website/full_javadoc/compbio/ws/server/ClustalOWS.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
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   3 <HTML>\r
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   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_24) on Fri Aug 12 14:32:34 BST 2011 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 ClustalOWS\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2011-08-12">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="ClustalOWS";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
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  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/ClustalOWS.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/ws/server/AAConWS.html" title="class in compbio.ws.server"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
  59 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalWS.html" title="class in compbio.ws.server"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../../../index.html?compbio/ws/server/ClustalOWS.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="ClustalOWS.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 <TR>\r
  78 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  79   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
  80 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  81 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
  82 </TR>\r
  83 </TABLE>\r
  84 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  85 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  86 \r
  87 <HR>\r
  88 <!-- ======== START OF CLASS DATA ======== -->\r
  89 <H2>\r
  90 <FONT SIZE="-1">\r
  91 compbio.ws.server</FONT>\r
  92 <BR>\r
  93 Class ClustalOWS</H2>\r
  94 <PRE>\r
  95 <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
  96   <IMG SRC="../../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.ws.server.ClustalOWS</B>\r
  97 </PRE>\r
  98 <DL>\r
  99 <DT><B>All Implemented Interfaces:</B> <DD><A HREF="../../../compbio/data/msa/JABAService.html" title="interface in compbio.data.msa">JABAService</A>, <A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html" title="interface in compbio.data.msa">JManagement</A>, <A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="interface in compbio.data.msa">Metadata</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt;, <A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt;</DD>\r
 100 </DL>\r
 101 <HR>\r
 102 <DL>\r
 103 <DT><PRE>public class <B>ClustalOWS</B><DT>extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A><DT>implements <A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt;</DL>\r
 104 </PRE>\r
 105 \r
 106 <P>\r
 107 <HR>\r
 108 \r
 109 <P>\r
 110 <!-- =========== FIELD SUMMARY =========== -->\r
 111 \r
 112 <A NAME="field_summary"><!-- --></A>\r
 113 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 114 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 115 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 116 <B>Field Summary</B></FONT></TH>\r
 117 </TR>\r
 118 </TABLE>\r
 119 &nbsp;<A NAME="fields_inherited_from_class_compbio.data.msa.JABAService"><!-- --></A>\r
 120 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 121 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 122 <TH ALIGN="left"><B>Fields inherited from interface compbio.data.msa.<A HREF="../../../compbio/data/msa/JABAService.html" title="interface in compbio.data.msa">JABAService</A></B></TH>\r
 123 </TR>\r
 124 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 125 <TD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JABAService.html#SERVICE_NAMESPACE">SERVICE_NAMESPACE</A>, <A HREF="../../../compbio/data/msa/JABAService.html#V2_SERVICE_NAMESPACE">V2_SERVICE_NAMESPACE</A></CODE></TD>\r
 126 </TR>\r
 127 </TABLE>\r
 128 &nbsp;\r
 129 <!-- ======== CONSTRUCTOR SUMMARY ======== -->\r
 130 \r
 131 <A NAME="constructor_summary"><!-- --></A>\r
 132 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 133 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 134 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 135 <B>Constructor Summary</B></FONT></TH>\r
 136 </TR>\r
 137 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 138 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalOWS.html#ClustalOWS()">ClustalOWS</A></B>()</CODE>\r
 139 \r
 140 <BR>\r
 141 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 142 </TR>\r
 143 </TABLE>\r
 144 &nbsp;\r
 145 <!-- ========== METHOD SUMMARY =========== -->\r
 146 \r
 147 <A NAME="method_summary"><!-- --></A>\r
 148 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 149 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 150 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 151 <B>Method Summary</B></FONT></TH>\r
 152 </TR>\r
 153 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 154 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 155 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 156 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalOWS.html#align(java.util.List)">align</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences)</CODE>\r
 157 \r
 158 <BR>\r
 159 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Align a list of sequences with default settings.</TD>\r
 160 </TR>\r
 161 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 162 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 163 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
 164 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalOWS.html#cancelJob(java.lang.String)">cancelJob</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)</CODE>\r
 165 \r
 166 <BR>\r
 167 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Stop running the job <code>jobId</code> but leave its output untouched</TD>\r
 168 </TR>\r
 169 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 170 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 171 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 172 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalOWS.html#customAlign(java.util.List, java.util.List)">customAlign</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
 173             <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt;&gt;&nbsp;options)</CODE>\r
 174 \r
 175 <BR>\r
 176 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Align a list of sequences with options.</TD>\r
 177 </TR>\r
 178 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 179 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 180 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/JobStatus.html" title="enum in compbio.metadata">JobStatus</A></CODE></FONT></TD>\r
 181 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalOWS.html#getJobStatus(java.lang.String)">getJobStatus</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)</CODE>\r
 182 \r
 183 <BR>\r
 184 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Return the status of the job.</TD>\r
 185 </TR>\r
 186 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 187 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 188 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 189 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalOWS.html#getLimit(java.lang.String)">getLimit</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;presetName)</CODE>\r
 190 \r
 191 <BR>\r
 192 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Get a Limit for a preset.</TD>\r
 193 </TR>\r
 194 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 195 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 196 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/LimitsManager.html" title="class in compbio.metadata">LimitsManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 197 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalOWS.html#getLimits()">getLimits</A></B>()</CODE>\r
 198 \r
 199 <BR>\r
 200 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;List Limits supported by a web service.</TD>\r
 201 </TR>\r
 202 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 203 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 204 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 205 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalOWS.html#getPresets()">getPresets</A></B>()</CODE>\r
 206 \r
 207 <BR>\r
 208 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Get presets supported by a web service</TD>\r
 209 </TR>\r
 210 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 211 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 212 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/Alignment.html" title="class in compbio.data.sequence">Alignment</A></CODE></FONT></TD>\r
 213 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalOWS.html#getResult(java.lang.String)">getResult</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)</CODE>\r
 214 \r
 215 <BR>\r
 216 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Return the result of the job.</TD>\r
 217 </TR>\r
 218 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 219 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 220 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 221 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalOWS.html#getRunnerOptions()">getRunnerOptions</A></B>()</CODE>\r
 222 \r
 223 <BR>\r
 224 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Get options supported by a web service</TD>\r
 225 </TR>\r
 226 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 227 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 228 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 229 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalOWS.html#presetAlign(java.util.List, compbio.metadata.Preset)">presetAlign</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
 230             <A HREF="../../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt;&nbsp;preset)</CODE>\r
 231 \r
 232 <BR>\r
 233 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Align a list of sequences with preset.</TD>\r
 234 </TR>\r
 235 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 236 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 237 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata">ChunkHolder</A></CODE></FONT></TD>\r
 238 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalOWS.html#pullExecStatistics(java.lang.String, long)">pullExecStatistics</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId,\r
 239                    long&nbsp;position)</CODE>\r
 240 \r
 241 <BR>\r
 242 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Reads 1kb chunk from the statistics file which is specific to a given web
 243  service from the <code>position</code>.</TD>\r
 244 </TR>\r
 245 </TABLE>\r
 246 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 247 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 248 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 249 <TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
 250 </TR>\r
 251 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 252 <TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#equals(java.lang.Object)" title="class or interface in java.lang">equals</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#hashCode()" title="class or interface in java.lang">hashCode</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#toString()" title="class or interface in java.lang">toString</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
 253 </TR>\r
 254 </TABLE>\r
 255 &nbsp;\r
 256 <P>\r
 257 \r
 258 <!-- ========= CONSTRUCTOR DETAIL ======== -->\r
 259 \r
 260 <A NAME="constructor_detail"><!-- --></A>\r
 261 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 262 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 263 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 264 <B>Constructor Detail</B></FONT></TH>\r
 265 </TR>\r
 266 </TABLE>\r
 267 \r
 268 <A NAME="ClustalOWS()"><!-- --></A><H3>\r
 269 ClustalOWS</H3>\r
 270 <PRE>\r
 271 public <B>ClustalOWS</B>()</PRE>\r
 272 <DL>\r
 273 </DL>\r
 274 \r
 275 <!-- ============ METHOD DETAIL ========== -->\r
 276 \r
 277 <A NAME="method_detail"><!-- --></A>\r
 278 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 279 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 280 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 281 <B>Method Detail</B></FONT></TH>\r
 282 </TR>\r
 283 </TABLE>\r
 284 \r
 285 <A NAME="align(java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 286 align</H3>\r
 287 <PRE>\r
 288 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>align</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences)\r
 289              throws <A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A></PRE>\r
 290 <DL>\r
 291 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#align(java.util.List)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 292 <DD>Align a list of sequences with default settings.
 293
 294  Any dataset containing a greater number of sequences or when the average
 295  length of the sequences are greater then defined in the default Limit,
 296  will not be accepted for an alignment operation and
 297  JobSubmissionException will be thrown.\r
 298 <P>\r
 299 <DD><DL>\r
 300 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#align(java.util.List)">align</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt;</CODE></DL>\r
 301 </DD>\r
 302 <DD><DL>\r
 303 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>sequences</CODE> - List of FastaSequence objects. The programme does not perform
 304             any sequence validity checks. Nor does it checks whether the
 305             sequences names are unique. It is responsibility of the caller
 306             to make sure of this\r
 307 <DT><B>Returns:</B><DD>jobId - unique identifier for the job\r
 308 <DT><B>Throws:</B>\r
 309 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A></CODE> - is thrown when the job could not be submitted due to the
 310              following reasons: 1) The number of sequences in the
 311              submission or their average length is greater then defined by
 312              the default Limit. 2) Any problems on the server side e.g. it
 313              is misconfigured or malfunction, is reported via this
 314              exception. In the first case the information on the limit
 315              could be obtained from an exception.\r
 316 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A></CODE> - thrown if server OS does not support native executables for a
 317              given web service, e.g. JABAWS is deployed on Windows and
 318              Mafft service is called\r
 319 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A></CODE> - is throw if the input sequences number or their average
 320              length exceeds what is defined by the limit</DL>\r
 321 </DD>\r
 322 </DL>\r
 323 <HR>\r
 324 \r
 325 <A NAME="presetAlign(java.util.List, compbio.metadata.Preset)"><!-- --></A><H3>\r
 326 presetAlign</H3>\r
 327 <PRE>\r
 328 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>presetAlign</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
 329                           <A HREF="../../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt;&nbsp;preset)\r
 330                    throws <A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A>,\r
 331                           <A HREF="../../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
 332 <DL>\r
 333 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#presetAlign(java.util.List, compbio.metadata.Preset)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 334 <DD>Align a list of sequences with preset.
 335
 336  Limit for a presetName is used whether the calculation will be permitted
 337  or denied. If no Limit was defined for a presetName, than default limit
 338  is used.\r
 339 <P>\r
 340 <DD><DL>\r
 341 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#presetAlign(java.util.List, compbio.metadata.Preset)">presetAlign</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt;</CODE></DL>\r
 342 </DD>\r
 343 <DD><DL>\r
 344 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>sequences</CODE> - List of FastaSequence objects. The programme does not perform
 345             any sequence validity checks. Nor does it checks whether the
 346             sequences names are unique. It is responsibility of the caller
 347             to validate this information<DD><CODE>preset</CODE> - A list of Options\r
 348 <DT><B>Returns:</B><DD>String - jobId - unique identifier for the job\r
 349 <DT><B>Throws:</B>\r
 350 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A></CODE> - is thrown when the job could not be submitted due to the
 351              following reasons: 1) The number of sequences in the
 352              submission or their average length is greater then defined by
 353              the default Limit. 2) Any problems on the server side e.g. it
 354              is misconfigured or malfunction, is reported via this
 355              exception. In the first case the information on the limit
 356              could be obtained from an exception.\r
 357 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A></CODE> - thrown if server OS does not support native executables for a
 358              given web service, e.g. JABAWS is deployed on Windows and
 359              Mafft service is called\r
 360 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A></CODE> - is throw if the input sequences number or average length
 361              exceeds what is defined by the limit\r
 362 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></CODE> - is throws when 1) One of the Options provided is not
 363              supported, 2) The value of the option is defined outside the
 364              boundaries. In both cases exception object contain the
 365              information on the violating Option.<DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Preset</CODE></A></DL>\r
 366 </DD>\r
 367 </DL>\r
 368 <HR>\r
 369 \r
 370 <A NAME="customAlign(java.util.List, java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 371 customAlign</H3>\r
 372 <PRE>\r
 373 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>customAlign</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
 374                           <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt;&gt;&nbsp;options)\r
 375                    throws <A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A>,\r
 376                           <A HREF="../../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
 377 <DL>\r
 378 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#customAlign(java.util.List, java.util.List)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 379 <DD>Align a list of sequences with options.\r
 380 <P>\r
 381 <DD><DL>\r
 382 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#customAlign(java.util.List, java.util.List)">customAlign</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt;</CODE></DL>\r
 383 </DD>\r
 384 <DD><DL>\r
 385 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>sequences</CODE> - List of FastaSequence objects. The programme does not perform
 386             any sequence validity checks. Nor does it checks whether the
 387             sequences names are unique. It is responsibility of the caller
 388             to validate this information<DD><CODE>options</CODE> - A list of Options\r
 389 <DT><B>Returns:</B><DD>jobId - unique identifier for the job\r
 390 <DT><B>Throws:</B>\r
 391 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A></CODE> - is thrown when the job could not be submitted due to the
 392              following reasons: 1) The number of sequences in the
 393              submission or their average length is greater then defined by
 394              the default Limit. 2) Any problems on the server side e.g. it
 395              is misconfigured or malfunction, is reported via this
 396              exception. In the first case the information on the limit
 397              could be obtained from an exception.\r
 398 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A></CODE> - thrown if server OS does not support native executables for a
 399              given web service, e.g. JABAWS is deployed on Windows and
 400              Mafft service is called\r
 401 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A></CODE> - is throw if the input sequences number or their average
 402              length exceeds what is defined by the limit\r
 403 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></CODE> - is throws when 1) One of the Options provided is not
 404              supported, 2) The value of the option is defined outside the
 405              boundaries. In both cases exception object contain the
 406              information on the violating Option.<DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Default Limit is used to decide whether the calculation will be
 407       permitted or denied</CODE></A></DL>\r
 408 </DD>\r
 409 </DL>\r
 410 <HR>\r
 411 \r
 412 <A NAME="getRunnerOptions()"><!-- --></A><H3>\r
 413 getRunnerOptions</H3>\r
 414 <PRE>\r
 415 public <A HREF="../../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt; <B>getRunnerOptions</B>()</PRE>\r
 416 <DL>\r
 417 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getRunnerOptions()">Metadata</A></CODE></B></DD>\r
 418 <DD>Get options supported by a web service\r
 419 <P>\r
 420 <DD><DL>\r
 421 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getRunnerOptions()">getRunnerOptions</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="interface in compbio.data.msa">Metadata</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt;</CODE></DL>\r
 422 </DD>\r
 423 <DD><DL>\r
 424 \r
 425 <DT><B>Returns:</B><DD>RunnerConfig the list of options and parameters supported by a
 426          web service.</DL>\r
 427 </DD>\r
 428 </DL>\r
 429 <HR>\r
 430 \r
 431 <A NAME="getResult(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 432 getResult</H3>\r
 433 <PRE>\r
 434 public <A HREF="../../../compbio/data/sequence/Alignment.html" title="class in compbio.data.sequence">Alignment</A> <B>getResult</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)\r
 435                     throws <A HREF="../../../compbio/metadata/ResultNotAvailableException.html" title="class in compbio.metadata">ResultNotAvailableException</A></PRE>\r
 436 <DL>\r
 437 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getResult(java.lang.String)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 438 <DD>Return the result of the job. This method waits for the job
 439  <code>jobId</code> to complete before return.\r
 440 <P>\r
 441 <DD><DL>\r
 442 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getResult(java.lang.String)">getResult</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt;</CODE></DL>\r
 443 </DD>\r
 444 <DD><DL>\r
 445 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>jobId</CODE> - a unique job identifier\r
 446 <DT><B>Returns:</B><DD>Alignment\r
 447 <DT><B>Throws:</B>\r
 448 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/ResultNotAvailableException.html" title="class in compbio.metadata">ResultNotAvailableException</A></CODE> - this exception is throw if the job execution was not
 449              successful or the result of the execution could not be found.
 450              (e.g. removed). Exception could also be thrown due to the
 451              lower level problems on the server i.e. IOException,
 452              FileNotFoundException problems as well as
 453              UnknownFileFormatException.</DL>\r
 454 </DD>\r
 455 </DL>\r
 456 <HR>\r
 457 \r
 458 <A NAME="getLimit(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 459 getLimit</H3>\r
 460 <PRE>\r
 461 public <A HREF="../../../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt; <B>getLimit</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;presetName)</PRE>\r
 462 <DL>\r
 463 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getLimit(java.lang.String)">Metadata</A></CODE></B></DD>\r
 464 <DD>Get a Limit for a preset.\r
 465 <P>\r
 466 <DD><DL>\r
 467 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getLimit(java.lang.String)">getLimit</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="interface in compbio.data.msa">Metadata</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt;</CODE></DL>\r
 468 </DD>\r
 469 <DD><DL>\r
 470 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>presetName</CODE> - the name of the preset. if no name is provided, then the
 471             default preset is returned. If no limit for a particular
 472             preset is defined then the default preset is returned\r
 473 <DT><B>Returns:</B><DD>Limit</DL>\r
 474 </DD>\r
 475 </DL>\r
 476 <HR>\r
 477 \r
 478 <A NAME="getLimits()"><!-- --></A><H3>\r
 479 getLimits</H3>\r
 480 <PRE>\r
 481 public <A HREF="../../../compbio/metadata/LimitsManager.html" title="class in compbio.metadata">LimitsManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt; <B>getLimits</B>()</PRE>\r
 482 <DL>\r
 483 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getLimits()">Metadata</A></CODE></B></DD>\r
 484 <DD>List Limits supported by a web service.\r
 485 <P>\r
 486 <DD><DL>\r
 487 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getLimits()">getLimits</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="interface in compbio.data.msa">Metadata</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt;</CODE></DL>\r
 488 </DD>\r
 489 <DD><DL>\r
 490 \r
 491 <DT><B>Returns:</B><DD>LimitManager</DL>\r
 492 </DD>\r
 493 </DL>\r
 494 <HR>\r
 495 \r
 496 <A NAME="cancelJob(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 497 cancelJob</H3>\r
 498 <PRE>\r
 499 public boolean <B>cancelJob</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)</PRE>\r
 500 <DL>\r
 501 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html#cancelJob(java.lang.String)">JManagement</A></CODE></B></DD>\r
 502 <DD>Stop running the job <code>jobId</code> but leave its output untouched\r
 503 <P>\r
 504 <DD><DL>\r
 505 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html#cancelJob(java.lang.String)">cancelJob</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html" title="interface in compbio.data.msa">JManagement</A></CODE></DL>\r
 506 </DD>\r
 507 <DD><DL>\r
 508 \r
 509 <DT><B>Returns:</B><DD>true if job was cancelled successfully, false otherwise</DL>\r
 510 </DD>\r
 511 </DL>\r
 512 <HR>\r
 513 \r
 514 <A NAME="getJobStatus(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 515 getJobStatus</H3>\r
 516 <PRE>\r
 517 public <A HREF="../../../compbio/metadata/JobStatus.html" title="enum in compbio.metadata">JobStatus</A> <B>getJobStatus</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)</PRE>\r
 518 <DL>\r
 519 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html#getJobStatus(java.lang.String)">JManagement</A></CODE></B></DD>\r
 520 <DD>Return the status of the job.\r
 521 <P>\r
 522 <DD><DL>\r
 523 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html#getJobStatus(java.lang.String)">getJobStatus</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html" title="interface in compbio.data.msa">JManagement</A></CODE></DL>\r
 524 </DD>\r
 525 <DD><DL>\r
 526 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>jobId</CODE> - - unique job identifier\r
 527 <DT><B>Returns:</B><DD>JobStatus - status of the job<DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../../compbio/metadata/JobStatus.html" title="enum in compbio.metadata"><CODE>JobStatus</CODE></A></DL>\r
 528 </DD>\r
 529 </DL>\r
 530 <HR>\r
 531 \r
 532 <A NAME="getPresets()"><!-- --></A><H3>\r
 533 getPresets</H3>\r
 534 <PRE>\r
 535 public <A HREF="../../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt; <B>getPresets</B>()</PRE>\r
 536 <DL>\r
 537 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getPresets()">Metadata</A></CODE></B></DD>\r
 538 <DD>Get presets supported by a web service\r
 539 <P>\r
 540 <DD><DL>\r
 541 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getPresets()">getPresets</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="interface in compbio.data.msa">Metadata</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A>&gt;</CODE></DL>\r
 542 </DD>\r
 543 <DD><DL>\r
 544 \r
 545 <DT><B>Returns:</B><DD>PresetManager the object contains information about presets
 546          supported by a web service</DL>\r
 547 </DD>\r
 548 </DL>\r
 549 <HR>\r
 550 \r
 551 <A NAME="pullExecStatistics(java.lang.String, long)"><!-- --></A><H3>\r
 552 pullExecStatistics</H3>\r
 553 <PRE>\r
 554 public <A HREF="../../../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata">ChunkHolder</A> <B>pullExecStatistics</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId,\r
 555                                       long&nbsp;position)</PRE>\r
 556 <DL>\r
 557 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html#pullExecStatistics(java.lang.String, long)">JManagement</A></CODE></B></DD>\r
 558 <DD>Reads 1kb chunk from the statistics file which is specific to a given web
 559  service from the <code>position</code>. If in time of a request less then
 560  1kb data is available from the position to the end of the file, then it
 561  returns all the data available from the position to the end of the file.\r
 562 <P>\r
 563 <DD><DL>\r
 564 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html#pullExecStatistics(java.lang.String, long)">pullExecStatistics</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html" title="interface in compbio.data.msa">JManagement</A></CODE></DL>\r
 565 </DD>\r
 566 <DD><DL>\r
 567 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>jobId</CODE> - - unique job identifier<DD><CODE>position</CODE> - - next position within the file to read\r
 568 <DT><B>Returns:</B><DD>ChunkHolder - which contains a chunk of data and a next position
 569          within the file from which no data has been read<DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>ChunkHolder</CODE></A></DL>\r
 570 </DD>\r
 571 </DL>\r
 572 <!-- ========= END OF CLASS DATA ========= -->\r
 573 <HR>\r
 574 \r
 575 \r
 576 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 577 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 578 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 579 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 580 <TR>\r
 581 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 582 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 583 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
 584   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
 585   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 586   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 587   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
 588   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/ClustalOWS.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 589   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 590   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 591   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 592   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 593   </TR>\r
 594 </TABLE>\r
 595 </TD>\r
 596 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 597 </EM>\r
 598 </TD>\r
 599 </TR>\r
 600 \r
 601 <TR>\r
 602 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 603 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/ws/server/AAConWS.html" title="class in compbio.ws.server"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
 604 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/ws/server/ClustalWS.html" title="class in compbio.ws.server"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
 605 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 606   <A HREF="../../../index.html?compbio/ws/server/ClustalOWS.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 607 &nbsp;<A HREF="ClustalOWS.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 608 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 609   <!--\r
 610   if(window==top) {\r
 611     document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 612   }\r
 613   //-->\r
 614 </SCRIPT>\r
 615 <NOSCRIPT>\r
 616   <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 617 </NOSCRIPT>\r
 618 \r
 619 \r
 620 </FONT></TD>\r
 621 </TR>\r
 622 <TR>\r
 623 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
 624   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
 625 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
 626 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
 627 </TR>\r
 628 </TABLE>\r
 629 <A NAME="skip-navbar_bottom"></A>\r
 630 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
 631 \r
 632 <HR>\r
 633 \r
 634 </BODY>\r
 635 </HTML>\r