website/dm_javadoc/compbio/metadata/Preset.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Wed Nov 24 12:17:18 GMT 2010 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 Preset\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2010-11-24">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="Preset";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/Preset.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
  59 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../../index.html?compbio/metadata/Preset.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="Preset.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 <TR>\r
  78 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  79   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
  80 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  81 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
  82 </TR>\r
  83 </TABLE>\r
  84 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  85 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  86 \r
  87 <HR>\r
  88 <!-- ======== START OF CLASS DATA ======== -->\r
  89 <H2>\r
  90 <FONT SIZE="-1">\r
  91 compbio.metadata</FONT>\r
  92 <BR>\r
  93 Class Preset&lt;T&gt;</H2>\r
  94 <PRE>\r
  95 <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
  96   <IMG SRC="../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.metadata.Preset&lt;T&gt;</B>\r
  97 </PRE>\r
  98 <DL>\r
  99 <DT><DT><B>Type Parameters:</B><DD><CODE>T</CODE> - executable type</DL>\r
 100 <HR>\r
 101 <DL>\r
 102 <DT><PRE>public class <B>Preset&lt;T&gt;</B><DT>extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></DL>\r
 103 </PRE>\r
 104 \r
 105 <P>\r
 106 Collection of Options and Parameters with their values\r
 107 <P>\r
 108 \r
 109 <P>\r
 110 <DL>\r
 111 <DT><B>Version:</B></DT>\r
 112   <DD>1.0 December 2009</DD>\r
 113 <DT><B>Author:</B></DT>\r
 114   <DD>pvtroshin</DD>\r
 115 <DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Option</CODE></A>, \r
 116 <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Parameter</CODE></A></DL>\r
 117 <HR>\r
 118 \r
 119 <P>\r
 120 \r
 121 <!-- ======== CONSTRUCTOR SUMMARY ======== -->\r
 122 \r
 123 <A NAME="constructor_summary"><!-- --></A>\r
 124 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 125 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 126 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 127 <B>Constructor Summary</B></FONT></TH>\r
 128 </TR>\r
 129 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 130 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#Preset()">Preset</A></B>()</CODE>\r
 131 \r
 132 <BR>\r
 133 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 134 </TR>\r
 135 </TABLE>\r
 136 &nbsp;\r
 137 <!-- ========== METHOD SUMMARY =========== -->\r
 138 \r
 139 <A NAME="method_summary"><!-- --></A>\r
 140 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 141 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 142 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 143 <B>Method Summary</B></FONT></TH>\r
 144 </TR>\r
 145 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 146 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 147 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
 148 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</CODE>\r
 149 \r
 150 <BR>\r
 151 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 152 </TR>\r
 153 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 154 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 155 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="type parameter in Preset">T</A>&gt;&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 156 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#getArguments(compbio.metadata.RunnerConfig)">getArguments</A></B>(<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="type parameter in Preset">T</A>&gt;&nbsp;rconfig)</CODE>\r
 157 \r
 158 <BR>\r
 159 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Converts list of options as String to type Option</TD>\r
 160 </TR>\r
 161 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 162 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 163 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 164 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#getDescription()">getDescription</A></B>()</CODE>\r
 165 \r
 166 <BR>\r
 167 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 168 </TR>\r
 169 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 170 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 171 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 172 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#getName()">getName</A></B>()</CODE>\r
 173 \r
 174 <BR>\r
 175 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 176 </TR>\r
 177 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 178 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 179 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 180 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#getOptions()">getOptions</A></B>()</CODE>\r
 181 \r
 182 <BR>\r
 183 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 184 </TR>\r
 185 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 186 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 187 <CODE>&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
 188 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#hashCode()">hashCode</A></B>()</CODE>\r
 189 \r
 190 <BR>\r
 191 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 192 </TR>\r
 193 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 194 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 195 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 196 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#setDescription(java.lang.String)">setDescription</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;description)</CODE>\r
 197 \r
 198 <BR>\r
 199 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 200 </TR>\r
 201 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 202 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 203 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 204 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#setName(java.lang.String)">setName</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name)</CODE>\r
 205 \r
 206 <BR>\r
 207 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 208 </TR>\r
 209 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 210 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 211 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 212 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#setOptions(java.util.List)">setOptions</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;option)</CODE>\r
 213 \r
 214 <BR>\r
 215 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 216 </TR>\r
 217 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 218 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 219 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 220 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html#toString()">toString</A></B>()</CODE>\r
 221 \r
 222 <BR>\r
 223 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 224 </TR>\r
 225 </TABLE>\r
 226 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 227 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 228 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 229 <TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
 230 </TR>\r
 231 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 232 <TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#clone()" title="class or interface in java.lang">clone</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#finalize()" title="class or interface in java.lang">finalize</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
 233 </TR>\r
 234 </TABLE>\r
 235 &nbsp;\r
 236 <P>\r
 237 \r
 238 <!-- ========= CONSTRUCTOR DETAIL ======== -->\r
 239 \r
 240 <A NAME="constructor_detail"><!-- --></A>\r
 241 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 242 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 243 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 244 <B>Constructor Detail</B></FONT></TH>\r
 245 </TR>\r
 246 </TABLE>\r
 247 \r
 248 <A NAME="Preset()"><!-- --></A><H3>\r
 249 Preset</H3>\r
 250 <PRE>\r
 251 public <B>Preset</B>()</PRE>\r
 252 <DL>\r
 253 </DL>\r
 254 \r
 255 <!-- ============ METHOD DETAIL ========== -->\r
 256 \r
 257 <A NAME="method_detail"><!-- --></A>\r
 258 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 259 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 260 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 261 <B>Method Detail</B></FONT></TH>\r
 262 </TR>\r
 263 </TABLE>\r
 264 \r
 265 <A NAME="setOptions(java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 266 setOptions</H3>\r
 267 <PRE>\r
 268 public void <B>setOptions</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;option)</PRE>\r
 269 <DL>\r
 270 <DD><DL>\r
 271 </DL>\r
 272 </DD>\r
 273 </DL>\r
 274 <HR>\r
 275 \r
 276 <A NAME="setName(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 277 setName</H3>\r
 278 <PRE>\r
 279 public void <B>setName</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name)</PRE>\r
 280 <DL>\r
 281 <DD><DL>\r
 282 </DL>\r
 283 </DD>\r
 284 </DL>\r
 285 <HR>\r
 286 \r
 287 <A NAME="setDescription(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 288 setDescription</H3>\r
 289 <PRE>\r
 290 public void <B>setDescription</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;description)</PRE>\r
 291 <DL>\r
 292 <DD><DL>\r
 293 </DL>\r
 294 </DD>\r
 295 </DL>\r
 296 <HR>\r
 297 \r
 298 <A NAME="getOptions()"><!-- --></A><H3>\r
 299 getOptions</H3>\r
 300 <PRE>\r
 301 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>getOptions</B>()</PRE>\r
 302 <DL>\r
 303 <DD><DL>\r
 304 \r
 305 <DT><B>Returns:</B><DD>a List of Options as a String</DL>\r
 306 </DD>\r
 307 </DL>\r
 308 <HR>\r
 309 \r
 310 <A NAME="getName()"><!-- --></A><H3>\r
 311 getName</H3>\r
 312 <PRE>\r
 313 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getName</B>()</PRE>\r
 314 <DL>\r
 315 <DD><DL>\r
 316 \r
 317 <DT><B>Returns:</B><DD>- name of the Preset</DL>\r
 318 </DD>\r
 319 </DL>\r
 320 <HR>\r
 321 \r
 322 <A NAME="getDescription()"><!-- --></A><H3>\r
 323 getDescription</H3>\r
 324 <PRE>\r
 325 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getDescription</B>()</PRE>\r
 326 <DL>\r
 327 <DD><DL>\r
 328 \r
 329 <DT><B>Returns:</B><DD>- a long description of the Preset</DL>\r
 330 </DD>\r
 331 </DL>\r
 332 <HR>\r
 333 \r
 334 <A NAME="getArguments(compbio.metadata.RunnerConfig)"><!-- --></A><H3>\r
 335 getArguments</H3>\r
 336 <PRE>\r
 337 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="type parameter in Preset">T</A>&gt;&gt; <B>getArguments</B>(<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="type parameter in Preset">T</A>&gt;&nbsp;rconfig)\r
 338                              throws <A HREF="../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
 339 <DL>\r
 340 <DD>Converts list of options as String to type Option\r
 341 <P>\r
 342 <DD><DL>\r
 343 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>rconfig</CODE> - \r
 344 <DT><B>Returns:</B><DD>List of Options\r
 345 <DT><B>Throws:</B>\r
 346 <DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></CODE> - if the value of the parameter is invalid @see
 347              <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Parameter</CODE></A></DL>\r
 348 </DD>\r
 349 </DL>\r
 350 <HR>\r
 351 \r
 352 <A NAME="toString()"><!-- --></A><H3>\r
 353 toString</H3>\r
 354 <PRE>\r
 355 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>toString</B>()</PRE>\r
 356 <DL>\r
 357 <DD><DL>\r
 358 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#toString()" title="class or interface in java.lang">toString</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
 359 </DD>\r
 360 <DD><DL>\r
 361 </DL>\r
 362 </DD>\r
 363 </DL>\r
 364 <HR>\r
 365 \r
 366 <A NAME="hashCode()"><!-- --></A><H3>\r
 367 hashCode</H3>\r
 368 <PRE>\r
 369 public int <B>hashCode</B>()</PRE>\r
 370 <DL>\r
 371 <DD><DL>\r
 372 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#hashCode()" title="class or interface in java.lang">hashCode</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
 373 </DD>\r
 374 <DD><DL>\r
 375 </DL>\r
 376 </DD>\r
 377 </DL>\r
 378 <HR>\r
 379 \r
 380 <A NAME="equals(java.lang.Object)"><!-- --></A><H3>\r
 381 equals</H3>\r
 382 <PRE>\r
 383 public boolean <B>equals</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</PRE>\r
 384 <DL>\r
 385 <DD><DL>\r
 386 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#equals(java.lang.Object)" title="class or interface in java.lang">equals</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
 387 </DD>\r
 388 <DD><DL>\r
 389 </DL>\r
 390 </DD>\r
 391 </DL>\r
 392 <!-- ========= END OF CLASS DATA ========= -->\r
 393 <HR>\r
 394 \r
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 396 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 397 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
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 400 <TR>\r
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 421 <TR>\r
 422 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 423 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
 424 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
 425 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 426   <A HREF="../../index.html?compbio/metadata/Preset.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 427 &nbsp;<A HREF="Preset.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 428 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 429   <!--\r
 430   if(window==top) {\r
 431     document.writeln('<A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 432   }\r
 433   //-->\r
 434 </SCRIPT>\r
 435 <NOSCRIPT>\r
 436   <A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 437 </NOSCRIPT>\r
 438 \r
 439 \r
 440 </FONT></TD>\r
 441 </TR>\r
 442 <TR>\r
 443 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
 444   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
 445 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
 446 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
 447 </TR>\r
 448 </TABLE>\r
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 450 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
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 453 \r
 454 </BODY>\r
 455 </HTML>\r