website/dm_javadoc/compbio/metadata/package-use.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_14) on Wed Feb 17 16:46:28 GMT 2010 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 Uses of Package compbio.metadata\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2010-02-17">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="Uses of Package compbio.metadata";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Use</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;PREV&nbsp;\r
  59 &nbsp;NEXT</FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../../index.html?compbio/metadata/package-use.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="package-use.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 </TABLE>\r
  78 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  79 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  80 \r
  81 <HR>\r
  82 <CENTER>\r
  83 <H2>\r
  84 <B>Uses of Package<br>compbio.metadata</B></H2>\r
  85 </CENTER>\r
  86 \r
  87 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  88 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
  89 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
  90 Packages that use <A HREF="../../compbio/metadata/package-summary.html">compbio.metadata</A></FONT></TH>\r
  91 </TR>\r
  92 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
  93 <TD><A HREF="#compbio.metadata"><B>compbio.metadata</B></A></TD>\r
  94 <TD>A meta-data model for multiple sequence alignment web services
  95  Classes in this package have no dependencies to other sources in the project.&nbsp;</TD>\r
  96 </TR>\r
  97 </TABLE>\r
  98 &nbsp;\r
  99 <P>\r
 100 <A NAME="compbio.metadata"><!-- --></A>\r
 101 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 102 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 103 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 104 Classes in <A HREF="../../compbio/metadata/package-summary.html">compbio.metadata</A> used by <A HREF="../../compbio/metadata/package-summary.html">compbio.metadata</A></FONT></TH>\r
 105 </TR>\r
 106 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 107 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Argument.html#compbio.metadata"><B>Argument</B></A></B>\r
 108 \r
 109 <BR>\r
 110 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;An unmodifiable view for the options and parameters, with one exception - it
 111  allows to set a value</TD>\r
 112 </TR>\r
 113 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 114 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/JobStatus.html#compbio.metadata"><B>JobStatus</B></A></B>\r
 115 \r
 116 <BR>\r
 117 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;The status of the job.</TD>\r
 118 </TR>\r
 119 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 120 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/JobSubmissionException.html#compbio.metadata"><B>JobSubmissionException</B></A></B>\r
 121 \r
 122 <BR>\r
 123 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Exception for generic problems with JobSubmission it is often thrown as a
 124  wrapper for the lower level exceptions like IOException or DrmaaException.</TD>\r
 125 </TR>\r
 126 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 127 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Limit.html#compbio.metadata"><B>Limit</B></A></B>\r
 128 \r
 129 <BR>\r
 130 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;A value object containing a maximum number of sequences and a maximum average
 131  sequence length for a preset.</TD>\r
 132 </TR>\r
 133 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 134 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/LimitExceededException.html#compbio.metadata"><B>LimitExceededException</B></A></B>\r
 135 \r
 136 <BR>\r
 137 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Thrown if the task larger in size that the limit that applies to the
 138  calculation.</TD>\r
 139 </TR>\r
 140 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 141 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Option.html#compbio.metadata"><B>Option</B></A></B>\r
 142 \r
 143 <BR>\r
 144 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Command line option/flag or multiple exclusive options with no value.</TD>\r
 145 </TR>\r
 146 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 147 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Parameter.html#compbio.metadata"><B>Parameter</B></A></B>\r
 148 \r
 149 <BR>\r
 150 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;A single value containing option supported by the web service e.g.</TD>\r
 151 </TR>\r
 152 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 153 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Preset.html#compbio.metadata"><B>Preset</B></A></B>\r
 154 \r
 155 <BR>\r
 156 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Collection of Options and Parameters with their values</TD>\r
 157 </TR>\r
 158 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 159 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/PresetManager.html#compbio.metadata"><B>PresetManager</B></A></B>\r
 160 \r
 161 <BR>\r
 162 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Collection of presets and methods to manipulate them @see <A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Preset</CODE></A></TD>\r
 163 </TR>\r
 164 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 165 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/RunnerConfig.html#compbio.metadata"><B>RunnerConfig</B></A></B>\r
 166 \r
 167 <BR>\r
 168 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Parameter</CODE></A>s and <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Option</CODE></A>s supported by executable.</TD>\r
 169 </TR>\r
 170 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 171 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/ValueConstrain.html#compbio.metadata"><B>ValueConstrain</B></A></B>\r
 172 \r
 173 <BR>\r
 174 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;The type and the lower and upper boundaries for numerical value.</TD>\r
 175 </TR>\r
 176 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 177 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/ValueConstrain.Type.html#compbio.metadata"><B>ValueConstrain.Type</B></A></B>\r
 178 \r
 179 <BR>\r
 180 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 181 </TR>\r
 182 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 183 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/WrongParameterException.html#compbio.metadata"><B>WrongParameterException</B></A></B>\r
 184 \r
 185 <BR>\r
 186 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;WrongParameterException is thrown wherever the <A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>RunnerConfig</CODE></A> object
 187  does not match the actual runnable or then attempting to set the value of
 188  <A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata"><CODE>Argument</CODE></A> to invalid value.</TD>\r
 189 </TR>\r
 190 </TABLE>\r
 191 &nbsp;\r
 192 <P>\r
 193 <HR>\r
 194 \r
 195 \r
 196 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 197 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 198 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 199 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 200 <TR>\r
 201 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 202 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 203 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
 204   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
 205   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 206   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 207   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
 208   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Use</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
 209   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 210   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 211   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 212   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 213   </TR>\r
 214 </TABLE>\r
 215 </TD>\r
 216 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 217 </EM>\r
 218 </TD>\r
 219 </TR>\r
 220 \r
 221 <TR>\r
 222 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 223 &nbsp;PREV&nbsp;\r
 224 &nbsp;NEXT</FONT></TD>\r
 225 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 226   <A HREF="../../index.html?compbio/metadata/package-use.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 227 &nbsp;<A HREF="package-use.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 228 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 229   <!--\r
 230   if(window==top) {\r
 231     document.writeln('<A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 232   }\r
 233   //-->\r
 234 </SCRIPT>\r
 235 <NOSCRIPT>\r
 236   <A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 237 </NOSCRIPT>\r
 238 \r
 239 \r
 240 </FONT></TD>\r
 241 </TR>\r
 242 </TABLE>\r
 243 <A NAME="skip-navbar_bottom"></A>\r
 244 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
 245 \r
 246 <HR>\r
 247 \r
 248 </BODY>\r
 249 </HTML>\r