website/full_javadoc/compbio/metadata/Option.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_24) on Fri Aug 12 14:32:35 BST 2011 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 Option\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2011-08-12">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="Option";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/Option.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/LimitsManager.html" title="class in compbio.metadata"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
  59 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../../index.html?compbio/metadata/Option.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="Option.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 <TR>\r
  78 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  79   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
  80 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  81 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
  82 </TR>\r
  83 </TABLE>\r
  84 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  85 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  86 \r
  87 <HR>\r
  88 <!-- ======== START OF CLASS DATA ======== -->\r
  89 <H2>\r
  90 <FONT SIZE="-1">\r
  91 compbio.metadata</FONT>\r
  92 <BR>\r
  93 Class Option&lt;T&gt;</H2>\r
  94 <PRE>\r
  95 <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
  96   <IMG SRC="../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.metadata.Option&lt;T&gt;</B>\r
  97 </PRE>\r
  98 <DL>\r
  99 <DT><DT><B>Type Parameters:</B><DD><CODE>T</CODE> - type of executable</DL>\r
 100 <DL>\r
 101 <DT><B>All Implemented Interfaces:</B> <DD><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>&lt;T&gt;</DD>\r
 102 </DL>\r
 103 <DL>\r
 104 <DT><B>Direct Known Subclasses:</B> <DD><A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A></DD>\r
 105 </DL>\r
 106 <HR>\r
 107 <DL>\r
 108 <DT><PRE>public class <B>Option&lt;T&gt;</B><DT>extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A><DT>implements <A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>&lt;T&gt;</DL>\r
 109 </PRE>\r
 110 \r
 111 <P>\r
 112 Command line option/flag or multiple exclusive options with no value. Example
 113  -protein, -dna, -auto\r
 114 <P>\r
 115 \r
 116 <P>\r
 117 <DL>\r
 118 <DT><B>Version:</B></DT>\r
 119   <DD>1.0 October 2009</DD>\r
 120 <DT><B>Author:</B></DT>\r
 121   <DD>pvtroshin</DD>\r
 122 </DL>\r
 123 <HR>\r
 124 \r
 125 <P>\r
 126 \r
 127 <!-- ======== CONSTRUCTOR SUMMARY ======== -->\r
 128 \r
 129 <A NAME="constructor_summary"><!-- --></A>\r
 130 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 131 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 132 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 133 <B>Constructor Summary</B></FONT></TH>\r
 134 </TR>\r
 135 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 136 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#Option(java.lang.String, java.lang.String)">Option</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name,\r
 137        <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;description)</CODE>\r
 138 \r
 139 <BR>\r
 140 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 141 </TR>\r
 142 </TABLE>\r
 143 &nbsp;\r
 144 <!-- ========== METHOD SUMMARY =========== -->\r
 145 \r
 146 <A NAME="method_summary"><!-- --></A>\r
 147 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 148 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 149 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 150 <B>Method Summary</B></FONT></TH>\r
 151 </TR>\r
 152 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 153 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 154 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 155 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#addOptionNames(java.lang.String...)">addOptionNames</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>...&nbsp;value)</CODE>\r
 156 \r
 157 <BR>\r
 158 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Adds an option to the optionName list</TD>\r
 159 </TR>\r
 160 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 161 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 162 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
 163 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</CODE>\r
 164 \r
 165 <BR>\r
 166 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 167 </TR>\r
 168 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 169 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 170 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 171 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getDefaultValue()">getDefaultValue</A></B>()</CODE>\r
 172 \r
 173 <BR>\r
 174 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;A default value of the option.</TD>\r
 175 </TR>\r
 176 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 177 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 178 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 179 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getDescription()">getDescription</A></B>()</CODE>\r
 180 \r
 181 <BR>\r
 182 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;A long description of the Option</TD>\r
 183 </TR>\r
 184 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 185 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 186 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/net/URL.html?is-external=true" title="class or interface in java.net">URL</A></CODE></FONT></TD>\r
 187 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getFurtherDetails()">getFurtherDetails</A></B>()</CODE>\r
 188 \r
 189 <BR>\r
 190 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;The URL where further details about the option can be found</TD>\r
 191 </TR>\r
 192 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 193 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 194 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 195 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getName()">getName</A></B>()</CODE>\r
 196 \r
 197 <BR>\r
 198 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Human readable name of the option</TD>\r
 199 </TR>\r
 200 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 201 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 202 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 203 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getOptionNames()">getOptionNames</A></B>()</CODE>\r
 204 \r
 205 <BR>\r
 206 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 207 </TR>\r
 208 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 209 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 210 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 211 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#getPossibleValues()">getPossibleValues</A></B>()</CODE>\r
 212 \r
 213 <BR>\r
 214 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;List of possible optionNames</TD>\r
 215 </TR>\r
 216 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 217 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 218 <CODE>&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
 219 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#hashCode()">hashCode</A></B>()</CODE>\r
 220 \r
 221 <BR>\r
 222 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 223 </TR>\r
 224 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 225 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 226 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
 227 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#isRequired()">isRequired</A></B>()</CODE>\r
 228 \r
 229 <BR>\r
 230 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Flag that indicated that this option must be specified in the command
 231  line for an executable to run</TD>\r
 232 </TR>\r
 233 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 234 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 235 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 236 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setDefaultValue(java.lang.String)">setDefaultValue</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;defaultVal)</CODE>\r
 237 \r
 238 <BR>\r
 239 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Sets one of the values defined in optionList as default.</TD>\r
 240 </TR>\r
 241 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 242 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 243 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 244 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setDescription(java.lang.String)">setDescription</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;description)</CODE>\r
 245 \r
 246 <BR>\r
 247 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 248 </TR>\r
 249 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 250 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 251 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 252 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setFurtherDetails(java.net.URL)">setFurtherDetails</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/net/URL.html?is-external=true" title="class or interface in java.net">URL</A>&nbsp;furtherDetails)</CODE>\r
 253 \r
 254 <BR>\r
 255 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 256 </TR>\r
 257 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 258 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 259 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 260 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setName(java.lang.String)">setName</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name)</CODE>\r
 261 \r
 262 <BR>\r
 263 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 264 </TR>\r
 265 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 266 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 267 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 268 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setOptionNames(java.util.Set)">setOptionNames</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;optionNames)</CODE>\r
 269 \r
 270 <BR>\r
 271 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 272 </TR>\r
 273 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 274 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 275 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 276 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setRequired(boolean)">setRequired</A></B>(boolean&nbsp;isRequired)</CODE>\r
 277 \r
 278 <BR>\r
 279 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 280 </TR>\r
 281 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 282 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 283 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 284 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#setValue(java.lang.String)">setValue</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;dValue)</CODE>\r
 285 \r
 286 <BR>\r
 287 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Set default values for the parameter or an option</TD>\r
 288 </TR>\r
 289 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 290 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 291 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 292 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#toCommand(java.lang.String)">toCommand</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;nameValueSeparator)</CODE>\r
 293 \r
 294 <BR>\r
 295 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Convert the option to the command string.</TD>\r
 296 </TR>\r
 297 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 298 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 299 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 300 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/Option.html#toString()">toString</A></B>()</CODE>\r
 301 \r
 302 <BR>\r
 303 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 304 </TR>\r
 305 </TABLE>\r
 306 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 307 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 308 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 309 <TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
 310 </TR>\r
 311 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 312 <TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
 313 </TR>\r
 314 </TABLE>\r
 315 &nbsp;\r
 316 <P>\r
 317 \r
 318 <!-- ========= CONSTRUCTOR DETAIL ======== -->\r
 319 \r
 320 <A NAME="constructor_detail"><!-- --></A>\r
 321 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 322 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 323 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 324 <B>Constructor Detail</B></FONT></TH>\r
 325 </TR>\r
 326 </TABLE>\r
 327 \r
 328 <A NAME="Option(java.lang.String, java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 329 Option</H3>\r
 330 <PRE>\r
 331 public <B>Option</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name,\r
 332               <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;description)</PRE>\r
 333 <DL>\r
 334 </DL>\r
 335 \r
 336 <!-- ============ METHOD DETAIL ========== -->\r
 337 \r
 338 <A NAME="method_detail"><!-- --></A>\r
 339 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 340 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 341 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 342 <B>Method Detail</B></FONT></TH>\r
 343 </TR>\r
 344 </TABLE>\r
 345 \r
 346 <A NAME="getName()"><!-- --></A><H3>\r
 347 getName</H3>\r
 348 <PRE>\r
 349 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getName</B>()</PRE>\r
 350 <DL>\r
 351 <DD>Human readable name of the option\r
 352 <P>\r
 353 <DD><DL>\r
 354 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html#getName()">getName</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="type parameter in Option">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
 355 </DD>\r
 356 <DD><DL>\r
 357 </DL>\r
 358 </DD>\r
 359 </DL>\r
 360 <HR>\r
 361 \r
 362 <A NAME="setName(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 363 setName</H3>\r
 364 <PRE>\r
 365 public void <B>setName</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;name)</PRE>\r
 366 <DL>\r
 367 <DD><DL>\r
 368 </DL>\r
 369 </DD>\r
 370 <DD><DL>\r
 371 </DL>\r
 372 </DD>\r
 373 </DL>\r
 374 <HR>\r
 375 \r
 376 <A NAME="getDescription()"><!-- --></A><H3>\r
 377 getDescription</H3>\r
 378 <PRE>\r
 379 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getDescription</B>()</PRE>\r
 380 <DL>\r
 381 <DD>A long description of the Option\r
 382 <P>\r
 383 <DD><DL>\r
 384 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html#getDescription()">getDescription</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="type parameter in Option">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
 385 </DD>\r
 386 <DD><DL>\r
 387 </DL>\r
 388 </DD>\r
 389 </DL>\r
 390 <HR>\r
 391 \r
 392 <A NAME="setDescription(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 393 setDescription</H3>\r
 394 <PRE>\r
 395 public void <B>setDescription</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;description)</PRE>\r
 396 <DL>\r
 397 <DD><DL>\r
 398 </DL>\r
 399 </DD>\r
 400 <DD><DL>\r
 401 </DL>\r
 402 </DD>\r
 403 </DL>\r
 404 <HR>\r
 405 \r
 406 <A NAME="getFurtherDetails()"><!-- --></A><H3>\r
 407 getFurtherDetails</H3>\r
 408 <PRE>\r
 409 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/net/URL.html?is-external=true" title="class or interface in java.net">URL</A> <B>getFurtherDetails</B>()</PRE>\r
 410 <DL>\r
 411 <DD>The URL where further details about the option can be found\r
 412 <P>\r
 413 <DD><DL>\r
 414 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html#getFurtherDetails()">getFurtherDetails</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="type parameter in Option">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
 415 </DD>\r
 416 <DD><DL>\r
 417 </DL>\r
 418 </DD>\r
 419 </DL>\r
 420 <HR>\r
 421 \r
 422 <A NAME="setFurtherDetails(java.net.URL)"><!-- --></A><H3>\r
 423 setFurtherDetails</H3>\r
 424 <PRE>\r
 425 public void <B>setFurtherDetails</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/net/URL.html?is-external=true" title="class or interface in java.net">URL</A>&nbsp;furtherDetails)</PRE>\r
 426 <DL>\r
 427 <DD><DL>\r
 428 </DL>\r
 429 </DD>\r
 430 <DD><DL>\r
 431 </DL>\r
 432 </DD>\r
 433 </DL>\r
 434 <HR>\r
 435 \r
 436 <A NAME="getDefaultValue()"><!-- --></A><H3>\r
 437 getDefaultValue</H3>\r
 438 <PRE>\r
 439 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>getDefaultValue</B>()</PRE>\r
 440 <DL>\r
 441 <DD>A default value of the option. Defaults to command line argument name
 442  e.g. -auto\r
 443 <P>\r
 444 <DD><DL>\r
 445 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html#getDefaultValue()">getDefaultValue</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="type parameter in Option">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
 446 </DD>\r
 447 <DD><DL>\r
 448 </DL>\r
 449 </DD>\r
 450 </DL>\r
 451 <HR>\r
 452 \r
 453 <A NAME="setDefaultValue(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 454 setDefaultValue</H3>\r
 455 <PRE>\r
 456 public void <B>setDefaultValue</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;defaultVal)\r
 457                      throws <A HREF="../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
 458 <DL>\r
 459 <DD>Sets one of the values defined in optionList as default. Attempting set
 460  the value not listed there will result in WrongParameter exception\r
 461 <P>\r
 462 <DD><DL>\r
 463 </DL>\r
 464 </DD>\r
 465 <DD><DL>\r
 466 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>defaultVal</CODE> - \r
 467 <DT><B>Throws:</B>\r
 468 <DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></CODE> - is thrown if the defaultValue is not found in optionList</DL>\r
 469 </DD>\r
 470 </DL>\r
 471 <HR>\r
 472 \r
 473 <A NAME="isRequired()"><!-- --></A><H3>\r
 474 isRequired</H3>\r
 475 <PRE>\r
 476 public boolean <B>isRequired</B>()</PRE>\r
 477 <DL>\r
 478 <DD>Flag that indicated that this option must be specified in the command
 479  line for an executable to run\r
 480 <P>\r
 481 <DD><DL>\r
 482 </DL>\r
 483 </DD>\r
 484 <DD><DL>\r
 485 \r
 486 <DT><B>Returns:</B><DD>true is the option is required, false otherwise</DL>\r
 487 </DD>\r
 488 </DL>\r
 489 <HR>\r
 490 \r
 491 <A NAME="setRequired(boolean)"><!-- --></A><H3>\r
 492 setRequired</H3>\r
 493 <PRE>\r
 494 public void <B>setRequired</B>(boolean&nbsp;isRequired)</PRE>\r
 495 <DL>\r
 496 <DD><DL>\r
 497 </DL>\r
 498 </DD>\r
 499 <DD><DL>\r
 500 </DL>\r
 501 </DD>\r
 502 </DL>\r
 503 <HR>\r
 504 \r
 505 <A NAME="getOptionNames()"><!-- --></A><H3>\r
 506 getOptionNames</H3>\r
 507 <PRE>\r
 508 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>getOptionNames</B>()</PRE>\r
 509 <DL>\r
 510 <DD><DL>\r
 511 </DL>\r
 512 </DD>\r
 513 <DD><DL>\r
 514 \r
 515 <DT><B>Returns:</B><DD>List of option names</DL>\r
 516 </DD>\r
 517 </DL>\r
 518 <HR>\r
 519 \r
 520 <A NAME="setOptionNames(java.util.Set)"><!-- --></A><H3>\r
 521 setOptionNames</H3>\r
 522 <PRE>\r
 523 public void <B>setOptionNames</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt;&nbsp;optionNames)</PRE>\r
 524 <DL>\r
 525 <DD><DL>\r
 526 </DL>\r
 527 </DD>\r
 528 <DD><DL>\r
 529 </DL>\r
 530 </DD>\r
 531 </DL>\r
 532 <HR>\r
 533 \r
 534 <A NAME="addOptionNames(java.lang.String...)"><!-- --></A><H3>\r
 535 addOptionNames</H3>\r
 536 <PRE>\r
 537 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/Set.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">Set</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>addOptionNames</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>...&nbsp;value)</PRE>\r
 538 <DL>\r
 539 <DD>Adds an option to the optionName list\r
 540 <P>\r
 541 <DD><DL>\r
 542 </DL>\r
 543 </DD>\r
 544 <DD><DL>\r
 545 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>value</CODE> - \r
 546 <DT><B>Returns:</B><DD>modified optionName list</DL>\r
 547 </DD>\r
 548 </DL>\r
 549 <HR>\r
 550 \r
 551 <A NAME="toString()"><!-- --></A><H3>\r
 552 toString</H3>\r
 553 <PRE>\r
 554 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>toString</B>()</PRE>\r
 555 <DL>\r
 556 <DD><DL>\r
 557 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#toString()" title="class or interface in java.lang">toString</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
 558 </DD>\r
 559 <DD><DL>\r
 560 </DL>\r
 561 </DD>\r
 562 </DL>\r
 563 <HR>\r
 564 \r
 565 <A NAME="toCommand(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 566 toCommand</H3>\r
 567 <PRE>\r
 568 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>toCommand</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;nameValueSeparator)</PRE>\r
 569 <DL>\r
 570 <DD>Convert the option to the command string.\r
 571 <P>\r
 572 <DD><DL>\r
 573 </DL>\r
 574 </DD>\r
 575 <DD><DL>\r
 576 \r
 577 <DT><B>Returns:</B><DD>If only one optionName is defined, than it is returned, if many
 578          option names are defined, then the defaultValue is returned.
 579          Option must have a default value if there are many optionNames to
 580          be valid.</DL>\r
 581 </DD>\r
 582 </DL>\r
 583 <HR>\r
 584 \r
 585 <A NAME="equals(java.lang.Object)"><!-- --></A><H3>\r
 586 equals</H3>\r
 587 <PRE>\r
 588 public boolean <B>equals</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A>&nbsp;obj)</PRE>\r
 589 <DL>\r
 590 <DD><DL>\r
 591 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#equals(java.lang.Object)" title="class or interface in java.lang">equals</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
 592 </DD>\r
 593 <DD><DL>\r
 594 </DL>\r
 595 </DD>\r
 596 </DL>\r
 597 <HR>\r
 598 \r
 599 <A NAME="hashCode()"><!-- --></A><H3>\r
 600 hashCode</H3>\r
 601 <PRE>\r
 602 public int <B>hashCode</B>()</PRE>\r
 603 <DL>\r
 604 <DD><DL>\r
 605 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#hashCode()" title="class or interface in java.lang">hashCode</A></CODE> in class <CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></CODE></DL>\r
 606 </DD>\r
 607 <DD><DL>\r
 608 </DL>\r
 609 </DD>\r
 610 </DL>\r
 611 <HR>\r
 612 \r
 613 <A NAME="getPossibleValues()"><!-- --></A><H3>\r
 614 getPossibleValues</H3>\r
 615 <PRE>\r
 616 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&gt; <B>getPossibleValues</B>()</PRE>\r
 617 <DL>\r
 618 <DD>List of possible optionNames\r
 619 <P>\r
 620 <DD><DL>\r
 621 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html#getPossibleValues()">getPossibleValues</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="type parameter in Option">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
 622 </DD>\r
 623 <DD><DL>\r
 624 \r
 625 <DT><B>Returns:</B><DD>List of values allowed for an Argument</DL>\r
 626 </DD>\r
 627 </DL>\r
 628 <HR>\r
 629 \r
 630 <A NAME="setValue(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 631 setValue</H3>\r
 632 <PRE>\r
 633 public void <B>setValue</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;dValue)\r
 634               throws <A HREF="../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
 635 <DL>\r
 636 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html#setValue(java.lang.String)">Argument</A></CODE></B></DD>\r
 637 <DD>Set default values for the parameter or an option\r
 638 <P>\r
 639 <DD><DL>\r
 640 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html#setValue(java.lang.String)">setValue</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata">Argument</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="type parameter in Option">T</A>&gt;</CODE></DL>\r
 641 </DD>\r
 642 <DD><DL>\r
 643 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>dValue</CODE> - the value to be set\r
 644 <DT><B>Throws:</B>\r
 645 <DD><CODE><A HREF="../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></CODE> - - when the value to be set is illegal. Wrong value for
 646              numeric parameter is the value defined outside it , for
 647              string type parameter, wrong value is the one which is not
 648              listed in possible values list<DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>ValueConstrain</CODE></A></DL>\r
 649 </DD>\r
 650 </DL>\r
 651 <!-- ========= END OF CLASS DATA ========= -->\r
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 702 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
 703   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
 704 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
 705 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
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