website/dm_javadoc/compbio/metadata/package-use.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Wed Nov 24 12:17:19 GMT 2010 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 Uses of Package compbio.metadata\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2010-11-24">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="Uses of Package compbio.metadata";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Use</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;PREV&nbsp;\r
  59 &nbsp;NEXT</FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../../index.html?compbio/metadata/package-use.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="package-use.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 </TABLE>\r
  78 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  79 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  80 \r
  81 <HR>\r
  82 <CENTER>\r
  83 <H2>\r
  84 <B>Uses of Package<br>compbio.metadata</B></H2>\r
  85 </CENTER>\r
  86 \r
  87 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  88 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
  89 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
  90 Packages that use <A HREF="../../compbio/metadata/package-summary.html">compbio.metadata</A></FONT></TH>\r
  91 </TR>\r
  92 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
  93 <TD><A HREF="#compbio.data.msa"><B>compbio.data.msa</B></A></TD>\r
  94 <TD>Web Service interfaces for JAva Bioinformatics Analysis Web Services.&nbsp;</TD>\r
  95 </TR>\r
  96 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
  97 <TD><A HREF="#compbio.metadata"><B>compbio.metadata</B></A></TD>\r
  98 <TD>A meta-data model for multiple sequence alignment web services
  99  Classes in this package have no dependencies to other sources in the project.&nbsp;</TD>\r
 100 </TR>\r
 101 </TABLE>\r
 102 &nbsp;\r
 103 <P>\r
 104 <A NAME="compbio.data.msa"><!-- --></A>\r
 105 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 106 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 107 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 108 Classes in <A HREF="../../compbio/metadata/package-summary.html">compbio.metadata</A> used by <A HREF="../../compbio/data/msa/package-summary.html">compbio.data.msa</A></FONT></TH>\r
 109 </TR>\r
 110 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 111 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/ChunkHolder.html#compbio.data.msa"><B>ChunkHolder</B></A></B>\r
 112 \r
 113 <BR>\r
 114 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Represents a chunk of a string data together with the position in a file for
 115  the next read operation.</TD>\r
 116 </TR>\r
 117 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 118 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/JobStatus.html#compbio.data.msa"><B>JobStatus</B></A></B>\r
 119 \r
 120 <BR>\r
 121 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;The status of the job.</TD>\r
 122 </TR>\r
 123 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 124 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/JobSubmissionException.html#compbio.data.msa"><B>JobSubmissionException</B></A></B>\r
 125 \r
 126 <BR>\r
 127 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Exception for generic problems with JobSubmission it is often thrown as a
 128  wrapper for the lower level exceptions like IOException or DrmaaException.</TD>\r
 129 </TR>\r
 130 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 131 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Limit.html#compbio.data.msa"><B>Limit</B></A></B>\r
 132 \r
 133 <BR>\r
 134 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;A value object containing a maximum number of sequences and a maximum average
 135  sequence length for a preset.</TD>\r
 136 </TR>\r
 137 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 138 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/LimitExceededException.html#compbio.data.msa"><B>LimitExceededException</B></A></B>\r
 139 \r
 140 <BR>\r
 141 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;This exception is thrown if the task larger in size that the limit that
 142  applies to the calculation.</TD>\r
 143 </TR>\r
 144 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 145 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/LimitsManager.html#compbio.data.msa"><B>LimitsManager</B></A></B>\r
 146 \r
 147 <BR>\r
 148 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;A collection of Limits</TD>\r
 149 </TR>\r
 150 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 151 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Option.html#compbio.data.msa"><B>Option</B></A></B>\r
 152 \r
 153 <BR>\r
 154 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Command line option/flag or multiple exclusive options with no value.</TD>\r
 155 </TR>\r
 156 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 157 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Preset.html#compbio.data.msa"><B>Preset</B></A></B>\r
 158 \r
 159 <BR>\r
 160 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Collection of Options and Parameters with their values</TD>\r
 161 </TR>\r
 162 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 163 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/PresetManager.html#compbio.data.msa"><B>PresetManager</B></A></B>\r
 164 \r
 165 <BR>\r
 166 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Collection of presets and methods to manipulate them @see <A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Preset</CODE></A></TD>\r
 167 </TR>\r
 168 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 169 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/ResultNotAvailableException.html#compbio.data.msa"><B>ResultNotAvailableException</B></A></B>\r
 170 \r
 171 <BR>\r
 172 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ResultNotAvailableException is thrown wherever the results of the calculation
 173  cannot be obtained.</TD>\r
 174 </TR>\r
 175 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 176 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/RunnerConfig.html#compbio.data.msa"><B>RunnerConfig</B></A></B>\r
 177 \r
 178 <BR>\r
 179 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Parameter</CODE></A>s and <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Option</CODE></A>s supported by executable.</TD>\r
 180 </TR>\r
 181 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 182 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/UnsupportedRuntimeException.html#compbio.data.msa"><B>UnsupportedRuntimeException</B></A></B>\r
 183 \r
 184 <BR>\r
 185 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Indicates that the server could not execute native executables.</TD>\r
 186 </TR>\r
 187 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 188 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/WrongParameterException.html#compbio.data.msa"><B>WrongParameterException</B></A></B>\r
 189 \r
 190 <BR>\r
 191 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;WrongParameterException is thrown wherever the <A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>RunnerConfig</CODE></A> object
 192  does not match the actual runnable or then attempting to set the value of
 193  <A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata"><CODE>Argument</CODE></A> to invalid value.</TD>\r
 194 </TR>\r
 195 </TABLE>\r
 196 &nbsp;\r
 197 <P>\r
 198 <A NAME="compbio.metadata"><!-- --></A>\r
 199 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 200 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 201 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 202 Classes in <A HREF="../../compbio/metadata/package-summary.html">compbio.metadata</A> used by <A HREF="../../compbio/metadata/package-summary.html">compbio.metadata</A></FONT></TH>\r
 203 </TR>\r
 204 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 205 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Argument.html#compbio.metadata"><B>Argument</B></A></B>\r
 206 \r
 207 <BR>\r
 208 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;An unmodifiable view for the options and parameters, with one exception - it
 209  allows to set a value</TD>\r
 210 </TR>\r
 211 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 212 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/JobStatus.html#compbio.metadata"><B>JobStatus</B></A></B>\r
 213 \r
 214 <BR>\r
 215 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;The status of the job.</TD>\r
 216 </TR>\r
 217 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 218 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/JobSubmissionException.html#compbio.metadata"><B>JobSubmissionException</B></A></B>\r
 219 \r
 220 <BR>\r
 221 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Exception for generic problems with JobSubmission it is often thrown as a
 222  wrapper for the lower level exceptions like IOException or DrmaaException.</TD>\r
 223 </TR>\r
 224 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 225 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Limit.html#compbio.metadata"><B>Limit</B></A></B>\r
 226 \r
 227 <BR>\r
 228 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;A value object containing a maximum number of sequences and a maximum average
 229  sequence length for a preset.</TD>\r
 230 </TR>\r
 231 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 232 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/LimitExceededException.html#compbio.metadata"><B>LimitExceededException</B></A></B>\r
 233 \r
 234 <BR>\r
 235 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;This exception is thrown if the task larger in size that the limit that
 236  applies to the calculation.</TD>\r
 237 </TR>\r
 238 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 239 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Option.html#compbio.metadata"><B>Option</B></A></B>\r
 240 \r
 241 <BR>\r
 242 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Command line option/flag or multiple exclusive options with no value.</TD>\r
 243 </TR>\r
 244 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 245 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Parameter.html#compbio.metadata"><B>Parameter</B></A></B>\r
 246 \r
 247 <BR>\r
 248 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;A single value containing an option supported by the web service e.g.</TD>\r
 249 </TR>\r
 250 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 251 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Preset.html#compbio.metadata"><B>Preset</B></A></B>\r
 252 \r
 253 <BR>\r
 254 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Collection of Options and Parameters with their values</TD>\r
 255 </TR>\r
 256 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 257 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/PresetManager.html#compbio.metadata"><B>PresetManager</B></A></B>\r
 258 \r
 259 <BR>\r
 260 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Collection of presets and methods to manipulate them @see <A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Preset</CODE></A></TD>\r
 261 </TR>\r
 262 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 263 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/RunnerConfig.html#compbio.metadata"><B>RunnerConfig</B></A></B>\r
 264 \r
 265 <BR>\r
 266 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Parameter</CODE></A>s and <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Option</CODE></A>s supported by executable.</TD>\r
 267 </TR>\r
 268 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 269 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/ValueConstrain.html#compbio.metadata"><B>ValueConstrain</B></A></B>\r
 270 \r
 271 <BR>\r
 272 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;The type and the lower and upper boundaries for numerical value.</TD>\r
 273 </TR>\r
 274 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 275 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/ValueConstrain.Type.html#compbio.metadata"><B>ValueConstrain.Type</B></A></B>\r
 276 \r
 277 <BR>\r
 278 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 279 </TR>\r
 280 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 281 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/WrongParameterException.html#compbio.metadata"><B>WrongParameterException</B></A></B>\r
 282 \r
 283 <BR>\r
 284 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;WrongParameterException is thrown wherever the <A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>RunnerConfig</CODE></A> object
 285  does not match the actual runnable or then attempting to set the value of
 286  <A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata"><CODE>Argument</CODE></A> to invalid value.</TD>\r
 287 </TR>\r
 288 </TABLE>\r
 289 &nbsp;\r
 290 <P>\r
 291 <HR>\r
 292 \r
 293 \r
 294 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 295 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 296 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 297 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 298 <TR>\r
 299 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 300 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 301 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
 302   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
 303   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 304   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 305   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
 306   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Use</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
 307   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 308   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 309   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 310   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 311   </TR>\r
 312 </TABLE>\r
 313 </TD>\r
 314 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 315 </EM>\r
 316 </TD>\r
 317 </TR>\r
 318 \r
 319 <TR>\r
 320 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 321 &nbsp;PREV&nbsp;\r
 322 &nbsp;NEXT</FONT></TD>\r
 323 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 324   <A HREF="../../index.html?compbio/metadata/package-use.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 325 &nbsp;<A HREF="package-use.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 326 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 327   <!--\r
 328   if(window==top) {\r
 329     document.writeln('<A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 330   }\r
 331   //-->\r
 332 </SCRIPT>\r
 333 <NOSCRIPT>\r
 334   <A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 335 </NOSCRIPT>\r
 336 \r
 337 \r
 338 </FONT></TD>\r
 339 </TR>\r
 340 </TABLE>\r
 341 <A NAME="skip-navbar_bottom"></A>\r
 342 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
 343 \r
 344 <HR>\r
 345 \r
 346 </BODY>\r
 347 </HTML>\r