website/index.html

   1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN"\r
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   5 <meta name="generator" content="HTML Tidy, see www.w3.org" />\r
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   7 "text/html; charset=iso-8859-1" />\r
   8 <meta name="Last-modified" content="Mon, 11 Oct 2010 01:03:33 GMT"/>\r
   9 <title>Java Bioinformatics Analyses Web Services (JABAWS) main\r
  10 page</title>\r
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  16         \r
  17 </script>\r
  18 </head>\r
  19 <body>\r
  20 <div id="page">\r
  21 <div id="banner">\r
  22 <table> \r
  23 <tr><td style="width:130px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img class="logo" src="images/uod_lt.gif"  alt="University of Dundee"  title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
  24 <td class="bg"><h2><span class="headeru">JA</span>va <span class=\r
  25 "headeru">B</span>ioinformatics <span class="headeru">A</span>nalysis <span class="headeru">W</span>eb <span\r
  26 class="headeru">S</span>ervices</h2></td>\r
  27 </tr>\r
  28 </table>\r
  29 <!-- \r
  30 Future use?\r
  31 <div class="uniicon"><a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk"><img src="images/uod.gif"  alt="University of Dundee, The Barton Group"  title="University of Dundee, The Barton Group" longdesc="http://www.compbio.dundee.ac.uk"/></a></div>\r
  32 -->\r
  33 </div>\r
  34 \r
  35 <!-- banner end-->\r
  36 <div id="wrapper">\r
  37 <div id="panel"><a class="selected" href="index.html">Home</a> <a\r
  38 href="manual.html">Manual</a> <a href="howto.html">How To</a> \r
  39 <a href="dm_javadoc/index.html" title="Data model javadoc">Javadoc</a>\r
  40 <a href="download.html">Download</a> \r
  41 <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk" title="University of Dundee, The Barton Group" >Barton Group</a> \r
  42 </div>\r
  43 \r
  44 <!-- panel end-->\r
  45 <div id="content">\r
  46 <h4>What is JABAWS?</h4>\r
  47 \r
  48 <p><span class="u">JA</span>va <span class=\r
  49 "u">B</span>ioinformatics <span class="u">A</span>nalysis <span\r
  50 class="u">W</span>eb <span class="u">S</span>ervices (JABAWS) is a\r
  51 collection of <a href=\r
  52 "http://www.w3schools.com/SOAP/soap_intro.asp">SOAP</a> web\r
  53 services for bioinformatics.<br />\r
  54  JABAWS is designed to make it easy to access bioinformatics\r
  55 analysis programs and databases over the web from anywhere, at\r
  56 anytime. Unlike other web services, JABAWS can be easily installed on different platforms and work straight out of the box with minimum configuration. JABA Web Services are designed for use by other programs rather\r
  57 than people.\r
  58  The current version of JABAWS is compatible with version 2.6 of <a\r
  59 href="http://www.jalview.org">Jalview</a>, and provides five web\r
  60 services for multiple sequence alignment:</p>\r
  61 \r
  62 <ul>\r
  63 <li><a href="http://www.clustal.org/">Clustal W</a></li>\r
  64 \r
  65 <li><a href=\r
  66 "http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/">MAFFT</a></li>\r
  67 \r
  68 <li><a href="http://www.drive5.com/muscle">MUSCLE</a></li>\r
  69 \r
  70 <li><a href=\r
  71 "http://www.tcoffee.org/Projects_home_page/t_coffee_home_page.html">\r
  72 TCOFFEE</a></li>\r
  73 \r
  74 <li><a href="http://probcons.stanford.edu/">PROBCONS</a></li>\r
  75 </ul>\r
  76 \r
  77 <h4>Why JABAWS?</h4>\r
  78 \r
  79 <p> JABAWS can be deployed  on nearly any operation system, it can operate on a stand alone server as well as submit the jobs to the cluster. Thanks to <a href="http://www.drmaa.org/">DRMAA</a> it integrates well with a large variety of cluster job management systems. <a href="http://www.jalview.org">Jalview</a> from version 2.6 integrates with JABAWS and can be configured to submit jobs to different versions of JABAWS, for example to your local, lab version, or publicly available version elsewhere.  As JABAWS can be installed in your lab, or indeed on your personal computer, it eliminates the need to send your private information to the outside, to one of the publicly accessible servers. JABAWS can run programs with additional parameters defined by you, so you are no longer limited to defaults. JABAWS is safe to install for public access as it could limit the size of the tasks which it accepts and denies access to resources within web application folder. Please look in the how to for more information on <a href="howto.html#wjaba">JABAWS benefits</a>. </p>\r
  80 <h4>Public JABAWS Server</h4>\r
  81 <table>\r
  82 <tbody>\r
  83 <tr>\r
  84 <th width="22%">Feature</th>\r
  85 <th width="78%">Description</th>\r
  86 </tr>\r
  87 \r
  88 <tr>\r
  89 <td><acronym title="Uniform Resource Locator">URL</acronym> </td>\r
  90 <td><a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws" title=\r
  91 "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws" rel=\r
  92 "nofollow">http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws</a> </td>\r
  93 </tr>\r
  94 \r
  95 <tr>\r
  96 <td>Execution limits</td>\r
  97 <td>JABAWS installation is  backed up by the College of\r
  98 Life Sciences HPC cluster. Tasks exceeding 1000&times;1000\r
  99 (sequences per letters) will not be accepted for alignment. If you\r
 100 would like to work with bigger alignments consider installing\r
 101 JABAWS in your lab.</td>\r
 102 </tr>\r
 103 \r
 104 <tr>\r
 105 <td>Web Services Description</td>\r
 106 <td><a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/ClustalWS?"\r
 107 title="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/ClustalWS?" rel=\r
 108 "nofollow">WSDL List</a> </td>\r
 109 </tr>\r
 110 </tbody>\r
 111 </table>\r
 112 \r
 113 For programmatic access to JABAWS please refer to the How To section <a href="howto.html#connectto">using JABAWS in your program</a>. \r
 114 <h4>Authors</h4>\r
 115 <p>Peter Troshin and Geoff Barton are the authors of the JABA Web\r
 116 Services. Jim Procter helped with the JABAWS design process and web\r
 117 pages, and developed the interface and management components in\r
 118 Jalview to access JABAWS servers.</p>\r
 119 </div>\r
 120 \r
 121 <!-- content end-->\r
 122 <div id="copyright">Last update: 17 November 2010<br />\r
 123  Peter Troshin and Geoff Barton, The Barton Group, University of\r
 124 Dundee, UK</div>\r
 125 </div>\r
 126 \r
 127 <!-- wrapper end-->\r
 128 </div>\r
 129 <!-- Google analitics -->\r
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 140 <!-- page end-->\r
 141 </body>\r
 142 </html>\r
 143 \r