examples/embeddedWJmol.html

   1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   4  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  16  *
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  18 -->
  19 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
  20 <head>
  21 <TITLE>Embedded JalviewLite talking to externally managed Jmol</TITLE>
  22 <script src="javascript/deployJava.js"></script>
  23 <script src="jmol/Jmol.js"></script>
  24 <script src="javascript/jquery-1.4.4.min.js"></script>
  25 <script src="javascript/jquery.timer.js"></script>
  26 <script src="javascript/jquery.blockUI.js"></script>
  27 <script src="javascript/jshashtable-2.1.js" language="javascript"></script>
  28 <!-- <script src="archive-min.js" language="javascript"></script>
  29 -->
  30 <script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>
  31 <script language="JavaScript">
  32 // instead of this, we use a custom JmolApplet spec
  33 // jmolInitialize('jmol');
  34 jmolInitialize("","JmolApplet-12.2.4.jar");
  35 function genHref()
  36 {
  37  var s1 = "ml:i@midd..", s2 = "atelcpoueau", s3 = "iomyob.neck", href="";
  38  for(i=0; i<11; i++)
  39  { href = href + s1.charAt(i) + s2.charAt(i) + s3.charAt(i);
  40  }
  41  window.location=href;
  42 }
  43 </script>
  44 <script>
  45  var loglevel=1;
  46  function dbg(lvl,string) {
  47   if (_console && lvl<=loglevel) {_console.value += string + "\n";}
  48  }
  49  var _lastTime=new Date();
  50  var _path;
  51  var _datazip;
  52  var _zip;
  53  var alignA;
  54  var alignB;
  55  var featuresA;
  56  var featuresB;
  57  var pairs;
  58  var atompairs;
  59  var structdata;
  60  var jmolview;
  61  var jvstructassoc;
  62  var modeltofiles = new Array();
  63
  64  function lJvA() {
  65   jvfollower = document.getElementById("jvA");
  66   setConsole(document.getElementById("stdout"));
  67
  68   sep = jvfollower.getSeparator();
  69   //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
  70   linkJvJmol(jvfollower, "jmolView", modeltofiles);
  71  };
  72
  73  var _jvA=new Object();
  74  _jvA.attributes = {
  75   code : 'jalview.bin.JalviewLite',
  76   archive : 'jalviewApplet.jar',
  77   width : '500',
  78   height : '350',
  79   mayscript : 'True',
  80   scriptable: 'True',
  81   id : 'jvA'
  82  };
  83  _jvA.parameters = {
  84    java_arguments : "-Xmx256m",
  85   externalstructureviewer : "true",
  86    oninit : "lJvA",
  87   automaticScrolling : "true",
  88 //  <!-- defaultColour : "Strand Propensity", -->
  89   file : "uniref50_mz.fa",
  90
  91   relaxedidmatch : "true",
  92   debug : "true",
  93   wrap : "false",
  94   // separator : "^",
  95   showAnnotation : "false",
  96   embedded : "true",
  97   showFullId : "false",
  98   RGB : "F2F2FF",
  99   linkLabel_1 : "SRS",
 100   linkUrl_1 : "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]+-vn+2"
 101   ,
 102   linkLabel_2 : "Uniprot"
 103   ,
 104   linkUrl_2 : "http://us.expasy.org/cgi-bin/niceprot.pl?$SEQUENCE_ID$",
 105   APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp",
 106   PDBfile : "1gaq.txt FER1_MAIZE"
 107  };
 108  jmolSetCallback("hoverCallback","_jmolhover");
 109   jmolSetCallback("pickCallback","_jmolpick");
 110   modeltofiles+="1gaq.txt";
 111 </script>
 112 <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
 113
 114  <link href="css/reset.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
 115  <link href="css/style.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
 116
 117   <!--[if IE 6]>
 118  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie6.css" />
 119 <![endif]-->
 120
 121 <!--[if IE 7]>
 122  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie7.css" />
 123 <![endif]-->
 124
 125 <!-- dd menu -->
 126 <script type="text/javascript">
 127 <!--
 128 var timeout         = 500;
 129 var closetimer  = 0;
 130 var ddmenuitem      = 0;
 131
 132 // open hidden layer
 133 function mopen(id)
 134 {
 135  // cancel close timer
 136  mcancelclosetime();
 137
 138  // close old layer
 139  if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
 140
 141  // get new layer and show it
 142  ddmenuitem = document.getElementById(id);
 143  ddmenuitem.style.visibility = 'visible';
 144
 145 }
 146 // close showed layer
 147 function mclose()
 148 {
 149  if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
 150 }
 151
 152 // go close timer
 153 function mclosetime()
 154 {
 155  closetimer = window.setTimeout(mclose, timeout);
 156 }
 157
 158 // cancel close timer
 159 function mcancelclosetime()
 160 {
 161  if(closetimer)
 162  {
 163   window.clearTimeout(closetimer);
 164   closetimer = null;
 165  }
 166 }
 167
 168 // close layer when click-out
 169 document.onclick = mclose;
 170 // -->
 171 </script>
 172
 173 </head>
 174
 175
 176 <body>
 177
 178
 179 <div id="header">
 180 <div id="logo"><a href="/" title="Home"></a></div>
 181 <ul id="buttons">
 182 <li id="applet"><a href="applets.html" title="applet"></a></li>
 183 <li id="desktop"><a href="/webstart/jalview.jnlp" title="desktop"></a></li>
 184 </ul>
 185 </div>
 186
 187
 188 <div id ="nav">
 189 <div id="navInner">
 190
 191 <ul id="sddm">
 192  <li><a href="#">Home</a></li>
 193  <li><a href="#" onmouseover="mopen('m1')" onmouseout="mclosetime()">About</a>
 194   <div id="m1" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 195   <a href="#">Documentation</a>
 196   <a href="#">Publications</a>
 197   <a href="#">Credits</a>
 198   <a href="#">Screenshots</a>
 199   </div>
 200  </li>
 201  <li><a href="#">FAQ</a></li>
 202  <li><a href="#" onmouseover="mopen('m3')" onmouseout="mclosetime()" class="community">Community</a>
 203   <div id="m3" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 204   <a href="#">News Mailing List</a>
 205   <a href="#">Discussion Mailing List</a>
 206   <a href="#">Links</a>
 207   <a href="#">Community News</a>
 208   </div>
 209  </li>
 210  <li><a href="#" onmouseover="mopen('m4')" onmouseout="mclosetime()" class="development">Development</a>
 211   <div id="m4" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 212   <a href="#">Release History</a>
 213   <a href="#">Jalview Bug Tracker</a>
 214   <a href="#">Jalview Git Web</a>
 215   <a href="#">Development News</a>
 216   </div>
 217  </li>
 218  <li><a href="#" onmouseover="mopen('m5')" onmouseout="mclosetime()" class="training">Training</a>
 219   <div id="m5" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 220   <a href="#">Training Courses</a>
 221   <a href="#">Training News</a>
 222   </div>
 223  </li>
 224  <li><a href="#" class="download-right">Download</a></li>
 225 </ul>
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 234 <div id="sideNav">
 235 <ul>
 236 <li><a href="applets.html">JalviewLite Examples</a></li>
 237 <li><a href="appletParameters.html">Applet Parameters</a></li>
 238 <li><a href="jalviewLiteJs.html">Javascript API</a></li>
 239 <li><a href="formComplete.html">in-page API demo</a></li>
 240 <li><a href="linkedapplets_ng.html">Two JalviewLites demo</a></li>
 241 <li class="jvlite-nav-small"><a href="embeddedWJmol.html">Jalview and Jmol demo</a></li>
 242 </ul>
 243 </div>
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 245 <div id="content" class="content">
 246  <center>
 247     <script>
 248         jmolApplet("500x500","zap; load FILE '1gaq.txt'; frame 0; select all; wireframe off; spacefill off; cartoons; restrict; center *; set selectionhalos true;select 0","jmolView");
 249 </script>
 250   <script>
 251     deployJava.runApplet(_jvA.attributes, _jvA.parameters, '1.4');
 252     </script>
 253         </center>
 254 </div>
 255
 256 <div id ="footer">
 257 <div id="innerFooter">
 258 <div id="copyright"><p>Copyright all rights reserved 2012</p></div>
 259 <div id="cite">
 260 <p>
 261 If you use Jalview in your work, please cite this publication:
 262 </p>
 263 <br />
 264 <p>
 265 Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
 266 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
 267 Bioinformatics 25 (9) 1189-1191 doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
 268 </p>
 269 </div>
 270 </div>
 271 </div>
 272 </body>
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