website/manual_qs_va.html

   1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>\r
   2 <!DOCTYPE html PUBLIC "XHTML 1.0 Strict" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">\r
   3 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">\r
   4 <head>\r
   5 <meta name="Last-modified" content="Mon, 4 Apr 2011 12:00:00 GMT"/>\r
   6 <title>Java Bioinformatics Analyses Web Services (JABAWS) manual - getting started</title>\r
   7 <link href="ws.css" rel="stylesheet" type="text/css" media="screen,  projection, handheld, tv" />\r
   8 <link rel="stylesheet" type="text/css" media="print" href="print.css"/>\r
   9 \r
  10 <script type="text/javascript" src="prototype-1.6.0.3.js"></script>\r
  11 </head>\r
  12 <body>\r
  13 <div id="page">\r
  14 <div id="banner">\r
  15 <table> \r
  16 <tr><td style="width:158px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt_long.gif"  alt="University of Dundee" width="158" height="90" class="logo"  title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
  17 <td class="bg"><img src="images/jabaws2.png" alt="JABAWS-2.0" title="Java Bioinformatics Analysis Web Services version 2.0"/></td>\r
  18 <td class="bg"><img src="images/banner_right.png" alt="Disorder" width="200" height="80"/></td>\r
  19 </tr>\r
  20 </table>\r
  21 </div><!-- banner end-->\r
  22 <div id="wrapper">\r
  23 <div id="panel">\r
  24 <a href="index.html">Home</a>\r
  25     <a class="selected" href="quick_start.html">Getting Started</a> \r
  26     <a href="man_about.html">Manual</a> \r
  27         <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/download">Download</a>\r
  28     <a href="PublicAnnualStat" title="JABAWS server usage statistics">Usage Statistics</a>\r
  29          <a href="ServiceStatus" title="JABAWS webservices status. Click to test all web services. Please be patient while the services are being checked">Services Status</a>\r
  30         <a href="contacts.html">Contact Us</a>\r
  31     <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk" title="University of Dundee, The Barton Group" >Barton Group</a></div>\r
  32 <!-- panel end-->\r
  33 <div id="content">\r
  34 \r
  35 <h2 id="headtitle">Getting Started</h2>\r
  36 \r
  37 <h3><a name="whichjaba" id="whichjaba"></a>Choose a JABAWS distribution</h3>\r
  38 \r
  39 <table id="choicematrix">\r
  40 <tr>\r
  41   <th>I want to use JABAWS for...</th>\r
  42   <th>Quick Guide</th>\r
  43 </tr>\r
  44 <tr>\r
  45         <td>Running Muptiple Sequence Alignments through Jalview on my <strong>own</strong> computer</td>\r
  46     <td><a href="manual_qs_va.html#qsc">JABAWS Virtual Appliance (VA)</a></td>\r
  47 </tr>\r
  48 <tr>\r
  49   <td>Running JABAWS  on the <strong>cloud</strong>, for one or many users</td>\r
  50   <td><a href="man_awscloud.html">JABAWS on the Amazon cloud </a></td>\r
  51 </tr>\r
  52 <tr>\r
  53         <td>Running JABAWS for my group, lab, or organization on the <strong>local</strong> infrastructure </td>\r
  54     <td><a href="manual_qs_war.html#qsc">JABAWS Web Application aRchive (WAR)</a></td>\r
  55 </tr>\r
  56 <tr>\r
  57         <td>Accessing a JABAWS server from my own code</td>\r
  58     <td><a href="manual_qs_client.html#qsc">JABAWS Java Client</a></td>\r
  59 </tr>\r
  60 </table>\r
  61 \r
  62 <a name="qsc"/>\r
  63 <h3>Running JABAWS on your local machine</h3>\r
  64 <ul>  <li>Download <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/download/get?id=jabaws-vm.zip">JABAWS Virtual Appliance</a> (520M) </li>\r
  65 </ul>\r
  66 <p>The Virtual Appliance (VA) package allows you to run a JABAWS server installed on TurnKey Linux as a virtual machine on your laptop or desktop computer. A <a href="man_servervm.html#whenvm">complete guide to the JABAWS VA</a> is given in the manual, but for the impatient, a brief instructions are given below:\r
  67 \r
  68 <p>If you work on Windows, Linux or Unix </p>\r
  69 <ol>\r
  70   <li>download and install <a href="http://www.vmware.com/products/player">VMWare Player</a>.</li>\r
  71   <li>Unpack the JABAWS virtual appliance and open it with VMware Player.</li>\r
  72   </ol>\r
  73 <p>If you work on Mac do the same using <a href="http://www.vmware.com/products/fusion/overview.html">VMware Fusion</a>, or for free alternative use a WAR JABAWS package. </p>\r
  74 <div id="testing_jabaws">\r
  75 <h3>Testing</h3>\r
  76 <p>To check that your JABAWS virtual appliance is working visit the Services Status page available from the main JABAWS menu. For this enter the JABAWS URL for your new server into a web browser. This is shown once the appliance is booted up. </p>\r
  77 <p>Alternatively you can use Jalview to complete the testing. </p>\r
  78 <ol><li>Launch the desktop version of <a href="http://www.jalview.org/download.html">Jalview</a></li>\r
  79   <li>Open the Jalview desktop's preferences panel (from the Tools-&gt;Preferences menu option), select the <span class="hightlight">Webservices</span> panel and press the <span class="hightlight">New Service URL</span> button.</li>\r
  80   <li>Enter the JABAWS URL for your new server. This is shown once the appliance is booted up.</li>\r
  81 </ol>\r
  82 </div> \r
  83 </div>\r
  84 <!-- about end-->\r
  85 </div>\r
  86 <!-- content end--> \r
  87 <div id="copyright">Last update: 16 September 2011<br/>\r
  88 Peter Troshin, Jim Procter and Geoff Barton, The Barton Group, University of Dundee, UK</div>\r
  89 </div><!-- wrapper end-->\r
  90 </div> <!-- page end-->\r
  91 \r
  92 <!-- Google analitics -->\r
  93 <script type="text/javascript">\r
  94 var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");\r
  95 document.write(unescape("%3Cscript src='" + gaJsHost + "google-analytics.com/ga.js' type='text/javascript'%3E%3C/script%3E"));\r
  96 </script>\r
  97 <script type="text/javascript">\r
  98 try{\r
  99 var pageTracker = _gat._getTracker("UA-5356328-1");\r
 100 pageTracker._trackPageview();\r
 101 } catch(err) {}\r
 102 </script>\r
 103 </body>\r
 104 </html>\r
 105 \r