website/full_javadoc/compbio/runner/disorder/package-summary.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_24) on Fri Aug 12 14:32:36 BST 2011 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 compbio.runner.disorder\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2011-08-12">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="compbio.runner.disorder";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Package</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-use.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/runner/conservation/package-summary.html"><B>PREV PACKAGE</B></A>&nbsp;\r
  59 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/package-summary.html"><B>NEXT PACKAGE</B></A></FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../../../index.html?compbio/runner/disorder/package-summary.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="package-summary.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 </TABLE>\r
  78 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  79 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  80 \r
  81 <HR>\r
  82 <H2>\r
  83 Package compbio.runner.disorder\r
  84 </H2>\r
  85 \r
  86 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  87 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
  88 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
  89 <B>Class Summary</B></FONT></TH>\r
  90 </TR>\r
  91 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
  92 <TD WIDTH="15%"><B><A HREF="../../../compbio/runner/disorder/Disembl.html" title="class in compbio.runner.disorder">Disembl</A></B></TD>\r
  93 <TD>DisEMBL.py smooth_frame peak_frame join_frame fold_coils fold_hotloops
  94  fold_rem465 sequence_file print
  95
  96  'A default run would be: ./DisEMBL.py 8 8 4 1.2 1.4 1.2 fasta_file > out'
  97
  98  This version of DisEMBL is 1.4 (latest available for download in Feb 2011)
  99  capable of outputting raw values
 100
 101  The values of the parameters are hard coded in DisEMBL.py script.</TD>\r
 102 </TR>\r
 103 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 104 <TD WIDTH="15%"><B><A HREF="../../../compbio/runner/disorder/GlobPlot.html" title="class in compbio.runner.disorder">GlobPlot</A></B></TD>\r
 105 <TD>./GlobPipe.py SmoothFrame DOMjoinFrame DOMpeakFrame DISjoinFrame DISpeakFrame
 106
 107  FASTAfile' Optimised for ELM: ./GlobPlot.py 10 8 75 8 8 sequence_file'
 108  Webserver settings: ./GlobPlot.py 10 15 74 4 5 sequence_file'
 109
 110  Hard-coded values are 10 15 74 4 5.</TD>\r
 111 </TR>\r
 112 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 113 <TD WIDTH="15%"><B><A HREF="../../../compbio/runner/disorder/IUPred.html" title="class in compbio.runner.disorder">IUPred</A></B></TD>\r
 114 <TD>iupred sequenceFile <short long glob >
 115
 116  Maximum sequence length is 40000 chars.</TD>\r
 117 </TR>\r
 118 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 119 <TD WIDTH="15%"><B><A HREF="../../../compbio/runner/disorder/Jronn.html" title="class in compbio.runner.disorder">Jronn</A></B></TD>\r
 120 <TD>Command line
 121
 122  java -Xmx512 -jar jronn_v3.jar -i=test_seq.txt -n=1 -o=out.txt -s=stat.out</TD>\r
 123 </TR>\r
 124 </TABLE>\r
 125 &nbsp;\r
 126 \r
 127 <P>\r
 128 <DL>\r
 129 </DL>\r
 130 <HR>\r
 131 \r
 132 \r
 133 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 134 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 135 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 136 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 137 <TR>\r
 138 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 139 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 140 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
 141   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
 142   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 143   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Package</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
 144   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
 145   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-use.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 146   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 147   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 148   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 149   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 150   </TR>\r
 151 </TABLE>\r
 152 </TD>\r
 153 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 154 </EM>\r
 155 </TD>\r
 156 </TR>\r
 157 \r
 158 <TR>\r
 159 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 160 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/runner/conservation/package-summary.html"><B>PREV PACKAGE</B></A>&nbsp;\r
 161 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/package-summary.html"><B>NEXT PACKAGE</B></A></FONT></TD>\r
 162 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 163   <A HREF="../../../index.html?compbio/runner/disorder/package-summary.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 164 &nbsp;<A HREF="package-summary.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 165 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 166   <!--\r
 167   if(window==top) {\r
 168     document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 169   }\r
 170   //-->\r
 171 </SCRIPT>\r
 172 <NOSCRIPT>\r
 173   <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 174 </NOSCRIPT>\r
 175 \r
 176 \r
 177 </FONT></TD>\r
 178 </TR>\r
 179 </TABLE>\r
 180 <A NAME="skip-navbar_bottom"></A>\r
 181 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
 182 \r
 183 <HR>\r
 184 \r
 185 </BODY>\r
 186 </HTML>\r