website/dm_javadoc/index-files/index-13.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_24) on Fri Aug 12 14:32:04 BST 2011 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 O-Index\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2011-08-12">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="O-Index";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Package</FONT>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Use</FONT>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../overview-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Index</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;<A HREF="index-12.html"><B>PREV LETTER</B></A>&nbsp;\r
  59 &nbsp;<A HREF="index-14.html"><B>NEXT LETTER</B></A></FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../index.html?index-filesindex-13.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="index-13.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 </TABLE>\r
  78 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  79 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  80 \r
  81 <A HREF="index-1.html">A</A> <A HREF="index-2.html">C</A> <A HREF="index-3.html">D</A> <A HREF="index-4.html">E</A> <A HREF="index-5.html">F</A> <A HREF="index-6.html">G</A> <A HREF="index-7.html">H</A> <A HREF="index-8.html">I</A> <A HREF="index-9.html">J</A> <A HREF="index-10.html">L</A> <A HREF="index-11.html">M</A> <A HREF="index-12.html">N</A> <A HREF="index-13.html">O</A> <A HREF="index-14.html">P</A> <A HREF="index-15.html">R</A> <A HREF="index-16.html">S</A> <A HREF="index-17.html">T</A> <A HREF="index-18.html">U</A> <A HREF="index-19.html">V</A> <A HREF="index-20.html">W</A> <HR>\r
  82 <A NAME="_O_"><!-- --></A><H2>\r
  83 <B>O</B></H2>\r
  84 <DL>\r
  85 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/SequenceUtil.html#openInputStream(java.lang.String)"><B>openInputStream(String)</B></A> - \r
  86 Static method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/SequenceUtil.html" title="class in compbio.data.sequence">SequenceUtil</A>\r
  87 <DD>Reads and parses Fasta or Clustal formatted file into a list of
  88  FastaSequence objects\r
  89 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><B>Option</B></A>&lt;<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="type parameter in Option">T</A>&gt; - Class in <A HREF="../compbio/metadata/package-summary.html">compbio.metadata</A><DD>Command line option/flag or multiple exclusive options with no value.<DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#Option(java.lang.String, java.lang.String)"><B>Option(String, String)</B></A> - \r
  90 Constructor for class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
  91 <DD>&nbsp;\r
  92 </DL>\r
  93 <HR>\r
  94 \r
  95 \r
  96 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
  97 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
  98 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
  99 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 100 <TR>\r
 101 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 102 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 103 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
 104   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
 105   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 106   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Package</FONT>&nbsp;</TD>\r
 107   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
 108   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Use</FONT>&nbsp;</TD>\r
 109   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../overview-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 110   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 111   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Index</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
 112   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 113   </TR>\r
 114 </TABLE>\r
 115 </TD>\r
 116 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 117 </EM>\r
 118 </TD>\r
 119 </TR>\r
 120 \r
 121 <TR>\r
 122 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 123 &nbsp;<A HREF="index-12.html"><B>PREV LETTER</B></A>&nbsp;\r
 124 &nbsp;<A HREF="index-14.html"><B>NEXT LETTER</B></A></FONT></TD>\r
 125 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 126   <A HREF="../index.html?index-filesindex-13.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 127 &nbsp;<A HREF="index-13.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 128 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 129   <!--\r
 130   if(window==top) {\r
 131     document.writeln('<A HREF="../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 132   }\r
 133   //-->\r
 134 </SCRIPT>\r
 135 <NOSCRIPT>\r
 136   <A HREF="../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 137 </NOSCRIPT>\r
 138 \r
 139 \r
 140 </FONT></TD>\r
 141 </TR>\r
 142 </TABLE>\r
 143 <A NAME="skip-navbar_bottom"></A>\r
 144 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
 145 \r
 146 <A HREF="index-1.html">A</A> <A HREF="index-2.html">C</A> <A HREF="index-3.html">D</A> <A HREF="index-4.html">E</A> <A HREF="index-5.html">F</A> <A HREF="index-6.html">G</A> <A HREF="index-7.html">H</A> <A HREF="index-8.html">I</A> <A HREF="index-9.html">J</A> <A HREF="index-10.html">L</A> <A HREF="index-11.html">M</A> <A HREF="index-12.html">N</A> <A HREF="index-13.html">O</A> <A HREF="index-14.html">P</A> <A HREF="index-15.html">R</A> <A HREF="index-16.html">S</A> <A HREF="index-17.html">T</A> <A HREF="index-18.html">U</A> <A HREF="index-19.html">V</A> <A HREF="index-20.html">W</A> <HR>\r
 147 \r
 148 </BODY>\r
 149 </HTML>\r