website/full_javadoc/compbio/metadata/Limit.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_14) on Wed Feb 17 16:46:50 GMT 2010 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 Limit\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2010-02-17">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="Limit";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/Limit.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
  59 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../../index.html?compbio/metadata/Limit.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="Limit.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 <TR>\r
  78 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  79   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
  80 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  81 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
  82 </TR>\r
  83 </TABLE>\r
  84 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  85 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  86 \r
  87 <HR>\r
  88 <!-- ======== START OF CLASS DATA ======== -->\r
  89 <H2>\r
  90 <FONT SIZE="-1">\r
  91 compbio.metadata</FONT>\r
  92 <BR>\r
  93 Class Limit&lt;T&gt;</H2>\r
  94 <PRE>\r
  95 java.lang.Object\r
  96   <IMG SRC="../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.metadata.Limit&lt;T&gt;</B>\r
  97 </PRE>\r
  98 <DL>\r
  99 <DT><DT><B>Type Parameters:</B><DD><CODE>T</CODE> - the type of an executable for which this limit is defined.</DL>\r
 100 <HR>\r
 101 <DL>\r
 102 <DT><PRE>public class <B>Limit&lt;T&gt;</B><DT>extends java.lang.Object</DL>\r
 103 </PRE>\r
 104 \r
 105 <P>\r
 106 A value object containing a maximum number of sequences and a maximum average
 107  sequence length for a preset.\r
 108 <P>\r
 109 \r
 110 <P>\r
 111 <DL>\r
 112 <DT><B>Author:</B></DT>\r
 113   <DD>pvtroshin
 114
 115          Date January 2010</DD>\r
 116 <DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../compbio/metadata/LimitsManager.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>LimitsManager</CODE></A></DL>\r
 117 <HR>\r
 118 \r
 119 <P>\r
 120 \r
 121 <!-- ======== CONSTRUCTOR SUMMARY ======== -->\r
 122 \r
 123 <A NAME="constructor_summary"><!-- --></A>\r
 124 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 125 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 126 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 127 <B>Constructor Summary</B></FONT></TH>\r
 128 </TR>\r
 129 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 130 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#Limit(int, int, java.lang.String)">Limit</A></B>(int&nbsp;seqNumber,\r
 131       int&nbsp;seqLength,\r
 132       java.lang.String&nbsp;preset)</CODE>\r
 133 \r
 134 <BR>\r
 135 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 136 </TR>\r
 137 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 138 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#Limit(int, int, java.lang.String, boolean)">Limit</A></B>(int&nbsp;seqNumber,\r
 139       int&nbsp;seqLength,\r
 140       java.lang.String&nbsp;preset,\r
 141       boolean&nbsp;isDefault)</CODE>\r
 142 \r
 143 <BR>\r
 144 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 145 </TR>\r
 146 </TABLE>\r
 147 &nbsp;\r
 148 <!-- ========== METHOD SUMMARY =========== -->\r
 149 \r
 150 <A NAME="method_summary"><!-- --></A>\r
 151 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 152 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 153 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 154 <B>Method Summary</B></FONT></TH>\r
 155 </TR>\r
 156 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 157 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 158 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
 159 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</CODE>\r
 160 \r
 161 <BR>\r
 162 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 163 </TR>\r
 164 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 165 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 166 <CODE>&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
 167 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#getAvgSeqLength()">getAvgSeqLength</A></B>()</CODE>\r
 168 \r
 169 <BR>\r
 170 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 171 </TR>\r
 172 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 173 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 174 <CODE>static&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
 175 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#getAvgSequenceLength(java.util.List)">getAvgSequenceLength</A></B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;data)</CODE>\r
 176 \r
 177 <BR>\r
 178 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Calculates an average sequence length of the dataset</TD>\r
 179 </TR>\r
 180 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 181 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 182 <CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 183 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#getPreset()">getPreset</A></B>()</CODE>\r
 184 \r
 185 <BR>\r
 186 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 187 </TR>\r
 188 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 189 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 190 <CODE>&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
 191 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#getSeqNumber()">getSeqNumber</A></B>()</CODE>\r
 192 \r
 193 <BR>\r
 194 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 195 </TR>\r
 196 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 197 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 198 <CODE>&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
 199 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#hashCode()">hashCode</A></B>()</CODE>\r
 200 \r
 201 <BR>\r
 202 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 203 </TR>\r
 204 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 205 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 206 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
 207 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#isDefault()">isDefault</A></B>()</CODE>\r
 208 \r
 209 <BR>\r
 210 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 211 </TR>\r
 212 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 213 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 214 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
 215 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#isExceeded(java.util.List)">isExceeded</A></B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;data)</CODE>\r
 216 \r
 217 <BR>\r
 218 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Checks if the number of sequences or their average length in the dataset
 219  exceeds limits the values defined by this Limit</TD>\r
 220 </TR>\r
 221 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 222 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 223 <CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 224 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Limit.html#toString()">toString</A></B>()</CODE>\r
 225 \r
 226 <BR>\r
 227 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 228 </TR>\r
 229 </TABLE>\r
 230 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 231 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 232 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 233 <TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.Object</B></TH>\r
 234 </TR>\r
 235 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 236 <TD><CODE>getClass, notify, notifyAll, wait, wait, wait</CODE></TD>\r
 237 </TR>\r
 238 </TABLE>\r
 239 &nbsp;\r
 240 <P>\r
 241 \r
 242 <!-- ========= CONSTRUCTOR DETAIL ======== -->\r
 243 \r
 244 <A NAME="constructor_detail"><!-- --></A>\r
 245 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 246 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 247 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 248 <B>Constructor Detail</B></FONT></TH>\r
 249 </TR>\r
 250 </TABLE>\r
 251 \r
 252 <A NAME="Limit(int, int, java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 253 Limit</H3>\r
 254 <PRE>\r
 255 public <B>Limit</B>(int&nbsp;seqNumber,\r
 256              int&nbsp;seqLength,\r
 257              java.lang.String&nbsp;preset)</PRE>\r
 258 <DL>\r
 259 </DL>\r
 260 <HR>\r
 261 \r
 262 <A NAME="Limit(int, int, java.lang.String, boolean)"><!-- --></A><H3>\r
 263 Limit</H3>\r
 264 <PRE>\r
 265 public <B>Limit</B>(int&nbsp;seqNumber,\r
 266              int&nbsp;seqLength,\r
 267              java.lang.String&nbsp;preset,\r
 268              boolean&nbsp;isDefault)</PRE>\r
 269 <DL>\r
 270 </DL>\r
 271 \r
 272 <!-- ============ METHOD DETAIL ========== -->\r
 273 \r
 274 <A NAME="method_detail"><!-- --></A>\r
 275 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 276 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 277 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 278 <B>Method Detail</B></FONT></TH>\r
 279 </TR>\r
 280 </TABLE>\r
 281 \r
 282 <A NAME="getPreset()"><!-- --></A><H3>\r
 283 getPreset</H3>\r
 284 <PRE>\r
 285 public java.lang.String <B>getPreset</B>()</PRE>\r
 286 <DL>\r
 287 <DD><DL>\r
 288 </DL>\r
 289 </DD>\r
 290 </DL>\r
 291 <HR>\r
 292 \r
 293 <A NAME="getAvgSeqLength()"><!-- --></A><H3>\r
 294 getAvgSeqLength</H3>\r
 295 <PRE>\r
 296 public int <B>getAvgSeqLength</B>()</PRE>\r
 297 <DL>\r
 298 <DD><DL>\r
 299 </DL>\r
 300 </DD>\r
 301 </DL>\r
 302 <HR>\r
 303 \r
 304 <A NAME="getSeqNumber()"><!-- --></A><H3>\r
 305 getSeqNumber</H3>\r
 306 <PRE>\r
 307 public int <B>getSeqNumber</B>()</PRE>\r
 308 <DL>\r
 309 <DD><DL>\r
 310 </DL>\r
 311 </DD>\r
 312 </DL>\r
 313 <HR>\r
 314 \r
 315 <A NAME="isDefault()"><!-- --></A><H3>\r
 316 isDefault</H3>\r
 317 <PRE>\r
 318 public boolean <B>isDefault</B>()</PRE>\r
 319 <DL>\r
 320 <DD><DL>\r
 321 </DL>\r
 322 </DD>\r
 323 </DL>\r
 324 <HR>\r
 325 \r
 326 <A NAME="hashCode()"><!-- --></A><H3>\r
 327 hashCode</H3>\r
 328 <PRE>\r
 329 public int <B>hashCode</B>()</PRE>\r
 330 <DL>\r
 331 <DD><DL>\r
 332 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>hashCode</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
 333 </DD>\r
 334 <DD><DL>\r
 335 </DL>\r
 336 </DD>\r
 337 </DL>\r
 338 <HR>\r
 339 \r
 340 <A NAME="equals(java.lang.Object)"><!-- --></A><H3>\r
 341 equals</H3>\r
 342 <PRE>\r
 343 public boolean <B>equals</B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</PRE>\r
 344 <DL>\r
 345 <DD><DL>\r
 346 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>equals</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
 347 </DD>\r
 348 <DD><DL>\r
 349 </DL>\r
 350 </DD>\r
 351 </DL>\r
 352 <HR>\r
 353 \r
 354 <A NAME="toString()"><!-- --></A><H3>\r
 355 toString</H3>\r
 356 <PRE>\r
 357 public java.lang.String <B>toString</B>()</PRE>\r
 358 <DL>\r
 359 <DD><DL>\r
 360 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>toString</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
 361 </DD>\r
 362 <DD><DL>\r
 363 </DL>\r
 364 </DD>\r
 365 </DL>\r
 366 <HR>\r
 367 \r
 368 <A NAME="isExceeded(java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 369 isExceeded</H3>\r
 370 <PRE>\r
 371 public boolean <B>isExceeded</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;data)</PRE>\r
 372 <DL>\r
 373 <DD>Checks if the number of sequences or their average length in the dataset
 374  exceeds limits the values defined by this Limit\r
 375 <P>\r
 376 <DD><DL>\r
 377 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>data</CODE> - \r
 378 <DT><B>Returns:</B><DD>true if a limit is exceeded (what is the dataset is larger then
 379          the limit), false otherwise.</DL>\r
 380 </DD>\r
 381 </DL>\r
 382 <HR>\r
 383 \r
 384 <A NAME="getAvgSequenceLength(java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 385 getAvgSequenceLength</H3>\r
 386 <PRE>\r
 387 public static int <B>getAvgSequenceLength</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;data)</PRE>\r
 388 <DL>\r
 389 <DD>Calculates an average sequence length of the dataset\r
 390 <P>\r
 391 <DD><DL>\r
 392 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>data</CODE> - \r
 393 <DT><B>Returns:</B><DD>an average sequence length in the input dataset</DL>\r
 394 </DD>\r
 395 </DL>\r
 396 <!-- ========= END OF CLASS DATA ========= -->\r
 397 <HR>\r
 398 \r
 399 \r
 400 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 401 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 402 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 403 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 404 <TR>\r
 405 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 406 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 407 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
 408   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
 409   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 410   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 411   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
 412   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/Limit.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 413   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 414   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 415   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 416   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 417   </TR>\r
 418 </TABLE>\r
 419 </TD>\r
 420 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 421 </EM>\r
 422 </TD>\r
 423 </TR>\r
 424 \r
 425 <TR>\r
 426 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 427 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
 428 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
 429 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 430   <A HREF="../../index.html?compbio/metadata/Limit.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 431 &nbsp;<A HREF="Limit.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 432 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 433   <!--\r
 434   if(window==top) {\r
 435     document.writeln('<A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 436   }\r
 437   //-->\r
 438 </SCRIPT>\r
 439 <NOSCRIPT>\r
 440   <A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 441 </NOSCRIPT>\r
 442 \r
 443 \r
 444 </FONT></TD>\r
 445 </TR>\r
 446 <TR>\r
 447 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
 448   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
 449 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
 450 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
 451 </TR>\r
 452 </TABLE>\r
 453 <A NAME="skip-navbar_bottom"></A>\r
 454 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
 455 \r
 456 <HR>\r
 457 \r
 458 </BODY>\r
 459 </HTML>\r