website/dm_javadoc/compbio/metadata/package-use.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_24) on Fri Aug 12 14:32:04 BST 2011 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 Uses of Package compbio.metadata\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2011-08-12">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="Uses of Package compbio.metadata";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Use</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;PREV&nbsp;\r
  59 &nbsp;NEXT</FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../../index.html?compbio/metadata/package-use.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="package-use.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 </TABLE>\r
  78 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  79 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  80 \r
  81 <HR>\r
  82 <CENTER>\r
  83 <H2>\r
  84 <B>Uses of Package<br>compbio.metadata</B></H2>\r
  85 </CENTER>\r
  86 \r
  87 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  88 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
  89 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
  90 Packages that use <A HREF="../../compbio/metadata/package-summary.html">compbio.metadata</A></FONT></TH>\r
  91 </TR>\r
  92 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
  93 <TD><A HREF="#compbio.data.msa"><B>compbio.data.msa</B></A></TD>\r
  94 <TD>Web Service interfaces for JAva Bioinformatics Analysis Web Services.&nbsp;</TD>\r
  95 </TR>\r
  96 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
  97 <TD><A HREF="#compbio.data.msa.jaxws"><B>compbio.data.msa.jaxws</B></A></TD>\r
  98 <TD>&nbsp;&nbsp;</TD>\r
  99 </TR>\r
 100 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 101 <TD><A HREF="#compbio.metadata"><B>compbio.metadata</B></A></TD>\r
 102 <TD>A meta-data model for multiple sequence alignment web services
 103  Classes in this package have no dependencies to other sources in the project.&nbsp;</TD>\r
 104 </TR>\r
 105 </TABLE>\r
 106 &nbsp;\r
 107 <P>\r
 108 <A NAME="compbio.data.msa"><!-- --></A>\r
 109 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 110 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 111 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 112 Classes in <A HREF="../../compbio/metadata/package-summary.html">compbio.metadata</A> used by <A HREF="../../compbio/data/msa/package-summary.html">compbio.data.msa</A></FONT></TH>\r
 113 </TR>\r
 114 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 115 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/ChunkHolder.html#compbio.data.msa"><B>ChunkHolder</B></A></B>\r
 116 \r
 117 <BR>\r
 118 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Represents a chunk of a string data together with the position in a file for
 119  the next read operation.</TD>\r
 120 </TR>\r
 121 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 122 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/JobStatus.html#compbio.data.msa"><B>JobStatus</B></A></B>\r
 123 \r
 124 <BR>\r
 125 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;The status of the job.</TD>\r
 126 </TR>\r
 127 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 128 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/JobSubmissionException.html#compbio.data.msa"><B>JobSubmissionException</B></A></B>\r
 129 \r
 130 <BR>\r
 131 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Exception for generic problems with JobSubmission it is often thrown as a
 132  wrapper for the lower level exceptions like IOException or DrmaaException.</TD>\r
 133 </TR>\r
 134 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 135 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Limit.html#compbio.data.msa"><B>Limit</B></A></B>\r
 136 \r
 137 <BR>\r
 138 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;A value object containing a maximum number of sequences and a maximum average
 139  sequence length for a preset.</TD>\r
 140 </TR>\r
 141 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 142 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/LimitExceededException.html#compbio.data.msa"><B>LimitExceededException</B></A></B>\r
 143 \r
 144 <BR>\r
 145 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;This exception is thrown if the task larger in size that the limit that
 146  applies to the calculation.</TD>\r
 147 </TR>\r
 148 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 149 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/LimitsManager.html#compbio.data.msa"><B>LimitsManager</B></A></B>\r
 150 \r
 151 <BR>\r
 152 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;A collection of Limits</TD>\r
 153 </TR>\r
 154 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 155 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Option.html#compbio.data.msa"><B>Option</B></A></B>\r
 156 \r
 157 <BR>\r
 158 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Command line option/flag or multiple exclusive options with no value.</TD>\r
 159 </TR>\r
 160 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 161 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Preset.html#compbio.data.msa"><B>Preset</B></A></B>\r
 162 \r
 163 <BR>\r
 164 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Collection of Options and Parameters with their values</TD>\r
 165 </TR>\r
 166 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 167 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/PresetManager.html#compbio.data.msa"><B>PresetManager</B></A></B>\r
 168 \r
 169 <BR>\r
 170 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Collection of presets and methods to manipulate them @see <A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Preset</CODE></A></TD>\r
 171 </TR>\r
 172 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 173 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/ResultNotAvailableException.html#compbio.data.msa"><B>ResultNotAvailableException</B></A></B>\r
 174 \r
 175 <BR>\r
 176 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;ResultNotAvailableException is thrown wherever the results of the calculation
 177  cannot be obtained.</TD>\r
 178 </TR>\r
 179 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 180 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/RunnerConfig.html#compbio.data.msa"><B>RunnerConfig</B></A></B>\r
 181 \r
 182 <BR>\r
 183 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Parameter</CODE></A>s and <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Option</CODE></A>s supported by executable.</TD>\r
 184 </TR>\r
 185 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 186 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/UnsupportedRuntimeException.html#compbio.data.msa"><B>UnsupportedRuntimeException</B></A></B>\r
 187 \r
 188 <BR>\r
 189 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Indicates that the server could not execute native executables.</TD>\r
 190 </TR>\r
 191 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 192 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/WrongParameterException.html#compbio.data.msa"><B>WrongParameterException</B></A></B>\r
 193 \r
 194 <BR>\r
 195 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;WrongParameterException is thrown wherever the <A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>RunnerConfig</CODE></A> object
 196  does not match the actual runnable or then attempting to set the value of
 197  <A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata"><CODE>Argument</CODE></A> to invalid value.</TD>\r
 198 </TR>\r
 199 </TABLE>\r
 200 &nbsp;\r
 201 <P>\r
 202 <A NAME="compbio.data.msa.jaxws"><!-- --></A>\r
 203 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 204 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 205 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 206 Classes in <A HREF="../../compbio/metadata/package-summary.html">compbio.metadata</A> used by <A HREF="../../compbio/data/msa/jaxws/package-summary.html">compbio.data.msa.jaxws</A></FONT></TH>\r
 207 </TR>\r
 208 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 209 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/ChunkHolder.html#compbio.data.msa.jaxws"><B>ChunkHolder</B></A></B>\r
 210 \r
 211 <BR>\r
 212 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Represents a chunk of a string data together with the position in a file for
 213  the next read operation.</TD>\r
 214 </TR>\r
 215 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 216 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/JobStatus.html#compbio.data.msa.jaxws"><B>JobStatus</B></A></B>\r
 217 \r
 218 <BR>\r
 219 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;The status of the job.</TD>\r
 220 </TR>\r
 221 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 222 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Limit.html#compbio.data.msa.jaxws"><B>Limit</B></A></B>\r
 223 \r
 224 <BR>\r
 225 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;A value object containing a maximum number of sequences and a maximum average
 226  sequence length for a preset.</TD>\r
 227 </TR>\r
 228 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 229 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/LimitsManager.html#compbio.data.msa.jaxws"><B>LimitsManager</B></A></B>\r
 230 \r
 231 <BR>\r
 232 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;A collection of Limits</TD>\r
 233 </TR>\r
 234 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 235 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Option.html#compbio.data.msa.jaxws"><B>Option</B></A></B>\r
 236 \r
 237 <BR>\r
 238 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Command line option/flag or multiple exclusive options with no value.</TD>\r
 239 </TR>\r
 240 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 241 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Preset.html#compbio.data.msa.jaxws"><B>Preset</B></A></B>\r
 242 \r
 243 <BR>\r
 244 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Collection of Options and Parameters with their values</TD>\r
 245 </TR>\r
 246 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 247 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/PresetManager.html#compbio.data.msa.jaxws"><B>PresetManager</B></A></B>\r
 248 \r
 249 <BR>\r
 250 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Collection of presets and methods to manipulate them @see <A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Preset</CODE></A></TD>\r
 251 </TR>\r
 252 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 253 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/RunnerConfig.html#compbio.data.msa.jaxws"><B>RunnerConfig</B></A></B>\r
 254 \r
 255 <BR>\r
 256 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Parameter</CODE></A>s and <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Option</CODE></A>s supported by executable.</TD>\r
 257 </TR>\r
 258 </TABLE>\r
 259 &nbsp;\r
 260 <P>\r
 261 <A NAME="compbio.metadata"><!-- --></A>\r
 262 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 263 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 264 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 265 Classes in <A HREF="../../compbio/metadata/package-summary.html">compbio.metadata</A> used by <A HREF="../../compbio/metadata/package-summary.html">compbio.metadata</A></FONT></TH>\r
 266 </TR>\r
 267 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 268 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Argument.html#compbio.metadata"><B>Argument</B></A></B>\r
 269 \r
 270 <BR>\r
 271 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;An unmodifiable view for the options and parameters, with one exception - it
 272  allows to set a value</TD>\r
 273 </TR>\r
 274 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 275 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/JobStatus.html#compbio.metadata"><B>JobStatus</B></A></B>\r
 276 \r
 277 <BR>\r
 278 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;The status of the job.</TD>\r
 279 </TR>\r
 280 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 281 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/JobSubmissionException.html#compbio.metadata"><B>JobSubmissionException</B></A></B>\r
 282 \r
 283 <BR>\r
 284 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Exception for generic problems with JobSubmission it is often thrown as a
 285  wrapper for the lower level exceptions like IOException or DrmaaException.</TD>\r
 286 </TR>\r
 287 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 288 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Limit.html#compbio.metadata"><B>Limit</B></A></B>\r
 289 \r
 290 <BR>\r
 291 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;A value object containing a maximum number of sequences and a maximum average
 292  sequence length for a preset.</TD>\r
 293 </TR>\r
 294 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 295 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/LimitExceededException.html#compbio.metadata"><B>LimitExceededException</B></A></B>\r
 296 \r
 297 <BR>\r
 298 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;This exception is thrown if the task larger in size that the limit that
 299  applies to the calculation.</TD>\r
 300 </TR>\r
 301 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 302 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Option.html#compbio.metadata"><B>Option</B></A></B>\r
 303 \r
 304 <BR>\r
 305 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Command line option/flag or multiple exclusive options with no value.</TD>\r
 306 </TR>\r
 307 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 308 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Parameter.html#compbio.metadata"><B>Parameter</B></A></B>\r
 309 \r
 310 <BR>\r
 311 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;A single value containing an option supported by the web service e.g.</TD>\r
 312 </TR>\r
 313 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 314 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/Preset.html#compbio.metadata"><B>Preset</B></A></B>\r
 315 \r
 316 <BR>\r
 317 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Collection of Options and Parameters with their values</TD>\r
 318 </TR>\r
 319 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 320 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/PresetManager.html#compbio.metadata"><B>PresetManager</B></A></B>\r
 321 \r
 322 <BR>\r
 323 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Collection of presets and methods to manipulate them @see <A HREF="../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Preset</CODE></A></TD>\r
 324 </TR>\r
 325 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 326 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/RunnerConfig.html#compbio.metadata"><B>RunnerConfig</B></A></B>\r
 327 \r
 328 <BR>\r
 329 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Parameter</CODE></A>s and <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Option</CODE></A>s supported by executable.</TD>\r
 330 </TR>\r
 331 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 332 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/ValueConstrain.html#compbio.metadata"><B>ValueConstrain</B></A></B>\r
 333 \r
 334 <BR>\r
 335 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;The type and the lower and upper boundaries for numerical value.</TD>\r
 336 </TR>\r
 337 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 338 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/ValueConstrain.Type.html#compbio.metadata"><B>ValueConstrain.Type</B></A></B>\r
 339 \r
 340 <BR>\r
 341 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 342 </TR>\r
 343 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 344 <TD><B><A HREF="../../compbio/metadata/class-use/WrongParameterException.html#compbio.metadata"><B>WrongParameterException</B></A></B>\r
 345 \r
 346 <BR>\r
 347 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;WrongParameterException is thrown wherever the <A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>RunnerConfig</CODE></A> object
 348  does not match the actual runnable or then attempting to set the value of
 349  <A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata"><CODE>Argument</CODE></A> to invalid value.</TD>\r
 350 </TR>\r
 351 </TABLE>\r
 352 &nbsp;\r
 353 <P>\r
 354 <HR>\r
 355 \r
 356 \r
 357 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 358 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 359 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 360 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 361 <TR>\r
 362 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 363 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 364 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
 365   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
 366   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 367   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 368   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
 369   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Use</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
 370   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 371   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 372   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 373   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 374   </TR>\r
 375 </TABLE>\r
 376 </TD>\r
 377 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 378 </EM>\r
 379 </TD>\r
 380 </TR>\r
 381 \r
 382 <TR>\r
 383 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 384 &nbsp;PREV&nbsp;\r
 385 &nbsp;NEXT</FONT></TD>\r
 386 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 387   <A HREF="../../index.html?compbio/metadata/package-use.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 388 &nbsp;<A HREF="package-use.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 389 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 390   <!--\r
 391   if(window==top) {\r
 392     document.writeln('<A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 393   }\r
 394   //-->\r
 395 </SCRIPT>\r
 396 <NOSCRIPT>\r
 397   <A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 398 </NOSCRIPT>\r
 399 \r
 400 \r
 401 </FONT></TD>\r
 402 </TR>\r
 403 </TABLE>\r
 404 <A NAME="skip-navbar_bottom"></A>\r
 405 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
 406 \r
 407 <HR>\r
 408 \r
 409 </BODY>\r
 410 </HTML>\r