website/dm_javadoc/index-files/index-6.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_21) on Wed Nov 24 12:17:19 GMT 2010 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 G-Index\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2010-11-24">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="G-Index";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Package</FONT>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Use</FONT>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../overview-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Index</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;<A HREF="index-5.html"><B>PREV LETTER</B></A>&nbsp;\r
  59 &nbsp;<A HREF="index-7.html"><B>NEXT LETTER</B></A></FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../index.html?index-filesindex-6.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="index-6.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 </TABLE>\r
  78 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  79 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  80 \r
  81 <A HREF="index-1.html">A</A> <A HREF="index-2.html">C</A> <A HREF="index-3.html">D</A> <A HREF="index-4.html">E</A> <A HREF="index-5.html">F</A> <A HREF="index-6.html">G</A> <A HREF="index-7.html">H</A> <A HREF="index-8.html">I</A> <A HREF="index-9.html">J</A> <A HREF="index-10.html">L</A> <A HREF="index-11.html">M</A> <A HREF="index-12.html">N</A> <A HREF="index-13.html">O</A> <A HREF="index-14.html">P</A> <A HREF="index-15.html">R</A> <A HREF="index-16.html">S</A> <A HREF="index-17.html">T</A> <A HREF="index-18.html">U</A> <A HREF="index-19.html">V</A> <A HREF="index-20.html">W</A> <HR>\r
  82 <A NAME="_G_"><!-- --></A><H2>\r
  83 <B>G</B></H2>\r
  84 <DL>\r
  85 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/ClustalAlignmentUtil.html#gapchar"><B>gapchar</B></A> - \r
  86 Static variable in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/ClustalAlignmentUtil.html" title="class in compbio.data.sequence">ClustalAlignmentUtil</A>\r
  87 <DD>Dash char to be used as gap char in the alignments\r
  88 <DT><A HREF="../compbio/metadata/LimitExceededException.html#getActualNumberofSequences()"><B>getActualNumberofSequences()</B></A> - \r
  89 Method in exception compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A>\r
  90 <DD>&nbsp;\r
  91 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getArgument(java.lang.String)"><B>getArgument(String)</B></A> - \r
  92 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
  93 <DD>Returns the argument by its name if found, NULL otherwise.\r
  94 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getArgumentByOptionName(java.lang.String)"><B>getArgumentByOptionName(String)</B></A> - \r
  95 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
  96 <DD>Returns the argument by option name, NULL if the argument is not found\r
  97 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Preset.html#getArguments(compbio.metadata.RunnerConfig)"><B>getArguments(RunnerConfig&lt;T&gt;)</B></A> - \r
  98 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>\r
  99 <DD>Converts list of options as String to type Option\r
 100 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getArguments()"><B>getArguments()</B></A> - \r
 101 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
 102 <DD>Returns list of <A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Parameter</CODE></A> and <A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Option</CODE></A> supported by current
 103  runner\r
 104 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Limit.html#getAvgSeqLength()"><B>getAvgSeqLength()</B></A> - \r
 105 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>\r
 106 <DD>&nbsp;\r
 107 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Limit.html#getAvgSequenceLength(java.util.List)"><B>getAvgSequenceLength(List&lt;FastaSequence&gt;)</B></A> - \r
 108 Static method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>\r
 109 <DD>Calculates an average sequence length of the dataset\r
 110 <DT><A HREF="../compbio/metadata/ChunkHolder.html#getChunk()"><B>getChunk()</B></A> - \r
 111 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata">ChunkHolder</A>\r
 112 <DD>&nbsp;\r
 113 <DT><A HREF="../compbio/metadata/LimitsManager.html#getDefaultLimit()"><B>getDefaultLimit()</B></A> - \r
 114 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/LimitsManager.html" title="class in compbio.metadata">LimitsManager</A>\r
 115 <DD>&nbsp;\r
 116 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Argument.html#getDefaultValue()"><B>getDefaultValue()</B></A> - \r
 117 Method in interface compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>\r
 118 <DD>&nbsp;\r
 119 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#getDefaultValue()"><B>getDefaultValue()</B></A> - \r
 120 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
 121 <DD>A default value of the option.\r
 122 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Argument.html#getDescription()"><B>getDescription()</B></A> - \r
 123 Method in interface compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>\r
 124 <DD>&nbsp;\r
 125 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#getDescription()"><B>getDescription()</B></A> - \r
 126 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
 127 <DD>A long description of the Option\r
 128 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Preset.html#getDescription()"><B>getDescription()</B></A> - \r
 129 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>\r
 130 <DD>&nbsp;\r
 131 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getFormatedSequence(int)"><B>getFormatedSequence(int)</B></A> - \r
 132 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>\r
 133 <DD>Format sequence per width letter in one string.\r
 134 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getFormattedFasta()"><B>getFormattedFasta()</B></A> - \r
 135 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>\r
 136 <DD>&nbsp;\r
 137 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Argument.html#getFurtherDetails()"><B>getFurtherDetails()</B></A> - \r
 138 Method in interface compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>\r
 139 <DD>&nbsp;\r
 140 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#getFurtherDetails()"><B>getFurtherDetails()</B></A> - \r
 141 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
 142 <DD>The URL where further details about the option can be found\r
 143 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/AlignmentMetadata.html#getGapchar()"><B>getGapchar()</B></A> - \r
 144 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/AlignmentMetadata.html" title="class in compbio.data.sequence">AlignmentMetadata</A>\r
 145 <DD>&nbsp;\r
 146 <DT><A HREF="../compbio/ws/client/Jws2Client.html#getHost(java.lang.String[])"><B>getHost(String[])</B></A> - \r
 147 Static method in class compbio.ws.client.<A HREF="../compbio/ws/client/Jws2Client.html" title="class in compbio.ws.client">Jws2Client</A>\r
 148 <DD>Extracts host name from the command line\r
 149 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getId()"><B>getId()</B></A> - \r
 150 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>\r
 151 <DD>Gets the value of id\r
 152 <DT><A HREF="../compbio/data/msa/MsaWS.html#getJobStatus(java.lang.String)"><B>getJobStatus(String)</B></A> - \r
 153 Method in interface compbio.data.msa.<A HREF="../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>\r
 154 <DD>Return the status of the job.\r
 155 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getLength()"><B>getLength()</B></A> - \r
 156 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>\r
 157 <DD>&nbsp;\r
 158 <DT><A HREF="../compbio/data/msa/MsaWS.html#getLimit(java.lang.String)"><B>getLimit(String)</B></A> - \r
 159 Method in interface compbio.data.msa.<A HREF="../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>\r
 160 <DD>Get a Limit for a preset.\r
 161 <DT><A HREF="../compbio/metadata/LimitsManager.html#getLimitByName(java.lang.String)"><B>getLimitByName(String)</B></A> - \r
 162 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/LimitsManager.html" title="class in compbio.metadata">LimitsManager</A>\r
 163 <DD>&nbsp;\r
 164 <DT><A HREF="../compbio/data/msa/MsaWS.html#getLimits()"><B>getLimits()</B></A> - \r
 165 Method in interface compbio.data.msa.<A HREF="../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>\r
 166 <DD>List Limits supported by a web service.\r
 167 <DT><A HREF="../compbio/metadata/LimitsManager.html#getLimits()"><B>getLimits()</B></A> - \r
 168 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/LimitsManager.html" title="class in compbio.metadata">LimitsManager</A>\r
 169 <DD>&nbsp;\r
 170 <DT><A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html#getMax()"><B>getMax()</B></A> - \r
 171 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata">ValueConstrain</A>\r
 172 <DD>&nbsp;\r
 173 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/Alignment.html#getMetadata()"><B>getMetadata()</B></A> - \r
 174 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/Alignment.html" title="class in compbio.data.sequence">Alignment</A>\r
 175 <DD>&nbsp;\r
 176 <DT><A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html#getMin()"><B>getMin()</B></A> - \r
 177 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata">ValueConstrain</A>\r
 178 <DD>&nbsp;\r
 179 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Argument.html#getName()"><B>getName()</B></A> - \r
 180 Method in interface compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>\r
 181 <DD>&nbsp;\r
 182 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#getName()"><B>getName()</B></A> - \r
 183 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
 184 <DD>Human readable name of the option\r
 185 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Preset.html#getName()"><B>getName()</B></A> - \r
 186 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>\r
 187 <DD>&nbsp;\r
 188 <DT><A HREF="../compbio/metadata/ChunkHolder.html#getNextPosition()"><B>getNextPosition()</B></A> - \r
 189 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata">ChunkHolder</A>\r
 190 <DD>&nbsp;\r
 191 <DT><A HREF="../compbio/metadata/LimitExceededException.html#getNumberOfSequencesAllowed()"><B>getNumberOfSequencesAllowed()</B></A> - \r
 192 Method in exception compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A>\r
 193 <DD>&nbsp;\r
 194 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getOnelineFasta()"><B>getOnelineFasta()</B></A> - \r
 195 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>\r
 196 <DD>&nbsp;\r
 197 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html#getOptionName()"><B>getOptionName()</B></A> - \r
 198 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>\r
 199 <DD>&nbsp;\r
 200 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#getOptionNames()"><B>getOptionNames()</B></A> - \r
 201 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
 202 <DD>&nbsp;\r
 203 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Preset.html#getOptions()"><B>getOptions()</B></A> - \r
 204 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>\r
 205 <DD>&nbsp;\r
 206 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getOptions()"><B>getOptions()</B></A> - \r
 207 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
 208 <DD>Returns the list of the Options supported by the executable of type T\r
 209 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getParameters()"><B>getParameters()</B></A> - \r
 210 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
 211 <DD>Returns the list of parameters supported executable of type T.\r
 212 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Argument.html#getPossibleValues()"><B>getPossibleValues()</B></A> - \r
 213 Method in interface compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>\r
 214 <DD>&nbsp;\r
 215 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Option.html#getPossibleValues()"><B>getPossibleValues()</B></A> - \r
 216 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>\r
 217 <DD>List of possible optionNames\r
 218 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html#getPossibleValues()"><B>getPossibleValues()</B></A> - \r
 219 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>\r
 220 <DD>List is more convenient to work with\r
 221 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Limit.html#getPreset()"><B>getPreset()</B></A> - \r
 222 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>\r
 223 <DD>&nbsp;\r
 224 <DT><A HREF="../compbio/metadata/PresetManager.html#getPresetByName(java.lang.String)"><B>getPresetByName(String)</B></A> - \r
 225 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>\r
 226 <DD>&nbsp;\r
 227 <DT><A HREF="../compbio/data/msa/MsaWS.html#getPresets()"><B>getPresets()</B></A> - \r
 228 Method in interface compbio.data.msa.<A HREF="../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>\r
 229 <DD>Get presets supported by a web service\r
 230 <DT><A HREF="../compbio/metadata/PresetManager.html#getPresets()"><B>getPresets()</B></A> - \r
 231 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>\r
 232 <DD>&nbsp;\r
 233 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getPrmSeparator()"><B>getPrmSeparator()</B></A> - \r
 234 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
 235 <DD>&nbsp;\r
 236 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/AlignmentMetadata.html#getProgram()"><B>getProgram()</B></A> - \r
 237 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/AlignmentMetadata.html" title="class in compbio.data.sequence">AlignmentMetadata</A>\r
 238 <DD>&nbsp;\r
 239 <DT><A HREF="../compbio/data/msa/MsaWS.html#getResult(java.lang.String)"><B>getResult(String)</B></A> - \r
 240 Method in interface compbio.data.msa.<A HREF="../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>\r
 241 <DD>Return the result of the job.\r
 242 <DT><A HREF="../compbio/metadata/PresetManager.html#getRunnerClassName()"><B>getRunnerClassName()</B></A> - \r
 243 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>\r
 244 <DD>&nbsp;\r
 245 <DT><A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getRunnerClassName()"><B>getRunnerClassName()</B></A> - \r
 246 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>\r
 247 <DD>&nbsp;\r
 248 <DT><A HREF="../compbio/data/msa/MsaWS.html#getRunnerOptions()"><B>getRunnerOptions()</B></A> - \r
 249 Method in interface compbio.data.msa.<A HREF="../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>\r
 250 <DD>Get options supported by a web service\r
 251 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Limit.html#getSeqNumber()"><B>getSeqNumber()</B></A> - \r
 252 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>\r
 253 <DD>&nbsp;\r
 254 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html#getSequence()"><B>getSequence()</B></A> - \r
 255 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>\r
 256 <DD>Gets the value of sequence\r
 257 <DT><A HREF="../compbio/metadata/LimitExceededException.html#getSequenceLenghtActual()"><B>getSequenceLenghtActual()</B></A> - \r
 258 Method in exception compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A>\r
 259 <DD>&nbsp;\r
 260 <DT><A HREF="../compbio/metadata/LimitExceededException.html#getSequenceLenghtAllowed()"><B>getSequenceLenghtAllowed()</B></A> - \r
 261 Method in exception compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A>\r
 262 <DD>&nbsp;\r
 263 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/Alignment.html#getSequences()"><B>getSequences()</B></A> - \r
 264 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/Alignment.html" title="class in compbio.data.sequence">Alignment</A>\r
 265 <DD>&nbsp;\r
 266 <DT><A HREF="../compbio/ws/client/Services.html#getService(java.lang.String)"><B>getService(String)</B></A> - \r
 267 Static method in enum compbio.ws.client.<A HREF="../compbio/ws/client/Services.html" title="enum in compbio.ws.client">Services</A>\r
 268 <DD>&nbsp;\r
 269 <DT><A HREF="../compbio/ws/client/Services.html#getService(java.lang.Class)"><B>getService(Class)</B></A> - \r
 270 Static method in enum compbio.ws.client.<A HREF="../compbio/ws/client/Services.html" title="enum in compbio.ws.client">Services</A>\r
 271 <DD>&nbsp;\r
 272 <DT><A HREF="../compbio/ws/client/Jws2Client.html#getServiceName(java.lang.String[])"><B>getServiceName(String[])</B></A> - \r
 273 Static method in class compbio.ws.client.<A HREF="../compbio/ws/client/Jws2Client.html" title="class in compbio.ws.client">Jws2Client</A>\r
 274 <DD>Extracts service name from the command line\r
 275 <DT><A HREF="../compbio/data/sequence/Alignment.html#getSize()"><B>getSize()</B></A> - \r
 276 Method in class compbio.data.sequence.<A HREF="../compbio/data/sequence/Alignment.html" title="class in compbio.data.sequence">Alignment</A>\r
 277 <DD>&nbsp;\r
 278 <DT><A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html#getType()"><B>getType()</B></A> - \r
 279 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata">ValueConstrain</A>\r
 280 <DD>&nbsp;\r
 281 <DT><A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html#getValidValue()"><B>getValidValue()</B></A> - \r
 282 Method in class compbio.metadata.<A HREF="../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>\r
 283 <DD>&nbsp;\r
 284 </DL>\r
 285 <HR>\r
 286 \r
 287 \r
 288 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 289 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 290 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 291 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 292 <TR>\r
 293 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 294 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 295 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
 296   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
 297   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 298   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Package</FONT>&nbsp;</TD>\r
 299   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
 300   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Use</FONT>&nbsp;</TD>\r
 301   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../overview-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 302   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 303   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Index</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
 304   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 305   </TR>\r
 306 </TABLE>\r
 307 </TD>\r
 308 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 309 </EM>\r
 310 </TD>\r
 311 </TR>\r
 312 \r
 313 <TR>\r
 314 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 315 &nbsp;<A HREF="index-5.html"><B>PREV LETTER</B></A>&nbsp;\r
 316 &nbsp;<A HREF="index-7.html"><B>NEXT LETTER</B></A></FONT></TD>\r
 317 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 318   <A HREF="../index.html?index-filesindex-6.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 319 &nbsp;<A HREF="index-6.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 320 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 321   <!--\r
 322   if(window==top) {\r
 323     document.writeln('<A HREF="../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 324   }\r
 325   //-->\r
 326 </SCRIPT>\r
 327 <NOSCRIPT>\r
 328   <A HREF="../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 329 </NOSCRIPT>\r
 330 \r
 331 \r
 332 </FONT></TD>\r
 333 </TR>\r
 334 </TABLE>\r
 335 <A NAME="skip-navbar_bottom"></A>\r
 336 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
 337 \r
 338 <A HREF="index-1.html">A</A> <A HREF="index-2.html">C</A> <A HREF="index-3.html">D</A> <A HREF="index-4.html">E</A> <A HREF="index-5.html">F</A> <A HREF="index-6.html">G</A> <A HREF="index-7.html">H</A> <A HREF="index-8.html">I</A> <A HREF="index-9.html">J</A> <A HREF="index-10.html">L</A> <A HREF="index-11.html">M</A> <A HREF="index-12.html">N</A> <A HREF="index-13.html">O</A> <A HREF="index-14.html">P</A> <A HREF="index-15.html">R</A> <A HREF="index-16.html">S</A> <A HREF="index-17.html">T</A> <A HREF="index-18.html">U</A> <A HREF="index-19.html">V</A> <A HREF="index-20.html">W</A> <HR>\r
 339 \r
 340 </BODY>\r
 341 </HTML>\r