website/full_javadoc/compbio/metadata/RunnerConfig.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_14) on Wed Feb 17 16:46:50 GMT 2010 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 RunnerConfig\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2010-02-17">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="RunnerConfig";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/RunnerConfig.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/ResultNotAvailableException.html" title="class in compbio.metadata"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
  59 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../../index.html?compbio/metadata/RunnerConfig.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="RunnerConfig.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 <TR>\r
  78 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  79   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
  80 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  81 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
  82 </TR>\r
  83 </TABLE>\r
  84 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  85 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  86 \r
  87 <HR>\r
  88 <!-- ======== START OF CLASS DATA ======== -->\r
  89 <H2>\r
  90 <FONT SIZE="-1">\r
  91 compbio.metadata</FONT>\r
  92 <BR>\r
  93 Class RunnerConfig&lt;T&gt;</H2>\r
  94 <PRE>\r
  95 java.lang.Object\r
  96   <IMG SRC="../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.metadata.RunnerConfig&lt;T&gt;</B>\r
  97 </PRE>\r
  98 <DL>\r
  99 <DT><DT><B>Type Parameters:</B><DD><CODE>T</CODE> - type of an Executable</DL>\r
 100 <HR>\r
 101 <DL>\r
 102 <DT><PRE><FONT SIZE="-1">@NotThreadSafe\r
 103 </FONT>public class <B>RunnerConfig&lt;T&gt;</B><DT>extends java.lang.Object</DL>\r
 104 </PRE>\r
 105 \r
 106 <P>\r
 107 The list of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Parameter</CODE></A>s and <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Option</CODE></A>s supported by executable.\r
 108 <P>\r
 109 \r
 110 <P>\r
 111 <DL>\r
 112 <DT><B>Author:</B></DT>\r
 113   <DD>pvtroshin
 114
 115          Date October 2009</DD>\r
 116 </DL>\r
 117 <HR>\r
 118 \r
 119 <P>\r
 120 \r
 121 <!-- ======== CONSTRUCTOR SUMMARY ======== -->\r
 122 \r
 123 <A NAME="constructor_summary"><!-- --></A>\r
 124 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 125 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 126 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 127 <B>Constructor Summary</B></FONT></TH>\r
 128 </TR>\r
 129 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 130 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#RunnerConfig()">RunnerConfig</A></B>()</CODE>\r
 131 \r
 132 <BR>\r
 133 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 134 </TR>\r
 135 </TABLE>\r
 136 &nbsp;\r
 137 <!-- ========== METHOD SUMMARY =========== -->\r
 138 \r
 139 <A NAME="method_summary"><!-- --></A>\r
 140 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 141 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 142 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 143 <B>Method Summary</B></FONT></TH>\r
 144 </TR>\r
 145 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 146 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 147 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 148 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#addOption(compbio.metadata.Option)">addOption</A></B>(<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&nbsp;option)</CODE>\r
 149 \r
 150 <BR>\r
 151 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 152 </TR>\r
 153 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 154 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 155 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 156 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#addParameter(compbio.metadata.Parameter)">addParameter</A></B>(<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&nbsp;param)</CODE>\r
 157 \r
 158 <BR>\r
 159 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 160 </TR>\r
 161 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 162 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 163 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 164 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#copyAndValidateRConfig(compbio.metadata.RunnerConfig)">copyAndValidateRConfig</A></B>(<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;?&gt;&nbsp;runnerConf)</CODE>\r
 165 \r
 166 <BR>\r
 167 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 168 </TR>\r
 169 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 170 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 171 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
 172 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#equals(java.lang.Object)">equals</A></B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</CODE>\r
 173 \r
 174 <BR>\r
 175 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 176 </TR>\r
 177 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 178 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 179 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 180 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getArgument(java.lang.String)">getArgument</A></B>(java.lang.String&nbsp;name)</CODE>\r
 181 \r
 182 <BR>\r
 183 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Returns the argument by its name if found, NULL otherwise</TD>\r
 184 </TR>\r
 185 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 186 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 187 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 188 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getArgumentByOptionName(java.lang.String)">getArgumentByOptionName</A></B>(java.lang.String&nbsp;optionName)</CODE>\r
 189 \r
 190 <BR>\r
 191 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Returns the argument by option name, NULL if the argument is not found</TD>\r
 192 </TR>\r
 193 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 194 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 195 <CODE>&nbsp;java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 196 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getArguments()">getArguments</A></B>()</CODE>\r
 197 \r
 198 <BR>\r
 199 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 200 </TR>\r
 201 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 202 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 203 <CODE>&nbsp;java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 204 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getOptions()">getOptions</A></B>()</CODE>\r
 205 \r
 206 <BR>\r
 207 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 208 </TR>\r
 209 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 210 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 211 <CODE>&nbsp;java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 212 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getParameters()">getParameters</A></B>()</CODE>\r
 213 \r
 214 <BR>\r
 215 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 216 </TR>\r
 217 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 218 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 219 <CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 220 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getPrmSeparator()">getPrmSeparator</A></B>()</CODE>\r
 221 \r
 222 <BR>\r
 223 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 224 </TR>\r
 225 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 226 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 227 <CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 228 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#getRunnerClassName()">getRunnerClassName</A></B>()</CODE>\r
 229 \r
 230 <BR>\r
 231 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 232 </TR>\r
 233 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 234 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 235 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
 236 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#removeArgument(java.lang.String)">removeArgument</A></B>(java.lang.String&nbsp;name)</CODE>\r
 237 \r
 238 <BR>\r
 239 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Removes the argument <A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata"><CODE>Argument</CODE></A> if found.</TD>\r
 240 </TR>\r
 241 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 242 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 243 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
 244 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#removeArgumentByOptionName(java.lang.String)">removeArgumentByOptionName</A></B>(java.lang.String&nbsp;optionName)</CODE>\r
 245 \r
 246 <BR>\r
 247 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Removes the argument</TD>\r
 248 </TR>\r
 249 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 250 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 251 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 252 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setOptions(java.util.List)">setOptions</A></B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;&nbsp;parameters)</CODE>\r
 253 \r
 254 <BR>\r
 255 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 256 </TR>\r
 257 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 258 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 259 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 260 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setParameters(java.util.List)">setParameters</A></B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;&nbsp;parameters)</CODE>\r
 261 \r
 262 <BR>\r
 263 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 264 </TR>\r
 265 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 266 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 267 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 268 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setPrmSeparator(java.lang.String)">setPrmSeparator</A></B>(java.lang.String&nbsp;prmSeparator)</CODE>\r
 269 \r
 270 <BR>\r
 271 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 272 </TR>\r
 273 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 274 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 275 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 276 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#setRunnerClassName(java.lang.String)">setRunnerClassName</A></B>(java.lang.String&nbsp;runnerClassName)</CODE>\r
 277 \r
 278 <BR>\r
 279 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 280 </TR>\r
 281 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 282 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 283 <CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 284 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#toString()">toString</A></B>()</CODE>\r
 285 \r
 286 <BR>\r
 287 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 288 </TR>\r
 289 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 290 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 291 <CODE>&nbsp;void</CODE></FONT></TD>\r
 292 <TD><CODE><B><A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html#validate()">validate</A></B>()</CODE>\r
 293 \r
 294 <BR>\r
 295 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Validate the arguments</TD>\r
 296 </TR>\r
 297 </TABLE>\r
 298 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 299 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 300 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 301 <TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.Object</B></TH>\r
 302 </TR>\r
 303 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 304 <TD><CODE>getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait</CODE></TD>\r
 305 </TR>\r
 306 </TABLE>\r
 307 &nbsp;\r
 308 <P>\r
 309 \r
 310 <!-- ========= CONSTRUCTOR DETAIL ======== -->\r
 311 \r
 312 <A NAME="constructor_detail"><!-- --></A>\r
 313 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 314 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 315 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 316 <B>Constructor Detail</B></FONT></TH>\r
 317 </TR>\r
 318 </TABLE>\r
 319 \r
 320 <A NAME="RunnerConfig()"><!-- --></A><H3>\r
 321 RunnerConfig</H3>\r
 322 <PRE>\r
 323 public <B>RunnerConfig</B>()</PRE>\r
 324 <DL>\r
 325 </DL>\r
 326 \r
 327 <!-- ============ METHOD DETAIL ========== -->\r
 328 \r
 329 <A NAME="method_detail"><!-- --></A>\r
 330 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 331 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 332 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 333 <B>Method Detail</B></FONT></TH>\r
 334 </TR>\r
 335 </TABLE>\r
 336 \r
 337 <A NAME="copyAndValidateRConfig(compbio.metadata.RunnerConfig)"><!-- --></A><H3>\r
 338 copyAndValidateRConfig</H3>\r
 339 <PRE>\r
 340 public <A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt; <B>copyAndValidateRConfig</B>(<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;?&gt;&nbsp;runnerConf)</PRE>\r
 341 <DL>\r
 342 <DD><DL>\r
 343 </DL>\r
 344 </DD>\r
 345 </DL>\r
 346 <HR>\r
 347 \r
 348 <A NAME="getOptions()"><!-- --></A><H3>\r
 349 getOptions</H3>\r
 350 <PRE>\r
 351 public java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt; <B>getOptions</B>()</PRE>\r
 352 <DL>\r
 353 <DD><DL>\r
 354 \r
 355 <DT><B>Returns:</B><DD>list of <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Option</CODE></A> supported by type T</DL>\r
 356 </DD>\r
 357 </DL>\r
 358 <HR>\r
 359 \r
 360 <A NAME="addParameter(compbio.metadata.Parameter)"><!-- --></A><H3>\r
 361 addParameter</H3>\r
 362 <PRE>\r
 363 public void <B>addParameter</B>(<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&nbsp;param)</PRE>\r
 364 <DL>\r
 365 <DD><DL>\r
 366 </DL>\r
 367 </DD>\r
 368 </DL>\r
 369 <HR>\r
 370 \r
 371 <A NAME="addOption(compbio.metadata.Option)"><!-- --></A><H3>\r
 372 addOption</H3>\r
 373 <PRE>\r
 374 public void <B>addOption</B>(<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&nbsp;option)</PRE>\r
 375 <DL>\r
 376 <DD><DL>\r
 377 </DL>\r
 378 </DD>\r
 379 </DL>\r
 380 <HR>\r
 381 \r
 382 <A NAME="getArguments()"><!-- --></A><H3>\r
 383 getArguments</H3>\r
 384 <PRE>\r
 385 public java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt; <B>getArguments</B>()</PRE>\r
 386 <DL>\r
 387 <DD><DL>\r
 388 \r
 389 <DT><B>Returns:</B><DD>list of <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Option</CODE></A> and <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Parameter</CODE></A> supported by type T</DL>\r
 390 </DD>\r
 391 </DL>\r
 392 <HR>\r
 393 \r
 394 <A NAME="getPrmSeparator()"><!-- --></A><H3>\r
 395 getPrmSeparator</H3>\r
 396 <PRE>\r
 397 public java.lang.String <B>getPrmSeparator</B>()</PRE>\r
 398 <DL>\r
 399 <DD><DL>\r
 400 \r
 401 <DT><B>Returns:</B><DD>name value separator character</DL>\r
 402 </DD>\r
 403 </DL>\r
 404 <HR>\r
 405 \r
 406 <A NAME="setPrmSeparator(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 407 setPrmSeparator</H3>\r
 408 <PRE>\r
 409 public void <B>setPrmSeparator</B>(java.lang.String&nbsp;prmSeparator)</PRE>\r
 410 <DL>\r
 411 <DD><DL>\r
 412 </DL>\r
 413 </DD>\r
 414 </DL>\r
 415 <HR>\r
 416 \r
 417 <A NAME="setOptions(java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 418 setOptions</H3>\r
 419 <PRE>\r
 420 public void <B>setOptions</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;&nbsp;parameters)</PRE>\r
 421 <DL>\r
 422 <DD><DL>\r
 423 </DL>\r
 424 </DD>\r
 425 </DL>\r
 426 <HR>\r
 427 \r
 428 <A NAME="getRunnerClassName()"><!-- --></A><H3>\r
 429 getRunnerClassName</H3>\r
 430 <PRE>\r
 431 public java.lang.String <B>getRunnerClassName</B>()</PRE>\r
 432 <DL>\r
 433 <DD><DL>\r
 434 \r
 435 <DT><B>Returns:</B><DD>fully qualified class name for type T</DL>\r
 436 </DD>\r
 437 </DL>\r
 438 <HR>\r
 439 \r
 440 <A NAME="setRunnerClassName(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 441 setRunnerClassName</H3>\r
 442 <PRE>\r
 443 public void <B>setRunnerClassName</B>(java.lang.String&nbsp;runnerClassName)</PRE>\r
 444 <DL>\r
 445 <DD><DL>\r
 446 </DL>\r
 447 </DD>\r
 448 </DL>\r
 449 <HR>\r
 450 \r
 451 <A NAME="setParameters(java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 452 setParameters</H3>\r
 453 <PRE>\r
 454 public void <B>setParameters</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt;&nbsp;parameters)</PRE>\r
 455 <DL>\r
 456 <DD><DL>\r
 457 </DL>\r
 458 </DD>\r
 459 </DL>\r
 460 <HR>\r
 461 \r
 462 <A NAME="getParameters()"><!-- --></A><H3>\r
 463 getParameters</H3>\r
 464 <PRE>\r
 465 public java.util.List&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata">Parameter</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt;&gt; <B>getParameters</B>()</PRE>\r
 466 <DL>\r
 467 <DD><DL>\r
 468 \r
 469 <DT><B>Returns:</B><DD>List of <A HREF="../../compbio/metadata/Parameter.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Parameter</CODE></A> supported by type T.</DL>\r
 470 </DD>\r
 471 </DL>\r
 472 <HR>\r
 473 \r
 474 <A NAME="toString()"><!-- --></A><H3>\r
 475 toString</H3>\r
 476 <PRE>\r
 477 public java.lang.String <B>toString</B>()</PRE>\r
 478 <DL>\r
 479 <DD><DL>\r
 480 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>toString</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
 481 </DD>\r
 482 <DD><DL>\r
 483 </DL>\r
 484 </DD>\r
 485 </DL>\r
 486 <HR>\r
 487 \r
 488 <A NAME="equals(java.lang.Object)"><!-- --></A><H3>\r
 489 equals</H3>\r
 490 <PRE>\r
 491 public boolean <B>equals</B>(java.lang.Object&nbsp;obj)</PRE>\r
 492 <DL>\r
 493 <DD><DL>\r
 494 <DT><B>Overrides:</B><DD><CODE>equals</CODE> in class <CODE>java.lang.Object</CODE></DL>\r
 495 </DD>\r
 496 <DD><DL>\r
 497 </DL>\r
 498 </DD>\r
 499 </DL>\r
 500 <HR>\r
 501 \r
 502 <A NAME="getArgument(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 503 getArgument</H3>\r
 504 <PRE>\r
 505 public <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt; <B>getArgument</B>(java.lang.String&nbsp;name)</PRE>\r
 506 <DL>\r
 507 <DD>Returns the argument by its name if found, NULL otherwise\r
 508 <P>\r
 509 <DD><DL>\r
 510 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>name</CODE> - \r
 511 <DT><B>Returns:</B><DD><A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata"><CODE>Argument</CODE></A></DL>\r
 512 </DD>\r
 513 </DL>\r
 514 <HR>\r
 515 \r
 516 <A NAME="removeArgument(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 517 removeArgument</H3>\r
 518 <PRE>\r
 519 public boolean <B>removeArgument</B>(java.lang.String&nbsp;name)</PRE>\r
 520 <DL>\r
 521 <DD>Removes the argument <A HREF="../../compbio/metadata/Argument.html" title="interface in compbio.metadata"><CODE>Argument</CODE></A> if found.\r
 522 <P>\r
 523 <DD><DL>\r
 524 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>name</CODE> - of the argument\r
 525 <DT><B>Returns:</B><DD>true if argument was removed, false otherwise</DL>\r
 526 </DD>\r
 527 </DL>\r
 528 <HR>\r
 529 \r
 530 <A NAME="getArgumentByOptionName(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 531 getArgumentByOptionName</H3>\r
 532 <PRE>\r
 533 public <A HREF="../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="type parameter in RunnerConfig">T</A>&gt; <B>getArgumentByOptionName</B>(java.lang.String&nbsp;optionName)</PRE>\r
 534 <DL>\r
 535 <DD>Returns the argument by option name, NULL if the argument is not found\r
 536 <P>\r
 537 <DD><DL>\r
 538 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>optionName</CODE> - - the name of the option\r
 539 <DT><B>Returns:</B><DD>Option</DL>\r
 540 </DD>\r
 541 </DL>\r
 542 <HR>\r
 543 \r
 544 <A NAME="removeArgumentByOptionName(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 545 removeArgumentByOptionName</H3>\r
 546 <PRE>\r
 547 public boolean <B>removeArgumentByOptionName</B>(java.lang.String&nbsp;optionName)</PRE>\r
 548 <DL>\r
 549 <DD>Removes the argument\r
 550 <P>\r
 551 <DD><DL>\r
 552 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>optionName</CODE> - \r
 553 <DT><B>Returns:</B><DD>true if argument with optionName exists and was removed, false
 554          otherwise</DL>\r
 555 </DD>\r
 556 </DL>\r
 557 <HR>\r
 558 \r
 559 <A NAME="validate()"><!-- --></A><H3>\r
 560 validate</H3>\r
 561 <PRE>\r
 562 public void <B>validate</B>()\r
 563               throws javax.xml.bind.ValidationException</PRE>\r
 564 <DL>\r
 565 <DD>Validate the arguments\r
 566 <P>\r
 567 <DD><DL>\r
 568 \r
 569 <DT><B>Throws:</B>\r
 570 <DD><CODE>javax.xml.bind.ValidationException</CODE> - if any of the arguments found invalid which is when
 571              <dl>
 572              <li>Parameter value outside <A HREF="../../compbio/metadata/ValueConstrain.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>ValueConstrain</CODE></A> boundary</li>
 573              <li>Parameter name is not listed in possible values</li>
 574              </dl></DL>\r
 575 </DD>\r
 576 </DL>\r
 577 <!-- ========= END OF CLASS DATA ========= -->\r
 578 <HR>\r
 579 \r
 580 \r
 581 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 582 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 583 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 584 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 585 <TR>\r
 586 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 587 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 588 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
 589   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
 590   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 591   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 592   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
 593   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/RunnerConfig.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 594   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 595   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 596   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 597   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 598   </TR>\r
 599 </TABLE>\r
 600 </TD>\r
 601 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 602 </EM>\r
 603 </TD>\r
 604 </TR>\r
 605 \r
 606 <TR>\r
 607 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 608 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/ResultNotAvailableException.html" title="class in compbio.metadata"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
 609 &nbsp;<A HREF="../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
 610 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 611   <A HREF="../../index.html?compbio/metadata/RunnerConfig.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 612 &nbsp;<A HREF="RunnerConfig.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 613 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 614   <!--\r
 615   if(window==top) {\r
 616     document.writeln('<A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 617   }\r
 618   //-->\r
 619 </SCRIPT>\r
 620 <NOSCRIPT>\r
 621   <A HREF="../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 622 </NOSCRIPT>\r
 623 \r
 624 \r
 625 </FONT></TD>\r
 626 </TR>\r
 627 <TR>\r
 628 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
 629   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
 630 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
 631 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
 632 </TR>\r
 633 </TABLE>\r
 634 <A NAME="skip-navbar_bottom"></A>\r
 635 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
 636 \r
 637 <HR>\r
 638 \r
 639 </BODY>\r
 640 </HTML>\r