website/full_javadoc/compbio/runner/disorder/package-use.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_24) on Fri Aug 12 14:32:36 BST 2011 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 Uses of Package compbio.runner.disorder\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2011-08-12">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="Uses of Package compbio.runner.disorder";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Use</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;PREV&nbsp;\r
  59 &nbsp;NEXT</FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../../../index.html?compbio/runner/disorder/package-use.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="package-use.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 </TABLE>\r
  78 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  79 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  80 \r
  81 <HR>\r
  82 <CENTER>\r
  83 <H2>\r
  84 <B>Uses of Package<br>compbio.runner.disorder</B></H2>\r
  85 </CENTER>\r
  86 \r
  87 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  88 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
  89 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
  90 Packages that use <A HREF="../../../compbio/runner/disorder/package-summary.html">compbio.runner.disorder</A></FONT></TH>\r
  91 </TR>\r
  92 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
  93 <TD><A HREF="#compbio.runner.disorder"><B>compbio.runner.disorder</B></A></TD>\r
  94 <TD>&nbsp;&nbsp;</TD>\r
  95 </TR>\r
  96 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
  97 <TD><A HREF="#compbio.ws.server"><B>compbio.ws.server</B></A></TD>\r
  98 <TD>&nbsp;&nbsp;</TD>\r
  99 </TR>\r
 100 </TABLE>\r
 101 &nbsp;\r
 102 <P>\r
 103 <A NAME="compbio.runner.disorder"><!-- --></A>\r
 104 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 105 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 106 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 107 Classes in <A HREF="../../../compbio/runner/disorder/package-summary.html">compbio.runner.disorder</A> used by <A HREF="../../../compbio/runner/disorder/package-summary.html">compbio.runner.disorder</A></FONT></TH>\r
 108 </TR>\r
 109 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 110 <TD><B><A HREF="../../../compbio/runner/disorder/class-use/Disembl.html#compbio.runner.disorder"><B>Disembl</B></A></B>\r
 111 \r
 112 <BR>\r
 113 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;DisEMBL.py smooth_frame peak_frame join_frame fold_coils fold_hotloops
 114  fold_rem465 sequence_file print
 115
 116  'A default run would be: ./DisEMBL.py 8 8 4 1.2 1.4 1.2 fasta_file > out'
 117
 118  This version of DisEMBL is 1.4 (latest available for download in Feb 2011)
 119  capable of outputting raw values
 120
 121  The values of the parameters are hard coded in DisEMBL.py script.</TD>\r
 122 </TR>\r
 123 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 124 <TD><B><A HREF="../../../compbio/runner/disorder/class-use/GlobPlot.html#compbio.runner.disorder"><B>GlobPlot</B></A></B>\r
 125 \r
 126 <BR>\r
 127 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;./GlobPipe.py SmoothFrame DOMjoinFrame DOMpeakFrame DISjoinFrame DISpeakFrame
 128
 129  FASTAfile' Optimised for ELM: ./GlobPlot.py 10 8 75 8 8 sequence_file'
 130  Webserver settings: ./GlobPlot.py 10 15 74 4 5 sequence_file'
 131
 132  Hard-coded values are 10 15 74 4 5.</TD>\r
 133 </TR>\r
 134 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 135 <TD><B><A HREF="../../../compbio/runner/disorder/class-use/IUPred.html#compbio.runner.disorder"><B>IUPred</B></A></B>\r
 136 \r
 137 <BR>\r
 138 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;iupred sequenceFile <short long glob >
 139
 140  Maximum sequence length is 40000 chars.</TD>\r
 141 </TR>\r
 142 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 143 <TD><B><A HREF="../../../compbio/runner/disorder/class-use/Jronn.html#compbio.runner.disorder"><B>Jronn</B></A></B>\r
 144 \r
 145 <BR>\r
 146 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Command line
 147
 148  java -Xmx512 -jar jronn_v3.jar -i=test_seq.txt -n=1 -o=out.txt -s=stat.out</TD>\r
 149 </TR>\r
 150 </TABLE>\r
 151 &nbsp;\r
 152 <P>\r
 153 <A NAME="compbio.ws.server"><!-- --></A>\r
 154 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 155 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 156 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 157 Classes in <A HREF="../../../compbio/runner/disorder/package-summary.html">compbio.runner.disorder</A> used by <A HREF="../../../compbio/ws/server/package-summary.html">compbio.ws.server</A></FONT></TH>\r
 158 </TR>\r
 159 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 160 <TD><B><A HREF="../../../compbio/runner/disorder/class-use/Disembl.html#compbio.ws.server"><B>Disembl</B></A></B>\r
 161 \r
 162 <BR>\r
 163 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;DisEMBL.py smooth_frame peak_frame join_frame fold_coils fold_hotloops
 164  fold_rem465 sequence_file print
 165
 166  'A default run would be: ./DisEMBL.py 8 8 4 1.2 1.4 1.2 fasta_file > out'
 167
 168  This version of DisEMBL is 1.4 (latest available for download in Feb 2011)
 169  capable of outputting raw values
 170
 171  The values of the parameters are hard coded in DisEMBL.py script.</TD>\r
 172 </TR>\r
 173 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 174 <TD><B><A HREF="../../../compbio/runner/disorder/class-use/GlobPlot.html#compbio.ws.server"><B>GlobPlot</B></A></B>\r
 175 \r
 176 <BR>\r
 177 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;./GlobPipe.py SmoothFrame DOMjoinFrame DOMpeakFrame DISjoinFrame DISpeakFrame
 178
 179  FASTAfile' Optimised for ELM: ./GlobPlot.py 10 8 75 8 8 sequence_file'
 180  Webserver settings: ./GlobPlot.py 10 15 74 4 5 sequence_file'
 181
 182  Hard-coded values are 10 15 74 4 5.</TD>\r
 183 </TR>\r
 184 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 185 <TD><B><A HREF="../../../compbio/runner/disorder/class-use/IUPred.html#compbio.ws.server"><B>IUPred</B></A></B>\r
 186 \r
 187 <BR>\r
 188 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;iupred sequenceFile <short long glob >
 189
 190  Maximum sequence length is 40000 chars.</TD>\r
 191 </TR>\r
 192 </TABLE>\r
 193 &nbsp;\r
 194 <P>\r
 195 <HR>\r
 196 \r
 197 \r
 198 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 199 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 200 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 201 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 202 <TR>\r
 203 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 204 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 205 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
 206   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
 207   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 208   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 209   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
 210   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Use</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
 211   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 212   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 213   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 214   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 215   </TR>\r
 216 </TABLE>\r
 217 </TD>\r
 218 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 219 </EM>\r
 220 </TD>\r
 221 </TR>\r
 222 \r
 223 <TR>\r
 224 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 225 &nbsp;PREV&nbsp;\r
 226 &nbsp;NEXT</FONT></TD>\r
 227 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 228   <A HREF="../../../index.html?compbio/runner/disorder/package-use.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 229 &nbsp;<A HREF="package-use.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 230 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 231   <!--\r
 232   if(window==top) {\r
 233     document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 234   }\r
 235   //-->\r
 236 </SCRIPT>\r
 237 <NOSCRIPT>\r
 238   <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 239 </NOSCRIPT>\r
 240 \r
 241 \r
 242 </FONT></TD>\r
 243 </TR>\r
 244 </TABLE>\r
 245 <A NAME="skip-navbar_bottom"></A>\r
 246 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
 247 \r
 248 <HR>\r
 249 \r
 250 </BODY>\r
 251 </HTML>\r