website/dm_javadoc/compbio/metadata/PresetManager.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_24) on Fri Aug 12 14:32:03 BST 2011 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 PresetManager\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2011-08-12">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="PresetManager";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/PresetManager.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
  59 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/ResultNotAvailableException.html" title="class in compbio.metadata"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../../index.html?compbio/metadata/PresetManager.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="PresetManager.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 <TR>\r
  78 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  79   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#field_summary">FIELD</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
  80 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  81 DETAIL:&nbsp;<A HREF="#field_detail">FIELD</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
  82 </TR>\r
  83 </TABLE>\r
  84 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  85 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  86 \r
  87 <HR>\r
  88 <!-- ======== START OF CLASS DATA ======== -->\r
  89 <H2>\r
  90 <FONT SIZE="-1">\r
  91 compbio.metadata</FONT>\r
  92 <BR>\r
  93 Class PresetManager&lt;T&gt;</H2>\r
  94 <PRE>\r
  95 <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
  96   <IMG SRC="../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.metadata.PresetManager&lt;T&gt;</B>\r
  97 </PRE>\r
  98 <DL>\r
  99 <DT><DT><B>Type Parameters:</B><DD><CODE>T</CODE> - type of executable.</DL>\r
 100 <HR>\r
 101 <DL>\r
 102 <DT><PRE>public class <B>PresetManager&lt;T&gt;</B><DT>extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></DL>\r
 103 </PRE>\r
 104 \r
 105 <P>\r
 106 Collection of presets and methods to manipulate them @see <A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Preset</CODE></A>\r
 107 <P>\r
 108 \r
 109 <P>\r
 110 <DL>\r
 111 <DT><B>Version:</B></DT>\r
 112   <DD>1.0 December 2009</DD>\r
 113 <DT><B>Author:</B></DT>\r
 114   <DD>pvtroshin</DD>\r
 115 </DL>\r
 116 <HR>\r
 117 \r
 118 <P>\r
 119 <!-- =========== FIELD SUMMARY =========== -->\r
 120 \r
 121 <A NAME="field_summary"><!-- --></A>\r
 122 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 123 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 124 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 125 <B>Field Summary</B></FONT></TH>\r
 126 </TR>\r
 127 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 128 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 129 <CODE>static&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 130 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html#LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET">LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET</A></B></CODE>\r
 131 \r
 132 <BR>\r
 133 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 134 </TR>\r
 135 </TABLE>\r
 136 &nbsp;\r
 137 <!-- ======== CONSTRUCTOR SUMMARY ======== -->\r
 138 \r
 139 <A NAME="constructor_summary"><!-- --></A>\r
 140 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 141 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 142 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 143 <B>Constructor Summary</B></FONT></TH>\r
 144 </TR>\r
 145 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 146 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html#PresetManager()">PresetManager</A></B>()</CODE>\r
 147 \r
 148 <BR>\r
 149 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 150 </TR>\r
 151 </TABLE>\r
 152 &nbsp;\r
 153 <!-- ========== METHOD SUMMARY =========== -->\r
 154 \r
 155 <A NAME="method_summary"><!-- --></A>\r
 156 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 157 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 158 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 159 <B>Method Summary</B></FONT></TH>\r
 160 </TR>\r
 161 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 162 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 163 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 164 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html#getPresetByName(java.lang.String)">getPresetByName</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;presetName)</CODE>\r
 165 \r
 166 <BR>\r
 167 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 168 </TR>\r
 169 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 170 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 171 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt;&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 172 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html#getPresets()">getPresets</A></B>()</CODE>\r
 173 \r
 174 <BR>\r
 175 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 176 </TR>\r
 177 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 178 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 179 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 180 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html#getRunnerClassName()">getRunnerClassName</A></B>()</CODE>\r
 181 \r
 182 <BR>\r
 183 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 184 </TR>\r
 185 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 186 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 187 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 188 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html#setPresets(java.util.List)">setPresets</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt;&gt;&nbsp;presets)</CODE>\r
 189 \r
 190 <BR>\r
 191 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 192 </TR>\r
 193 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 194 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 195 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 196 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html#setRunnerClassName(java.lang.String)">setRunnerClassName</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;runnerClassName)</CODE>\r
 197 \r
 198 <BR>\r
 199 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 200 </TR>\r
 201 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 202 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 203 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 204 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html#toString()">toString</A></B>()</CODE>\r
 205 \r
 206 <BR>\r
 207 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 208 </TR>\r
 209 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 210 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 211 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 212 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html#validate(compbio.metadata.RunnerConfig)">validate</A></B>(<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt;&nbsp;options)</CODE>\r
 213 \r
 214 <BR>\r
 215 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Checks whether preset option and parameter are defined in RunnerConfig
 216  object.</TD>\r
 217 </TR>\r
 218 </TABLE>\r
 219 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 220 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 221 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 222 <TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
 223 </TR>\r
 224 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 225 <TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#equals(java.lang.Object)" title="class or interface in java.lang">equals</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#hashCode()" title="class or interface in java.lang">hashCode</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
 226 </TR>\r
 227 </TABLE>\r
 228 &nbsp;\r
 229 <P>\r
 230 \r
 231 <!-- ============ FIELD DETAIL =========== -->\r
 232 \r
 233 <A NAME="field_detail"><!-- --></A>\r
 234 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 235 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 236 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 237 <B>Field Detail</B></FONT></TH>\r
 238 </TR>\r
 239 </TABLE>\r
 240 \r
 241 <A NAME="LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET"><!-- --></A><H3>\r
 242 LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET</H3>\r
 243 <PRE>\r
 244 public static final <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET</B></PRE>\r
 245 <DL>\r
 246 <DL>\r
 247 <DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../constant-values.html#compbio.metadata.PresetManager.LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET">Constant Field Values</A></DL>\r
 248 </DL>\r
 249 \r
 250 <!-- ========= CONSTRUCTOR DETAIL ======== -->\r
 251 \r
 252 <A NAME="constructor_detail"><!-- --></A>\r
 253 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 254 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 255 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 256 <B>Constructor Detail</B></FONT></TH>\r
 257 </TR>\r
 258 </TABLE>\r
 259 \r
 260 <A NAME="PresetManager()"><!-- --></A><H3>\r
 261 PresetManager</H3>\r
 262 <PRE>\r
 263 public <B>PresetManager</B>()</PRE>\r
 264 <DL>\r
 265 </DL>\r
 266 \r
 267 <!-- ============ METHOD DETAIL ========== -->\r
 268 \r
 269 <A NAME="method_detail"><!-- --></A>\r
 270 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 271 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 272 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 273 <B>Method Detail</B></FONT></TH>\r
 274 </TR>\r
 275 </TABLE>\r
 276 \r
 277 <A NAME="getPresets()"><!-- --></A><H3>\r
 278 getPresets</H3>\r
 279 <PRE>\r
 280 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt;&gt; <B>getPresets</B>()</PRE>\r
 281 <DL>\r
 282 <DD><DL>\r
 283 </DL>\r
 284 </DD>\r
 285 </DL>\r
 286 <HR>\r
 287 \r
 288 <A NAME="setPresets(java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 289 setPresets</H3>\r
 290 <PRE>\r
 291 public void <B>setPresets</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt;&gt;&nbsp;presets)</PRE>\r
 292 <DL>\r
 293 <DD><DL>\r
 294 </DL>\r
 295 </DD>\r
 296 </DL>\r
 297 <HR>\r
 298 \r
 299 <A NAME="getRunnerClassName()"><!-- --></A><H3>\r
 300 getRunnerClassName</H3>\r
 301 <PRE>\r
 302 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getRunnerClassName</B>()</PRE>\r
 303 <DL>\r
 304 <DD><DL>\r
 305 \r
 306 <DT><B>Returns:</B><DD>fully qualified class name of type T</DL>\r
 307 </DD>\r
 308 </DL>\r
 309 <HR>\r
 310 \r
 311 <A NAME="setRunnerClassName(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 312 setRunnerClassName</H3>\r
 313 <PRE>\r
 314 public void <B>setRunnerClassName</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;runnerClassName)</PRE>\r
 315 <DL>\r
 316 <DD><DL>\r
 317 </DL>\r
 318 </DD>\r
 319 </DL>\r
 320 <HR>\r
 321 \r
 322 <A NAME="getPresetByName(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 323 getPresetByName</H3>\r
 324 <PRE>\r
 325 public <A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt; <B>getPresetByName</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;presetName)</PRE>\r
 326 <DL>\r
 327 <DD><DL>\r
 328 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>presetName</CODE> - \r
 329 <DT><B>Returns:</B><DD>preset by its name, null if no preset found</DL>\r
 330 </DD>\r
 331 </DL>\r
 332 <HR>\r
 333 \r
 334 <A NAME="validate(compbio.metadata.RunnerConfig)"><!-- --></A><H3>\r
 335 validate</H3>\r
 336 <PRE>\r
 337 public void <B>validate</B>(<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt;&nbsp;options)\r
 338               throws <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/javax/xml/bind/ValidationException.html?is-external=true" title="class or interface in javax.xml.bind">ValidationException</A></PRE>\r
 339 <DL>\r
 340 <DD>Checks whether preset option and parameter are defined in RunnerConfig
 341  object.
 342
 343  TODO handle parameters with values properly!\r
 344 <P>\r
 345 <DD><DL>\r
 346 \r
 347 <DT><B>Throws:</B>\r
 348 <DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/javax/xml/bind/ValidationException.html?is-external=true" title="class or interface in javax.xml.bind">ValidationException</A></CODE> - if preset is found to be invalid.</DL>\r
 349 </DD>\r
 350 </DL>\r
 351 <HR>\r
 352 \r
 353 <A NAME="toString()"><!-- --></A><H3>\r
 354 toString</H3>\r
 355 <PRE>\r
 356 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>toString</B>()</PRE>\r
 357 <DL>\r
 358 <DD><DL>\r
 359 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#toString()" title="class or interface in java.lang">toString</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
 360 </DD>\r
 361 <DD><DL>\r
 362 </DL>\r
 363 </DD>\r
 364 </DL>\r
 365 <!-- ========= END OF CLASS DATA ========= -->\r
 366 <HR>\r
 367 \r
 368 \r
 369 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 370 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 371 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 372 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 373 <TR>\r
 374 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 375 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 376 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
 377   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
 378   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 379   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 380   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
 381   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/PresetManager.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 382   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 383   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 384   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 385   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 386   </TR>\r
 387 </TABLE>\r
 388 </TD>\r
 389 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 390 </EM>\r
 391 </TD>\r
 392 </TR>\r
 393 \r
 394 <TR>\r
 395 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 396 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
 397 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/ResultNotAvailableException.html" title="class in compbio.metadata"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
 398 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 399   <A HREF="../../index.html?compbio/metadata/PresetManager.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 400 &nbsp;<A HREF="PresetManager.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 401 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 402   <!--\r
 403   if(window==top) {\r
 404     document.writeln('<A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 405   }\r
 406   //-->\r
 407 </SCRIPT>\r
 408 <NOSCRIPT>\r
 409   <A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 410 </NOSCRIPT>\r
 411 \r
 412 \r
 413 </FONT></TD>\r
 414 </TR>\r
 415 <TR>\r
 416 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
 417   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#field_summary">FIELD</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
 418 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
 419 DETAIL:&nbsp;<A HREF="#field_detail">FIELD</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
 420 </TR>\r
 421 </TABLE>\r
 422 <A NAME="skip-navbar_bottom"></A>\r
 423 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
 424 \r
 425 <HR>\r
 426 \r
 427 </BODY>\r
 428 </HTML>\r