git://source.jalview.org / jabaws.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
WSTester updated to work plus hopefully all the other changes that need to go into...
[jabaws.git] / binaries / src / ViennaRNA / doc / html / citelist.html
diff --git a/binaries/src/ViennaRNA/doc/html/citelist.html b/binaries/src/ViennaRNA/doc/html/citelist.html
new file mode 100644 (file)
index 0000000..03b36e1
--- /dev/null
+++ b/binaries/src/ViennaRNA/doc/html/citelist.html
@@ -0,0 +1,131 @@
+<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
+<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
+<head>
+<meta http-equiv="Content-Type" content="text/xhtml;charset=UTF-8"/>
+<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=9"/>
+<title>RNAlib-2.1.2: Bibliographic References</title>
+<link href="tabs.css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
+<script type="text/javascript" src="jquery.js"></script>
+<script type="text/javascript" src="dynsections.js"></script>
+<link href="navtree.css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
+<script type="text/javascript" src="resize.js"></script>
+<script type="text/javascript" src="navtree.js"></script>
+<script type="text/javascript">
+  $(document).ready(initResizable);
+</script>
+<link href="doxygen.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
+</head>
+<body>
+<div id="top"><!-- do not remove this div, it is closed by doxygen! -->
+<div id="titlearea">
+<table cellspacing="0" cellpadding="0">
+ <tbody>
+ <tr style="height: 56px;">
+  <td style="padding-left: 0.5em;">
+   <div id="projectname">RNAlib-2.1.2
+   </div>
+  </td>
+ </tr>
+ </tbody>
+</table>
+</div>
+<!-- end header part -->
+<!-- Generated by Doxygen 1.8.1.1 -->
+  <div id="navrow1" class="tabs">
+    <ul class="tablist">
+      <li><a href="index.html"><span>Main&#160;Page</span></a></li>
+      <li class="current"><a href="pages.html"><span>Related&#160;Pages</span></a></li>
+      <li><a href="modules.html"><span>Modules</span></a></li>
+      <li><a href="annotated.html"><span>Data&#160;Structures</span></a></li>
+      <li><a href="files.html"><span>Files</span></a></li>
+    </ul>
+  </div>
+</div><!-- top -->
+<div id="side-nav" class="ui-resizable side-nav-resizable">
+  <div id="nav-tree">
+    <div id="nav-tree-contents">
+    </div>
+  </div>
+  <div id="splitbar" style="-moz-user-select:none;" 
+       class="ui-resizable-handle">
+  </div>
+</div>
+<script type="text/javascript">
+$(document).ready(function(){initNavTree('citelist.html','');});
+</script>
+<div id="doc-content">
+<div class="header">
+  <div class="headertitle">
+<div class="title">Bibliographic References </div>  </div>
+</div><!--header-->
+<div class="contents">
+<div class="textblock"><dl class="citelist">
+<dt><a class="anchor" id="CITEREF_bernhart:2006"></a>[1]</dt>
+<dd><p class="startdd">S.H. Bernhart, H.&#160;Tafer, U.&#160;M&uuml;ckstein, C.&#160;Flamm, P.F. Stadler, and I.L. Hofacker. Partition function and base pairing probabilities of RNA heterodimers. <em>Algorithms for Molecular Biology</em>, 1(1):3, 2006.</p>
+<p class="enddd"></p>
+</dd>
+<dt><a class="anchor" id="CITEREF_bernhart:2008"></a>[2]</dt>
+<dd><p class="startdd">S.H. Bernhart, I.L. Hofacker, S.&#160;Will, A.R. Gruber, and P.F. Stadler. RNAalifold: Improved consensus structure prediction for RNA alignments. <em>BMC bioinformatics</em>, 9(1):474, 2008.</p>
+<p class="enddd"></p>
+</dd>
+<dt><a class="anchor" id="CITEREF_fontana:1993b"></a>[3]</dt>
+<dd><p class="startdd">W.&#160;Fontana, P.F. Stadler, E.G. Bornberg-Bauer, T.&#160;Griesmacher, I.L. Hofacker, M.&#160;Tacker, P.&#160;Tarazona, E.D. Weinberger, and P.&#160;Schuster. RNA folding and combinatory landscapes. <em>Physical review E</em>, 47(3):2083, 1993.</p>
+<p class="enddd"></p>
+</dd>
+<dt><a class="anchor" id="CITEREF_hofacker:2006"></a>[4]</dt>
+<dd><p class="startdd">I.L. Hofacker and P.F. Stadler. Memory efficient folding algorithms for circular RNA secondary structures. <em>Bioinformatics</em>, 22(10):1172&ndash;1176, 2006.</p>
+<p class="enddd"></p>
+</dd>
+<dt><a class="anchor" id="CITEREF_hofacker:1994"></a>[5]</dt>
+<dd><p class="startdd">I.L. Hofacker, W.&#160;Fontana, P.F. Stadler, L.S. Bonhoeffer, M.&#160;Tacker, and P.&#160;Schuster. Fast folding and comparison of RNA secondary structures. <em>Monatshefte f&uuml;r Chemie/Chemical Monthly</em>, 125(2):167&ndash;188, 1994.</p>
+<p class="enddd"></p>
+</dd>
+<dt><a class="anchor" id="CITEREF_hofacker:2002"></a>[6]</dt>
+<dd><p class="startdd">I.L. Hofacker, M.&#160;Fekete, and P.F. Stadler. Secondary structure prediction for aligned RNA sequences. <em>Journal of molecular biology</em>, 319(5):1059&ndash;1066, 2002.</p>
+<p class="enddd"></p>
+</dd>
+<dt><a class="anchor" id="CITEREF_lorenz:2009"></a>[7]</dt>
+<dd><p class="startdd">Ronny Lorenz, Christoph Flamm, and Ivo&#160;L. Hofacker. 2d projections of RNA folding landscapes. In Ivo Grosse, Steffen Neumann, Stefan Posch, Falk Schreiber, and Peter&#160;F. Stadler, editors, <em>German Conference on Bioinformatics 2009</em>, volume 157 of <em>Lecture Notes in Informatics</em>, pages 11&ndash;20, Bonn, September 2009. Gesellschaft f. Informatik.</p>
+<p class="enddd"></p>
+</dd>
+<dt><a class="anchor" id="CITEREF_lorenz:2011"></a>[8]</dt>
+<dd><p class="startdd">Ronny Lorenz, Stephan&#160;H. Bernhart, Christian H&ouml;ner&#160;zu Siederdissen, Hakim Tafer, Christoph Flamm, Peter&#160;F. Stadler, and Ivo&#160;L. Hofacker. ViennaRNA package 2.0. <em>Algorithms for Molecular Biology</em>, 6(1):26, 2011. </p>
+<p class="enddd"></p>
+</dd>
+<dt><a class="anchor" id="CITEREF_mathews:2004"></a>[9]</dt>
+<dd><p class="startdd">D.H. Mathews, M.D. Disney, J.L. Childs, S.J. Schroeder, M.&#160;Zuker, and D.H. Turner. Incorporating chemical modification constraints into a dynamic programming algorithm for prediction of RNA secondary structure. <em>Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America</em>, 101(19):7287, 2004.</p>
+<p class="enddd"></p>
+</dd>
+<dt><a class="anchor" id="CITEREF_mccaskill:1990"></a>[10]</dt>
+<dd><p class="startdd">J.S. McCaskill. The equilibrium partition function and base pair binding probabilities for RNA secondary structure. <em>Biopolymers</em>, 29(6-7):1105&ndash;1119, 1990.</p>
+<p class="enddd"></p>
+</dd>
+<dt><a class="anchor" id="CITEREF_shapiro:1990"></a>[11]</dt>
+<dd><p class="startdd">B.A. Shapiro and K.&#160;Zhang. Comparing multiple RNA secondary structures using tree comparisons. <em>Computer applications in the biosciences: CABIOS</em>, 6(4):309&ndash;318, 1990.</p>
+<p class="enddd"></p>
+</dd>
+<dt><a class="anchor" id="CITEREF_shapiro:1988"></a>[12]</dt>
+<dd><p class="startdd">B.A. Shapiro. An algorithm for comparing multiple RNA secondary structures. <em>Computer applications in the biosciences: CABIOS</em>, 4(3):387&ndash;393, 1988.</p>
+<p class="enddd"></p>
+</dd>
+<dt><a class="anchor" id="CITEREF_turner:2010"></a>[13]</dt>
+<dd><p class="startdd">D.H. Turner and D.H. Mathews. NNDB: The nearest neighbor parameter database for predicting stability of nucleic acid secondary structure. <em>Nucleic Acids Research</em>, 38(suppl 1):D280&ndash;D282, 2010.</p>
+<p class="enddd"></p>
+</dd>
+<dt><a class="anchor" id="CITEREF_zuker:1981"></a>[14]</dt>
+<dd><p class="startdd">M.&#160;Zuker and P.&#160;Stiegler. Optimal computer folding of large RNA sequences using thermodynamics and auxiliary information. <em>Nucleic acids research</em>, 9(1):133&ndash;148, 1981.</p>
+<p class="enddd"></p>
+</dd>
+</dl>
+</div></div><!-- contents -->
+</div><!-- doc-content -->
+<!-- start footer part -->
+<div id="nav-path" class="navpath"><!-- id is needed for treeview function! -->
+  <ul>
+    <li class="footer">Generated on Wed Jul 24 2013 13:38:59 for RNAlib-2.1.2 by
+    <a href="http://www.doxygen.org/index.html">
+    <img class="footer" src="doxygen.png" alt="doxygen"/></a> 1.8.1.1 </li>
+  </ul>
+</div>
+</body>
+</html>