website/manual_qs_va.html

   1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>\r
   2 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">\r
   3 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">\r
   4 \r
   5 <head>\r
   6 <meta name="Last-modified" content="Fri, 28 Jun 2013 12:00:00 GMT"/>\r
   7 <title>Java Bioinformatics Analyses Web Services (JABAWS) manual - getting started</title>\r
   8 <link href="ws.css" rel="stylesheet" type="text/css" media="screen, projection, handheld, tv" />\r
   9 <link href="print.css" rel="stylesheet" type="text/css" media="print" />\r
  10 <link href='http://fonts.googleapis.com/css?family=Yanone+Kaffeesatz:700' rel='stylesheet' type='text/css' />\r
  11 <script type="text/javascript" src="prototype-1.6.0.3.js"></script>\r
  12 </head>\r
  13 \r
  14 <body>\r
  15 <div id="page">\r
  16 \r
  17 <div id="banner">\r
  18 <table>\r
  19 <tr><td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif"  alt="University of Dundee" width="158" height="90" class="logo"  title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
  20 <td class="bg"><img src="images/jabaws21.png" width="256" height="67" alt="JABAWS-2.1" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.1"/></td>\r
  21 <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
  22 </tr>\r
  23 </table>\r
  24 </div><!-- banner end-->\r
  25 \r
  26 <div id="wrapper">\r
  27 <div id="panel">\r
  28         <a class="newa" href="index.html">Home</a> \r
  29         <a class="newpressed" href="quick_start.html">Getting Started</a> \r
  30         <a class="newa" href="man_about.html">Manual</a> \r
  31         <a class="newa" href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/download">Download</a> \r
  32         <a class="newa" href="PublicAnnualStat" title="JABAWS server usage statistics">Usage Statistics</a>\r
  33         <a class="newa" href="ServiceStatus" title="JABAWS webservices status. Click to test all web services. Please be patient while the services are being checked">Services Status</a>\r
  34         <a class="newa" href="contacts.html">Contact Us</a>\r
  35         <a class="newa" href="http://www.compbio.dundee.ac.uk" title="University of Dundee, The Barton Group" >Barton Group</a>\r
  36         <a class="newa" href="jabaws_funding.html">Funding</a>\r
  37 </div>\r
  38 <!-- panel end-->\r
  39 \r
  40 <div id="content">\r
  41 <h2 id="headtitle">Getting Started</h2>\r
  42 <h3><a name="whichjaba" id="whichjaba"></a>Choose a JABAWS distribution</h3>\r
  43 <table id="choicematrix">\r
  44 <tr>\r
  45   <th>I want to use JABAWS for...</th>\r
  46   <th>Quick Guide</th>\r
  47 </tr>\r
  48 <tr>\r
  49   <td>Running Muptiple Sequence Alignments through Jalview on my <strong>own</strong> computer</td>\r
  50   <td><a href="manual_qs_va.html#qsc">JABAWS Virtual Appliance (VA)</a></td>\r
  51 </tr>\r
  52 <tr>\r
  53   <td>Running JABAWS  on the <strong>cloud</strong>, for one or many users</td>\r
  54   <td><a href="manual_qs_amazon.html#qsc">JABAWS on the Amazon cloud </a></td>\r
  55 </tr>\r
  56 <tr>\r
  57   <td>Running JABAWS for my group, lab, or organization on the <strong>local</strong> infrastructure </td>\r
  58   <td><a href="manual_qs_war.html#qsc">JABAWS Web Application aRchive (WAR)</a></td>\r
  59 </tr>\r
  60 <tr>\r
  61   <td>Accessing a JABAWS server from my own code</td>\r
  62   <td><a href="manual_qs_client.html#qsc">JABAWS Java Client</a></td>\r
  63 </tr>\r
  64 </table>\r
  65 \r
  66 <a name="qsc"/>\r
  67 <h3>Running JABAWS on your local machine</h3>\r
  68 <ul><li>Download <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/download">JABAWS Virtual Appliance</a></li>\r
  69 </ul>\r
  70 <p>\r
  71 The Virtual Appliance (VA) package allows you to run a JABAWS server installed on TurnKey Linux as a \r
  72 virtual machine on your laptop or desktop computer. A <a href="man_servervm.html#whenvm">complete guide \r
  73 to the JABAWS VA</a> is given in the manual, but for the impatient, a brief instructions are given below:\r
  74 </p>\r
  75 <p>If you work on Windows, Linux or Unix </p>\r
  76 <ol>\r
  77   <li>download and install <a href="http://www.vmware.com/products/player">VMWare Player</a>.</li>\r
  78   <li>Unpack the JABAWS virtual appliance and open it with VMware Player.</li>\r
  79   </ol>\r
  80 <p>If you work on Mac do the same using <a href="http://www.vmware.com/products/fusion/overview.html">VMware Fusion</a>, or for free alternative use a WAR JABAWS package. </p>\r
  81 <div id="testing_jabaws">\r
  82 <h3>Testing</h3>\r
  83 <p>To check that your JABAWS virtual appliance is working visit the Services Status page available from the main JABAWS menu. For this enter the JABAWS URL for your new server into a web browser. This is shown once the appliance is booted up. </p>\r
  84 <p>Alternatively you can use Jalview to complete the testing. </p>\r
  85 <ol><li>Launch the desktop version of <a href="http://www.jalview.org/download.html">Jalview</a></li>\r
  86   <li>Open the Jalview desktop's preferences panel (from the Tools-&gt;Preferences menu option), select the <span class="hightlight">Webservices</span> panel and press the <span class="hightlight">New Service URL</span> button.</li>\r
  87   <li>Enter the JABAWS URL for your new server. This is shown once the appliance is booted up.</li>\r
  88 </ol>\r
  89 </div>\r
  90 </div><!-- content end--> \r
  91 <div id="copyright">Last update: 30 April 2014<br/>Sasha Sherstnev, Peter Troshin, Jim Procter and Geoff Barton, The Barton Group, University of Dundee, UK</div>\r
  92 </div><!-- wrapper end-->\r
  93 </div> <!-- page end-->\r
  94 \r
  95 \r
  96 <!-- Google analitics -->\r
  97 <script type="text/javascript">\r
  98 var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");\r
  99 document.write(unescape("%3Cscript src='" + gaJsHost + "google-analytics.com/ga.js' type='text/javascript'%3E%3C/script%3E"));\r
 100 </script>\r
 101 <script type="text/javascript">\r
 102 try{\r
 103 var pageTracker = _gat._getTracker("UA-5356328-1");\r
 104 pageTracker._trackPageview();\r
 105 } catch(err) {}\r
 106 </script>\r
 107 </body>\r
 108 </html>\r