website/full_javadoc/compbio/ws/server/TcoffeeWS.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_14) on Wed Feb 17 16:46:50 GMT 2010 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 TcoffeeWS\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2010-02-17">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="../../../stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="TcoffeeWS";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Package</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#FFFFFF" CLASS="NavBarCell1Rev"> &nbsp;<FONT CLASS="NavBarFont1Rev"><B>Class</B></FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="class-use/TcoffeeWS.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Use</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="package-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="../../../help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/ws/server/SimpleWSPublisher.html" title="class in compbio.ws.server"><B>PREV CLASS</B></A>&nbsp;\r
  59 &nbsp;<A HREF="../../../compbio/ws/server/WSUtil.html" title="class in compbio.ws.server"><B>NEXT CLASS</B></A></FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="../../../index.html?compbio/ws/server/TcoffeeWS.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="TcoffeeWS.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="../../../allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 <TR>\r
  78 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  79   SUMMARY:&nbsp;NESTED&nbsp;|&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_summary">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_summary">METHOD</A></FONT></TD>\r
  80 <TD VALIGN="top" CLASS="NavBarCell3"><FONT SIZE="-2">\r
  81 DETAIL:&nbsp;FIELD&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#constructor_detail">CONSTR</A>&nbsp;|&nbsp;<A HREF="#method_detail">METHOD</A></FONT></TD>\r
  82 </TR>\r
  83 </TABLE>\r
  84 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  85 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  86 \r
  87 <HR>\r
  88 <!-- ======== START OF CLASS DATA ======== -->\r
  89 <H2>\r
  90 <FONT SIZE="-1">\r
  91 compbio.ws.server</FONT>\r
  92 <BR>\r
  93 Class TcoffeeWS</H2>\r
  94 <PRE>\r
  95 java.lang.Object\r
  96   <IMG SRC="../../../resources/inherit.gif" ALT="extended by "><B>compbio.ws.server.TcoffeeWS</B>\r
  97 </PRE>\r
  98 <DL>\r
  99 <DT><B>All Implemented Interfaces:</B> <DD><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;</DD>\r
 100 </DL>\r
 101 <HR>\r
 102 <DL>\r
 103 <DT><PRE>public class <B>TcoffeeWS</B><DT>extends java.lang.Object<DT>implements <A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;</DL>\r
 104 </PRE>\r
 105 \r
 106 <P>\r
 107 <HR>\r
 108 \r
 109 <P>\r
 110 \r
 111 <!-- ======== CONSTRUCTOR SUMMARY ======== -->\r
 112 \r
 113 <A NAME="constructor_summary"><!-- --></A>\r
 114 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 115 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 116 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 117 <B>Constructor Summary</B></FONT></TH>\r
 118 </TR>\r
 119 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 120 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/TcoffeeWS.html#TcoffeeWS()">TcoffeeWS</A></B>()</CODE>\r
 121 \r
 122 <BR>\r
 123 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</TD>\r
 124 </TR>\r
 125 </TABLE>\r
 126 &nbsp;\r
 127 <!-- ========== METHOD SUMMARY =========== -->\r
 128 \r
 129 <A NAME="method_summary"><!-- --></A>\r
 130 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 131 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 132 <TH ALIGN="left" COLSPAN="2"><FONT SIZE="+2">\r
 133 <B>Method Summary</B></FONT></TH>\r
 134 </TR>\r
 135 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 136 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 137 <CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 138 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/TcoffeeWS.html#align(java.util.List)">align</A></B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences)</CODE>\r
 139 \r
 140 <BR>\r
 141 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Align a list of sequences with default settings.</TD>\r
 142 </TR>\r
 143 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 144 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 145 <CODE>&nbsp;boolean</CODE></FONT></TD>\r
 146 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/TcoffeeWS.html#cancelJob(java.lang.String)">cancelJob</A></B>(java.lang.String&nbsp;jobId)</CODE>\r
 147 \r
 148 <BR>\r
 149 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Stop running job but leave its output untouched</TD>\r
 150 </TR>\r
 151 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 152 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 153 <CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 154 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/TcoffeeWS.html#customAlign(java.util.List, java.util.List)">customAlign</A></B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
 155             java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;&gt;&nbsp;options)</CODE>\r
 156 \r
 157 <BR>\r
 158 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Align a list of sequences with options.</TD>\r
 159 </TR>\r
 160 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 161 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 162 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/JobStatus.html" title="enum in compbio.metadata">JobStatus</A></CODE></FONT></TD>\r
 163 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/TcoffeeWS.html#getJobStatus(java.lang.String)">getJobStatus</A></B>(java.lang.String&nbsp;jobId)</CODE>\r
 164 \r
 165 <BR>\r
 166 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Return the status of the job.</TD>\r
 167 </TR>\r
 168 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 169 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 170 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 171 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/TcoffeeWS.html#getLimit(java.lang.String)">getLimit</A></B>(java.lang.String&nbsp;presetName)</CODE>\r
 172 \r
 173 <BR>\r
 174 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Get a Limit for a preset.</TD>\r
 175 </TR>\r
 176 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 177 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 178 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/LimitsManager.html" title="class in compbio.metadata">LimitsManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 179 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/TcoffeeWS.html#getLimits()">getLimits</A></B>()</CODE>\r
 180 \r
 181 <BR>\r
 182 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;List Limits supported by a web service.</TD>\r
 183 </TR>\r
 184 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 185 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 186 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 187 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/TcoffeeWS.html#getPresets()">getPresets</A></B>()</CODE>\r
 188 \r
 189 <BR>\r
 190 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Get presets supported by a web service</TD>\r
 191 </TR>\r
 192 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 193 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 194 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/Alignment.html" title="class in compbio.data.sequence">Alignment</A></CODE></FONT></TD>\r
 195 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/TcoffeeWS.html#getResult(java.lang.String)">getResult</A></B>(java.lang.String&nbsp;jobId)</CODE>\r
 196 \r
 197 <BR>\r
 198 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Return the result of the job.</TD>\r
 199 </TR>\r
 200 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 201 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 202 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;</CODE></FONT></TD>\r
 203 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/TcoffeeWS.html#getRunnerOptions()">getRunnerOptions</A></B>()</CODE>\r
 204 \r
 205 <BR>\r
 206 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Get options supported by a web service</TD>\r
 207 </TR>\r
 208 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 209 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 210 <CODE>&nbsp;java.lang.String</CODE></FONT></TD>\r
 211 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/TcoffeeWS.html#presetAlign(java.util.List, compbio.metadata.Preset)">presetAlign</A></B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
 212             <A HREF="../../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;&nbsp;preset)</CODE>\r
 213 \r
 214 <BR>\r
 215 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Align a list of sequences with preset.</TD>\r
 216 </TR>\r
 217 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 218 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" WIDTH="1%"><FONT SIZE="-1">\r
 219 <CODE>&nbsp;<A HREF="../../../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata">ChunkHolder</A></CODE></FONT></TD>\r
 220 <TD><CODE><B><A HREF="../../../compbio/ws/server/TcoffeeWS.html#pullExecStatistics(java.lang.String, long)">pullExecStatistics</A></B>(java.lang.String&nbsp;jobId,\r
 221                    long&nbsp;position)</CODE>\r
 222 \r
 223 <BR>\r
 224 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Reads 1kb chunk from the statistics file which is specific to a given web
 225  service from the position.</TD>\r
 226 </TR>\r
 227 </TABLE>\r
 228 &nbsp;<A NAME="methods_inherited_from_class_java.lang.Object"><!-- --></A>\r
 229 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 230 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 231 <TH ALIGN="left"><B>Methods inherited from class java.lang.Object</B></TH>\r
 232 </TR>\r
 233 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 234 <TD><CODE>equals, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait</CODE></TD>\r
 235 </TR>\r
 236 </TABLE>\r
 237 &nbsp;\r
 238 <P>\r
 239 \r
 240 <!-- ========= CONSTRUCTOR DETAIL ======== -->\r
 241 \r
 242 <A NAME="constructor_detail"><!-- --></A>\r
 243 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 244 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 245 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 246 <B>Constructor Detail</B></FONT></TH>\r
 247 </TR>\r
 248 </TABLE>\r
 249 \r
 250 <A NAME="TcoffeeWS()"><!-- --></A><H3>\r
 251 TcoffeeWS</H3>\r
 252 <PRE>\r
 253 public <B>TcoffeeWS</B>()</PRE>\r
 254 <DL>\r
 255 </DL>\r
 256 \r
 257 <!-- ============ METHOD DETAIL ========== -->\r
 258 \r
 259 <A NAME="method_detail"><!-- --></A>\r
 260 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 261 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 262 <TH ALIGN="left" COLSPAN="1"><FONT SIZE="+2">\r
 263 <B>Method Detail</B></FONT></TH>\r
 264 </TR>\r
 265 </TABLE>\r
 266 \r
 267 <A NAME="align(java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 268 align</H3>\r
 269 <PRE>\r
 270 public java.lang.String <B>align</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences)\r
 271                        throws <A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A></PRE>\r
 272 <DL>\r
 273 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#align(java.util.List)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 274 <DD>Align a list of sequences with default settings.
 275
 276  Any dataset containing a greater number of sequences or the average
 277  length of the sequences are greater then defined in the default Limit
 278  will not be accepted for an alignment operation and
 279  JobSubmissionException will be thrown.\r
 280 <P>\r
 281 <DD><DL>\r
 282 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#align(java.util.List)">align</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;</CODE></DL>\r
 283 </DD>\r
 284 <DD><DL>\r
 285 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>sequences</CODE> - List of FastaSequence objects. The programme does not perform
 286             any sequence validity checks. Nor does it checks whether the
 287             sequences names are unique. It is responsibility of the caller
 288             to validate this information\r
 289 <DT><B>Returns:</B><DD>jobId - unique identifier for the job\r
 290 <DT><B>Throws:</B>\r
 291 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A></CODE> - thrown if server OS does not support native executables for a
 292              given web service, e.g. JWS2 is deployed on Windows and Mafft
 293              service is called\r
 294 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A></CODE> - is throw if the input sequences number or average length
 295              exceeds what is defined by the limit\r
 296 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A></CODE></DL>\r
 297 </DD>\r
 298 </DL>\r
 299 <HR>\r
 300 \r
 301 <A NAME="customAlign(java.util.List, java.util.List)"><!-- --></A><H3>\r
 302 customAlign</H3>\r
 303 <PRE>\r
 304 public java.lang.String <B>customAlign</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
 305                                     java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata">Option</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;&gt;&nbsp;options)\r
 306                              throws <A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A>,\r
 307                                     <A HREF="../../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
 308 <DL>\r
 309 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#customAlign(java.util.List, java.util.List)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 310 <DD>Align a list of sequences with options.\r
 311 <P>\r
 312 <DD><DL>\r
 313 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#customAlign(java.util.List, java.util.List)">customAlign</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;</CODE></DL>\r
 314 </DD>\r
 315 <DD><DL>\r
 316 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>sequences</CODE> - List of FastaSequence objects. The programme does not perform
 317             any sequence validity checks. Nor does it checks whether the
 318             sequences names are unique. It is responsibility of the caller
 319             to validate this information<DD><CODE>options</CODE> - A list of Options\r
 320 <DT><B>Returns:</B><DD>jobId - unique identifier for the job\r
 321 <DT><B>Throws:</B>\r
 322 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A></CODE> - thrown if server OS does not support native executables for a
 323              given web service, e.g. JWS2 is deployed on Windows and Mafft
 324              service is called\r
 325 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A></CODE> - is throw if the input sequences number or average length
 326              exceeds what is defined by the limit\r
 327 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></CODE> - is throws when 1) One of the Options provided is not
 328              supported, 2) The value of the option is defined outside the
 329              boundaries. In both cases exception object contain the
 330              information on the violating Option.\r
 331 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A></CODE><DT><B>See Also:</B><DD><A HREF="../../../compbio/metadata/Option.html" title="class in compbio.metadata"><CODE>Default Limit is used to decide whether the calculation will be
 332       permitted or denied</CODE></A></DL>\r
 333 </DD>\r
 334 </DL>\r
 335 <HR>\r
 336 \r
 337 <A NAME="presetAlign(java.util.List, compbio.metadata.Preset)"><!-- --></A><H3>\r
 338 presetAlign</H3>\r
 339 <PRE>\r
 340 public java.lang.String <B>presetAlign</B>(java.util.List&lt;<A HREF="../../../compbio/data/sequence/FastaSequence.html" title="class in compbio.data.sequence">FastaSequence</A>&gt;&nbsp;sequences,\r
 341                                     <A HREF="../../../compbio/metadata/Preset.html" title="class in compbio.metadata">Preset</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;&nbsp;preset)\r
 342                              throws <A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A>,\r
 343                                     <A HREF="../../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></PRE>\r
 344 <DL>\r
 345 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#presetAlign(java.util.List, compbio.metadata.Preset)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 346 <DD>Align a list of sequences with preset. @see Preset
 347
 348  Limit for a presetName is used whether the calculation will be permitted
 349  or denied. If no Limit was defined for a presetName, than default limit
 350  is used.\r
 351 <P>\r
 352 <DD><DL>\r
 353 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#presetAlign(java.util.List, compbio.metadata.Preset)">presetAlign</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;</CODE></DL>\r
 354 </DD>\r
 355 <DD><DL>\r
 356 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>sequences</CODE> - List of FastaSequence objects. The programme does not perform
 357             any sequence validity checks. Nor does it checks whether the
 358             sequences names are unique. It is responsibility of the caller
 359             to validate this information<DD><CODE>preset</CODE> - A list of Options\r
 360 <DT><B>Returns:</B><DD>String - jobId - unique identifier for the job\r
 361 <DT><B>Throws:</B>\r
 362 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/UnsupportedRuntimeException.html" title="class in compbio.metadata">UnsupportedRuntimeException</A></CODE> - thrown if server OS does not support native executables for a
 363              given web service, e.g. JWS2 is deployed on Windows and Mafft
 364              service is called\r
 365 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/LimitExceededException.html" title="class in compbio.metadata">LimitExceededException</A></CODE> - is throw if the input sequences number or average length
 366              exceeds what is defined by the limit\r
 367 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/WrongParameterException.html" title="class in compbio.metadata">WrongParameterException</A></CODE> - is throws when 1) One of the Options provided is not
 368              supported, 2) The value of the option is defined outside the
 369              boundaries. In both cases exception object contain the
 370              information on the violating Option.\r
 371 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/JobSubmissionException.html" title="class in compbio.metadata">JobSubmissionException</A></CODE></DL>\r
 372 </DD>\r
 373 </DL>\r
 374 <HR>\r
 375 \r
 376 <A NAME="getResult(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 377 getResult</H3>\r
 378 <PRE>\r
 379 public <A HREF="../../../compbio/data/sequence/Alignment.html" title="class in compbio.data.sequence">Alignment</A> <B>getResult</B>(java.lang.String&nbsp;jobId)\r
 380                     throws <A HREF="../../../compbio/metadata/ResultNotAvailableException.html" title="class in compbio.metadata">ResultNotAvailableException</A></PRE>\r
 381 <DL>\r
 382 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getResult(java.lang.String)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 383 <DD>Return the result of the job.\r
 384 <P>\r
 385 <DD><DL>\r
 386 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getResult(java.lang.String)">getResult</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;</CODE></DL>\r
 387 </DD>\r
 388 <DD><DL>\r
 389 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>jobId</CODE> - a unique job identifier\r
 390 <DT><B>Returns:</B><DD>Alignment\r
 391 <DT><B>Throws:</B>\r
 392 <DD><CODE><A HREF="../../../compbio/metadata/ResultNotAvailableException.html" title="class in compbio.metadata">ResultNotAvailableException</A></CODE> - this exception is throw if the job execution was not
 393              successful or the result of the execution could not be found.
 394              (e.g. removed). Exception could also be thrown is dues to the
 395              lower level problems on the server i.e. IOException,
 396              FileNotFoundException problems as well as
 397              UnknownFileFormatException.</DL>\r
 398 </DD>\r
 399 </DL>\r
 400 <HR>\r
 401 \r
 402 <A NAME="getLimit(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 403 getLimit</H3>\r
 404 <PRE>\r
 405 public <A HREF="../../../compbio/metadata/Limit.html" title="class in compbio.metadata">Limit</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt; <B>getLimit</B>(java.lang.String&nbsp;presetName)</PRE>\r
 406 <DL>\r
 407 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getLimit(java.lang.String)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 408 <DD>Get a Limit for a preset.\r
 409 <P>\r
 410 <DD><DL>\r
 411 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getLimit(java.lang.String)">getLimit</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;</CODE></DL>\r
 412 </DD>\r
 413 <DD><DL>\r
 414 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>presetName</CODE> - the name of the preset. if no name is provided, then the
 415             default preset is returned. If no limit for a particular
 416             preset is defined then the default preset is returned\r
 417 <DT><B>Returns:</B><DD>Limit</DL>\r
 418 </DD>\r
 419 </DL>\r
 420 <HR>\r
 421 \r
 422 <A NAME="getLimits()"><!-- --></A><H3>\r
 423 getLimits</H3>\r
 424 <PRE>\r
 425 public <A HREF="../../../compbio/metadata/LimitsManager.html" title="class in compbio.metadata">LimitsManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt; <B>getLimits</B>()</PRE>\r
 426 <DL>\r
 427 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getLimits()">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 428 <DD>List Limits supported by a web service.\r
 429 <P>\r
 430 <DD><DL>\r
 431 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getLimits()">getLimits</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;</CODE></DL>\r
 432 </DD>\r
 433 <DD><DL>\r
 434 \r
 435 <DT><B>Returns:</B><DD>LimitManager</DL>\r
 436 </DD>\r
 437 </DL>\r
 438 <HR>\r
 439 \r
 440 <A NAME="pullExecStatistics(java.lang.String, long)"><!-- --></A><H3>\r
 441 pullExecStatistics</H3>\r
 442 <PRE>\r
 443 public <A HREF="../../../compbio/metadata/ChunkHolder.html" title="class in compbio.metadata">ChunkHolder</A> <B>pullExecStatistics</B>(java.lang.String&nbsp;jobId,\r
 444                                       long&nbsp;position)</PRE>\r
 445 <DL>\r
 446 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#pullExecStatistics(java.lang.String, long)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 447 <DD>Reads 1kb chunk from the statistics file which is specific to a given web
 448  service from the position. If in time of a request less then 1kb data is
 449  available from the position to the end of the file, then it returns all
 450  the data available from the position to the end of the file.\r
 451 <P>\r
 452 <DD><DL>\r
 453 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#pullExecStatistics(java.lang.String, long)">pullExecStatistics</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;</CODE></DL>\r
 454 </DD>\r
 455 <DD><DL>\r
 456 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>jobId</CODE> - - unique job identifier<DD><CODE>position</CODE> - - next position within the file to read\r
 457 <DT><B>Returns:</B><DD>ChunkHolder - @see ChunkHolder which contains a chuink of data
 458          and a next position within the file from which no data has been
 459          read</DL>\r
 460 </DD>\r
 461 </DL>\r
 462 <HR>\r
 463 \r
 464 <A NAME="cancelJob(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 465 cancelJob</H3>\r
 466 <PRE>\r
 467 public boolean <B>cancelJob</B>(java.lang.String&nbsp;jobId)</PRE>\r
 468 <DL>\r
 469 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#cancelJob(java.lang.String)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 470 <DD>Stop running job but leave its output untouched\r
 471 <P>\r
 472 <DD><DL>\r
 473 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#cancelJob(java.lang.String)">cancelJob</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;</CODE></DL>\r
 474 </DD>\r
 475 <DD><DL>\r
 476 \r
 477 <DT><B>Returns:</B><DD>true if job was cancelled successfully, false otherwise</DL>\r
 478 </DD>\r
 479 </DL>\r
 480 <HR>\r
 481 \r
 482 <A NAME="getJobStatus(java.lang.String)"><!-- --></A><H3>\r
 483 getJobStatus</H3>\r
 484 <PRE>\r
 485 public <A HREF="../../../compbio/metadata/JobStatus.html" title="enum in compbio.metadata">JobStatus</A> <B>getJobStatus</B>(java.lang.String&nbsp;jobId)</PRE>\r
 486 <DL>\r
 487 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getJobStatus(java.lang.String)">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 488 <DD>Return the status of the job. @see JobStatus\r
 489 <P>\r
 490 <DD><DL>\r
 491 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getJobStatus(java.lang.String)">getJobStatus</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;</CODE></DL>\r
 492 </DD>\r
 493 <DD><DL>\r
 494 <DT><B>Parameters:</B><DD><CODE>jobId</CODE> - - unique job identifier\r
 495 <DT><B>Returns:</B><DD>JobStatus - status of the job</DL>\r
 496 </DD>\r
 497 </DL>\r
 498 <HR>\r
 499 \r
 500 <A NAME="getPresets()"><!-- --></A><H3>\r
 501 getPresets</H3>\r
 502 <PRE>\r
 503 public <A HREF="../../../compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt; <B>getPresets</B>()</PRE>\r
 504 <DL>\r
 505 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getPresets()">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 506 <DD>Get presets supported by a web service\r
 507 <P>\r
 508 <DD><DL>\r
 509 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getPresets()">getPresets</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;</CODE></DL>\r
 510 </DD>\r
 511 <DD><DL>\r
 512 \r
 513 <DT><B>Returns:</B><DD>PresetManager the object contains information about presets
 514          supported by a web service</DL>\r
 515 </DD>\r
 516 </DL>\r
 517 <HR>\r
 518 \r
 519 <A NAME="getRunnerOptions()"><!-- --></A><H3>\r
 520 getRunnerOptions</H3>\r
 521 <PRE>\r
 522 public <A HREF="../../../compbio/metadata/RunnerConfig.html" title="class in compbio.metadata">RunnerConfig</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt; <B>getRunnerOptions</B>()</PRE>\r
 523 <DL>\r
 524 <DD><B>Description copied from interface: <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getRunnerOptions()">MsaWS</A></CODE></B></DD>\r
 525 <DD>Get options supported by a web service\r
 526 <P>\r
 527 <DD><DL>\r
 528 <DT><B>Specified by:</B><DD><CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html#getRunnerOptions()">getRunnerOptions</A></CODE> in interface <CODE><A HREF="../../../compbio/data/msa/MsaWS.html" title="interface in compbio.data.msa">MsaWS</A>&lt;<A HREF="../../../compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A>&gt;</CODE></DL>\r
 529 </DD>\r
 530 <DD><DL>\r
 531 \r
 532 <DT><B>Returns:</B><DD>RunnerConfig the list of options and parameters supported by a
 533          web service.</DL>\r
 534 </DD>\r
 535 </DL>\r
 536 <!-- ========= END OF CLASS DATA ========= -->\r
 537 <HR>\r
 538 \r
 539 \r
 540 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 541 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 542 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 543 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 544 <TR>\r
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 557   </TR>\r
 558 </TABLE>\r
 559 </TD>\r
 560 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 561 </EM>\r
 562 </TD>\r
 563 </TR>\r
 564 \r
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