website/manual_qs_va.html

   1 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>\r
   2 <!DOCTYPE html PUBLIC "XHTML 1.0 Strict" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">\r
   3 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">\r
   4 <head>\r
   5 <meta name="Last-modified" content="Mon, 4 Apr 2011 12:00:00 GMT"/>\r
   6 <title>Java Bioinformatics Analyses Web Services (JABAWS) manual - getting started</title>\r
   7 <link href="ws.css" rel="stylesheet" type="text/css" media="screen,  projection, handheld, tv" />\r
   8 <link rel="stylesheet" type="text/css" media="print" href="print.css"/>\r
   9 \r
  10 <script type="text/javascript" src="prototype-1.6.0.3.js"></script>\r
  11 </head>\r
  12 <body>\r
  13 <div id="page">\r
  14 <div id="banner"><table> \r
  15 <tr><td style="width:130px;"><a href="http://www.dundee.ac.uk"><img src="images/uod_lt.gif"  alt="University of Dundee" class="logo"  title="University of Dundee" longdesc="http://www.dundee.ac.uk"/></a></td>\r
  16 <td class="bg"><img src="images/jabaws.png" title="JABAWS:MSA" alt="JABAWS:MSA"/></td>\r
  17 <td class="bg"><img src="images/align.png"/></td>\r
  18 </tr>\r
  19 </table>\r
  20 </div><!-- banner end-->\r
  21 <div id="wrapper">\r
  22 <div id="panel">\r
  23 <a href="index.html">Home</a>\r
  24     <a class="selected" href="quick_start.html">Getting Started</a> \r
  25     <a href="man_about.html">Manual</a> \r
  26         <a href="download.html">Download</a>\r
  27         <a href="contacts.html">Contact Us</a>\r
  28         <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk">Barton Group</a></div>\r
  29 <!-- panel end-->\r
  30 <div id="content">\r
  31 \r
  32 <h2 id="headtitle">Getting Started</h2>\r
  33 \r
  34 <h3><a name="whichjaba" id="whichjaba"></a>Choose a JABAWS distribution</h3>\r
  35 \r
  36 <table id="choicematrix">\r
  37 <tr>\r
  38   <th>I want to use JABAWS for...</th>\r
  39   <th>Quick Guide</th>\r
  40 </tr>\r
  41 <tr>\r
  42         <td>Running Muptiple Sequence Alignments through Jalview on my <strong>own</strong> computer</td>\r
  43     <td><a href="manual_qs_va.html#qsc">JABAWS Virtual Appliance (VA)</a></td>\r
  44 </tr>\r
  45 <tr>\r
  46         <td>Running JABAWS for my group, lab, or organization</td>\r
  47     <td><a href="manual_qs_war.html#qsc">JABAWS Web Application aRchive (WAR)</a></td>\r
  48 </tr>\r
  49 <tr>\r
  50         <td>Accessing a JABAWS server from my own code</td>\r
  51     <td><a href="manual_qs_client.html#qsc">JABAWS Java Client</a></td>\r
  52 </tr>\r
  53 </table>\r
  54 \r
  55 <a name="qsc"/>\r
  56 <h3>Running JABAWS on your local machine</h3>\r
  57 <ul>  <li>Download <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/archive/jabaws-vm.zip">JABAWS Virtual Appliance</a> (520M) </li>\r
  58 </ul>\r
  59 <p>The Virtual Appliance (VA) package allows you to run a JABAWS server installed on TurnKey Linux as a virtual machine on your laptop or desktop computer. A <a href="man_servervm.html#whenvm">complete guide to the JABAWS VA</a> is given in the manual, but for the impatient, a brief instructions are given below:\r
  60 \r
  61 <p>If you work on Windows, Linux or Unix </p>\r
  62 <ol>\r
  63   <li>download and install <a href="http://www.vmware.com/products/player">VMWare Player</a>.</li>\r
  64   <li>Unpack the JABAWS virtual appliance and open it with VMware Player.</li>\r
  65   </ol>\r
  66 <p>If you use a Mac, or prefer not to use VMWare, then :</p>\r
  67 <ol>\r
  68   <li>download and install <a href="http://www.virtualbox.org/wiki/Download_Old_Builds_3_2">Virtual Box</a>.</li>\r
  69   <li>Unpack the JABAWS virtual appliance, import it into VirtualBox and then start the appliance. </li>\r
  70 </ol>\r
  71 <div id="testing_jabaws">\r
  72 <h3>Testing</h3>\r
  73 <p>The easiest way to test that your JABAWS Virtual appliance is working is to use Jalview.</p>\r
  74 <ol>\r
  75   <li>Launch the desktop version of <a href="http://www.jalview.org/download.html">Jalview</a></li>\r
  76   <li>Open the Jalview desktop's preferences panel (from the Tools-&gt;Preferences menu option), select the <span class="hightlight">Webservices</span> panel and press the <span class="hightlight">New Service URL</span> button.</li>\r
  77   <li>Enter the JABAWS URL for your new server. This is shown once the appliance is booted up.</li>\r
  78 </ol>\r
  79 </div> \r
  80 </div>\r
  81 <!-- about end-->\r
  82 </div>\r
  83 <!-- content end--> \r
  84 <div id="copyright">Last update: 1 April 2011<br/>\r
  85 Peter Troshin, Jim Procter and Geoff Barton, The Barton Group, University of Dundee, UK</div>\r
  86 </div><!-- wrapper end-->\r
  87 </div> <!-- page end-->\r
  88 \r
  89 <!-- Google analitics -->\r
  90 <script type="text/javascript">\r
  91 var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");\r
  92 document.write(unescape("%3Cscript src='" + gaJsHost + "google-analytics.com/ga.js' type='text/javascript'%3E%3C/script%3E"));\r
  93 </script>\r
  94 <script type="text/javascript">\r
  95 try{\r
  96 var pageTracker = _gat._getTracker("UA-5356328-1");\r
  97 pageTracker._trackPageview();\r
  98 } catch(err) {}\r
  99 </script>\r
 100 </body>\r
 101 </html>\r
 102 \r