website/download.html

   1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN"\r
   2 "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">\r
   3 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">\r
   4 <head>\r
   5 <meta name="generator" content="HTML Tidy, see www.w3.org" />\r
   6 <meta http-equiv="Content-Type" content=\r
   7 "text/html; charset=iso-8859-1" />\r
   8 <meta name="Last-modified" content="Mon, 11 Oct 2010 01:03:33 GMT"/>\r
   9 <title>Java Bioinformatics Analysis Web Services (JABAWS) download\r
  10 page</title>\r
  11 <link href="ws.css" rel="stylesheet" type="text/css" />\r
  12 <script type="text/javascript" src="prototype-1.6.0.3.js">\r
  13         \r
  14 </script>\r
  15 </head>\r
  16 <body>\r
  17 <div id="page">\r
  18 <div id="banner">\r
  19 <table> \r
  20 <tr><td style="width:130px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img class="logo" src="images/uod_lt.gif"  alt="University of Dundee"  title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
  21 <td class="bg"><h2><span class="headeru">JA</span>va <span class=\r
  22 "headeru">B</span>ioinformatics <span class="headeru">A</span>nalysis <span class="headeru">W</span>eb <span\r
  23 class="headeru">S</span>ervices</h2></td>\r
  24 </tr>\r
  25 </table></div>\r
  26 \r
  27 <!-- banner end-->\r
  28 <div id="wrapper">\r
  29 <div id="panel"><a href="index.html">Home</a> <a href=\r
  30 "manual.html">Manual</a> <a href="howto.html">How To</a> \r
  31 <a href="dm_javadoc/index.html" title="Data model javadoc">Javadoc</a>\r
  32 <a class="selected" href="download.html">Download</a> \r
  33 <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk">Barton Group</a> \r
  34 </div>\r
  35 \r
  36 <!-- panel end-->\r
  37 <div id="content">\r
  38 <h4 id="headtitle" style="text-align:left"><a name="minclient" id="minclient"></a>JABAWS Client</h4>\r
  39 \r
  40 <p>The command line client is an  executable Java program which can use JABAWS. It is good for scripting against JABA web services. If you prefer point-and-click interface - download the Graphical User Interface (GUI) client, the <a href="http://www.jalview.org">Jalview</a>. If you intend to write you own client and need a template - download a command line client source package. For a help on generating GUI's for JABA web services you can consult <a href="http://www.jalview.org/source/jalview_2_6_1.tar.gz">Jalview source code</a>. </p>\r
  41 \r
  42 <ul>\r
  43 <li>Command line client\r
  44   <ul>\r
  45     <li>binaries: <a href=\r
  46 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/min-jaba-client.jar">download</a> (80 K)</li>\r
  47     <li>source: <a href=\r
  48 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/jaba-client-source.jar">download</a> (70 K)</li>\r
  49   </ul>\r
  50 </li>\r
  51 <li>GUI client   \r
  52   (Jalview)\r
  53   <ul>\r
  54     <li>binaries: <a href=\r
  55 "http://www.jalview.org/Web_Installers/install.htm">download</a> (18 Mb)</li>\r
  56     </ul>\r
  57 </li>\r
  58 </ul>\r
  59 \r
  60 <p>Please refer to <a href="http://www.jalview.org/help.html">Jalview help pages</a> for a help on connecting to JABAWS instance. Help with a command line client is available from <a href="howto.html#usingcclient">How To</a> pages. </p>\r
  61 <h4>JABAWS Server</h4>\r
  62 \r
  63 <p>The server is provided as a self-contained <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/WAR_(Sun_file_format)">Web Application\r
  64 Archive (WAR) </a> containing all necessary binaries. WAR file can be deployed on any\r
  65  web application server\r
  66 <!-- Note - mention servlet 2.4 compliance here? -->supporting Servlet 2.4 specification i.e. <a href="http://tomcat.apache.org/download-60.cgi">Tomcat 6.0</a>. Download this\r
  67 if you intend to run JABAWS services locally.</p>\r
  68 \r
  69 <ul>\r
  70 <li>A Complete Server for all platforms: <a href=\r
  71 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/jaba.war">download</a>\r
  72 (45M)</li>\r
  73 \r
  74 <li>A Complete Server for Windows: <a href=\r
  75 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/jaba-windows.war">download</a>\r
  76 (16M)</li>\r
  77 </ul>\r
  78 \r
  79 \r
  80 <p>Please bear in mind that server for Windows supports only Muscle and Clustal web services! Please refer to the <a href="howto.html#jabaonwin">how to</a> pages to find out why. If you want to run other web services on Windows choose Virtual Appliance package below.  </p>\r
  81 <h4>A JABAWS Server Virtual Appliance </h4>\r
  82 <p>The JABAWS <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Virtual_appliance">virtual appliance</a> is a way to run JABAWS server locally without the need to connect to the internet.\r
  83 It is a complete installation of the JABAWS software on <a href="http://www.turnkeylinux.org/">TurnKey Linux</a>. \r
  84 To run the appliance you must first install one of the freely available VMWare Player or Oracle VirtualBox virtualisation systems. \r
  85 By using virtual appliance you can completely avoid the JABAWS installation as the appliance comes fully configured to run the JABAWS. \r
  86 All JABAWS clients, such as Jalview can be easily configured to use the appliance. \r
  87 You can run the appliance with freely available \r
  88 <a href="http://www.vmware.com/products/player">VMWare Player</a> or \r
  89 <a href="http://www.virtualbox.org/wiki/Downloads">Oracle VirtualBox.</a> \r
  90 We have tested JABAWS appliance with VMWare Player on Windows and Linux, and VirtualBox on Windows, Linux and Mac. \r
  91 However, you are not limited to these virtualization systems and can use JABAWS appliance with any commercial alternative. </p>\r
  92 <ul>\r
  93   <li> JABAWS Virtual Appliance: <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/jabaws-vm.zip">download</a> (520M) </li>\r
  94   </ul>\r
  95 <p>Please review the relevant <a href="manual.html#whenvm">manual</a> and <a href="howto.html#vmbexc">how to</a> sections for the configuration settings. </p>\r
  96 <p>&nbsp;</p>\r
  97 <div class="source">\r
  98 <div class="header" onclick=\r
  99 "$(this).toggleClassName('collapsed'); $(this).next('.body').toggleClassName('collapsed');"\r
 100  title="Click to open/close">Packages for experts</div>\r
 101 \r
 102 <div class="body">\r
 103 <h4>JABAWS server without alignment programs</h4>\r
 104 \r
 105 <p>If you have all the programs or wish to download them\r
 106 separately, then this package is for you.</p>\r
 107 <ul>\r
 108         <li>Complete server without native executables: <a href=\r
 109 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/jaba-no-binaries.war">\r
 110 download</a> (14M)</li>\r
 111 </ul>\r
 112 \r
 113 <h4>The complete source code</h4>\r
 114 \r
 115 <p>We offer the code under <a href=\r
 116 "http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt">Apache licence</a>.  The code archive contains the complete <a href=\r
 117 "http://www.eclipse.org">Eclipse</a> JABAWS project, but Eclipse is not\r
 118 necessary to build it. Please examine the Ant build file (build.xml)\r
 119 to build and test JABAWS from sources.</p>\r
 120 \r
 121 <ul>\r
 122 <li>A complete Eclipse project package: <a href=\r
 123 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/jaba-project.zip">download</a>\r
 124 (82M)</li>\r
 125 \r
 126 <li>JABAWS source  only package: <a href=\r
 127 "archive/jaba-source.jar">download</a> (250K)</li>\r
 128 </ul>\r
 129 \r
 130 <br />\r
 131 <br />\r
 132 </div>\r
 133 \r
 134 <!--body end -->\r
 135 </div>\r
 136 \r
 137 <!--source end -->\r
 138 </div>\r
 139 \r
 140 <!-- content end-->\r
 141 <div id="copyright">Last update: 17 November 2010<br />\r
 142  Peter Troshin and Geoff Barton, The Barton Group, University of\r
 143 Dundee, UK</div>\r
 144 </div>\r
 145 \r
 146 <!-- wrapper end-->\r
 147 </div><!-- page end-->\r
 148 <!-- Google analitics -->\r
 149 <script type="text/javascript">\r
 150 var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");\r
 151 document.write(unescape("%3Cscript src='" + gaJsHost + "google-analytics.com/ga.js' type='text/javascript'%3E%3C/script%3E"));\r
 152 </script>\r
 153 <script type="text/javascript">\r
 154 try{\r
 155 var pageTracker = _gat._getTracker("UA-5356328-1");\r
 156 pageTracker._trackPageview();\r
 157 } catch(err) {}\r
 158 </script>\r
 159 \r
 160 </body>\r
 161 </html>\r
 162 \r