website/docs/v_2_2_0/_sources/man/included_tools.rst.txt

   1 Included Tools
   2 ==============
   3
   4 .. _msa:
   5
   6 Multiple Sequence Alignment
   7 ---------------------------
   8
   9 * `Clustal Omega`_ (version 1.2.4)
  10 * `ClustalW`_ (version 2.1)
  11 * `Mafft`_ (version 7.310)
  12 * `Muscle`_ (version 3.8.31)
  13 * `T-coffee`_ (version 11.00.8cbe486)
  14 * `Probcons`_ (version 1.12)
  15 * `MSAProbs`_ (version 0.9.7)
  16 * `GLProbs`_ (version 0.9.7)
  17
  18
  19 .. _pdis:
  20
  21 Protein Disorder Prediction
  22 ---------------------------
  23
  24 * `DisEMBL`_ (version 1.5)
  25 * `IUPred`_ (version 1.0)
  26 * Jronn - Java implementation of `Ronn`_ (version 3.1)
  27 * `GlobPlot`_ (version 2.3)
  28
  29 .. _aac:
  30
  31 Amino Acid Conservation
  32 -----------------------
  33
  34 * `AACon`_ (version 1.0)
  35
  36
  37 .. _rnass:
  38
  39 RNA Secondary Structure
  40 -----------------------
  41
  42 * RNAalifold from `ViennaRNA`_ (version 2.0)
  43
  44
  45 .. _Clustal Omega: http://www.clustal.org/omega
  46 .. _ClustalW: http://www.clustal.org/clustal2
  47 .. _Mafft: http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/
  48 .. _Muscle: http://www.drive5.com/muscle
  49 .. _T-coffee: http://www.tcoffee.org/Projects_home_page/t_coffee_home_page.html
  50 .. _Probcons: http://probcons.stanford.edu/
  51 .. _MSAProbs: http://msaprobs.sourceforge.net/
  52 .. _GLProbs: http://sourceforge.net/projects/glprobs/
  53 .. _DisEMBL: http://dis.embl.de/
  54 .. _IUPred: http://iupred.enzim.hu
  55 .. _Ronn: http://www.strubi.ox.ac.uk/RONN
  56 .. _GlobPlot: http://globplot.embl.de/
  57 .. _AACon: http://www.compbio.dundee.ac.uk/aacon
  58 .. _ViennaRNA: http://www.tbi.univie.ac.at/RNA