website/dm_javadoc/compbio/ws/client/Jws2Client.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Wed Nov 24 12:17:18 GMT 2010 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 Jws2Client\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2010-11-24">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="Jws2Client";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/Jws2Client.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;PREV CLASS&nbsp;\r
  59 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/ws/client/Services.html" title="enum in compbio.ws.client"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../../../index.html?compbio/ws/client/Jws2Client.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="Jws2Client.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 <TR>\r
  78 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  79   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;CONSTR&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
  80 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  81 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;CONSTR&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
  82 </TR>\r
  83 </TABLE>\r
  84 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  85 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  86 \r
  87 <HR>\r
  88 <!-- ======== START OF CLASS DATA ======== -->\r
  89 <H2>\r
  90 <FONT SIZE="-1">\r
  91 compbio.ws.client</FONT>\r
  92 <BR>\r
  93 Class Jws2Client</H2>\r
  94 <PRE>\r
  95 <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
  96   <IMG SRC="../../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.ws.client.Jws2Client</B>\r
  97 </PRE>\r
  98 <HR>\r
  99 <DL>\r
 100 <DT><PRE>public class <B>Jws2Client</B><DT>extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></DL>\r
 101 </PRE>\r
 102 \r
 103 <P>\r
 104 A command line client for JAva Bioinformatics Analysis Web Services\r
 105 <P>\r
 106 \r
 107 <P>\r
 108 <DL>\r
 109 <DT><B>Version:</B></DT>\r
 110   <DD>1.0</DD>\r
 111 <DT><B>Author:</B></DT>\r
 112   <DD>pvtroshin</DD>\r
 113 </DL>\r
 114 <HR>\r
 115 \r
 116 <P>\r
 117 \r
 118 <!-- ========== METHOD SUMMARY =========== -->\r
 119 \r
 120 <A NAME="method_summary"><!-- --></A>\r
 121 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 122 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 123 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 124 <B>Method Summary</B></FONT></TH>\r
 125 </TR>\r
 126 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 127 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 128 <CODE>static\r
 129 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 130 <TR ALIGN="right" VALIGN="">\r
 131 <TD NOWRAP><FONT SIZE="-1">\r
 132 <CODE>&lt;T&gt; <A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;T&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 133 </TR>\r
 134 </TABLE>\r
 135 </CODE></FONT></TD>\r
 136 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#connect(java.lang.String, compbio.ws.client.Services)">connect</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;host,\r
 137         <A HREF="../../../compbio/ws/client/Services.html" title="enum in compbio.ws.client">Services</A>&nbsp;service)</CODE>\r
 138 \r
 139 <BR>\r
 140 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Connects to a web service by the host and the service name</TD>\r
 141 </TR>\r
 142 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 143 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 144 <CODE>static&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 145 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#getHost(java.lang.String[])">getHost</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;cmd)</CODE>\r
 146 \r
 147 <BR>\r
 148 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Extracts host name from the command line</TD>\r
 149 </TR>\r
 150 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 151 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 152 <CODE>static&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 153 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#getServiceName(java.lang.String[])">getServiceName</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;cmd)</CODE>\r
 154 \r
 155 <BR>\r
 156 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Extracts service name from the command line</TD>\r
 157 </TR>\r
 158 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 159 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 160 <CODE>static&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 161 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#main(java.lang.String[])">main</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;args)</CODE>\r
 162 \r
 163 <BR>\r
 164 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Starts command line client, if no parameter are supported print help.</TD>\r
 165 </TR>\r
 166 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 167 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 168 <CODE>static&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
 169 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/client/Jws2Client.html#validURL(java.lang.String)">validURL</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;urlstr)</CODE>\r
 170 \r
 171 <BR>\r
 172 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Attempt to construct the URL object from the string</TD>\r
 173 </TR>\r
 174 </TABLE>\r
 175 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 176 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 177 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 178 <TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
 179 </TR>\r
 180 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 181 <TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#clone()" title="class or interface in java.lang">clone</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#equals(java.lang.Object)" title="class or interface in java.lang">equals</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#finalize()" title="class or interface in java.lang">finalize</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#hashCode()" title="class or interface in java.lang">hashCode</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#toString()" title="class or interface in java.lang">toString</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
 182 </TR>\r
 183 </TABLE>\r
 184 &nbsp;\r
 185 <P>\r
 186 \r
 187 <!-- ============ METHOD DETAIL ========== -->\r
 188 \r
 189 <A NAME="method_detail"><!-- --></A>\r
 190 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 191 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 192 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 193 <B>Method Detail</B></FONT></TH>\r
 194 </TR>\r
 195 </TABLE>\r
 196 \r
 197 <A NAME="validURL(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 198 validURL</H3>\r
 199 <PRE>\r
 200 public static boolean <B>validURL</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;urlstr)</PRE>\r
 201 <DL>\r
 202 <DD>Attempt to construct the URL object from the string\r
 203 <P>\r
 204 <DD><DL>\r
 205 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>urlstr</CODE> - \r
 206 <DT><B>Returns:</B><DD>true if it succeed false otherwise</DL>\r
 207 </DD>\r
 208 </DL>\r
 209 <HR>\r
 210 \r
 211 <A NAME="getServiceName(java.lang.String[])"><!-- --></A><H3>\r
 212 getServiceName</H3>\r
 213 <PRE>\r
 214 public static <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getServiceName</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;cmd)</PRE>\r
 215 <DL>\r
 216 <DD>Extracts service name from the command line\r
 217 <P>\r
 218 <DD><DL>\r
 219 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>cmd</CODE> - command line options\r
 220 <DT><B>Returns:</B><DD>service name or null if it is not defined</DL>\r
 221 </DD>\r
 222 </DL>\r
 223 <HR>\r
 224 \r
 225 <A NAME="getHost(java.lang.String[])"><!-- --></A><H3>\r
 226 getHost</H3>\r
 227 <PRE>\r
 228 public static <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getHost</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;cmd)</PRE>\r
 229 <DL>\r
 230 <DD>Extracts host name from the command line\r
 231 <P>\r
 232 <DD><DL>\r
 233 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>cmd</CODE> - command line options\r
 234 <DT><B>Returns:</B><DD>host name or null if it is not defined</DL>\r
 235 </DD>\r
 236 </DL>\r
 237 <HR>\r
 238 \r
 239 <A NAME="connect(java.lang.String, compbio.ws.client.Services)"><!-- --></A><H3>\r
 240 connect</H3>\r
 241 <PRE>\r
 242 public static &lt;T&gt; <A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;T&gt; <B>connect</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;host,\r
 243                                    <A HREF="../../../compbio/ws/client/Services.html" title="enum in compbio.ws.client">Services</A>&nbsp;service)\r
 244                         throws <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/javax/xml/ws/WebServiceException.html?is-external=true" title="class or interface in javax.xml.ws">WebServiceException</A></PRE>\r
 245 <DL>\r
 246 <DD>Connects to a web service by the host and the service name\r
 247 <P>\r
 248 <DD><DL>\r
 249 <DT><B>Type Parameters:</B><DD><CODE>T</CODE> - web service type<DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>host</CODE> - <DD><CODE>service</CODE> - \r
 250 <DT><B>Returns:</B><DD>MsaWS<T>\r
 251 <DT><B>Throws:</B>\r
 252 <DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/javax/xml/ws/WebServiceException.html?is-external=true" title="class or interface in javax.xml.ws">WebServiceException</A></CODE></DL>\r
 253 </DD>\r
 254 </DL>\r
 255 <HR>\r
 256 \r
 257 <A NAME="main(java.lang.String[])"><!-- --></A><H3>\r
 258 main</H3>\r
 259 <PRE>\r
 260 public static void <B>main</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>[]&nbsp;args)</PRE>\r
 261 <DL>\r
 262 <DD>Starts command line client, if no parameter are supported print help. Two
 263  parameters are required for successfull call the JWS2 host name and a
 264  service name.\r
 265 <P>\r
 266 <DD><DL>\r
 267 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>args</CODE> - Usage: <Class or Jar file name> -h=host_and_context
 268             -s=serviceName ACTION [OPTIONS]
 269
 270             -h=<host_and_context> - a full URL to the JWS2 web server
 271             including context path e.g. http://10.31.1.159:8080/ws
 272
 273             -s=<ServiceName> - one of [MafftWS, MuscleWS, ClustalWS,
 274             TcoffeeWS, ProbconsWS] ACTIONS:
 275
 276             -i=<inputFile> - full path to fasta formatted sequence file,
 277             from which to align sequences
 278
 279             -parameters - lists parameters supported by web service
 280
 281             -presets - lists presets supported by web service
 282
 283             -limits - lists web services limits Please note that if input
 284             file is specified other actions are ignored
 285
 286             OPTIONS: (only for use with -i action):
 287
 288             -r=<presetName> - name of the preset to use
 289
 290             -o=<outputFile> - full path to the file where to write an
 291             alignment -f=<parameterInputFile> - the name of the file with
 292             the list of parameters to use. Please note that -r and -f
 293             options cannot be used together. Alignment is done with either
 294             preset or a parameters from the file, but not both!</DL>\r
 295 </DD>\r
 296 </DL>\r
 297 <!-- ========= END OF CLASS DATA ========= -->\r
 298 <HR>\r
 299 \r
 300 \r
 301 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 302 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 303 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 304 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
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