website/full_javadoc/constant-values.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">\r
   2 <!--NewPage-->\r
   3 <HTML>\r
   4 <HEAD>\r
   5 <!-- Generated by javadoc (build 1.6.0_24) on Fri Aug 12 14:32:36 BST 2011 -->\r
   6 <TITLE>\r
   7 Constant Field Values\r
   8 </TITLE>\r
   9 \r
  10 <META NAME="date" CONTENT="2011-08-12">\r
  11 \r
  12 <LINK REL ="stylesheet" TYPE="text/css" HREF="stylesheet.css" TITLE="Style">\r
  13 \r
  14 <SCRIPT type="text/javascript">\r
  15 function windowTitle()\r
  16 {\r
  17     if (location.href.indexOf('is-external=true') == -1) {\r
  18         parent.document.title="Constant Field Values";\r
  19     }\r
  20 }\r
  21 </SCRIPT>\r
  22 <NOSCRIPT>\r
  23 </NOSCRIPT>\r
  24 \r
  25 </HEAD>\r
  26 \r
  27 <BODY BGCOLOR="white" onload="windowTitle();">\r
  28 <HR>\r
  29 \r
  30 \r
  31 <!-- ========= START OF TOP NAVBAR ======= -->\r
  32 <A NAME="navbar_top"><!-- --></A>\r
  33 <A HREF="#skip-navbar_top" title="Skip navigation links"></A>\r
  34 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  35 <TR>\r
  36 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
  37 <A NAME="navbar_top_firstrow"><!-- --></A>\r
  38 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
  39   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
  40   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  41   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Package</FONT>&nbsp;</TD>\r
  42   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
  43   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Use</FONT>&nbsp;</TD>\r
  44   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="overview-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  45   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  46   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  47   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
  48   </TR>\r
  49 </TABLE>\r
  50 </TD>\r
  51 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
  52 </EM>\r
  53 </TD>\r
  54 </TR>\r
  55 \r
  56 <TR>\r
  57 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  58 &nbsp;PREV&nbsp;\r
  59 &nbsp;NEXT</FONT></TD>\r
  60 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
  61   <A HREF="index.html?constant-values.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  62 &nbsp;<A HREF="constant-values.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
  63 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
  64   <!--\r
  65   if(window==top) {\r
  66     document.writeln('<A HREF="allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
  67   }\r
  68   //-->\r
  69 </SCRIPT>\r
  70 <NOSCRIPT>\r
  71   <A HREF="allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
  72 </NOSCRIPT>\r
  73 \r
  74 \r
  75 </FONT></TD>\r
  76 </TR>\r
  77 </TABLE>\r
  78 <A NAME="skip-navbar_top"></A>\r
  79 <!-- ========= END OF TOP NAVBAR ========= -->\r
  80 \r
  81 <HR>\r
  82 <CENTER>\r
  83 <H1>\r
  84 Constant Field Values</H1>\r
  85 </CENTER>\r
  86 <HR SIZE="4" NOSHADE>\r
  87 <B>Contents</B><UL>\r
  88 <LI><A HREF="#compbio.data">compbio.data.*</A>\r
  89 <LI><A HREF="#compbio.engine">compbio.engine.*</A>\r
  90 <LI><A HREF="#compbio.metadata">compbio.metadata.*</A>\r
  91 <LI><A HREF="#compbio.runner">compbio.runner.*</A>\r
  92 </UL>\r
  93 \r
  94 <A NAME="compbio.data"><!-- --></A>\r
  95 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
  96 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
  97 <TH ALIGN="left"><FONT SIZE="+2">\r
  98 compbio.data.*</FONT></TH>\r
  99 </TR>\r
 100 </TABLE>\r
 101 \r
 102 <P>\r
 103 \r
 104 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 105 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 106 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.data.msa.<A HREF="compbio/data/msa/JABAService.html" title="interface in compbio.data.msa">JABAService</A></TH>\r
 107 </TR>\r
 108 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 109 <A NAME="compbio.data.msa.JABAService.SERVICE_NAMESPACE"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 110 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 111 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/data/msa/JABAService.html#SERVICE_NAMESPACE">SERVICE_NAMESPACE</A></CODE></TD>\r
 112 <TD ALIGN="right"><CODE>"http://msa.data.compbio/01/01/2010/"</CODE></TD>\r
 113 </TR>\r
 114 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 115 <A NAME="compbio.data.msa.JABAService.V2_SERVICE_NAMESPACE"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 116 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 117 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/data/msa/JABAService.html#V2_SERVICE_NAMESPACE">V2_SERVICE_NAMESPACE</A></CODE></TD>\r
 118 <TD ALIGN="right"><CODE>"http://msa.data.compbio/01/12/2010/"</CODE></TD>\r
 119 </TR>\r
 120 </FONT></TD>\r
 121 </TR>\r
 122 </TABLE>\r
 123 \r
 124 <P>\r
 125 \r
 126 <P>\r
 127 \r
 128 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 129 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 130 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.data.sequence.<A HREF="compbio/data/sequence/ClustalAlignmentUtil.html" title="class in compbio.data.sequence">ClustalAlignmentUtil</A></TH>\r
 131 </TR>\r
 132 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 133 <A NAME="compbio.data.sequence.ClustalAlignmentUtil.gapchar"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 134 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;char</CODE></FONT></TD>\r
 135 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/data/sequence/ClustalAlignmentUtil.html#gapchar">gapchar</A></CODE></TD>\r
 136 <TD ALIGN="right"><CODE>45</CODE></TD>\r
 137 </TR>\r
 138 </FONT></TD>\r
 139 </TR>\r
 140 </TABLE>\r
 141 \r
 142 <P>\r
 143 \r
 144 <P>\r
 145 \r
 146 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 147 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 148 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.data.sequence.<A HREF="compbio/data/sequence/ScoreManager.html" title="class in compbio.data.sequence">ScoreManager</A></TH>\r
 149 </TR>\r
 150 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 151 <A NAME="compbio.data.sequence.ScoreManager.SINGLE_ENTRY_KEY"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 152 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 153 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/data/sequence/ScoreManager.html#SINGLE_ENTRY_KEY">SINGLE_ENTRY_KEY</A></CODE></TD>\r
 154 <TD ALIGN="right"><CODE>"Alignment"</CODE></TD>\r
 155 </TR>\r
 156 </FONT></TD>\r
 157 </TR>\r
 158 </TABLE>\r
 159 \r
 160 <P>\r
 161 \r
 162 <P>\r
 163 \r
 164 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 165 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 166 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.data.sequence.<A HREF="compbio/data/sequence/SMERFSConstraints.html" title="enum in compbio.data.sequence">SMERFSConstraints</A></TH>\r
 167 </TR>\r
 168 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 169 <A NAME="compbio.data.sequence.SMERFSConstraints.DEFAULT_GAP_THRESHOLD"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 170 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;double</CODE></FONT></TD>\r
 171 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/data/sequence/SMERFSConstraints.html#DEFAULT_GAP_THRESHOLD">DEFAULT_GAP_THRESHOLD</A></CODE></TD>\r
 172 <TD ALIGN="right"><CODE>0.1</CODE></TD>\r
 173 </TR>\r
 174 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 175 <A NAME="compbio.data.sequence.SMERFSConstraints.DEFAULT_WINDOW_SIZE"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 176 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;int</CODE></FONT></TD>\r
 177 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/data/sequence/SMERFSConstraints.html#DEFAULT_WINDOW_SIZE">DEFAULT_WINDOW_SIZE</A></CODE></TD>\r
 178 <TD ALIGN="right"><CODE>7</CODE></TD>\r
 179 </TR>\r
 180 </FONT></TD>\r
 181 </TR>\r
 182 </TABLE>\r
 183 \r
 184 <P>\r
 185 \r
 186 <P>\r
 187 <A NAME="compbio.engine"><!-- --></A>\r
 188 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 189 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 190 <TH ALIGN="left"><FONT SIZE="+2">\r
 191 compbio.engine.*</FONT></TH>\r
 192 </TR>\r
 193 </TABLE>\r
 194 \r
 195 <P>\r
 196 \r
 197 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 198 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 199 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.engine.client.<A HREF="compbio/engine/client/ConfExecutable.html" title="class in compbio.engine.client">ConfExecutable</A>&lt;<A HREF="compbio/engine/client/ConfExecutable.html" title="type parameter in ConfExecutable">T</A>&gt;</TH>\r
 200 </TR>\r
 201 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 202 <A NAME="compbio.engine.client.ConfExecutable.CLUSTER_TASK_ID_PREFIX"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 203 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 204 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/client/ConfExecutable.html#CLUSTER_TASK_ID_PREFIX">CLUSTER_TASK_ID_PREFIX</A></CODE></TD>\r
 205 <TD ALIGN="right"><CODE>"@"</CODE></TD>\r
 206 </TR>\r
 207 </FONT></TD>\r
 208 </TR>\r
 209 </TABLE>\r
 210 \r
 211 <P>\r
 212 \r
 213 <P>\r
 214 \r
 215 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 216 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 217 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.engine.client.<A HREF="compbio/engine/client/EnvVariableProcessor.html" title="class in compbio.engine.client">EnvVariableProcessor</A></TH>\r
 218 </TR>\r
 219 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 220 <A NAME="compbio.engine.client.EnvVariableProcessor.PATH"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 221 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 222 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/client/EnvVariableProcessor.html#PATH">PATH</A></CODE></TD>\r
 223 <TD ALIGN="right"><CODE>"PATH"</CODE></TD>\r
 224 </TR>\r
 225 </FONT></TD>\r
 226 </TR>\r
 227 </TABLE>\r
 228 \r
 229 <P>\r
 230 \r
 231 <P>\r
 232 \r
 233 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 234 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 235 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.engine.client.<A HREF="compbio/engine/client/RunConfiguration.html" title="class in compbio.engine.client">RunConfiguration</A></TH>\r
 236 </TR>\r
 237 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 238 <A NAME="compbio.engine.client.RunConfiguration.rconfigFile"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 239 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 240 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/client/RunConfiguration.html#rconfigFile">rconfigFile</A></CODE></TD>\r
 241 <TD ALIGN="right"><CODE>"RunnerConfig.xml"</CODE></TD>\r
 242 </TR>\r
 243 </FONT></TD>\r
 244 </TR>\r
 245 </TABLE>\r
 246 \r
 247 <P>\r
 248 \r
 249 <P>\r
 250 \r
 251 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 252 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 253 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.engine.client.<A HREF="compbio/engine/client/SkeletalExecutable.html" title="class in compbio.engine.client">SkeletalExecutable</A>&lt;<A HREF="compbio/engine/client/SkeletalExecutable.html" title="type parameter in SkeletalExecutable">T</A>&gt;</TH>\r
 254 </TR>\r
 255 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 256 <A NAME="compbio.engine.client.SkeletalExecutable.ERROR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 257 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 258 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/client/SkeletalExecutable.html#ERROR">ERROR</A></CODE></TD>\r
 259 <TD ALIGN="right"><CODE>"error.txt"</CODE></TD>\r
 260 </TR>\r
 261 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 262 <A NAME="compbio.engine.client.SkeletalExecutable.INPUT"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 263 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 264 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/client/SkeletalExecutable.html#INPUT">INPUT</A></CODE></TD>\r
 265 <TD ALIGN="right"><CODE>"input.txt"</CODE></TD>\r
 266 </TR>\r
 267 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 268 <A NAME="compbio.engine.client.SkeletalExecutable.OUTPUT"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 269 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 270 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/client/SkeletalExecutable.html#OUTPUT">OUTPUT</A></CODE></TD>\r
 271 <TD ALIGN="right"><CODE>"result.txt"</CODE></TD>\r
 272 </TR>\r
 273 </FONT></TD>\r
 274 </TR>\r
 275 </TABLE>\r
 276 \r
 277 <P>\r
 278 \r
 279 <P>\r
 280 \r
 281 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 282 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 283 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.engine.cluster.drmaa.<A HREF="compbio/engine/cluster/drmaa/ClusterSession.html" title="class in compbio.engine.cluster.drmaa">ClusterSession</A></TH>\r
 284 </TR>\r
 285 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 286 <A NAME="compbio.engine.cluster.drmaa.ClusterSession.JOBID"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 287 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 288 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/cluster/drmaa/ClusterSession.html#JOBID">JOBID</A></CODE></TD>\r
 289 <TD ALIGN="right"><CODE>"JOBID"</CODE></TD>\r
 290 </TR>\r
 291 </FONT></TD>\r
 292 </TR>\r
 293 </TABLE>\r
 294 \r
 295 <P>\r
 296 \r
 297 <P>\r
 298 \r
 299 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 300 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 301 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.engine.conf.<A HREF="compbio/engine/conf/_Key.html" title="class in compbio.engine.conf">_Key</A></TH>\r
 302 </TR>\r
 303 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 304 <A NAME="compbio.engine.conf._Key.DELIM"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 305 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 306 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/conf/_Key.html#DELIM">DELIM</A></CODE></TD>\r
 307 <TD ALIGN="right"><CODE>"#"</CODE></TD>\r
 308 </TR>\r
 309 </FONT></TD>\r
 310 </TR>\r
 311 </TABLE>\r
 312 \r
 313 <P>\r
 314 \r
 315 <P>\r
 316 \r
 317 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 318 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 319 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.engine.conf.<A HREF="compbio/engine/conf/DirectoryManager.html" title="class in compbio.engine.conf">DirectoryManager</A></TH>\r
 320 </TR>\r
 321 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 322 <A NAME="compbio.engine.conf.DirectoryManager.DELIM"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 323 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 324 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/conf/DirectoryManager.html#DELIM">DELIM</A></CODE></TD>\r
 325 <TD ALIGN="right"><CODE>"#"</CODE></TD>\r
 326 </TR>\r
 327 </FONT></TD>\r
 328 </TR>\r
 329 </TABLE>\r
 330 \r
 331 <P>\r
 332 \r
 333 <P>\r
 334 \r
 335 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 336 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 337 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.engine.local.<A HREF="compbio/engine/local/ExecutableWrapper.html" title="class in compbio.engine.local">ExecutableWrapper</A></TH>\r
 338 </TR>\r
 339 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 340 <A NAME="compbio.engine.local.ExecutableWrapper.PROC_ERR_FILE"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 341 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 342 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/local/ExecutableWrapper.html#PROC_ERR_FILE">PROC_ERR_FILE</A></CODE></TD>\r
 343 <TD ALIGN="right"><CODE>"procError.txt"</CODE></TD>\r
 344 </TR>\r
 345 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 346 <A NAME="compbio.engine.local.ExecutableWrapper.PROC_OUT_FILE"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 347 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 348 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/engine/local/ExecutableWrapper.html#PROC_OUT_FILE">PROC_OUT_FILE</A></CODE></TD>\r
 349 <TD ALIGN="right"><CODE>"procOutput.txt"</CODE></TD>\r
 350 </TR>\r
 351 </FONT></TD>\r
 352 </TR>\r
 353 </TABLE>\r
 354 \r
 355 <P>\r
 356 \r
 357 <P>\r
 358 <A NAME="compbio.metadata"><!-- --></A>\r
 359 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 360 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 361 <TH ALIGN="left"><FONT SIZE="+2">\r
 362 compbio.metadata.*</FONT></TH>\r
 363 </TR>\r
 364 </TABLE>\r
 365 \r
 366 <P>\r
 367 \r
 368 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 369 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 370 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.metadata.<A HREF="compbio/metadata/PresetManager.html" title="class in compbio.metadata">PresetManager</A>&lt;<A HREF="compbio/metadata/PresetManager.html" title="type parameter in PresetManager">T</A>&gt;</TH>\r
 371 </TR>\r
 372 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 373 <A NAME="compbio.metadata.PresetManager.LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 374 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 375 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/metadata/PresetManager.html#LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET">LOCAL_ENGINE_LIMIT_PRESET</A></CODE></TD>\r
 376 <TD ALIGN="right"><CODE>"# LocalEngineExecutionLimit #"</CODE></TD>\r
 377 </TR>\r
 378 </FONT></TD>\r
 379 </TR>\r
 380 </TABLE>\r
 381 \r
 382 <P>\r
 383 \r
 384 <P>\r
 385 <A NAME="compbio.runner"><!-- --></A>\r
 386 <TABLE BORDER="1" WIDTH="100%" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 387 <TR BGCOLOR="#CCCCFF" CLASS="TableHeadingColor">\r
 388 <TH ALIGN="left"><FONT SIZE="+2">\r
 389 compbio.runner.*</FONT></TH>\r
 390 </TR>\r
 391 </TABLE>\r
 392 \r
 393 <P>\r
 394 \r
 395 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 396 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 397 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.runner.<A HREF="compbio/runner/Util.html" title="class in compbio.runner">Util</A></TH>\r
 398 </TR>\r
 399 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 400 <A NAME="compbio.runner.Util.SPACE"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 401 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 402 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/Util.html#SPACE">SPACE</A></CODE></TD>\r
 403 <TD ALIGN="right"><CODE>" "</CODE></TD>\r
 404 </TR>\r
 405 </FONT></TD>\r
 406 </TR>\r
 407 </TABLE>\r
 408 \r
 409 <P>\r
 410 \r
 411 <P>\r
 412 \r
 413 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 414 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 415 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.runner.conservation.<A HREF="compbio/runner/conservation/AACon.html" title="class in compbio.runner.conservation">AACon</A></TH>\r
 416 </TR>\r
 417 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 418 <A NAME="compbio.runner.conservation.AACon.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 419 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 420 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/conservation/AACon.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
 421 <TD ALIGN="right"><CODE>"="</CODE></TD>\r
 422 </TR>\r
 423 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 424 <A NAME="compbio.runner.conservation.AACon.STAT_FILE"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 425 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 426 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/conservation/AACon.html#STAT_FILE">STAT_FILE</A></CODE></TD>\r
 427 <TD ALIGN="right"><CODE>"stat.txt"</CODE></TD>\r
 428 </TR>\r
 429 </FONT></TD>\r
 430 </TR>\r
 431 </TABLE>\r
 432 \r
 433 <P>\r
 434 \r
 435 <P>\r
 436 \r
 437 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 438 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 439 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.runner.disorder.<A HREF="compbio/runner/disorder/Disembl.html" title="class in compbio.runner.disorder">Disembl</A></TH>\r
 440 </TR>\r
 441 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 442 <A NAME="compbio.runner.disorder.Disembl.COILS_EXPECTATION_THRESHOLD"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 443 <CODE>public&nbsp;final&nbsp;double</CODE></FONT></TD>\r
 444 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/disorder/Disembl.html#COILS_EXPECTATION_THRESHOLD">COILS_EXPECTATION_THRESHOLD</A></CODE></TD>\r
 445 <TD ALIGN="right"><CODE>0.43</CODE></TD>\r
 446 </TR>\r
 447 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 448 <A NAME="compbio.runner.disorder.Disembl.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 449 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 450 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/disorder/Disembl.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
 451 <TD ALIGN="right"><CODE>" "</CODE></TD>\r
 452 </TR>\r
 453 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 454 <A NAME="compbio.runner.disorder.Disembl.LOOPS_EXPECTATION_THRESHOLD"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 455 <CODE>public&nbsp;final&nbsp;double</CODE></FONT></TD>\r
 456 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/disorder/Disembl.html#LOOPS_EXPECTATION_THRESHOLD">LOOPS_EXPECTATION_THRESHOLD</A></CODE></TD>\r
 457 <TD ALIGN="right"><CODE>0.086</CODE></TD>\r
 458 </TR>\r
 459 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 460 <A NAME="compbio.runner.disorder.Disembl.REM_EXPECTATION_THRESHOLD"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 461 <CODE>public&nbsp;final&nbsp;double</CODE></FONT></TD>\r
 462 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/disorder/Disembl.html#REM_EXPECTATION_THRESHOLD">REM_EXPECTATION_THRESHOLD</A></CODE></TD>\r
 463 <TD ALIGN="right"><CODE>0.5</CODE></TD>\r
 464 </TR>\r
 465 </FONT></TD>\r
 466 </TR>\r
 467 </TABLE>\r
 468 \r
 469 <P>\r
 470 \r
 471 <P>\r
 472 \r
 473 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 474 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 475 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.runner.disorder.<A HREF="compbio/runner/disorder/GlobPlot.html" title="class in compbio.runner.disorder">GlobPlot</A></TH>\r
 476 </TR>\r
 477 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 478 <A NAME="compbio.runner.disorder.GlobPlot.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 479 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 480 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/disorder/GlobPlot.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
 481 <TD ALIGN="right"><CODE>" "</CODE></TD>\r
 482 </TR>\r
 483 </FONT></TD>\r
 484 </TR>\r
 485 </TABLE>\r
 486 \r
 487 <P>\r
 488 \r
 489 <P>\r
 490 \r
 491 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 492 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 493 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.runner.disorder.<A HREF="compbio/runner/disorder/Jronn.html" title="class in compbio.runner.disorder">Jronn</A></TH>\r
 494 </TR>\r
 495 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 496 <A NAME="compbio.runner.disorder.Jronn.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 497 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 498 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/disorder/Jronn.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
 499 <TD ALIGN="right"><CODE>" "</CODE></TD>\r
 500 </TR>\r
 501 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 502 <A NAME="compbio.runner.disorder.Jronn.STAT_FILE"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 503 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 504 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/disorder/Jronn.html#STAT_FILE">STAT_FILE</A></CODE></TD>\r
 505 <TD ALIGN="right"><CODE>"stat.txt"</CODE></TD>\r
 506 </TR>\r
 507 </FONT></TD>\r
 508 </TR>\r
 509 </TABLE>\r
 510 \r
 511 <P>\r
 512 \r
 513 <P>\r
 514 \r
 515 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 516 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 517 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.runner.msa.<A HREF="compbio/runner/msa/ClustalO.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalO</A></TH>\r
 518 </TR>\r
 519 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 520 <A NAME="compbio.runner.msa.ClustalO.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 521 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 522 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/msa/ClustalO.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
 523 <TD ALIGN="right"><CODE>"="</CODE></TD>\r
 524 </TR>\r
 525 </FONT></TD>\r
 526 </TR>\r
 527 </TABLE>\r
 528 \r
 529 <P>\r
 530 \r
 531 <P>\r
 532 \r
 533 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 534 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 535 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.runner.msa.<A HREF="compbio/runner/msa/ClustalW.html" title="class in compbio.runner.msa">ClustalW</A></TH>\r
 536 </TR>\r
 537 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 538 <A NAME="compbio.runner.msa.ClustalW.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 539 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 540 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/msa/ClustalW.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
 541 <TD ALIGN="right"><CODE>"="</CODE></TD>\r
 542 </TR>\r
 543 </FONT></TD>\r
 544 </TR>\r
 545 </TABLE>\r
 546 \r
 547 <P>\r
 548 \r
 549 <P>\r
 550 \r
 551 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 552 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 553 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.runner.msa.<A HREF="compbio/runner/msa/Mafft.html" title="class in compbio.runner.msa">Mafft</A></TH>\r
 554 </TR>\r
 555 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 556 <A NAME="compbio.runner.msa.Mafft.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 557 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 558 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/msa/Mafft.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
 559 <TD ALIGN="right"><CODE>" "</CODE></TD>\r
 560 </TR>\r
 561 </FONT></TD>\r
 562 </TR>\r
 563 </TABLE>\r
 564 \r
 565 <P>\r
 566 \r
 567 <P>\r
 568 \r
 569 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 570 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 571 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.runner.msa.<A HREF="compbio/runner/msa/Muscle.html" title="class in compbio.runner.msa">Muscle</A></TH>\r
 572 </TR>\r
 573 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 574 <A NAME="compbio.runner.msa.Muscle.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 575 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 576 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/msa/Muscle.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
 577 <TD ALIGN="right"><CODE>" "</CODE></TD>\r
 578 </TR>\r
 579 </FONT></TD>\r
 580 </TR>\r
 581 </TABLE>\r
 582 \r
 583 <P>\r
 584 \r
 585 <P>\r
 586 \r
 587 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 588 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 589 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.runner.msa.<A HREF="compbio/runner/msa/Probcons.html" title="class in compbio.runner.msa">Probcons</A></TH>\r
 590 </TR>\r
 591 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 592 <A NAME="compbio.runner.msa.Probcons.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 593 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 594 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/msa/Probcons.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
 595 <TD ALIGN="right"><CODE>" "</CODE></TD>\r
 596 </TR>\r
 597 </FONT></TD>\r
 598 </TR>\r
 599 </TABLE>\r
 600 \r
 601 <P>\r
 602 \r
 603 <P>\r
 604 \r
 605 <TABLE BORDER="1" CELLPADDING="3" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 606 <TR BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="TableSubHeadingColor">\r
 607 <TH ALIGN="left" COLSPAN="3">compbio.runner.msa.<A HREF="compbio/runner/msa/Tcoffee.html" title="class in compbio.runner.msa">Tcoffee</A></TH>\r
 608 </TR>\r
 609 <TR BGCOLOR="white" CLASS="TableRowColor">\r
 610 <A NAME="compbio.runner.msa.Tcoffee.KEY_VALUE_SEPARATOR"><!-- --></A><TD ALIGN="right"><FONT SIZE="-1">\r
 611 <CODE>public&nbsp;static&nbsp;final&nbsp;<A HREF="http://java.sun.com/javase/6/docs/api/java/lang/String.html?is-external=true" title="class or interface in java.lang">String</A></CODE></FONT></TD>\r
 612 <TD ALIGN="left"><CODE><A HREF="compbio/runner/msa/Tcoffee.html#KEY_VALUE_SEPARATOR">KEY_VALUE_SEPARATOR</A></CODE></TD>\r
 613 <TD ALIGN="right"><CODE>"="</CODE></TD>\r
 614 </TR>\r
 615 </FONT></TD>\r
 616 </TR>\r
 617 </TABLE>\r
 618 \r
 619 <P>\r
 620 \r
 621 <P>\r
 622 <HR>\r
 623 \r
 624 \r
 625 <!-- ======= START OF BOTTOM NAVBAR ====== -->\r
 626 <A NAME="navbar_bottom"><!-- --></A>\r
 627 <A HREF="#skip-navbar_bottom" title="Skip navigation links"></A>\r
 628 <TABLE BORDER="0" WIDTH="100%" CELLPADDING="1" CELLSPACING="0" SUMMARY="">\r
 629 <TR>\r
 630 <TD COLSPAN=2 BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">\r
 631 <A NAME="navbar_bottom_firstrow"><!-- --></A>\r
 632 <TABLE BORDER="0" CELLPADDING="0" CELLSPACING="3" SUMMARY="">\r
 633   <TR ALIGN="center" VALIGN="top">\r
 634   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="overview-summary.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Overview</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 635   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Package</FONT>&nbsp;</TD>\r
 636   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Class</FONT>&nbsp;</TD>\r
 637   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <FONT CLASS="NavBarFont1">Use</FONT>&nbsp;</TD>\r
 638   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="overview-tree.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Tree</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 639   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="deprecated-list.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Deprecated</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 640   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="index-files/index-1.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Index</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 641   <TD BGCOLOR="#EEEEFF" CLASS="NavBarCell1">    <A HREF="help-doc.html"><FONT CLASS="NavBarFont1"><B>Help</B></FONT></A>&nbsp;</TD>\r
 642   </TR>\r
 643 </TABLE>\r
 644 </TD>\r
 645 <TD ALIGN="right" VALIGN="top" ROWSPAN=3><EM>\r
 646 </EM>\r
 647 </TD>\r
 648 </TR>\r
 649 \r
 650 <TR>\r
 651 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 652 &nbsp;PREV&nbsp;\r
 653 &nbsp;NEXT</FONT></TD>\r
 654 <TD BGCOLOR="white" CLASS="NavBarCell2"><FONT SIZE="-2">\r
 655   <A HREF="index.html?constant-values.html" target="_top"><B>FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 656 &nbsp;<A HREF="constant-values.html" target="_top"><B>NO FRAMES</B></A>  &nbsp;\r
 657 &nbsp;<SCRIPT type="text/javascript">\r
 658   <!--\r
 659   if(window==top) {\r
 660     document.writeln('<A HREF="allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>');\r
 661   }\r
 662   //-->\r
 663 </SCRIPT>\r
 664 <NOSCRIPT>\r
 665   <A HREF="allclasses-noframe.html"><B>All Classes</B></A>\r
 666 </NOSCRIPT>\r
 667 \r
 668 \r
 669 </FONT></TD>\r
 670 </TR>\r
 671 </TABLE>\r
 672 <A NAME="skip-navbar_bottom"></A>\r
 673 <!-- ======== END OF BOTTOM NAVBAR ======= -->\r
 674 \r
 675 <HR>\r
 676 \r
 677 </BODY>\r
 678 </HTML>\r