website/full_javadoc/compbio/ws/server/ProbconsWS.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_24) on Fri Aug 12 14:32:34 BST 2011 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 ProbconsWS\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2011-08-12">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="ProbconsWS";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/ProbconsWS.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/ws/server/MuscleWS.html" title="class in compbio.ws.server"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
  59 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/ws/server/RegistryWS.html" title="class in compbio.ws.server"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../../../index.html?compbio/ws/server/ProbconsWS.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="ProbconsWS.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 <TR>\r
  78 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  79   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
  80 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  81 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
  82 </TR>\r
  83 </TABLE>\r
  84 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  85 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  86 \r
  87 <HR>\r
  88 <!-- ======== START OF CLASS DATA ======== -->\r
  89 <H2>\r
  90 <FONT SIZE="-1">\r
  91 compbio.ws.server</FONT>\r
  92 <BR>\r
  93 Class ProbconsWS</H2>\r
  94 <PRE>\r
  95 <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">java.lang.Object</A>\r
  96   <IMG SRC="../../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.ws.server.ProbconsWS</B>\r
  97 </PRE>\r
  98 <DL>\r
  99 <DT><B>All Implemented Interfaces:</B> <DD><A HREF="../../../compbio/data/msa/JABAService.html" title="interface in compbio.data.msa">JABAService</A>, <A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html" title="interface in compbio.data.msa">JManagement</A>, <A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="interface in compbio.data.msa">Metadata</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt;, <A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt;</DD>\r
 100 </DL>\r
 101 <HR>\r
 102 <DL>\r
 103 <DT><PRE>public class <B>ProbconsWS</B><DT>extends <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A><DT>implements <A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt;</DL>\r
 104 </PRE>\r
 105 \r
 106 <P>\r
 107 <HR>\r
 108 \r
 109 <P>\r
 110 <!-- =========== FIELD SUMMARY =========== -->\r
 111 \r
 112 <A NAME="field_summary"><!-- --></A>\r
 113 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 114 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 115 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 116 <B>Field Summary</B></FONT></TH>\r
 117 </TR>\r
 118 </TABLE>\r
 119 &nbsp;<A NAME="fields_inherited_from_class_compbio.data.msa.JABAService"><!-- --></A>\r
 120 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 121 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 122 <TH ALIGN="left"><B>Fields inherited from interface compbio.data.msa.<A HREF="../../../compbio/data/msa/JABAService.html" title="interface in compbio.data.msa">JABAService</A></B></TH>\r
 123 </TR>\r
 124 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 125 <TD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JABAService.html#SERVICE_NAMESPACE">SERVICE_NAMESPACE</A>, <A HREF="../../../compbio/data/msa/JABAService.html#V2_SERVICE_NAMESPACE">V2_SERVICE_NAMESPACE</A></CODE></TD>\r
 126 </TR>\r
 127 </TABLE>\r
 128 &nbsp;\r
 129 <!-- ======== CONSTRUCTOR SUMMARY ======== -->\r
 130 \r
 131 <A NAME="constructor_summary"><!-- --></A>\r
 132 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 133 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 134 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 135 <B>Constructor Summary</B></FONT></TH>\r
 136 </TR>\r
 137 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 138 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ProbconsWS.html#ProbconsWS()">ProbconsWS</A></B>()</CODE>\r
 139 \r
 140 <BR>\r
 141 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 142 </TR>\r
 143 </TABLE>\r
 144 &nbsp;\r
 145 <!-- ========== METHOD SUMMARY =========== -->\r
 146 \r
 147 <A NAME="method_summary"><!-- --></A>\r
 148 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 149 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 150 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 151 <B>Method Summary</B></FONT></TH>\r
 152 </TR>\r
 153 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 154 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 155 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 156 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ProbconsWS.html#align(java.util.List)">align</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences)</CODE>\r
 157 \r
 158 <BR>\r
 159 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Align a list of sequences with default settings.</TD>\r
 160 </TR>\r
 161 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 162 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 163 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
 164 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ProbconsWS.html#cancelJob(java.lang.String)">cancelJob</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)</CODE>\r
 165 \r
 166 <BR>\r
 167 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Stop running the job <code>jobId</code> but leave its output untouched</TD>\r
 168 </TR>\r
 169 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 170 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 171 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 172 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ProbconsWS.html#customAlign(java.util.List, java.util.List)">customAlign</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
 173             <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt;&gt;&nbsp;options)</CODE>\r
 174 \r
 175 <BR>\r
 176 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Align a list of sequences with options.</TD>\r
 177 </TR>\r
 178 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 179 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 180 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/JobStatus.html" title="enum in compbio.metadata">JobStatus</A></CODE></FONT></TD>\r
 181 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ProbconsWS.html#getJobStatus(java.lang.String)">getJobStatus</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)</CODE>\r
 182 \r
 183 <BR>\r
 184 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Return the status of the job.</TD>\r
 185 </TR>\r
 186 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 187 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 188 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 189 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ProbconsWS.html#getLimit(java.lang.String)">getLimit</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;presetName)</CODE>\r
 190 \r
 191 <BR>\r
 192 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Get a Limit for a preset.</TD>\r
 193 </TR>\r
 194 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 195 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 196 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/LimitsManager.html" title="class in compbio.metadata">LimitsManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 197 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ProbconsWS.html#getLimits()">getLimits</A></B>()</CODE>\r
 198 \r
 199 <BR>\r
 200 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;List Limits supported by a web service.</TD>\r
 201 </TR>\r
 202 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 203 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 204 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 205 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ProbconsWS.html#getPresets()">getPresets</A></B>()</CODE>\r
 206 \r
 207 <BR>\r
 208 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Get presets supported by a web service</TD>\r
 209 </TR>\r
 210 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 211 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 212 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/Alignment.html" title="class in compbio.data.sequence">Alignment</A></CODE></FONT></TD>\r
 213 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ProbconsWS.html#getResult(java.lang.String)">getResult</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)</CODE>\r
 214 \r
 215 <BR>\r
 216 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Return the result of the job.</TD>\r
 217 </TR>\r
 218 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 219 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 220 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 221 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ProbconsWS.html#getRunnerOptions()">getRunnerOptions</A></B>()</CODE>\r
 222 \r
 223 <BR>\r
 224 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Get options supported by a web service</TD>\r
 225 </TR>\r
 226 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 227 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 228 <CODE>&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 229 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ProbconsWS.html#presetAlign(java.util.List, compbio.metadata.Preset)">presetAlign</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
 230             <A HREF="../../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt;&nbsp;preset)</CODE>\r
 231 \r
 232 <BR>\r
 233 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Align a list of sequences with preset.</TD>\r
 234 </TR>\r
 235 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 236 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 237 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata">ChunkHolder</A></CODE></FONT></TD>\r
 238 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/ProbconsWS.html#pullExecStatistics(java.lang.String, long)">pullExecStatistics</A></B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId,\r
 239                    long&nbsp;position)</CODE>\r
 240 \r
 241 <BR>\r
 242 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Reads 1kb chunk from the statistics file which is specific to a given web
 243  service from the <code>position</code>.</TD>\r
 244 </TR>\r
 245 </TABLE>\r
 246 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 247 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 248 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 249 <TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">Object</A></B></TH>\r
 250 </TR>\r
 251 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 252 <TD><CODE><A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#equals(java.lang.Object)" title="class or interface in java.lang">equals</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#getClass()" title="class or interface in java.lang">getClass</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#hashCode()" title="class or interface in java.lang">hashCode</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notify()" title="class or interface in java.lang">notify</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#notifyAll()" title="class or interface in java.lang">notifyAll</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#toString()" title="class or interface in java.lang">toString</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait()" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long)" title="class or interface in java.lang">wait</A>, <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/Object.html?is-external=true#wait(long, int)" title="class or interface in java.lang">wait</A></CODE></TD>\r
 253 </TR>\r
 254 </TABLE>\r
 255 &nbsp;\r
 256 <P>\r
 257 \r
 258 <!-- ========= CONSTRUCTOR DETAIL ======== -->\r
 259 \r
 260 <A NAME="constructor_detail"><!-- --></A>\r
 261 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 262 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 263 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 264 <B>Constructor Detail</B></FONT></TH>\r
 265 </TR>\r
 266 </TABLE>\r
 267 \r
 268 <A NAME="ProbconsWS()"><!-- --></A><H3>\r
 269 ProbconsWS</H3>\r
 270 <PRE>\r
 271 public <B>ProbconsWS</B>()</PRE>\r
 272 <DL>\r
 273 </DL>\r
 274 \r
 275 <!-- ============ METHOD DETAIL ========== -->\r
 276 \r
 277 <A NAME="method_detail"><!-- --></A>\r
 278 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 279 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 280 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 281 <B>Method Detail</B></FONT></TH>\r
 282 </TR>\r
 283 </TABLE>\r
 284 \r
 285 <A NAME="align(java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 286 align</H3>\r
 287 <PRE>\r
 288 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>align</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences)\r
 289              throws <A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A></PRE>\r
 290 <DL>\r
 291 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#align(java.util.List)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 292 <DD>Align a list of sequences with default settings.
 293
 294  Any dataset containing a greater number of sequences or when the average
 295  length of the sequences are greater then defined in the default Limit,
 296  will not be accepted for an alignment operation and
 297  JobSubmissionException will be thrown.\r
 298 <P>\r
 299 <DD><DL>\r
 300 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#align(java.util.List)">align</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt;</CODE></DL>\r
 301 </DD>\r
 302 <DD><DL>\r
 303 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>sequences</CODE> - List of FastaSequence objects. The programme does not perform
 304             any sequence validity checks. Nor does it checks whether the
 305             sequences names are unique. It is responsibility of the caller
 306             to make sure of this\r
 307 <DT><B>Returns:</B><DD>jobId - unique identifier for the job\r
 308 <DT><B>Throws:</B>\r
 309 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A></CODE> - is thrown when the job could not be submitted due to the
 310              following reasons: 1) The number of sequences in the
 311              submission or their average length is greater then defined by
 312              the default Limit. 2) Any problems on the server side e.g. it
 313              is misconfigured or malfunction, is reported via this
 314              exception. In the first case the information on the limit
 315              could be obtained from an exception.\r
 316 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A></CODE> - thrown if server OS does not support native executables for a
 317              given web service, e.g. JABAWS is deployed on Windows and
 318              Mafft service is called\r
 319 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A></CODE> - is throw if the input sequences number or their average
 320              length exceeds what is defined by the limit</DL>\r
 321 </DD>\r
 322 </DL>\r
 323 <HR>\r
 324 \r
 325 <A NAME="customAlign(java.util.List, java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 326 customAlign</H3>\r
 327 <PRE>\r
 328 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>customAlign</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
 329                           <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt;&gt;&nbsp;options)\r
 330                    throws <A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A>,\r
 331                           <A HREF="../../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
 332 <DL>\r
 333 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#customAlign(java.util.List, java.util.List)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 334 <DD>Align a list of sequences with options.\r
 335 <P>\r
 336 <DD><DL>\r
 337 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#customAlign(java.util.List, java.util.List)">customAlign</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt;</CODE></DL>\r
 338 </DD>\r
 339 <DD><DL>\r
 340 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>sequences</CODE> - List of FastaSequence objects. The programme does not perform
 341             any sequence validity checks. Nor does it checks whether the
 342             sequences names are unique. It is responsibility of the caller
 343             to validate this information<DD><CODE>options</CODE> - A list of Options\r
 344 <DT><B>Returns:</B><DD>jobId - unique identifier for the job\r
 345 <DT><B>Throws:</B>\r
 346 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A></CODE> - is thrown when the job could not be submitted due to the
 347              following reasons: 1) The number of sequences in the
 348              submission or their average length is greater then defined by
 349              the default Limit. 2) Any problems on the server side e.g. it
 350              is misconfigured or malfunction, is reported via this
 351              exception. In the first case the information on the limit
 352              could be obtained from an exception.\r
 353 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A></CODE> - thrown if server OS does not support native executables for a
 354              given web service, e.g. JABAWS is deployed on Windows and
 355              Mafft service is called\r
 356 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A></CODE> - is throw if the input sequences number or their average
 357              length exceeds what is defined by the limit\r
 358 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></CODE> - is throws when 1) One of the Options provided is not
 359              supported, 2) The value of the option is defined outside the
 360              boundaries. In both cases exception object contain the
 361              information on the violating Option.<DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Default Limit is used to decide whether the calculation will be
 362       permitted or denied</CODE></A></DL>\r
 363 </DD>\r
 364 </DL>\r
 365 <HR>\r
 366 \r
 367 <A NAME="presetAlign(java.util.List, compbio.metadata.Preset)"><!-- --></A><H3>\r
 368 presetAlign</H3>\r
 369 <PRE>\r
 370 public <A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A> <B>presetAlign</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/util/List.html?is-external=true" title="class or interface in java.util">List</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
 371                           <A HREF="../../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt;&nbsp;preset)\r
 372                    throws <A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A>,\r
 373                           <A HREF="../../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
 374 <DL>\r
 375 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#presetAlign(java.util.List, compbio.metadata.Preset)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 376 <DD>Align a list of sequences with preset.
 377
 378  Limit for a presetName is used whether the calculation will be permitted
 379  or denied. If no Limit was defined for a presetName, than default limit
 380  is used.\r
 381 <P>\r
 382 <DD><DL>\r
 383 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#presetAlign(java.util.List, compbio.metadata.Preset)">presetAlign</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt;</CODE></DL>\r
 384 </DD>\r
 385 <DD><DL>\r
 386 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>sequences</CODE> - List of FastaSequence objects. The programme does not perform
 387             any sequence validity checks. Nor does it checks whether the
 388             sequences names are unique. It is responsibility of the caller
 389             to validate this information<DD><CODE>preset</CODE> - A list of Options\r
 390 <DT><B>Returns:</B><DD>String - jobId - unique identifier for the job\r
 391 <DT><B>Throws:</B>\r
 392 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A></CODE> - is thrown when the job could not be submitted due to the
 393              following reasons: 1) The number of sequences in the
 394              submission or their average length is greater then defined by
 395              the default Limit. 2) Any problems on the server side e.g. it
 396              is misconfigured or malfunction, is reported via this
 397              exception. In the first case the information on the limit
 398              could be obtained from an exception.\r
 399 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A></CODE> - thrown if server OS does not support native executables for a
 400              given web service, e.g. JABAWS is deployed on Windows and
 401              Mafft service is called\r
 402 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A></CODE> - is throw if the input sequences number or average length
 403              exceeds what is defined by the limit\r
 404 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></CODE> - is throws when 1) One of the Options provided is not
 405              supported, 2) The value of the option is defined outside the
 406              boundaries. In both cases exception object contain the
 407              information on the violating Option.<DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Preset</CODE></A></DL>\r
 408 </DD>\r
 409 </DL>\r
 410 <HR>\r
 411 \r
 412 <A NAME="getResult(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 413 getResult</H3>\r
 414 <PRE>\r
 415 public <A HREF="../../../compbio/data/sequence/Alignment.html" title="class in compbio.data.sequence">Alignment</A> <B>getResult</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)\r
 416                     throws <A HREF="../../../compbio/metadata/ResultNotAvailableException.html" title="class in compbio.metadata">ResultNotAvailableException</A></PRE>\r
 417 <DL>\r
 418 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getResult(java.lang.String)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 419 <DD>Return the result of the job. This method waits for the job
 420  <code>jobId</code> to complete before return.\r
 421 <P>\r
 422 <DD><DL>\r
 423 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getResult(java.lang.String)">getResult</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt;</CODE></DL>\r
 424 </DD>\r
 425 <DD><DL>\r
 426 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>jobId</CODE> - a unique job identifier\r
 427 <DT><B>Returns:</B><DD>Alignment\r
 428 <DT><B>Throws:</B>\r
 429 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/ResultNotAvailableException.html" title="class in compbio.metadata">ResultNotAvailableException</A></CODE> - this exception is throw if the job execution was not
 430              successful or the result of the execution could not be found.
 431              (e.g. removed). Exception could also be thrown due to the
 432              lower level problems on the server i.e. IOException,
 433              FileNotFoundException problems as well as
 434              UnknownFileFormatException.</DL>\r
 435 </DD>\r
 436 </DL>\r
 437 <HR>\r
 438 \r
 439 <A NAME="getLimit(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 440 getLimit</H3>\r
 441 <PRE>\r
 442 public <A HREF="../../../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt; <B>getLimit</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;presetName)</PRE>\r
 443 <DL>\r
 444 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getLimit(java.lang.String)">Metadata</A></CODE></B></DD>\r
 445 <DD>Get a Limit for a preset.\r
 446 <P>\r
 447 <DD><DL>\r
 448 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getLimit(java.lang.String)">getLimit</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="interface in compbio.data.msa">Metadata</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt;</CODE></DL>\r
 449 </DD>\r
 450 <DD><DL>\r
 451 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>presetName</CODE> - the name of the preset. if no name is provided, then the
 452             default preset is returned. If no limit for a particular
 453             preset is defined then the default preset is returned\r
 454 <DT><B>Returns:</B><DD>Limit</DL>\r
 455 </DD>\r
 456 </DL>\r
 457 <HR>\r
 458 \r
 459 <A NAME="getLimits()"><!-- --></A><H3>\r
 460 getLimits</H3>\r
 461 <PRE>\r
 462 public <A HREF="../../../compbio/metadata/LimitsManager.html" title="class in compbio.metadata">LimitsManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt; <B>getLimits</B>()</PRE>\r
 463 <DL>\r
 464 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getLimits()">Metadata</A></CODE></B></DD>\r
 465 <DD>List Limits supported by a web service.\r
 466 <P>\r
 467 <DD><DL>\r
 468 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getLimits()">getLimits</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="interface in compbio.data.msa">Metadata</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt;</CODE></DL>\r
 469 </DD>\r
 470 <DD><DL>\r
 471 \r
 472 <DT><B>Returns:</B><DD>LimitManager</DL>\r
 473 </DD>\r
 474 </DL>\r
 475 <HR>\r
 476 \r
 477 <A NAME="pullExecStatistics(java.lang.String, long)"><!-- --></A><H3>\r
 478 pullExecStatistics</H3>\r
 479 <PRE>\r
 480 public <A HREF="../../../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata">ChunkHolder</A> <B>pullExecStatistics</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId,\r
 481                                       long&nbsp;position)</PRE>\r
 482 <DL>\r
 483 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html#pullExecStatistics(java.lang.String, long)">JManagement</A></CODE></B></DD>\r
 484 <DD>Reads 1kb chunk from the statistics file which is specific to a given web
 485  service from the <code>position</code>. If in time of a request less then
 486  1kb data is available from the position to the end of the file, then it
 487  returns all the data available from the position to the end of the file.\r
 488 <P>\r
 489 <DD><DL>\r
 490 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html#pullExecStatistics(java.lang.String, long)">pullExecStatistics</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html" title="interface in compbio.data.msa">JManagement</A></CODE></DL>\r
 491 </DD>\r
 492 <DD><DL>\r
 493 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>jobId</CODE> - - unique job identifier<DD><CODE>position</CODE> - - next position within the file to read\r
 494 <DT><B>Returns:</B><DD>ChunkHolder - which contains a chunk of data and a next position
 495          within the file from which no data has been read<DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>ChunkHolder</CODE></A></DL>\r
 496 </DD>\r
 497 </DL>\r
 498 <HR>\r
 499 \r
 500 <A NAME="cancelJob(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 501 cancelJob</H3>\r
 502 <PRE>\r
 503 public boolean <B>cancelJob</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)</PRE>\r
 504 <DL>\r
 505 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html#cancelJob(java.lang.String)">JManagement</A></CODE></B></DD>\r
 506 <DD>Stop running the job <code>jobId</code> but leave its output untouched\r
 507 <P>\r
 508 <DD><DL>\r
 509 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html#cancelJob(java.lang.String)">cancelJob</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html" title="interface in compbio.data.msa">JManagement</A></CODE></DL>\r
 510 </DD>\r
 511 <DD><DL>\r
 512 \r
 513 <DT><B>Returns:</B><DD>true if job was cancelled successfully, false otherwise</DL>\r
 514 </DD>\r
 515 </DL>\r
 516 <HR>\r
 517 \r
 518 <A NAME="getJobStatus(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 519 getJobStatus</H3>\r
 520 <PRE>\r
 521 public <A HREF="../../../compbio/metadata/JobStatus.html" title="enum in compbio.metadata">JobStatus</A> <B>getJobStatus</B>(<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A>&nbsp;jobId)</PRE>\r
 522 <DL>\r
 523 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html#getJobStatus(java.lang.String)">JManagement</A></CODE></B></DD>\r
 524 <DD>Return the status of the job.\r
 525 <P>\r
 526 <DD><DL>\r
 527 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html#getJobStatus(java.lang.String)">getJobStatus</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/JManagement.html" title="interface in compbio.data.msa">JManagement</A></CODE></DL>\r
 528 </DD>\r
 529 <DD><DL>\r
 530 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>jobId</CODE> - - unique job identifier\r
 531 <DT><B>Returns:</B><DD>JobStatus - status of the job<DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../../compbio/metadata/JobStatus.html" title="enum in compbio.metadata"><CODE>JobStatus</CODE></A></DL>\r
 532 </DD>\r
 533 </DL>\r
 534 <HR>\r
 535 \r
 536 <A NAME="getPresets()"><!-- --></A><H3>\r
 537 getPresets</H3>\r
 538 <PRE>\r
 539 public <A HREF="../../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt; <B>getPresets</B>()</PRE>\r
 540 <DL>\r
 541 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getPresets()">Metadata</A></CODE></B></DD>\r
 542 <DD>Get presets supported by a web service\r
 543 <P>\r
 544 <DD><DL>\r
 545 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getPresets()">getPresets</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="interface in compbio.data.msa">Metadata</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt;</CODE></DL>\r
 546 </DD>\r
 547 <DD><DL>\r
 548 \r
 549 <DT><B>Returns:</B><DD>PresetManager the object contains information about presets
 550          supported by a web service</DL>\r
 551 </DD>\r
 552 </DL>\r
 553 <HR>\r
 554 \r
 555 <A NAME="getRunnerOptions()"><!-- --></A><H3>\r
 556 getRunnerOptions</H3>\r
 557 <PRE>\r
 558 public <A HREF="../../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt; <B>getRunnerOptions</B>()</PRE>\r
 559 <DL>\r
 560 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getRunnerOptions()">Metadata</A></CODE></B></DD>\r
 561 <DD>Get options supported by a web service\r
 562 <P>\r
 563 <DD><DL>\r
 564 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html#getRunnerOptions()">getRunnerOptions</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/Metadata.html" title="interface in compbio.data.msa">Metadata</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A>&gt;</CODE></DL>\r
 565 </DD>\r
 566 <DD><DL>\r
 567 \r
 568 <DT><B>Returns:</B><DD>RunnerConfig the list of options and parameters supported by a
 569          web service.</DL>\r
 570 </DD>\r
 571 </DL>\r
 572 <!-- ========= END OF CLASS DATA ========= -->\r
 573 <HR>\r
 574 \r
 575 \r
 576 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 577 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 578 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 579 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 580 <TR>\r
 581 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 582 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 583 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
 584   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
 585   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 586   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 587   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
 588   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/ProbconsWS.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 589   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 590   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 591   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 592   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 593   </TR>\r
 594 </TABLE>\r
 595 </TD>\r
 596 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 597 </EM>\r
 598 </TD>\r
 599 </TR>\r
 600 \r
 601 <TR>\r
 602 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 603 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/ws/server/MuscleWS.html" title="class in compbio.ws.server"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
 604 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/ws/server/RegistryWS.html" title="class in compbio.ws.server"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
 605 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 606   <A HREF="../../../index.html?compbio/ws/server/ProbconsWS.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 607 &nbsp;<A HREF="ProbconsWS.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 608 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 609   <!--\r
 610   if(window==top) {\r
 611     document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 612   }\r
 613   //-->\r
 614 </SCRIPT>\r
 615 <NOSCRIPT>\r
 616   <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 617 </NOSCRIPT>\r
 618 \r
 619 \r
 620 </FONT></TD>\r
 621 </TR>\r
 622 <TR>\r
 623 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
 624   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
 625 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
 626 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
 627 </TR>\r
 628 </TABLE>\r
 629 <A NAME="skip-navbar_bottom"></A>\r
 630 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
 631 \r
 632 <HR>\r
 633 \r
 634 </BODY>\r
 635 </HTML>\r