website/dm_javadoc/compbio/metadata/class-use/Parameter.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Wed Nov 24 12:17:18 GMT 2010 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 Uses of Class compbio.metadata.Parameter\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2010-11-24">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="Uses of Class compbio.metadata.Parameter";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Class</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Use</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;PREV&nbsp;\r
  59 &nbsp;NEXT</FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../../../index.html?compbio/metadata/\class-useParameter.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="Parameter.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 </TABLE>\r
  78 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  79 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  80 \r
  81 <HR>\r
  82 <CENTER>\r
  83 <H2>\r
  84 <B>Uses of Class<br>compbio.metadata.Parameter</B></H2>\r
  85 </CENTER>\r
  86 \r
  87 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  88 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
  89 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
  90 Packages that use <A HREF="../../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A></FONT></TH>\r
  91 </TR>\r
  92 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
  93 <TD><A HREF="#compbio.metadata"><B>compbio.metadata</B></A></TD>\r
  94 <TD>A meta-data model for multiple sequence alignment web services
  95  Classes in this package have no dependencies to other sources in the project.&nbsp;</TD>\r
  96 </TR>\r
  97 </TABLE>\r
  98 &nbsp;\r
  99 <P>\r
 100 <A NAME="compbio.metadata"><!-- --></A>\r
 101 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 102 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 103 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 104 Uses of <A HREF="../../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A> in <A HREF="../../../compbio/metadata/package-summary.html">compbio.metadata</A></FONT></TH>\r
 105 </TR>\r
 106 </TABLE>\r
 107 &nbsp;\r
 108 <P>\r
 109 \r
 110 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 111 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 112 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2">Methods in <A HREF="../../../compbio/metadata/package-summary.html">compbio.metadata</A> that return types with arguments of type <A HREF="../../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A></FONT></TH>\r
 113 </TR>\r
 114 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 115 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 116 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 117 <TD><CODE><B>RunnerConfig.</B><B><A HREF="../../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getParameters()">getParameters</A></B>()</CODE>\r
 118 \r
 119 <BR>\r
 120 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Returns the list of parameters supported executable of type T.</TD>\r
 121 </TR>\r
 122 </TABLE>\r
 123 &nbsp;\r
 124 <P>\r
 125 \r
 126 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 127 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 128 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2">Methods in <A HREF="../../../compbio/metadata/package-summary.html">compbio.metadata</A> with parameters of type <A HREF="../../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A></FONT></TH>\r
 129 </TR>\r
 130 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 131 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 132 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 133 <TD><CODE><B>RunnerConfig.</B><B><A HREF="../../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#addParameter(compbio.metadata.Parameter)">addParameter</A></B>(<A HREF="../../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&nbsp;param)</CODE>\r
 134 \r
 135 <BR>\r
 136 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Adds parameter to the internal parameter list</TD>\r
 137 </TR>\r
 138 </TABLE>\r
 139 &nbsp;\r
 140 <P>\r
 141 \r
 142 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 143 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 144 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2">Method parameters in <A HREF="../../../compbio/metadata/package-summary.html">compbio.metadata</A> with type arguments of type <A HREF="../../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A></FONT></TH>\r
 145 </TR>\r
 146 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 147 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 148 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 149 <TD><CODE><B>RunnerConfig.</B><B><A HREF="../../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setParameters(java.util.List)">setParameters</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;&nbsp;parameters)</CODE>\r
 150 \r
 151 <BR>\r
 152 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Sets the list of parameters as internal list</TD>\r
 153 </TR>\r
 154 </TABLE>\r
 155 &nbsp;\r
 156 <P>\r
 157 <HR>\r
 158 \r
 159 \r
 160 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 161 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 162 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 163 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 164 <TR>\r
 165 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 166 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 167 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
 168   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
 169   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 170   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 171   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Class</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 172   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Use</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
 173   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 174   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 175   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 176   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 177   </TR>\r
 178 </TABLE>\r
 179 </TD>\r
 180 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 181 </EM>\r
 182 </TD>\r
 183 </TR>\r
 184 \r
 185 <TR>\r
 186 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 187 &nbsp;PREV&nbsp;\r
 188 &nbsp;NEXT</FONT></TD>\r
 189 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 190   <A HREF="../../../index.html?compbio/metadata/\class-useParameter.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 191 &nbsp;<A HREF="Parameter.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 192 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 193   <!--\r
 194   if(window==top) {\r
 195     document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 196   }\r
 197   //-->\r
 198 </SCRIPT>\r
 199 <NOSCRIPT>\r
 200   <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 201 </NOSCRIPT>\r
 202 \r
 203 \r
 204 </FONT></TD>\r
 205 </TR>\r
 206 </TABLE>\r
 207 <A NAME="skip-navbar_bottom"></A>\r
 208 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
 209 \r
 210 <HR>\r
 211 \r
 212 </BODY>\r
 213 </HTML>\r