELD</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
  80 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  81 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
  82 </TR>\r
  83 </TABLE>\r
  84 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  85 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  86 \r
  87 <HR>\r
  88 <!-- ======== START OF CLASS DATA ======== -->\r
  89 <H2>\r
  90 <FONT SIZE="-1">\r
  91 compbio.metadata</FONT>\r
  92 <BR>\r
  93 Class Parameter&lt;T&gt;</H2>\r
  94 <PRE>\r
  95 <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
  96   <IMG SRC="../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">compbio.metadata.Option</A>&lt;T&gt;\r
  97       <IMG SRC="../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.metadata.Parameter&lt;T&gt;</B>\r
  98 </PRE>\r
  99 <DL>\r
 100 <DT><B>All Implemented Interfaces:</B> <DD><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>&lt;T&gt;</DD>\r
 101 </DL>\r
 102 <HR>\r
 103 <DL>\r
 104 <DT><PRE>public class <B>Parameter&lt;T&gt;</B><DT>extends <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;T&gt;</DL>\r
 105 </PRE>\r
 106 \r
 107 <P>\r
 108 A single value containing an option supported by the web service e.g.
 109  seqType=protein. Where seqType is a optionName and protein is one of
 110  possibleValues\r
 111 <P>\r
 112 \r
 113 <P>\r
 114 <DL>\r
 115 <DT><B>Version:</B></DT>\r
 116   <DD>1.0 November 2009</DD>\r
 117 <DT><B>Author:</B></DT>\r
 118   <DD>pvtroshin</DD>\r
 119 <DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Option</CODE></A>, \r
 120 <A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata"><CODE>Argument</CODE></A></DL>\r
 121 <HR>\r
 122 \r
 123 <P>\r
 124 <!-- =========== FIELD SUMMARY =========== -->\r
 125 \r
 126 <A NAME="field_summary"><!-- --></A>\r
 127 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 128 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 129 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 130 <B>Field Summary</B></FONT></TH>\r
 131 </TR>\r
 132 </TABLE>\r
 133 &nbsp;<A NAME="fields_inherited_from_class_compbio.metadata.Option"><!-- --></A>\r
 134 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 135 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 136 <TH ALIGN="left"><B>Fields inherited from class compbio.metadata.<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A></B></TH>\r
 137 </TR>\r
 138 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 139 <TD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#defaultValue">defaultValue</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#description">description</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#furtherDetails">furtherDetails</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#isRequired">isRequired</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#name">name</A></CODE></TD>\r
 140 </TR>\r
 141 </TABLE>\r
 142 &nbsp;\r
 143 <!-- ======== CONSTRUCTOR SUMMARY ======== -->\r
 144 \r
 145 <A NAME="constructor_summary"><!-- --></A>\r
 146 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 147 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 148 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 149 <B>Constructor Summary</B></FONT></TH>\r
 150 </TR>\r
 151 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 152 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#Parameter(java.lang.String, java.lang.String)">Parameter</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name,\r
 153           <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;description)</CODE>\r
 154 \r
 155 <BR>\r
 156 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 157 </TR>\r
 158 </TABLE>\r
 159 &nbsp;\r
 160 <!-- ========== METHOD SUMMARY =========== -->\r
 161 \r
 162 <A NAME="method_summary"><!-- --></A>\r
 163 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 164 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 165 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 166 <B>Method Summary</B></FONT></TH>\r
 167 </TR>\r
 168 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 169 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 170 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 171 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#addOptionNames(java.lang.String...)">addOptionNames</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>...&nbsp;value)</CODE>\r
 172 \r
 173 <BR>\r
 174 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Adds an option to the optionName list</TD>\r
 175 </TR>\r
 176 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 177 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 178 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 179 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#addPossibleValues(java.lang.String...)">addPossibleValues</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>...&nbsp;value)</CODE>\r
 180 \r
 181 <BR>\r
 182 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 183 </TR>\r
 184 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 185 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 186 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
 187 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</CODE>\r
 188 \r
 189 <BR>\r
 190 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 191 </TR>\r
 192 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 193 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 194 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 195 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#getOptionName()">getOptionName</A></B>()</CODE>\r
 196 \r
 197 <BR>\r
 198 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 199 </TR>\r
 200 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 201 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 202 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 203 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#getPossibleValues()">getPossibleValues</A></B>()</CODE>\r
 204 \r
 205 <BR>\r
 206 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;List is more convenient to work with</TD>\r
 207 </TR>\r
 208 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 209 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 210 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata">ValueConstrain</A></CODE></FONT></TD>\r
 211 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#getValidValue()">getValidValue</A></B>()</CODE>\r
 212 \r
 213 <BR>\r
 214 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 215 </TR>\r
 216 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 217 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 218 <CODE>&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
 219 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#hashCode()">hashCode</A></B>()</CODE>\r
 220 \r
 221 <BR>\r
 222 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 223 </TR>\r
 224 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 225 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 226 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 227 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#setDefaultValue(java.lang.String)">setDefaultValue</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;defaultVal)</CODE>\r
 228 \r
 229 <BR>\r
 230 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Sets one of the values defined in optionList as default.</TD>\r
 231 </TR>\r
 232 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 233 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 234 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 235 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#setOptionName(java.lang.String)">setOptionName</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;optionName)</CODE>\r
 236 \r
 237 <BR>\r
 238 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 239 </TR>\r
 240 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 241 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 242 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 243 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#setOptionNames(java.util.Set)">setOptionNames</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;optionName)</CODE>\r
 244 \r
 245 <BR>\r
 246 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 247 </TR>\r
 248 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 249 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 250 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 251 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#setPossibleValues(java.util.Set)">setPossibleValues</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;possibleValues)</CODE>\r
 252 \r
 253 <BR>\r
 254 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 255 </TR>\r
 256 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 257 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 258 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 259 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#setValidValue(compbio.metadata.ValueConstrain)">setValidValue</A></B>(<A HREF="../../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata">ValueConstrain</A>&nbsp;validValue)</CODE>\r
 260 \r
 261 <BR>\r
 262 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 263 </TR>\r
 264 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 265 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 266 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 267 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#toCommand(java.lang.String)">toCommand</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;nameValueSeparator)</CODE>\r
 268 \r
 269 <BR>\r
 270 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Convert the option to the command string.</TD>\r
 271 </TR>\r
 272 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 273 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 274 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 275 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html#toString()">toString</A></B>()</CODE>\r
 276 \r
 277 <BR>\r
 278 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 279 </TR>\r
 280 </TABLE>\r
 281 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_compbio.metadata.Option"><!-- --></A>\r
 282 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 283 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 284 <TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class compbio.metadata.<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A></B></TH>\r
 285 </TR>\r
 286 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 287 <TD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getDefaultValue()">getDefaultValue</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getDescription()">getDescription</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getFurtherDetails()">getFurtherDetails</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getName()">getName</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getOptionNames()">getOptionNames</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#isRequired()">isRequired</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setDescription(java.lang.String)">setDescription</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setFurtherDetails(java.net.URL)">setFurtherDetails</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setName(java.lang.String)">setName</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setRequired(boolean)">setRequired</A>, <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setValue(java.lang.String)">setValue</A></CODE></TD>\r
 288 </TR>\r
 289 </TABLE>\r
 290 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 291 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 292 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 293 <TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
 294 </TR>\r
 295 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 296 <TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#clone()" title="class or interface in java.lang">clone</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#finalize()" title="class or interface in java.lang">finalize</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
 297 </TR>\r
 298 </TABLE>\r
 299 &nbsp;\r
 300 <P>\r
 301 \r
 302 <!-- ========= CONSTRUCTOR DETAIL ======== -->\r
 303 \r
 304 <A NAME="constructor_detail"><!-- --></A>\r
 305 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 306 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 307 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 308 <B>Constructor Detail</B></FONT></TH>\r
 309 </TR>\r
 310 </TABLE>\r
 311 \r
 312 <A NAME="Parameter(java.lang.String, java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 313 Parameter</H3>\r
 314 <PRE>\r
 315 public <B>Parameter</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name,\r
 316                  <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;description)</PRE>\r
 317 <DL>\r
 318 </DL>\r
 319 \r
 320 <!-- ============ METHOD DETAIL ========== -->\r
 321 \r
 322 <A NAME="method_detail"><!-- --></A>\r
 323 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 324 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 325 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 326 <B>Method Detail</B></FONT></TH>\r
 327 </TR>\r
 328 </TABLE>\r
 329 \r
 330 <A NAME="getValidValue()"><!-- --></A><H3>\r
 331 getValidValue</H3>\r
 332 <PRE>\r
 333 public <A HREF="../../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata">ValueConstrain</A> <B>getValidValue</B>()</PRE>\r
 334 <DL>\r
 335 <DD><DL>\r
 336 </DL>\r
 337 </DD>\r
 338 </DL>\r
 339 <HR>\r
 340 \r
 341 <A NAME="setValidValue(compbio.metadata.ValueConstrain)"><!-- --></A><H3>\r
 342 setValidValue</H3>\r
 343 <PRE>\r
 344 public void <B>setValidValue</B>(<A HREF="../../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata">ValueConstrain</A>&nbsp;validValue)</PRE>\r
 345 <DL>\r
 346 <DD><DL>\r
 347 </DL>\r
 348 </DD>\r
 349 </DL>\r
 350 <HR>\r
 351 \r
 352 <A NAME="toString()"><!-- --></A><H3>\r
 353 toString</H3>\r
 354 <PRE>\r
 355 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>toString</B>()</PRE>\r
 356 <DL>\r
 357 <DD><DL>\r
 358 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#toString()">toString</A></CODE> in class <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
 359 </DD>\r
 360 <DD><DL>\r
 361 </DL>\r
 362 </DD>\r
 363 </DL>\r
 364 <HR>\r
 365 \r
 366 <A NAME="toCommand(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 367 toCommand</H3>\r
 368 <PRE>\r
 369 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>toCommand</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;nameValueSeparator)</PRE>\r
 370 <DL>\r
 371 <DD><B>Description copied from class: <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#toCommand(java.lang.String)">Option</A></CODE></B></DD>\r
 372 <DD>Convert the option to the command string.\r
 373 <P>\r
 374 <DD><DL>\r
 375 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#toCommand(java.lang.String)">toCommand</A></CODE> in class <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
 376 </DD>\r
 377 <DD><DL>\r
 378 \r
 379 <DT><B>Returns:</B><DD>If only one optionName is defined, than it is returned, if many
 380          option names are defined, then the defaultValue is returned.
 381          Option must have a default value if there are many optionNames to
 382          be valid.</DL>\r
 383 </DD>\r
 384 </DL>\r
 385 <HR>\r
 386 \r
 387 <A NAME="equals(java.lang.Object)"><!-- --></A><H3>\r
 388 equals</H3>\r
 389 <PRE>\r
 390 public boolean <B>equals</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</PRE>\r
 391 <DL>\r
 392 <DD><DL>\r
 393 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></CODE> in class <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
 394 </DD>\r
 395 <DD><DL>\r
 396 </DL>\r
 397 </DD>\r
 398 </DL>\r
 399 <HR>\r
 400 \r
 401 <A NAME="getPossibleValues()"><!-- --></A><H3>\r
 402 getPossibleValues</H3>\r
 403 <PRE>\r
 404 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>getPossibleValues</B>()</PRE>\r
 405 <DL>\r
 406 <DD>List is more convenient to work with\r
 407 <P>\r
 408 <DD><DL>\r
 409 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html#getPossibleValues()">getPossibleValues</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE><DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getPossibleValues()">getPossibleValues</A></CODE> in class <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
 410 </DD>\r
 411 <DD><DL>\r
 412 \r
 413 <DT><B>Returns:</B><DD>List of String</DL>\r
 414 </DD>\r
 415 </DL>\r
 416 <HR>\r
 417 \r
 418 <A NAME="setPossibleValues(java.util.Set)"><!-- --></A><H3>\r
 419 setPossibleValues</H3>\r
 420 <PRE>\r
 421 public void <B>setPossibleValues</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;possibleValues)</PRE>\r
 422 <DL>\r
 423 <DD><DL>\r
 424 </DL>\r
 425 </DD>\r
 426 </DL>\r
 427 <HR>\r
 428 \r
 429 <A NAME="addPossibleValues(java.lang.String...)"><!-- --></A><H3>\r
 430 addPossibleValues</H3>\r
 431 <PRE>\r
 432 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>addPossibleValues</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>...&nbsp;value)</PRE>\r
 433 <DL>\r
 434 <DD><DL>\r
 435 </DL>\r
 436 </DD>\r
 437 </DL>\r
 438 <HR>\r
 439 \r
 440 <A NAME="hashCode()"><!-- --></A><H3>\r
 441 hashCode</H3>\r
 442 <PRE>\r
 443 public int <B>hashCode</B>()</PRE>\r
 444 <DL>\r
 445 <DD><DL>\r
 446 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#hashCode()">hashCode</A></CODE> in class <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
 447 </DD>\r
 448 <DD><DL>\r
 449 </DL>\r
 450 </DD>\r
 451 </DL>\r
 452 <HR>\r
 453 \r
 454 <A NAME="setOptionNames(java.util.Set)"><!-- --></A><H3>\r
 455 setOptionNames</H3>\r
 456 <PRE>\r
 457 public void <B>setOptionNames</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;optionName)</PRE>\r
 458 <DL>\r
 459 <DD><DL>\r
 460 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setOptionNames(java.util.Set)">setOptionNames</A></CODE> in class <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
 461 </DD>\r
 462 <DD><DL>\r
 463 </DL>\r
 464 </DD>\r
 465 </DL>\r
 466 <HR>\r
 467 \r
 468 <A NAME="addOptionNames(java.lang.String...)"><!-- --></A><H3>\r
 469 addOptionNames</H3>\r
 470 <PRE>\r
 471 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>addOptionNames</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>...&nbsp;value)</PRE>\r
 472 <DL>\r
 473 <DD><B>Description copied from class: <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#addOptionNames(java.lang.String...)">Option</A></CODE></B></DD>\r
 474 <DD>Adds an option to the optionName list\r
 475 <P>\r
 476 <DD><DL>\r
 477 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#addOptionNames(java.lang.String...)">addOptionNames</A></CODE> in class <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
 478 </DD>\r
 479 <DD><DL>\r
 480 \r
 481 <DT><B>Returns:</B><DD>modified optionName list</DL>\r
 482 </DD>\r
 483 </DL>\r
 484 <HR>\r
 485 \r
 486 <A NAME="getOptionName()"><!-- --></A><H3>\r
 487 getOptionName</H3>\r
 488 <PRE>\r
 489 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getOptionName</B>()</PRE>\r
 490 <DL>\r
 491 <DD><DL>\r
 492 </DL>\r
 493 </DD>\r
 494 </DL>\r
 495 <HR>\r
 496 \r
 497 <A NAME="setOptionName(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 498 setOptionName</H3>\r
 499 <PRE>\r
 500 public void <B>setOptionName</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;optionName)</PRE>\r
 501 <DL>\r
 502 <DD><DL>\r
 503 </DL>\r
 504 </DD>\r
 505 </DL>\r
 506 <HR>\r
 507 \r
 508 <A NAME="setDefaultValue(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 509 setDefaultValue</H3>\r
 510 <PRE>\r
 511 public void <B>setDefaultValue</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;defaultVal)\r
 512                      throws <A HREF="../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
 513 <DL>\r
 514 <DD><B>Description copied from class: <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setDefaultValue(java.lang.String)">Option</A></CODE></B></DD>\r
 515 <DD>Sets one of the values defined in optionList as default. Attempting set
 516  the value not listed there will result in WrongParameter exception\r
 517 <P>\r
 518 <DD><DL>\r
 519 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setDefaultValue(java.lang.String)">setDefaultValue</A></CODE> in class <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="type parameter in Parameter">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
 520 </DD>\r
 521 <DD><DL>\r
 522 \r
 523 <DT><B>Throws:</B>\r
 524 <DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></CODE> - is thrown if the defaultValue is not found in optionList</DL>\r
 525 </DD>\r
 526 </DL>\r
 527 <!-- ========= END OF CLASS DATA ========= -->\r
 528 <HR>\r
 529 \r
 530 \r
 531 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 532 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 533 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 534 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 535 <TR>\r
 536 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 537 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 538 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
 539   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
 540   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 541   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 542   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
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 548   </TR>\r
 549 </TABLE>\r
 550 </TD>\r
 551 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 552 </EM>\r
 553 </TD>\r
 554 </TR>\r
 555 \r
 556 <TR>\r
 557 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 558 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
 559 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
 560 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 561   <A HREF="../../index.html?compbio/metadata/Parameter.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 562 &nbsp;<A HREF="Parameter.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 563 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 564   <!--\r
 565   if(window==top) {\r
 566     document.writeln('<A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 567   }\r
 568   //-->\r
 569 </SCRIPT>\r
 570 <NOSCRIPT>\r
 571   <A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 572 </NOSCRIPT>\r
 573 \r
 574 \r
 575 </FONT></TD>\r
 576 </TR>\r
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 579   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#fields_inherited_from_class_compbio.metadata.Option">FIELD</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
 580 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
 581 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
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 583 </TABLE>\r
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