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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <th nowrap><em>Release</em></th>
  55       <th><em>New Features</em></th>
  56       <th><em>Issues Resolved</em></th>
  57     </tr>
  58     <tr>
  59       <td width="60" align="center" nowrap>
  60           <strong><a name="Jalview.2.11">2.11</a><br />
  61             <em>20/06/2019</em></strong>
  62       </td>
  63       <td align="left" valign="top">
  64         <ul>
  65           <li>
  66             <!-- JAL-1793 -->Annotate nucleotide alignments from VCF data files</li>
  67           <li>
  68             <!-- JAL-2620 -->Alternative genetic code tables for
  69             'Translate as cDNA'</li>
  70           <li>
  71             <!-- JAL-3018 -->Update of Ensembl Rest Client to API v10.0</li>
  72                                         <li><strong>Enhanced visualisation and analysis of Sequence Features</strong>
  73                                                 <ul>
  74                                                         <li>
  75                                                                 <!-- JAL-2808,JAL-2069 -->Sequence features can be filtered and
  76                                                                 shaded according to any associated attributes (e.g. variant
  77                                                                 attributes from VCF file, or key-value pairs imported from
  78                                                                 column 9 of GFF file)
  79                                                         </li>
  80                                                         <li>
  81                                                                 <!-- JAL-2897 -->Show synonymous codon variants on peptide
  82                                                                 sequences
  83                                                         </li>
  84                                                         <li>
  85                                                                 <!-- JAL-2792 -->Popup window to show full report for a selected sequence feature's
  86                                                                 details
  87                                                         </li>
  88                                                         <li>
  89                                                                 <!-- JAL-3139,JAL-2816 -->More efficient sequence feature render
  90                                                                 algorithm (Z-sort/transparency and filter aware)
  91                                                         </li>
  92                                                         <li>
  93                                                                 <!-- JAL-3049,JAL-3054 -->Improved tooltips in Feature Settings
  94                                                                 dialog
  95                                                         </li>
  96                                                 </ul>
  97                                         </li>
  98                                         <li>
  99             <!-- JAL-3141 -->Backup files created when saving Jalview project
 100             or alignment files
 101           </li>
 102           <li><strong>Principal Components Analysis Viewer</strong>
 103             <ul>
 104                                                         <li>
 105                                                                 <!-- JAL-1767,JAL-2647 -->Principal Components Analysis results
 106                                                                 and Viewer state saved in Jalview Project
 107                                                         </li>
 108                                                         <li>'Change parameters' option removed from viewer's
 109                                                                 drop-down menus</li>
 110                                                         <li>
 111                                                                 <!-- JAL-2975 -->Can use shift + arrow keys to rotate PCA image
 112                                                                 incrementally
 113                                                         </li>
 114                                                         <li>
 115                                                                 <!-- JAL-2965 -->PCA plot is depth cued
 116                                                         </li>
 117                                                 </ul>
 118                                         </li>
 119                                         <li>
 120                                                 <!-- JAL-3127 -->New 'Colour by Sequence ID' option
 121                                         </li>
 122                                         <li><strong>Speed and Efficiency</strong>
 123                                         <ul>
 124                                                         <li>
 125                                                                 <!-- JAL-3198 -->More efficient creation of selections and
 126                                                                 multiple groups when working with large alignments
 127                                                         </li>
 128                                                         <li>
 129                                                                 <!-- JAL-3200 -->Speedier import of annotation rows when parsing
 130                                                                 Stockholm files
 131                                                         </li>
 132                                                 </ul>
 133                                         <li><strong>User Interface</strong>
 134                                         <ul>
 135                                                         <li>
 136                                                                 <!-- JAL-2933 -->Finder panel remembers last position in each
 137                                                                 view
 138                                                         </li>
 139                                                         <li>
 140                                                                 <!-- JAL-2527 -->Alignment Overview now WYSIWIS (What you see is
 141                                                                 what is shown)<br />Only visible region of alignment is shown by
 142                                                                 default (can be changed in user preferences)
 143                                                         </li>
 144                                                         <li>
 145                                                                 <!-- JAL-3169 -->File Chooser stays open after responding Cancel
 146                                                                 to the Overwrite Dialog
 147                                                         </li>
 148                                                         <li>
 149                                                                 <!-- JAL-2420,JAL-3166 -->Better popup menu behaviour when all
 150                                                                 sequences are hidden
 151                                                         </li>
 152                                                         <li>
 153                                                                 <!-- JAL-1244 -->Status bar shows bounds when dragging a
 154                                                                 selection region, and gap count when inserting or deleting gaps
 155                                                         </li>
 156                                                         <li>
 157                                                                 <!-- JAL-3132 -->Status bar updates over sequence and annotation
 158                                                                 labels
 159                                                         </li>
 160                                                         <li>
 161                                                                 <!-- JAL-3093 -->Annotation tooltips and popup menus are shown
 162                                                                 when in wrapped mode
 163                                                         </li>
 164                                                         <li>
 165                                                                 <!-- JAL-3073 -->Can select columns by dragging left/right in
 166                                                                 annotations
 167                                                         </li>
 168                                                         <li>
 169                                                                 <!-- JAL-2814 -->Help button on Uniprot and PDB search panels
 170                                                         </li>
 171                                                         <li>
 172                                                                 <!-- JAL-2621 -->Cursor changes over draggable box in Overview
 173                                                                 panel
 174                                                         </li>
 175                                                         <li>
 176                                                                 <!-- JAL-3181 -->Consistent ordering of links in sequence id
 177                                                                 popup menu
 178                                                         </li>
 179                                                 </ul></li>
 180                                         <li><strong>Java 11 Support</strong>
 181                                                 <ul>
 182                                                         <li>
 183                                                                 <!-- JAL- -->Java 11 Native Desktop installer, standalone JAR
 184                                                                 and getdown release channels
 185                                                         </li>
 186                                                         <li>
 187                                                                 <!--  -->OSX GUI integrations for App menu's 'About' entry and
 188                                                                 trapping CMD-Q
 189                                                         </li>
 190                                                 </ul></li>
 191                                 </ul>
 192         <em>Deprecations</em>
 193         <ul>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-3035 -->DAS sequence retrieval and annotation
 196             capabilities removed from the Jalview Desktop
 197           </li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-3063,JAL-3116 -->Castor library for XML marshalling and
 200             unmarshalling has been replaced by JAXB for Jalview projects
 201             and XML based data retrieval clients</li>
 202           <li><!-- JAL-3311 -->Disable VAMSAS menu in preparation for removal</li>
 203           <li><!--  -->Jalview Desktop no longer distributed via Java Web Start</li>
 204         </ul>
 205         <em>Development and Release Processes</em>
 206         <ul>
 207                                         <li>
 208                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3007 -->Jalview Native Application and
 209                                                 Installers built with Install4j (licensed to the Jalview open
 210                                                 source project) rather than InstallAnywhere
 211                                         </li>
 212                                         <li>
 213                                                 <!-- JAL-1929 -->Jalview Launcher System to auto-configure memory
 214                                                 settings, receive over the air updates and launch specific
 215                                                 versions via (<a href="https://github.com/threerings/getdown">Three
 216                                                         Rings' GetDown</a>)
 217                                         </li>
 218                                         <li>
 219                                                 <!-- JAL-3196,JAL-3179 -->Build system migrated from Ant to Gradle
 220                                         </li>
 221                                         <li>
 222                                                 <!-- JAL-3225 -->Eclipse project configuration managed with
 223                                                 gradle-eclipse
 224                                         </li>
 225           <li>
 226           Atlassian Bamboo continuous integration for
 227             unattended Test Suite execution</li>
 228           <li>
 229             <!-- JAL-2864 -->Memory test suite to detect leaks in common
 230             operations</li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-3140 -->IntervalStoreJ (NCList
 233             implementation that alows updates) used for Sequence Feature collections</li>
 234         </ul>
 235       </td>
 236     <td align="left" valign="top">
 237         <ul>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-3143 -->Timeouts when retrieving data from Ensembl</li>
 240           <li>
 241             <!-- JAL-3244 -->'View [Structure] Mappings' and structure superposition in Jmol fail on Windows</li>
 242           <li>
 243             <!-- JAL-3239 -->Text misaligned in EPS or SVG image export with monospaced font</li>
 244           <li>
 245             <!-- JAL-3171 -->Warning of 'Duplicate entry' when saving
 246             Jalview project involving multiple views</li>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-3164 -->Overview for complementary view in a linked
 249             CDS/Protein alignment is not updated when Hide Columns by
 250             Annotation dialog hides columns</li>
 251           <li>
 252             <!-- JAL-3158 -->Selection highlighting in the complement of
 253             a CDS/Protein alignment stops working after making a
 254             selection in one view, then making another selection in the
 255             other view</li>
 256           <li>
 257             <!-- JAL-3161 -->Annotations tooltip changes beyond visible columns</li>
 258           <li>
 259             <!-- JAL-3154 -->Table Columns could be re-ordered in
 260             Feature Settings and Jalview Preferences panels</li>
 261           <li>
 262             <!-- JAL-2865 -->Jalview hangs when closing windows
 263             or the overview updates with large alignments</li>
 264           <li>
 265             <!-- JAL-2750 -->Tree and PCA calculation fails for selected
 266             region if columns were selected by dragging right-to-left
 267             and the mouse moved to the left of the first column</li>
 268             <li>
 269             <!-- JAL-3218 -->Couldn't hide selected columns adjacent
 270             to a hidden column marker via scale popup menu</li>
 271           <li>
 272             <!-- JAL-2846 -->Error message for trying to load in invalid
 273             URLs doesn't tell users the invalid URL</li>
 274           <li>
 275             <!-- JAL-3178 -->Nonpositional features lose feature group
 276             on export as Jalview features file</li>
 277           <li>
 278             <!-- JAL-3097,JAL-3099 -->Blank extra columns drawn or
 279             printed when columns are hidden</li>
 280           <li>
 281             <!-- JAL-3082 -->Regular expression error for '(' in Select Columns by Annotation description</li>
 282           <li>
 283             <!-- JAL-3072 -->Scroll doesn't stop on mouse up after
 284             dragging out of Scale or Annotation Panel</li>
 285           <li>
 286             <!-- JAL-3075 -->Column selection incorrect after scrolling out of scale panel</li>
 287           <li>
 288             <!-- JAL-3074 -->Left/right drag in annotation can scroll alignment down</li>
 289           <li>
 290             <!-- JAL-3108 -->Error if mouse moved before clicking Reveal in scale panel</li>
 291           <li>
 292             <!-- JAL-3002 -->Column display is out by one after Page Down, Page Up in wrapped mode</li>
 293           <li>
 294             <!-- JAL-2839 -->Finder doesn't skip hidden regions</li>
 295           <li>
 296             <!-- JAL-2932 -->Finder searches in minimised alignments</li>
 297           <li>
 298             <!-- JAL-2250 -->'Apply Colour to All Groups' not always selected on
 299             opening an alignment</li>
 300           <li>
 301             <!-- JAL-3180 -->'Colour by Annotation' not marked selected in Colour menu</li>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-3201 -->Per-group Clustal colour scheme changes when
 304             different groups in the alignment are selected</li>
 305           <li>
 306             <!-- JAL-2717 -->Internationalised colour scheme names not shown correctly in menu</li>
 307           <li>
 308             <!-- JAL-3206 -->Colour by Annotation can go black at min/max threshold limit</li>
 309           <li>
 310             <!-- JAL-3125 -->Value input for graduated feature colour threshold gets 'unrounded'</li>
 311           <li>
 312             <!-- JAL-2982 -->PCA image export doesn't respect background colour</li>
 313           <li>
 314             <!-- JAL-2963 -->PCA points don't dim when rotated about y axis</li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-2959 -->PCA Print dialog continues after Cancel</li>
 317           <li>
 318             <!-- JAL-3078 -->Cancel in Tree Font dialog resets alignment, not Tree font</li>
 319           <li>
 320             <!-- JAL-2964 -->Associate Tree with All Views not restored from project file</li>
 321           <li>
 322             <!-- JAL-2915 -->Scrolling of split frame is sluggish if Overview shown in complementary view</li>
 323           <li>
 324             <!-- JAL-2898 -->stop_gained variants not shown correctly on peptide sequence</li>
 325           <li>
 326             <!-- JAL-3021 -->Sequence Details report opens positioned to top of report</li>
 327           <li>
 328             <!-- JAL-914 -->Help page can be opened twice</li>
 329         </ul>
 330         <em>Editing</em>
 331         <ul>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-2822 -->Start and End should be updated when
 334             sequence data at beginning or end of alignment added/removed
 335             via 'Edit' sequence</li>
 336           <li>
 337             <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 338             sequence features correctly when start of sequence is
 339             removed (Known defect since 2.10)</li>
 340         </ul>
 341         <em>New Known Defects</em>
 342         <ul>
 343           <li>
 344             <!-- JAL-2647 -->Input Data menu entry is greyed out when PCA View is restored from a Jalview 2.11 project</li>
 345           <li>
 346             <!-- JAL-3213 -->Alignment panel height can be too small after 'New View'</li>
 347           <li>
 348             <!-- JAL-3240 -->Display is incorrect after removing gapped columns within hidden columns</li>
 349         </ul>
 350       </td>
 351     </tr>
 352     <tr>
 353     <td width="60" nowrap>
 354       <div align="center">
 355         <strong><a name="Jalview.2.10.5">2.10.5</a><br /> <em>10/09/2018</em></strong>
 356       </div>
 357     </td>
 358     <td><div align="left">
 359         <em></em>
 360         <ul>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-3101 -->Default memory for Jalview webstart and
 363               InstallAnywhere increased to 1G.
 364             </li>
 365             <li>
 366               <!-- JAL-247 -->Hidden sequence markers and representative
 367               sequence bolding included when exporting alignment as EPS,
 368               SVG, PNG or HTML. <em>Display is configured via the
 369                 Format menu, or for command-line use via a jalview
 370                 properties file.</em>
 371             </li>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-3076 -->Ensembl client updated to Version 7 REST
 374               API and sequence data now imported as JSON.
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-3065 -->Change in recommended way of starting
 378               Jalview via a Java command line: add jars in lib directory
 379               to CLASSPATH, rather than via the deprecated java.ext.dirs
 380               property.
 381             </li>
 382           </ul>
 383           <em>Development</em>
 384           <ul>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-3047 -->Support added to execute test suite
 387               instrumented with <a href="http://openclover.org/">Open
 388                 Clover</a>
 389             </li>
 390           </ul>
 391         </div></td>
 392     <td><div align="left">
 393         <em></em>
 394         <ul>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-3104 -->Poorly scaled bar in quality annotation
 397               row shown in Feredoxin Structure alignment view of example
 398               alignment.
 399             </li>
 400             <li>
 401               <!-- JAL-2854 -->Annotation obscures sequences if lots of
 402               annotation displayed.
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-3107 -->Group conservation/consensus not shown
 406               for newly created group when 'Apply to all groups'
 407               selected
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-3087 -->Corrupted display when switching to
 411               wrapped mode when sequence panel's vertical scrollbar is
 412               visible.
 413             </li>
 414             <li>
 415               <!-- JAL-3003 -->Alignment is black in exported EPS file
 416               when sequences are selected in exported view.</em>
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-3059 -->Groups with different coloured borders
 420               aren't rendered with correct colour.
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-3092 -->Jalview could hang when importing certain
 424               types of knotted RNA secondary structure.
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-3095 -->Sequence highlight and selection in
 428               trimmed VARNA 2D structure is incorrect for sequences that
 429               do not start at 1.
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-3061 -->'.' inserted into RNA secondary structure
 433               annotation when columns are inserted into an alignment,
 434               and when exporting as Stockholm flatfile.
 435             </li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-3053 -->Jalview annotation rows containing upper
 438               and lower-case 'E' and 'H' do not automatically get
 439               treated as RNA secondary structure.
 440             </li>
 441             <li>
 442               <!-- JAL-3106 -->.jvp should be used as default extension
 443               (not .jar) when saving a jalview project file.
 444             </li>
 445             <li>
 446               <!-- JAL-3105 -->Mac Users: closing a window correctly
 447               transfers focus to previous window on OSX
 448             </li>
 449           </ul>
 450           <em>Java 10 Issues Resolved</em>
 451           <ul>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2988 -->OSX - Can't save new files via the File
 454               or export menus by typing in a name into the Save dialog
 455               box.
 456             </li>
 457             <li>
 458               <!-- JAL-2988 JAL-2968 -->Jalview now uses patched version
 459               of the <a href="https://violetlib.org/vaqua/overview.html">VAqua5</a>
 460               'look and feel' which has improved compatibility with the
 461               latest version of OSX.
 462             </li>
 463           </ul>
 464         </div>
 465     </td>
 466     </tr>
 467     <tr>
 468       <td width="60" nowrap>
 469         <div align="center">
 470           <strong><a name="Jalview.2.10.4b1">2.10.4b1</a><br />
 471             <em>7/06/2018</em></strong>
 472         </div>
 473       </td>
 474       <td><div align="left">
 475           <em></em>
 476           <ul>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2920 -->Use HGVS nomenclature for variant
 479               annotation retrieved from Uniprot
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-1460 -->Windows File Shortcuts can be dragged
 483               onto the Jalview Desktop
 484             </li>
 485           </ul>
 486         </div></td>
 487       <td><div align="left">
 488           <em></em>
 489           <ul>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-3017 -->Cannot import features with multiple
 492               variant elements (blocks import of some Uniprot records)
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2997 -->Clustal files with sequence positions in
 496               right-hand column parsed correctly
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2991 -->Wrap view - export to SVG - IDs shown but
 500               not alignment area in exported graphic
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2993 -->F2/Keyboard mode edits work when Overview
 504               window has input focus
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2992 -->Annotation panel set too high when
 508               annotation added to view (Windows)
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-3009 -->Jalview Desktop is slow to start up when
 512               network connectivity is poor
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-1460 -->Drag URL from chrome, firefox, IE to
 516               Jalview desktop on Windows doesn't open file<br /> <em>Dragging
 517                 the currently open URL and links from a page viewed in
 518                 Firefox or Chrome on Windows is now fully supported. If
 519                 you are using Edge, only links in the page can be
 520                 dragged, and with Internet Explorer, only the currently
 521                 open URL in the browser can be dropped onto Jalview.</em>
 522             </li>
 523           </ul>
 524         </div></td>
 525     </tr>
 526     <tr>
 527       <td width="60" nowrap>
 528         <div align="center">
 529           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>10/05/2018</em></strong>
 530         </div>
 531       </td>
 532       <td><div align="left">
 533           <em></em>
 534           <ul>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->New Structure Chooser control
 537               for disabling automatic superposition of multiple
 538               structures and open structures in existing views
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
 542               ID and annotation area margins can be click-dragged to
 543               adjust them.
 544             </li>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
 547               Ensembl services
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
 551               and lots of hidden columns
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
 555               of features (particularly when transparency is disabled)
 556             </li>
 557           </ul>
 558           </div>
 559       </td>
 560       <td><div align="left">
 561           <ul>
 562             <li>
 563               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 564               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 568               overlapping alignment panel
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!--  JAL-2929 -->Overview doesn't show end of unpadded
 572               sequence as gaps
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2789, JAL-2893 -->Cross-reference handling
 576               improved: CDS not handled correctly if transcript has no
 577               UTR
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-2321 -->Secondary structure and temperature
 581               factor annotation not added to sequence when local PDB
 582               file associated with it by drag'n'drop or structure
 583               chooser
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!--  JAL-2984 -->Answering 'No' to PDB Autoassociate
 587               dialog doesn't import PDB files dropped on an alignment
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 591               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 592             </li>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 595               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 599               columns in annotation row
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is not
 603               honored in batch mode
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 607               for structures added to existing Jmol view
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 611               entries after importing project with multiple views
 612             </li>
 613             <li>
 614               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 615               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 616               with negative residue numbers or missing residues fails
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 620               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 621               as generated by CONSURF)
 622             </li>
 623             <li>
 624               <!-- JAL-2920 -->Uniprot 'sequence variant' features
 625               tooltip doesn't include a text description of mutation
 626             </li>
 627             <li>
 628               <!-- JAL-2922 -->Invert displayed features very slow when
 629               structure and/or overview windows are also shown
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 633               very slow for alignments with large numbers of sequences
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 637               with 'StringIndexOutOfBounds'
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) provided as fallback Look and Feel for OSX
 641               platforms running Java 10
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 645               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 646             </li>
 647           </ul>
 648           <em>Applet</em>
 649           <ul>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 652               should copy the group consensus when popup is opened on it
 653             </li>
 654           </ul>
 655           <em>Batch Mode</em>
 656           <ul>
 657           <li>
 658             <!-- JAL-2913 -->Fixed ID width preference is not respected
 659           </li>
 660           </ul>
 661           <em>New Known Defects</em>
 662           <ul>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 665               editing a large alignment and overview is displayed
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 669               repeatedly after a series of edits even when the overview
 670               is no longer reflecting updates
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 674               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 675               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 676               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 677             </li>
 678           </ul>
 679         </div>
 680           </td>
 681     </tr>
 682     <tr>
 683       <td width="60" nowrap>
 684         <div align="center">
 685           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 686         </div>
 687       </td>
 688       <td><div align="left">
 689           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 690               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 691       <td><div align="left">
 692           <em>Desktop</em><ul>
 693           <ul>
 694             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 695             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 696             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 697             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 698             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 699             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 700             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 701           </ul>
 702           </div>
 703       </td>
 704     </tr>
 705     <tr>
 706       <td width="60" nowrap>
 707         <div align="center">
 708           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 709         </div>
 710       </td>
 711       <td><div align="left">
 712           <em></em>
 713           <ul>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 716               rendering of sequence features
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 720               429 rate limit request hander
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 724               their colours have changed
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 728               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 732               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 736               view from Ensembl locus cross-references
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 740               Alignment report
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 744               feature can be disabled
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 748               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 749             </li>
 750             <li>
 751               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 752               Uniprot
 753             </li>
 754           </ul>
 755           <em>Scripting</em>
 756           <ul>
 757             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 758             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 759               percent identity scores for current alignment.</li>
 760           </ul>
 761           <em>Testing and Deployment</em>
 762           <ul>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 765             </li>
 766           </ul>
 767         </div></td>
 768       <td><div align="left">
 769           <em>General</em>
 770           <ul>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 773               threshold text field doesn't trigger an update to the
 774               alignment view
 775             </li>
 776             <li>
 777               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 778               strings in parallel
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 782               alignment window is closed
 783             </li>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 786               group visibility
 787             </li>
 788             <li>
 789               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 790               takes a long time in Cursor mode
 791             </li>
 792           </ul>
 793           <em>Desktop</em>
 794           <ul>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 797               cannot be viewed in Chimera
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 801               CDS/Protein view
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 805               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 806               Search Dialogs
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 810             </li>
 811             <li>
 812               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 816               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 820               scrolling right in unwapped alignment view
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 824               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 825               database
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 829               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 833               features of same type and group to be selected for
 834               amending
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 838               alignments when hidden columns are present
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 842               displaying several structures
 843             </li>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 846               moving a window
 847             </li>
 848             <li>
 849               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 850               within the Jalview desktop on OSX
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 854               when in wrapped alignment mode
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 858               hand end of alignment
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 862               each selected sequence do not have correct start/end
 863               positions
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 867               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 871               restoring project until a new view is created
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 875               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 876               configured (since 2.10.2b2)
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 880               position is adjusted
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 884               in a multi-chain structure when viewing alignment
 885               involving more than one chain (since 2.10)
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 889               if new selection moves alignment window
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 893               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 897               that produces correctly annotated transcripts and products
 898             </li>
 899             <li>
 900               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 901               doesn't update associated structure view
 902             </li>
 903           </ul>
 904           <em>Applet</em><br />
 905           <ul>
 906             <li>
 907               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 908               closing alignment panel
 909             </li>
 910           </ul>
 911           <em>BioJSON</em><br />
 912           <ul>
 913             <li>
 914               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 915               non-positional features
 916             </li>
 917           </ul>
 918           <em>New Known Issues</em>
 919           <ul>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 922               sequence features correctly (for many previous versions of
 923               Jalview)
 924             </li>
 925             <li>
 926               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 927               using cursor in wrapped panel other than top
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 931               graduated colour threshold
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 935               always preserve numbering and sequence features
 936             </li>
 937           </ul>
 938           <em>Known Java 9 Issues</em>
 939           <ul>
 940             <li>
 941               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 942               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 943               9.01, OSX 10.10)
 944             </li>
 945           </ul>
 946         </div></td>
 947     </tr>
 948     <tr>
 949       <td width="60" nowrap>
 950         <div align="center">
 951           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 952             <em>2/10/2017</em></strong>
 953         </div>
 954       </td>
 955       <td><div align="left">
 956           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 957           <ul>
 958             <li>
 959               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 960             </li>
 961             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 962             </li>
 963           </ul>
 964         </div></td>
 965       <td><div align="left">
 966         </div></td>
 967     </tr>
 968     <tr>
 969       <td width="60" nowrap>
 970         <div align="center">
 971           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 972             <em>7/9/2017</em></strong>
 973         </div>
 974       </td>
 975       <td><div align="left">
 976           <em></em>
 977           <ul>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 980               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 981               white)
 982             </li>
 983             <li>
 984               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 985               Preferences
 986             </li>
 987             <li>
 988               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 989               in size and progress bar shown as higher resolution
 990               overview is recalculated
 991             </li>
 992
 993           </ul>
 994         </div></td>
 995       <td><div align="left">
 996           <em></em>
 997           <ul>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
1000               column region row by row
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
1004               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
1005             </li>
1006             <li>
1007               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
1008               format setting is unticked
1009             </li>
1010             <li>
1011               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
1012               if group has show boxes format setting unticked
1013             </li>
1014             <li>
1015               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
1016               autoscrolling whilst dragging current selection group to
1017               include sequences and columns not currently displayed
1018             </li>
1019             <li>
1020               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
1021               assemblies are imported via CIF file
1022             </li>
1023             <li>
1024               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
1025               displayed when threshold or conservation colouring is also
1026               enabled.
1027             </li>
1028             <li>
1029               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
1030               server version
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
1034               dragging a selected region off the visible region of the
1035               alignment
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
1039               colourscheme to all groups in a view
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
1043               initially after font size change using the Font chooser or
1044               middle-mouse zoom
1045             </li>
1046           </ul>
1047         </div></td>
1048     </tr>
1049     <tr>
1050       <td width="60" nowrap>
1051         <div align="center">
1052           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
1053         </div>
1054       </td>
1055       <td><div align="left">
1056           <em>Calculations</em>
1057           <ul>
1058
1059             <li>
1060               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
1061               ungapped positions in each column of the alignment.
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
1065               a calculation dialog box
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
1069               and memory efficiency (~30x faster)
1070             </li>
1071             <li>
1072               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
1073               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
1074               and other calculations
1075             </li>
1076             <li>
1077               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
1078               files within the Jalview codebase
1079             </li>
1080             <li>
1081               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
1082               Similarity may have different topology due to increased
1083               precision
1084             </li>
1085           </ul>
1086           <em>Rendering</em>
1087           <ul>
1088             <li>
1089               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
1090               model for alignments and groups
1091             </li>
1092             <li>
1093               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
1094               scripts
1095             </li>
1096           </ul>
1097           <em>Overview</em>
1098           <ul>
1099             <li>
1100               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
1101               with alignment and overview windows
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
1105               overview
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
1109               omitted in Overview
1110             </li>
1111             <li>
1112               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
1113               adjustment of visible position
1114             </li>
1115           </ul>
1116
1117           <em>Data import/export</em>
1118           <ul>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
1121               Stockholm files imported as sequence associated annotation
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
1125               annotation input/output via stockholm flatfile
1126             </li>
1127             <li>
1128               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
1129               extension when importing structure files without embedded
1130               names or PDB accessions
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
1134               format sequence substitution matrices
1135             </li>
1136           </ul>
1137           <em>User Interface</em>
1138           <ul>
1139             <li>
1140               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
1141               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
1142               the application.
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
1146               via Overview or sequence motif search operations
1147             </li>
1148             <li>
1149               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
1150               opened by double clicking gaps within sequence feature
1151               extent
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
1155               aligned positions were available to create a 3D structure
1156               superposition.
1157             </li>
1158           </ul>
1159           <em>3D Structure</em>
1160           <ul>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
1163               coloured in linked structure views
1164             </li>
1165             <li>
1166               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
1167               file-based command exchange
1168             </li>
1169             <li>
1170               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
1171               Cached Structures rather than querying the PDBe if
1172               structures are already available for sequences
1173             </li>
1174             <li>
1175               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
1176               the Jalview project rather than downloaded again when the
1177               project is reopened.
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
1181               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
1182               features, and vice-versa (<strong>Experimental
1183                 Feature</strong>)
1184             </li>
1185           </ul>
1186           <em>Web Services</em>
1187           <ul>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
1193               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
1194               Analysis services
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
1198               cross-references provided by identifiers.org and the
1199               EMBL-EBI's MIRIAM DB
1200             </li>
1201           </ul>
1202
1203           <em>Scripting</em>
1204           <ul>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
1207               identifying file formats (instead of String constants)
1208             </li>
1209             <li>
1210               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
1211               efficiency when counting all displayed features (not
1212               backwards compatible with 2.10.1)
1213             </li>
1214           </ul>
1215           <em>Example files</em>
1216           <ul>
1217             <li>
1218               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
1219               included in the example feature file
1220             </li>
1221           </ul>
1222           <em>Documentation</em>
1223           <ul>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
1226               with the built-in Java help viewer
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
1230               sequence description' option
1231             </li>
1232           </ul>
1233           <em>Test Suite</em>
1234           <ul>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
1237               Uniprot REST Free Text Search Client
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
1244               during tests
1245             </li>
1246           </ul>
1247         </div></td>
1248       <td><div align="left">
1249           <em>Calculations</em>
1250           <ul>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
1253               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
1254               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
1255             </li>
1256             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
1257               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
1258               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
1259               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
1260               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
1261               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
1262               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
1263               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
1264               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
1265               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
1266               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
1267               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
1268               // for 2.10.1 mode <br />
1269               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
1270               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
1271                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
1272                 calculations (not recommended)</em></li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
1275               scaling of branch lengths for trees computed using
1276               Sequence Feature Similarity.
1277             </li>
1278             <li>
1279               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
1280               generating output report when working with highly
1281               redundant alignments
1282             </li>
1283             <li>
1284               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
1285               right of selected region when gaps present on right-hand
1286               boundary
1287             </li>
1288           </ul>
1289           <em>User Interface</em>
1290           <ul>
1291             <li>
1292               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
1293               doesn't reselect a specific sequence's associated
1294               annotation after it was used for colouring a view
1295             </li>
1296             <li>
1297               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
1298               opened on a region of alignment without groups
1299             </li>
1300             <li>
1301               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
1302               of an alignment with overlapping groups
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
1306               name and description match
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
1310               hidden regions results in incorrect hidden regions
1311             </li>
1312             <li>
1313               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
1314               changing colour does not apply Conservation slider value
1315               to all groups
1316             </li>
1317             <li>
1318               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
1319               items do not show a tick or allow shading to be disabled
1320             </li>
1321             <li>
1322               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
1323               lost when base colourscheme changed if slider not visible
1324             </li>
1325             <li>
1326               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
1327               gaps before start of features
1328             </li>
1329             <li>
1330               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
1331               restored to UI when feature colour is edited
1332             </li>
1333             <li>
1334               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
1335               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
1336             </li>
1337             <li>
1338               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
1339               as graduate feature colour settings are modified via the
1340               dialog box
1341             </li>
1342             <li>
1343               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
1344               when a group defined on the alignment is resized
1345             </li>
1346             <li>
1347               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
1348               wrapped view result in positional status updates
1349             </li>
1350
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
1353               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
1354             </li>
1355             <li>
1356               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
1357               alignment included gapped columns
1358             </li>
1359             <li>
1360               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
1361               widgets don't permanently disappear
1362             </li>
1363             <li>
1364               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
1365               annotation that are shown only as column labels (e.g.
1366               T-Coffee column reliability scores)
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
1370               sequence feature on gaps only
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
1374               button from a Find inherit previously defined feature type
1375               rather than the Find query string
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
1379               exporting tree calculated in Jalview
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
1383               and then revealing them reorders sequences on the
1384               alignment
1385             </li>
1386             <li>
1387               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
1388               doesn't update to reflect available set of groups after
1389               interactively adding or modifying features
1390             </li>
1391             <li>
1392               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
1393               Linux
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
1397               only excluded gaps in current sequence and ignored
1398               selection.
1399             </li>
1400           </ul>
1401           <em>Rendering</em>
1402           <ul>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
1405               erratically when hidden rows or columns are present
1406             </li>
1407             <li>
1408               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
1409               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
1410               sequence colouring
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
1414               colour and group colour menu for protein alignments
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
1418               reflect currently selected view or group's shading
1419               thresholds
1420             </li>
1421             <li>
1422               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
1423               when rendered on overview and structures when opacity at
1424               100%
1425             </li>
1426             <li>
1427               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
1428               overview when features overlaid on alignment
1429             </li>
1430           </ul>
1431           <em>Data import/export</em>
1432           <ul>
1433             <li>
1434               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
1435               load
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
1439               added after a sequence was imported are not written to
1440               Stockholm File
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
1444               when importing RNA secondary structure via Stockholm
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
1448               not shown in correct direction for simple pseudoknots
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
1452               with lightGray or darkGray via features file (but can
1453               specify lightgray)
1454             </li>
1455             <li>
1456               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
1457               when alignment view imported from project
1458             </li>
1459             <li>
1460               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
1461               structure and sequences extracted from structure files
1462               imported via URL and viewed in Jmol
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
1466               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
1467               the project is loaded and the structure viewed
1468             </li>
1469           </ul>
1470           <em>Web Services</em>
1471           <ul>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
1474               release of Ensembl v.88
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
1478               appear enabled in Preferences->Connections
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
1482               removed from console output
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1486               Ensembl by Peptide ID
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1490               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1491               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1492               due to 'null' string rather than empty string used for
1493               residues with no corresponding PDB mapping).
1494             </li>
1495           </ul>
1496           <em>Application UI</em>
1497           <ul>
1498             <li>
1499               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1500               menu
1501             </li>
1502             <li>
1503               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1504               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1505               new documentation and tooltips added)
1506             </li>
1507             <li>
1508               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1509               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1510             </li>
1511             <li>
1512               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1513               new features are added to alignment
1514             </li>
1515             <li>
1516               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1517               changes to feature colours via the Amend features dialog
1518             </li>
1519             <li>
1520               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1521               edit graduated feature colour via amend features dialog
1522               box
1523             </li>
1524             <li>
1525               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1526               selection menu changes colours of alignment views
1527             </li>
1528             <li>
1529               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1530               from alignment calculation workers after alignment has
1531               been closed
1532             </li>
1533             <li>
1534               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1535               groups now 'Create Group'
1536             </li>
1537             <li>
1538               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1539               Create/Undefine group doesn't always work
1540             </li>
1541             <li>
1542               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1543               shown again after pressing 'Cancel'
1544             </li>
1545             <li>
1546               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1547               adjusts start position in wrap mode
1548             </li>
1549             <li>
1550               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1551               ambiguous amino acids
1552             </li>
1553             <li>
1554               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1555               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1556               proteins
1557             </li>
1558             <li>
1559               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1560               Defined' don't appear in Colours menu
1561             </li>
1562           </ul>
1563           <em>Applet</em>
1564           <ul>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1567               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1571               overview or linked structure view
1572             </li>
1573             <li>
1574               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1575               work (since 2.8)
1576             </li>
1577             <li>
1578               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1579               user-defined colourscheme doesn't restore original
1580               colourscheme
1581             </li>
1582           </ul>
1583           <em>Test Suite</em>
1584           <ul>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1587               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1591               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1592               problems with deep array comparison equality asserts in
1593               successive versions of TestNG
1594             </li>
1595             <li>
1596               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1597               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1598             </li>
1599           </ul>
1600           <em>New Known Issues</em>
1601           <ul>
1602             <li>
1603               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1604               phase after a sequence motif find operation
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1608               containing just upper and lower case letters are
1609               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1610             </li>
1611             <li>
1612               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1613               reliably from eggnog Ortholog database
1614             </li>
1615             <li>
1616               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1617               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1618               to mark columns containing highlighted regions.
1619             </li>
1620             <li>
1621               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1622               doesn't always add secondary structure annotation.
1623             </li>
1624           </ul>
1625         </div>
1626     <tr>
1627       <td width="60" nowrap>
1628         <div align="center">
1629           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1630         </div>
1631       </td>
1632       <td><div align="left">
1633           <em>General</em>
1634           <ul>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1637               for all consensus calculations
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1641               3rd Oct 2016)
1642             </li>
1643             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1644               for 2016-2017</li>
1645           </ul>
1646           <em>Application</em>
1647           <ul>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1650               set of database cross-references, sorted alphabetically
1651             </li>
1652             <li>
1653               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1654               from database cross references. Users with custom links
1655               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1656                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1657             </li>
1658             <li>
1659               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1660               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1661               Chimera session
1662             </li>
1663             <li>
1664               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1665               the Chimera it is connected to is shut down
1666             </li>
1667             <li>
1668               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1669               columns menu item to mark columns containing highlighted
1670               regions (e.g. from structure selections or results of a
1671               Find operation)
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1675               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1676               MSAviewer
1677             </li>
1678           </ul>
1679         </div></td>
1680       <td>
1681         <div align="left">
1682           <em>General</em>
1683           <ul>
1684             <li>
1685               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1686               are not coloured or thresholded according to percent
1687               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1691               hydrophobic
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1695               threshold, amino acid properties)
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1699               reported as mapped to residues in a structure file in the
1700               View Mapping report
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1704               could be added multiple times to a sequence
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1708               bond features shown as two highlighted residues rather
1709               than a range in linked structure views, and treated
1710               correctly when selecting and computing trees from features
1711             </li>
1712             <li>
1713               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1714               cross-references are matched to database name regardless
1715               of case
1716             </li>
1717
1718           </ul>
1719           <em>Application</em>
1720           <ul>
1721             <li>
1722               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1723               names without regular expressions also offer links from
1724               Sequence ID
1725             </li>
1726             <li>
1727               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1728               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1729               update Jalview configuration
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1733               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1737               files with similarly named sequences if dropped onto the
1738               alignment
1739             </li>
1740             <li>
1741               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1742               entries where more chains exist in the PDB accession than
1743               are reported in the SIFTS file
1744             </li>
1745             <li>
1746               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1747               the structure view when displayed with Chimera
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1751               panel's View->Show Chains submenu
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1755               work for wrapped alignment views
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1759               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1760             </li>
1761             <li>
1762               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1763               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1764               first annotation row
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1768               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1769             </li>
1770             <li>
1771               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1772               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1773             </li>
1774             <!-- JAL-2319 -->
1775             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1776             coordindate data
1777             </li>
1778           </ul>
1779           <!--           <em>New Known Issues</em>
1780           <ul>
1781             <li></li>
1782           </ul> -->
1783         </div>
1784       </td>
1785     </tr>
1786     <td width="60" nowrap>
1787       <div align="center">
1788         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1789           <em>25/10/2016</em></strong>
1790       </div>
1791     </td>
1792     <td><em>Application</em>
1793       <ul>
1794         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1795           view if structures already loaded</li>
1796         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1797           structure views</li>
1798       </ul></td>
1799     <td>
1800       <div align="left">
1801         <em>General</em>
1802         <ul>
1803           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1804             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1805           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1806             example sequences/projects/trees</li>
1807         </ul>
1808         <em>Application</em>
1809         <ul>
1810           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1811             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1812           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1813             without timeout for structures with multiple models or
1814             multiple sequences in alignment</li>
1815           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1816             PDB ID HEADER line</li>
1817           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1818             is performed</li>
1819           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1820             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1821           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1822           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1823             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1824             option</li>
1825           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1826             is created on the alignment</li>
1827           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1828             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1829             pop-up menu</li>
1830         </ul>
1831         <em>Build and deployment</em>
1832         <ul>
1833           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1834             tags</li>
1835         </ul>
1836         <em>New Known Issues</em>
1837         <ul>
1838           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1839             on Windows</li>
1840         </ul>
1841       </div>
1842     </td>
1843     </tr>
1844     <tr>
1845       <td width="60" nowrap>
1846         <div align="center">
1847           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1848         </div>
1849       </td>
1850       <td><em>General</em>
1851         <ul>
1852           <li>
1853             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1854           </li>
1855           <li>
1856             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1857             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1858             better PDB parsing.
1859           </li>
1860           <li>
1861             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1862             reference sequence
1863           </li>
1864           <li>
1865             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1866             mousing over sequence associated annotation
1867           </li>
1868           <li>
1869             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1870             for manual entry
1871           </li>
1872           <li>
1873             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1874             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1875             for each column
1876           </li>
1877           <li>
1878             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1879             showing or hiding columns containing a feature
1880           </li>
1881           <li>
1882             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1883             group and sequence associated annotation labels
1884           </li>
1885           <li>
1886             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1887             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1888             dialogs
1889           </li>
1890
1891         </ul> <em>Application</em>
1892         <ul>
1893           <li>
1894             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1895             gene/transcript view
1896           </li>
1897           <li>
1898             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1899             dialog
1900           </li>
1901           <li>
1902             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1903             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1904           </li>
1905           <li>
1906             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1907             Pfam sources to xfam.org
1908           </li>
1909           <li>
1910             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1911           </li>
1912           <li>
1913             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1914             over sequences in Jalview
1915           </li>
1916           <li>
1917             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1918             regions in ENA and EMBL
1919           </li>
1920           <li>
1921             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1922             for record retrieval via ENA rest API
1923           </li>
1924           <li>
1925             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1926             complement operator
1927           </li>
1928           <li>
1929             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1930             groovy script execution
1931           </li>
1932           <li>
1933             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1934             alignment window's Calculate menu
1935           </li>
1936           <li>
1937             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1938             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1939           </li>
1940           <li>
1941             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1942             calculation workers from groovy scripts
1943           </li>
1944           <li>
1945             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1946             Jalview projects
1947           </li>
1948           <li>
1949             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1950             associations are now saved/restored from project
1951           </li>
1952           <li>
1953             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1954             before sequence fetcher is opened
1955           </li>
1956           <li>
1957             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1958             database chooser opens a sequence fetcher
1959           </li>
1960           <li>
1961             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1962             the UniProt REST API
1963           </li>
1964           <li>
1965             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1966             the news reader opening
1967           </li>
1968           <li>
1969             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1970             querying stored in preferences
1971           </li>
1972           <li>
1973             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1974             search results
1975           </li>
1976           <li>
1977             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1978           </li>
1979           <li>
1980             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1981             menu for nucleotide sequences
1982           </li>
1983           <li>
1984             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1985             and feature counts preserves alignment ordering (and
1986             debugged for complex feature sets).
1987           </li>
1988           <li>
1989             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1990             viewing structures with Jalview 2.10
1991           </li>
1992           <li>
1993             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1994             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1995             Ensembl Genomes REST API
1996           </li>
1997           <li>
1998             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1999             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
2000             (Ensembl)
2001           </li>
2002           <li>
2003             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
2004             sequences
2005           </li>
2006           <li>
2007             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
2008             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
2009             data from external database records.
2010           </li>
2011           <li>
2012             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
2013             efficient recovery of sequence coding and alignment
2014             annotation relationships.
2015           </li>
2016         </ul> <!-- <em>Applet</em>
2017         <ul>
2018           <li>
2019             -- JAL---
2020           </li>
2021         </ul> --></td>
2022       <td>
2023         <div align="left">
2024           <em>General</em>
2025           <ul>
2026             <li>
2027               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
2028               menu on OSX
2029             </li>
2030             <li>
2031               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
2032               includes graduated colourschemes
2033             </li>
2034             <li>
2035               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
2036               working with big alignments and lots of hidden columns
2037             </li>
2038             <li>
2039               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
2040               at right of alignment window
2041             </li>
2042             <li>
2043               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
2044               contents
2045             </li>
2046             <li>
2047               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
2048               for DNA alignments
2049             </li>
2050             <li>
2051               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
2052               based tree calculation
2053             </li>
2054             <li>
2055               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
2056               unconserved enabled for group on alignment
2057             </li>
2058             <li>
2059               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
2060               set as reference
2061             </li>
2062             <li>
2063               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
2064               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
2065               annotation
2066             </li>
2067             <li>
2068               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
2069               hidden columns present
2070             </li>
2071             <li>
2072               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
2073               user created annotation added to alignment
2074             </li>
2075             <li>
2076               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
2077               '()' base pair annotation
2078             </li>
2079             <li>
2080               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
2081               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
2082               Consensus
2083             </li>
2084             <li>
2085               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
2086               feature not working
2087             </li>
2088             <li>
2089               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
2090               beginning of sequence
2091             </li>
2092             <li>
2093               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
2094               entry 3a6s
2095             </li>
2096             <li>
2097               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
2098               from a tree when t-coffee scores are shown
2099             </li>
2100             <li>
2101               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
2102               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
2103             </li>
2104             <li>
2105               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
2106               some structures
2107             </li>
2108             <li>
2109               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
2110               to Clustal, PIR and PileUp output
2111             </li>
2112             <li>
2113               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
2114               not visible causes alignment window to repaint
2115             </li>
2116             <li>
2117               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
2118               graduated colour and colour by annotation row for e-value
2119               scores associated with features and annotation rows
2120             </li>
2121             <li>
2122               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2123               calculation should be case independent
2124             </li>
2125             <li>
2126               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
2127               columns
2128             </li>
2129             <li>
2130               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
2131               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
2132               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
2133             </li>
2134             <li>
2135               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
2136               problems when reference sequence defined and 'show
2137               non-conserved' enabled
2138             </li>
2139             <li>
2140               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
2141               load even when Consensus calculation is disabled
2142             </li>
2143             <li>
2144               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
2145               alignment does nothing
2146             </li>
2147           </ul>
2148           <em>Application</em>
2149           <ul>
2150             <li>
2151               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
2152               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
2153               yet fixed for El Capitan)
2154             </li>
2155             <li>
2156               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
2157               output when running on non-gb/us i18n platforms
2158             </li>
2159             <li>
2160               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
2161               hidden sequences as flat-file alignment
2162             </li>
2163             <li>
2164               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
2165               launching Chimera
2166             </li>
2167             <li>
2168               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
2169               (also hotfix for 2.9.0b2)
2170             </li>
2171             <li>
2172               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
2173               reference sequence defined
2174             </li>
2175             <li>
2176               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
2177               alignments and views when revealing hidden columns
2178             </li>
2179             <li>
2180               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
2181               view in a cDNA/Protein splitframe
2182             </li>
2183             <li>
2184               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
2185               sequence from project when only one sequence is
2186               represented
2187             </li>
2188             <li>
2189               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
2190               in Structure Chooser
2191             </li>
2192             <li>
2193               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
2194               structure consensus didn't refresh annotation panel
2195             </li>
2196             <li>
2197               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
2198               mappings between sequence and all chains in a PDB file
2199             </li>
2200             <li>
2201               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
2202               dialogs format columns correctly, don't display array
2203               data, sort columns according to type
2204             </li>
2205             <li>
2206               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
2207               file chooser is cancelled during an image export
2208             </li>
2209             <li>
2210               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
2211               sequence name containing special characters
2212             </li>
2213             <li>
2214               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
2215               case insensitive
2216             </li>
2217             <li>
2218               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
2219               formatting don't wrap
2220             </li>
2221             <li>
2222               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
2223               truncated so L looks like I in consensus annotation
2224             </li>
2225             <li>
2226               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
2227               currently displayed features for the current selection or
2228               view
2229             </li>
2230             <li>
2231               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
2232               after fetching cross-references, and restoring from
2233               project
2234             </li>
2235             <li>
2236               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
2237               followed in the structure viewer
2238             </li>
2239             <li>
2240               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
2241               splitframe not restored from project
2242             </li>
2243             <li>
2244               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
2245               trailing end of protein alignment in transcript/product
2246               splitview when pad-gaps not enabled by default
2247             </li>
2248             <li>
2249               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
2250               is case dependent
2251             </li>
2252             <li>
2253               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
2254               article has been read (reopened issue due to
2255               internationalisation problems)
2256             </li>
2257             <li>
2258               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
2259               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
2260               cross-references
2261             </li>
2262
2263             <li>
2264               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
2265               alignment as HTML
2266             </li>
2267             <li>
2268               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
2269               multiple structures are shown for one or more sequences.
2270             </li>
2271             <li>
2272               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
2273               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
2274               is enabled.
2275             </li>
2276             <li>
2277               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
2278               specific PDB id for sequence
2279             </li>
2280             <li>
2281               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
2282               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
2283               columns' is disabled.
2284             </li>
2285             <li>
2286               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
2287               selects lowest rather than highest resolution structures
2288               for each sequence
2289             </li>
2290             <li>
2291               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
2292               to sequence mapping in 'View Mappings' report
2293             </li>
2294             <li>
2295               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
2296               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
2297             </li>
2298             <li>
2299               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
2300               after clicking on it to create new annotation for a
2301               column.
2302             </li>
2303             <li>
2304               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
2305               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
2306             </li>
2307             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
2308             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
2309           </ul>
2310           <em>Applet</em>
2311           <ul>
2312             <li>
2313               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
2314               hidden columns present before start of sequence
2315             </li>
2316             <li>
2317               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
2318               (JSON jars)
2319             </li>
2320             <li>
2321               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
2322               sequences are hidden in applet
2323             </li>
2324             <li>
2325               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
2326               deployment on examples pages.
2327             </li>
2328           </ul>
2329         </div>
2330       </td>
2331     </tr>
2332     <tr>
2333       <td width="60" nowrap>
2334         <div align="center">
2335           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
2336             <em>16/10/2015</em></strong>
2337         </div>
2338       </td>
2339       <td><em>General</em>
2340         <ul>
2341           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
2342             jars</li>
2343         </ul></td>
2344       <td>
2345         <div align="left">
2346           <em>Application</em>
2347           <ul>
2348             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
2349               shown when tree is partitioned</li>
2350             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
2351               multiple cDNA/Protein split views</li>
2352           </ul>
2353         </div>
2354       </td>
2355     </tr>
2356     <tr>
2357       <td width="60" nowrap>
2358         <div align="center">
2359           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
2360             <em>8/10/2015</em></strong>
2361         </div>
2362       </td>
2363       <td><em>General</em>
2364         <ul>
2365           <li>Updated Spanish translations of localized text for
2366             2.9</li>
2367         </ul> <em>Application</em>
2368         <ul>
2369           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
2370           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
2371           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
2372         </ul> <em>Applet</em>
2373         <ul>
2374           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
2375         </ul> <em>Build and Deployment</em>
2376         <ul>
2377           <li>
2378             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
2379             suite
2380           </li>
2381         </ul></td>
2382       <td>
2383         <div align="left">
2384           <em>General</em>
2385           <ul>
2386             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
2387               incorrect when sequence start > 1</li>
2388             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
2389               documentation</li>
2390             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
2391             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
2392               loading a features file containing HTML tags in feature
2393               description</li>
2394
2395           </ul>
2396           <em>Application</em>
2397           <ul>
2398             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
2399               reimport</li>
2400             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
2401               with 'trim retrieved sequences'</li>
2402             <li>Incorrect warning about deleting all data when
2403               deleting selected columns</li>
2404             <li>Patch to build system for shipping properly signed
2405               JNLP templates for webstart launch</li>
2406             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
2407               unreleased structures for download or viewing</li>
2408             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
2409               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
2410             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
2411               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
2412             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
2413               recovered from jalview project</li>
2414             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
2415               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
2416               alignment view</li>
2417             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
2418               color schemes from BioJSON</li>
2419           </ul>
2420           <em>Applet</em>
2421           <ul>
2422             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
2423               frame</li>
2424             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
2425           </ul>
2426         </div>
2427       </td>
2428     </tr>
2429     <tr>
2430       <td><div align="center">
2431           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
2432         </div></td>
2433       <td><em>General</em>
2434         <ul>
2435           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
2436             alignments:
2437             <ul>
2438               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
2439                 and DNA alignment views</li>
2440               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
2441                 cDNA alignment views</li>
2442               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
2443                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
2444               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
2445                 protein sequences</li>
2446             </ul>
2447           </li>
2448           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
2449           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
2450             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
2451           <li>New alignment annotation file statements for
2452             reference sequences and marking hidden columns</li>
2453           <li>Reference sequence based alignment shading to
2454             highlight variation</li>
2455           <li>Select or hide columns according to alignment
2456             annotation</li>
2457           <li>Find option for locating sequences by description</li>
2458           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
2459             acid conservation row</li>
2460           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
2461         </ul> <em>Application</em>
2462         <ul>
2463           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
2464             <ul>
2465               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
2466                 view with cDNA/Protein</li>
2467               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
2468                 sequences are placed in the same alignment</li>
2469               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
2470                 projects</li>
2471             </ul>
2472           </li>
2473
2474           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
2475           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
2476             Jalview windows</li>
2477
2478           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
2479           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
2480           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
2481             be shown in VARNA</li>
2482
2483           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
2484             as the active selected region</li>
2485
2486           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2487             similarity</li>
2488           <li>New Export options
2489             <ul>
2490               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2491                 region export in flat file generation</li>
2492
2493               <li>Export alignment views for display with the <a
2494                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2495
2496               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2497               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2498                 alignment figures to HTML</li>
2499           </li>
2500           <li>3D structure retrieval and display
2501             <ul>
2502               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2503                 Search API</li>
2504               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2505                 PDB structures for a sequence set</li>
2506             </ul>
2507           </li>
2508
2509           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2510             predictions</li>
2511           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2512             for one or a group of sequences</li>
2513           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2514             from the JPred4 web server</li>
2515           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2516             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2517             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2518           </li>
2519           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2520             VARNA 2D Structure'</li>
2521           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2522             Structure ..."</li>
2523
2524         </ul> <em>Applet</em>
2525         <ul>
2526           <li>New layout for applet example pages</li>
2527           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2528             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2529           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2530             Protein alignments</li>
2531         </ul> <em>Development and deployment</em>
2532         <ul>
2533           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2534           <li>Include installation type and git revision in build
2535             properties and console log output</li>
2536           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2537             storing BioJsMSA Templates</li>
2538           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2539         </ul></td>
2540       <td>
2541         <!-- <em>General</em>
2542         <ul>
2543         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2544         <ul>
2545           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2546           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2547           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2548             predictions are not highlighted in amber</li>
2549           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2550             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2551           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2552             associated structure views</li>
2553           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2554             width checkbox not enabled</li>
2555           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2556             creating user defined colours</li>
2557           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2558             mappings for just that viewer's sequences</li>
2559           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2560             multiple models in Chimera</li>
2561           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2562             over Jmol structure</li>
2563           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2564             output to text box</li>
2565           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2566             have incorrect sequence start/end</li>
2567           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2568             Jalview fails</li>
2569           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2570             work for nucleotide</li>
2571           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2572             to a grey/invisible alignment window</li>
2573           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2574             imports to different position</li>
2575           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2576             on some platforms</li>
2577           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2578             populated</li>
2579           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2580             console if Chimera has been opened</li>
2581           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2582           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2583             retrieved</li>
2584           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2585           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2586             either sequence shows on first structure</li>
2587           <li>'Show annotations' options should not make
2588             non-positional annotations visible</li>
2589           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2590             in right place after 'view flanking regions'</li>
2591           <li>File Save As type unset when current file format is
2592             unknown</li>
2593           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2594             projects</li>
2595           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2596             responsive</li>
2597           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2598             several views on same alignment</li>
2599           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2600           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2601             spaces</li>
2602         </ul> <em>Applet</em>
2603         <ul>
2604           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2605           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2606             descriptions containing angle brackets</li>
2607         </ul> <em>General</em>
2608         <ul>
2609           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2610             via jalview annotation file</li>
2611           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2612             with RNA secondary structure</li>
2613           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2614             translation doesn't work.</li>
2615           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2616           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2617             positions</li>
2618           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2619             choosing 1pt font</li>
2620           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2621             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2622             'h'</li>
2623           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2624             new feature</li>
2625           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2626             order dependent</li>
2627           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2628             sequences</li>
2629           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2630         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2631         <ul>
2632           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2633             www.jalview.org</li>
2634         </ul> <em>Application Known issues</em>
2635         <ul>
2636           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2637           <li>Misleading message appears after trying to delete
2638             solid column.</li>
2639           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2640             version launches</li>
2641           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2642             fails with a sequence mismatch</li>
2643           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2644             scrolling alignment to right</li>
2645           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2646             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2647           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2648             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2649           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2650             ultra-high resolution</li>
2651           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2652             quality and conservation</li>
2653           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2654             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2655         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2656         <ul>
2657           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2658           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2659             window is being resized</li>
2660
2661         </ul>
2662       </td>
2663     </tr>
2664     <tr>
2665       <td><div align="center">
2666           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2667         </div></td>
2668       <td><em>General</em>
2669         <ul>
2670           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2671             Certum.PL.</li>
2672           <li>Features and annotation preserved when performing
2673             pairwise alignment</li>
2674           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2675             imported/exported/displayed</li>
2676           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2677             protein secondary structure</li>
2678           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2679               post-hoc with 2.9 release</em>)
2680           </li>
2681
2682         </ul> <em>Application</em>
2683         <ul>
2684           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2685             with 3D structures</li>
2686           <li>Support for parsing RNAML</li>
2687           <li>Annotations menu for layout
2688             <ul>
2689               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2690               <li>place sequence annotation above/below alignment
2691                 annotation</li>
2692             </ul>
2693           <li>Output in Stockholm format</li>
2694           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2695             translation</li>
2696           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2697           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2698             shared between alignments</li>
2699           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2700             Jalview</li>
2701           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2702             all or current selection</li>
2703           <li>disorder and secondary structure predictions
2704             available as dataset annotation</li>
2705           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2706
2707
2708           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2709             alignments from Rfam</li>
2710           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2711
2712           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2713             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2714           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2715           <li>include installation type in build properties and
2716             console log output</li>
2717           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2718             annotation</li>
2719         </ul></td>
2720       <td>
2721         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2722         <ul>
2723           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2724             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2725           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2726             alignment</li>
2727           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2728           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2729           <li>Double click on sequence associated annotation
2730             selects only first column</li>
2731           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2732             leaves shown in tree</li>
2733           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2734             properly</li>
2735           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2736           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2737             screen and buttons not visible</li>
2738           <li>author list isn't updated if already written to
2739             Jalview properties</li>
2740           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2741             from database</li>
2742           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2743           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2744             browser search window</li>
2745           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2746             in feature settings dialog</li>
2747           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2748             desktop</li>
2749           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2750             pass validation</li>
2751           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2752             fit on screen</li>
2753           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2754             tooltip</li>
2755           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2756             defined user preset</li>
2757           <li>MSA web services warns user if they were launched
2758             with invalid input</li>
2759           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2760             Java 8</li>
2761           <li>
2762             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2763             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2764             created
2765           </li>
2766
2767         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2768         <ul>
2769         </ul> <em>General</em>
2770         <ul>
2771         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2772         <ul>
2773           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2774             memory allocation</li>
2775           <li>launchApp service doesn't automatically open
2776             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2777           <li>
2778             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2779             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2780             1.7_055 is available
2781           </li>
2782         </ul> <em>Application Known issues</em>
2783         <ul>
2784           <li>
2785             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2786             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2787             alignment to right
2788           </li>
2789           <li>
2790             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2791             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2792             with large number of ID
2793           </li>
2794           <li>
2795             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2796             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2797             start/end
2798           </li>
2799           <li>
2800             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2801             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2802             structure tracks are rearranged
2803           </li>
2804           <li>
2805             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2806             invalid rna structure positional highlighting does not
2807             highlight position of invalid base pairs
2808           </li>
2809           <li>
2810             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2811             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2812             project from alignment window file menu
2813           </li>
2814           <li>
2815             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2816             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2817             structures
2818           </li>
2819           <li>
2820             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2821             colour by RNA Helices not enabled when user created
2822             annotation added to alignment
2823           </li>
2824           <li>
2825             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2826             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2827           </li>
2828         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2829         <ul>
2830           <li>
2831             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2832             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2833           </li>
2834           <li>
2835             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2836             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2837           </li>
2838
2839           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2840             when selected</li>
2841         </ul>
2842       </td>
2843     </tr>
2844     <tr>
2845       <td><div align="center">
2846           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2847         </div></td>
2848       <td>
2849         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2850         <em>General</em>
2851         <ul>
2852           <li>Internationalisation of user interface (usually
2853             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2854           <li>Define/Undefine group on current selection with
2855             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2856           <li>Improved group creation/removal options in
2857             alignment/sequence Popup menu</li>
2858           <li>Sensible precision for symbol distribution
2859             percentages shown in logo tooltip.</li>
2860           <li>Annotation panel height set according to amount of
2861             annotation when alignment first opened</li>
2862         </ul> <em>Application</em>
2863         <ul>
2864           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2865             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2866           <li>Select columns containing particular features from
2867             Feature Settings dialog</li>
2868           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2869             sequences</li>
2870           <li>Update Jalview project format:
2871             <ul>
2872               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2873               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2874                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2875               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2876                 colouring</li>
2877             </ul>
2878           </li>
2879           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2880             (PAM250)</li>
2881           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2882             flanking regions for an alignment</li>
2883         </ul>
2884       </td>
2885       <td>
2886         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2887         <ul>
2888           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2889             running after job is cancelled</li>
2890           <li>cannot export features from alignments imported from
2891             Jalview/VAMSAS projects</li>
2892           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2893             float values</li>
2894           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2895             have 'display all symbols' flag set</li>
2896           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2897             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2898           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2899             Jalview</li>
2900           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2901             Lion/Webstart</li>
2902           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2903           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2904           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2905             alignment onto desktop</li>
2906           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2907             'extract scores' function</li>
2908           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2909             alignment window</li>
2910           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2911             performing IUPred disorder prediction</li>
2912           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2913             changing 'normalise logo' display setting</li>
2914           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2915             nothing matches query</li>
2916           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2917             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2918           </li>
2919           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2920             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2921           </li>
2922           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2923             Jalview's menu</li>
2924           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2925             'invalid literal/length code'</li>
2926           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2927             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2928           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2929             colourscheme</li>
2930
2931         </ul> <em>Applet</em>
2932         <ul>
2933           <li>Remove group option is shown even when selection is
2934             not a group</li>
2935           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2936             don't affect groups</li>
2937           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2938             colourscheme name</li>
2939           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2940             Annotation panel is not displayed</li>
2941           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2942             embedded windows</li>
2943         </ul> <em>Other</em>
2944         <ul>
2945           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2946             single sequence were not calculated</li>
2947           <li>annotation files that contain only groups imported as
2948             annotation and junk sequences</li>
2949           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2950             recognised as PFAM or BLC</li>
2951           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2952             doesn't affect background (2.8.0b1)
2953           <li></li>
2954           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2955           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2956             trailing gaps</li>
2957           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2958             registered correctly on import</li>
2959           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2960             certain alignments</li>
2961           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2962             existing annotation based 'use original colours'
2963             colourscheme loses original colours setting</li>
2964         </ul>
2965       </td>
2966     </tr>
2967     <tr>
2968       <td><div align="center">
2969           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2970             <em>30/1/2014</em></strong>
2971         </div></td>
2972       <td>
2973         <ul>
2974           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2975             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2976             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2977             open source project).
2978           </li>
2979           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2980           <li>Output in Stockholm format</li>
2981           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2982           <li>Export/import group and sequence associated line
2983             graph thresholds</li>
2984           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2985             ambiguity codes</li>
2986           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2987             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2988             works</li>
2989           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2990         </ul> <em>Other improvements</em>
2991         <ul>
2992           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2993           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2994             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2995           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2996             files</li>
2997           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2998           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2999             link but no description</li>
3000           <li>Select primary source when selecting authority in
3001             database fetcher GUI</li>
3002           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
3003             Jalview</li>
3004           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
3005         </ul>
3006       </td>
3007       <td>
3008         <ul>
3009           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
3010             displayed</li>
3011           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
3012             secondary structure annotation line</li>
3013           <li>Sequence database accessions not imported when
3014             fetching alignments from Rfam</li>
3015           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
3016             identical IDs</li>
3017           <li>View all structures does not always superpose
3018             structures</li>
3019           <li>Option widgets in service parameters not updated to
3020             reflect user or preset settings</li>
3021           <li>Null pointer exceptions for some services without
3022             presets or adjustable parameters</li>
3023           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
3024             discover PDB xRefs</li>
3025           <li>Exception encountered while trying to retrieve
3026             features with DAS</li>
3027           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
3028             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
3029           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
3030             residue follows a gap</li>
3031           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
3032             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
3033           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
3034             shown in wrap mode when no annotations present</li>
3035           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
3036             annotation already exists on alignment</li>
3037           <li>oninit javascript function should be called after
3038             initialisation completes</li>
3039           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
3040             alignment window display</li>
3041           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
3042           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
3043             to annotation file</li>
3044           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
3045             groups created</li>
3046           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
3047             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
3048           <li>Pressing return several times causes Number Format
3049             exceptions in keyboard mode</li>
3050           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
3051             correct partitions for input data</li>
3052           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
3053           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
3054           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
3055           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
3056             mode</li>
3057           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
3058             changes one row&#39;s threshold</li>
3059           <li>Preferences and Feature settings panel panel
3060             doesn&#39;t open</li>
3061           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
3062             quality histograms</li>
3063         </ul>
3064       </td>
3065     </tr>
3066     <tr>
3067       <td><div align="center">
3068           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
3069         </div></td>
3070       <td><em>Application</em>
3071         <ul>
3072           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
3073             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
3074           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
3075             preferences</li>
3076           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
3077             in Jalview alignment window</li>
3078           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
3079             mountain lion, windows 7, and 8</li>
3080           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
3081             RNA and ambiguity codes</li>
3082
3083           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
3084           <li>Support fetching and database reference look up
3085             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
3086             refs')</li>
3087           <li>Jalview project improvements
3088             <ul>
3089               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
3090                 flag for annotation</li>
3091               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
3092                 alignment</li>
3093               <li>Store AACon calculation settings for a view in
3094                 Jalview project</li>
3095
3096             </ul>
3097           </li>
3098           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
3099           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
3100             running</li>
3101           <li>Simpler JABA web services menus</li>
3102           <li>visual indication that web service results are still
3103             being retrieved from server</li>
3104           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
3105             starts up for first time</li>
3106           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
3107             services</li>
3108           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
3109             client library</li>
3110           <li>Examples directory and Groovy library included in
3111             InstallAnywhere distribution</li>
3112         </ul> <em>Applet</em>
3113         <ul>
3114           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
3115             visualization applet example</li>
3116         </ul> <em>General</em>
3117         <ul>
3118           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
3119           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
3120             defaults</li>
3121           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
3122             calculation</li>
3123           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
3124             matrices
3125           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
3126             in HTML</li>
3127           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
3128             structure contacts</li>
3129           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
3130           <li>RNA base pair logo consensus</li>
3131           <li>Parse sequence associated secondary structure
3132             information in Stockholm files</li>
3133           <li>HTML Export database accessions and annotation
3134             information presented in tooltip for sequences</li>
3135           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
3136             style RNA alignment files</li>
3137           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
3138             alignment</li>
3139           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
3140             shade each sequence according to its associated alignment
3141             annotation</li>
3142           <li>New Jalview Logo</li>
3143         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3144         <ul>
3145           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
3146           <li>New Website!</li>
3147         </ul></td>
3148       <td><em>Application</em>
3149         <ul>
3150           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
3151             wsdbfetch REST service</li>
3152           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
3153           <li>Filetype associations not installed for webstart
3154             launch</li>
3155           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3156             job execution in full once it is complete</li>
3157           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
3158             uploaded via ali_file parameter</li>
3159           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
3160           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
3161           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
3162             submitted for prediction</li>
3163           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
3164             desktop window</li>
3165           <li>Putting fractional value into integer text box in
3166             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
3167           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
3168             windows 7</li>
3169           <li>View all structures fails with exception shown in
3170             structure view</li>
3171           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
3172             escaped in a platform independent way</li>
3173           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
3174             using proxy</li>
3175           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
3176             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
3177           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
3178             failure when java web start temporary file caching is
3179             disabled</li>
3180           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
3181             results in sequence xref which includes range qualification</li>
3182           <li>Errors during processing of command line arguments
3183             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
3184           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
3185             DAS sources in sequence fetcher</li>
3186           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
3187             dialog is shown</li>
3188           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
3189           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
3190           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
3191           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
3192             on OSX Mountain Lion</li>
3193           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
3194             sequences with alignment annotation are pasted into the
3195             alignment</li>
3196           <li>Sequence associated annotation rows not associated
3197             when loaded from Jalview project</li>
3198           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
3199           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
3200             cancelled or job failed due to invalid input</li>
3201           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
3202             associated with all views</li>
3203           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
3204             annotation rows to new window</li>
3205         </ul> <em>Applet</em>
3206         <ul>
3207           <li>Sequence features are momentarily displayed before
3208             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
3209           <li>loading features via javascript API automatically
3210             enables feature display</li>
3211           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
3212             work</li>
3213         </ul> <em>General</em>
3214         <ul>
3215           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
3216           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
3217             and then deselected</li>
3218           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
3219           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
3220             coloured with clustalx</li>
3221           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
3222             exceptions and redraw errors</li>
3223           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
3224             reconfigured view</li>
3225           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
3226             colour</li>
3227           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
3228             for lots of labels</li>
3229         </ul>
3230     </tr>
3231     <tr>
3232       <td>
3233         <div align="center">
3234           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
3235         </div>
3236       </td>
3237       <td><em>Application</em>
3238         <ul>
3239           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
3240           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
3241           <li>View/alignment association menu to enable user to
3242             easily specify which alignment a multi-structure view takes
3243             its colours/correspondences from</li>
3244           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
3245           <li>Extend Jalview project to preserve associations
3246             between many alignment views and a single Jmol display</li>
3247           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
3248           <li>Annotation row column label formatting attributes
3249             stored in project file</li>
3250           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
3251             rows preserved in Jalview project file</li>
3252           <li>Visual progress indication when Jalview state is
3253             saved using Desktop window menu</li>
3254           <li>Visual indication that command line arguments are
3255             still being processed</li>
3256           <li>Groovy script execution from URL</li>
3257           <li>Colour by annotation default min and max colours in
3258             preferences</li>
3259           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
3260             alignment with sequences that have high similarity and
3261             matching IDs</li>
3262           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
3263           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
3264             structures in same window</li>
3265           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
3266           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
3267             analysis function in its own submenu</li>
3268         </ul> <em>Applet</em>
3269         <ul>
3270           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
3271             groups</li>
3272           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
3273           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
3274           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
3275           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
3276           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
3277             annotated from GFF/Jalview features files</li>
3278           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
3279           <li>Absolute paths relative to host server in applet
3280             parameters are treated as such</li>
3281           <li>New in the JalviewLite javascript API:
3282             <ul>
3283               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
3284               <li>Javascript callbacks for
3285                 <ul>
3286                   <li>Applet initialisation</li>
3287                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
3288                 </ul>
3289               </li>
3290               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
3291                 functions</li>
3292               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
3293               <li>javascript structure viewer harness to pass
3294                 messages between Jmol and Jalview when running as
3295                 distinct applets</li>
3296               <li>sortBy method</li>
3297               <li>Set of applet and application examples shipped
3298                 with documentation</li>
3299               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
3300                 javascript message exchange</li>
3301             </ul>
3302         </ul> <em>General</em>
3303         <ul>
3304           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
3305             multiple alignments</li>
3306           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
3307           <li>User configurable link to enable redirects to a
3308             www.Jalview.org mirror</li>
3309           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
3310           <li>Configurable newline string when writing alignment
3311             and other flat files</li>
3312           <li>Allow alignment annotation description lines to
3313             contain html tags</li>
3314         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3315         <ul>
3316           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
3317             examples</li>
3318           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
3319             using a web service before displaying the result in the
3320             Jalview desktop</li>
3321           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
3322           <li>Ant target to publish example html files with applet
3323             archive</li>
3324           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
3325           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
3326         </ul></td>
3327       <td><em>Application</em>
3328         <ul>
3329           <li>User defined colourscheme throws exception when
3330             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
3331           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
3332             dialog for valid filename/format</li>
3333           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
3334           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
3335             P37173</li>
3336           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
3337             which sequence is to be associated with the file</li>
3338           <li>Find All raises null pointer exception when query
3339             only matches sequence IDs</li>
3340           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
3341           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
3342             2.4 cannot be loaded</li>
3343           <li>Filetype associations not installed for webstart
3344             launch</li>
3345           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
3346             with sequences in different alignments do not get coloured
3347             by their associated sequence</li>
3348           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
3349             not preserved when project is loaded</li>
3350           <li>Annotation row height and visibility attributes not
3351             stored in Jalview project</li>
3352           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
3353             Jalview project</li>
3354           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
3355           <li>Enabling show group conservation also enables colour
3356             by conservation</li>
3357           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
3358             created on new view</li>
3359           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
3360             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
3361           <li>Alignment quality not updated after alignment
3362             annotation row is hidden then shown</li>
3363           <li>Preserve colouring of structures coloured by
3364             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
3365           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
3366             properly</li>
3367           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
3368             services&#39; button is pressed in preferences</li>
3369           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
3370           <li>Structures imported from file and saved in project
3371             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
3372           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
3373             job execution in full once it is complete</li>
3374         </ul> <em>Applet</em>
3375         <ul>
3376           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
3377             annotation rows are displayed</li>
3378           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
3379             codebase</li>
3380           <li>View follows highlighting does not work for positions
3381             in sequences</li>
3382           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
3383           <li>Export features raises exception when no features
3384             exist</li>
3385           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
3386             for javascript api is modified when separator string
3387             provided as parameter</li>
3388           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
3389             alignment with no existing selection</li>
3390           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
3391             to applet&#39;s codebase</li>
3392           <li>Status bar not updated after finished searching and
3393             search wraps around to first result</li>
3394           <li>StructureSelectionManager instance shared between
3395             several Jalview applets causes race conditions and memory
3396             leaks</li>
3397           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
3398             not sent from Jmol in applet</li>
3399           <li>Certain sequences of javascript method calls to
3400             applet API fatally hang browser</li>
3401         </ul> <em>General</em>
3402         <ul>
3403           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
3404             position with wrapped view and hidden regions</li>
3405           <li>Find sequence position moves to wrong residue
3406             with/without hidden columns</li>
3407           <li>Sequence length given in alignment properties window
3408             is off by 1</li>
3409           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
3410             import PDB like structure files</li>
3411           <li>Positional search results are only highlighted
3412             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
3413           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
3414           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
3415             given sequence position</li>
3416           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
3417             output</li>
3418           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
3419             from nucleotide chains correctly</li>
3420           <li>Structure colours not updated when tree partition
3421             changed in alignment</li>
3422           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
3423             parsed in interleaved stockholm</li>
3424           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
3425             state</li>
3426           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
3427             properly</li>
3428           <li>Sequences containing lowercase letters are not
3429             properly associated with their pdb files</li>
3430         </ul> <em>Documentation and Development</em>
3431         <ul>
3432           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
3433             ApplyCopyright tool</li>
3434         </ul></td>
3435     </tr>
3436     <tr>
3437       <td>
3438         <div align="center">
3439           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
3440         </div>
3441       </td>
3442       <td><em>Application</em>
3443         <ul>
3444           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
3445             contact web services</li>
3446           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
3447             service job window</li>
3448           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
3449         </ul></td>
3450       <td>
3451         <ul>
3452           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
3453             pir file emitted by Jalview</li>
3454           <li>Existing feature settings transferred to new
3455             alignment view created from cut'n'paste</li>
3456           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
3457             parsing PDB files</li>
3458           <li>Consensus and conservation annotation rows
3459             occasionally become blank for all new windows</li>
3460           <li>Exception raised when right clicking above sequences
3461             in wrapped view mode</li>
3462         </ul> <em>Application</em>
3463         <ul>
3464           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
3465             usage to hit 100% and computer to hang</li>
3466           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
3467             parameter names</li>
3468           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
3469             is down</li>
3470         </ul>
3471       </td>
3472     </tr>
3473     <tr>
3474       <td>
3475         <div align="center">
3476           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
3477         </div>
3478       </td>
3479       <td><em>Application</em>
3480         <ul>
3481           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
3482             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
3483             (JABAWS)
3484           </li>
3485           <li>Web Services preference tab</li>
3486           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3487             preferences</li>
3488           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3489           <li>Superpose structures using associated sequence
3490             alignment</li>
3491           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3492             viewer</li>
3493         </ul> <em>Applet</em>
3494         <ul>
3495           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3496             link out mechanism</li>
3497         </ul> <em>Other</em>
3498         <ul>
3499           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3500             series 12</li>
3501           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3502             require Java 1.5</li>
3503           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3504             sequence annotation files</li>
3505           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3506             type colour specification</li>
3507           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3508             script to check if it being run in an interactive session or
3509             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3510         </ul></td>
3511       <td>
3512         <ul>
3513           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3514             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3515         </ul> <em>Application</em>
3516         <ul>
3517           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3518             selected Regions menu item</li>
3519           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3520             part of a valid accession ID</li>
3521           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3522             runs out of memory</li>
3523           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3524             analysis results</li>
3525           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3526             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3527           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3528         </ul> <em>Applet</em>
3529         <ul>
3530           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3531             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3532             defined.</li>
3533         </ul>
3534       </td>
3535     </tr>
3536     <tr>
3537       <td>
3538         <div align="center">
3539           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3540         </div>
3541       </td>
3542       <td></td>
3543       <td>
3544         <ul>
3545           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3546             sequence IDs</li>
3547           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3548             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3549           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3550             import correctly</li>
3551           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3552             number of columns are hidden</li>
3553           <li>annotation label popup menu not providing correct
3554             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3555             present</li>
3556           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3557             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3558           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3559             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3560
3561         </ul> <em>Applet</em>
3562         <ul>
3563           <li>annotation panel disappears when annotation is
3564             hidden/removed</li>
3565         </ul> <em>Application</em>
3566         <ul>
3567           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3568             alignment opened where annotation panel is visible but no
3569             annotations are present on alignment</li>
3570           <li>pasted region containing hidden columns is
3571             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3572           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3573             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3574           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3575             selected Rregions menu item.</li>
3576           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3577             'Un' or 'Non'conserved</li>
3578           <li>Sequence feature settings are being shared by
3579             multiple distinct alignments</li>
3580           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3581             changed</li>
3582           <li>double click on group annotation to select sequences
3583             does not propagate to associated trees</li>
3584           <li>Mac OSX specific issues:
3585             <ul>
3586               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3587                 window background</li>
3588               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3589                 name set correctly</li>
3590               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3591                 save feature colourscheme button</li>
3592             </ul>
3593           </li>
3594         </ul>
3595       </td>
3596     </tr>
3597     <tr>
3598
3599       <td>
3600         <div align="center">
3601           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3602         </div>
3603       </td>
3604       <td><em>New Capabilities</em>
3605         <ul>
3606           <li>URL links generated from description line for
3607             regular-expression based URL links (applet and application)
3608
3609           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3610             menu</li>
3611           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3612             structures</li>
3613           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3614             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3615           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3616             average score or total feature count for each sequence.</li>
3617           <li>Shading features by score or associated description</li>
3618           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3619             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3620           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3621             hide everything but the currently selected region.</li>
3622           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3623         </ul> <em>Application</em>
3624         <ul>
3625           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3626             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3627           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3628             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3629           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3630             database references and protein_name is parsed as
3631             description line (BioSapiens terms).</li>
3632           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3633             references in sequence ID tooltip from View menu in
3634             application.</li>
3635           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3636       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3637           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3638             conservation plots</li>
3639           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3640             and visualized as sequence logos</li>
3641           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3642             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3643           </li>
3644           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3645             when a new tree is opened.</li>
3646           <li>Jalview Java Console</li>
3647           <li>Better placement of desktop window when moving
3648             between different screens.</li>
3649           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3650             consensus annotation</li>
3651           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3652             Workflows</li>
3653           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3654             <ul>
3655               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3656                 used to preserve views, structures, and tree display
3657                 settings)</li>
3658               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3659                 command line</li>
3660               <li>Sharing of selected regions between views and
3661                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3662               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3663             </ul></li>
3664         </ul> <em>Applet</em>
3665         <ul>
3666           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3667           <li>New Parameters
3668             <ul>
3669               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3670                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3671                 opened.</li>
3672               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3673                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3674               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3675                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3676               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3677                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3678                 view</li>
3679               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3680                 increase the height or width of a cell in the alignment
3681                 grid relative to the current font size.</li>
3682             </ul>
3683           </li>
3684           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3685             tooltip</li>
3686         </ul> <em>Other</em>
3687         <ul>
3688           <li>Features format: graduated colour definitions and
3689             specification of feature scores</li>
3690           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3691             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3692             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3693           <li>XML formats extended to support graduated feature
3694             colourschemes, group associated annotation, and profile
3695             visualization settings.</li></td>
3696       <td>
3697         <ul>
3698           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3699             rather than description</li>
3700           <li>Non-positional features are now included in sequence
3701             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3702             visibility in tooltip).</li>
3703           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3704           <li>Added URL embedding instructions to features file
3705             documentation.</li>
3706           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3707             'X' in peptide product</li>
3708           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3709             sequence ID and sequence string and query strings do not
3710             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3711           <li>AMSA files only contain first column of
3712             multi-character column annotation labels</li>
3713           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3714             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3715             exported and re-imported)</li>
3716           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3717             name</li>
3718           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3719             as subsequence matches, and correctly reports total number
3720             of both.</li>
3721           <li>Application:
3722             <ul>
3723               <li>Better handling of exceptions during sequence
3724                 retrieval</li>
3725               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3726                 link text excludes the start_end suffix</li>
3727               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3728                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3729               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3730               <li>Sequence description lines properly shared via
3731                 VAMSAS</li>
3732               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3733                 data sources</li>
3734               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3735                 completes before alignment figures are generated.</li>
3736               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3737                 first time.</li>
3738               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3739                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3740               <li>User defined group colours properly recovered
3741                 from Jalview projects.</li>
3742             </ul>
3743           </li>
3744         </ul>
3745       </td>
3746
3747     </tr>
3748     <tr>
3749       <td>
3750         <div align="center">
3751           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3752         </div>
3753       </td>
3754       <td>
3755         <ul>
3756           <li>Experimental support for google analytics usage
3757             tracking.</li>
3758           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3759         </ul>
3760       </td>
3761       <td>
3762         <ul>
3763           <li>Race condition in applet preventing startup in
3764             jre1.6.0u12+.</li>
3765           <li>Exception when feature created from selection beyond
3766             length of sequence.</li>
3767           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3768           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3769             all sequences with a given id</li>
3770           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3771             ID string searches</li>
3772           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3773             alignment to fail with exception</li>
3774         </ul> <em>Application Issues</em>
3775         <ul>
3776           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3777           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3778             data sources</li>
3779         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3780         <ul>
3781           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3782             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3783           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3784             version (java class versioning error fixed)</li>
3785         </ul>
3786       </td>
3787     </tr>
3788     <tr>
3789       <td>
3790
3791         <div align="center">
3792           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3793         </div>
3794       </td>
3795       <td><em>User Interface</em>
3796         <ul>
3797           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3798             translation and protein products</li>
3799           <li>Linked highlighting of structure associated with
3800             residue mapping to codon position</li>
3801           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3802             and 'clear' button</li>
3803           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3804             Tools menu</li>
3805           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3806             numeric data in description line</li>
3807           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3808           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3809             of sequence</li>
3810         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3811         <ul>
3812           <li>JPred3 web service</li>
3813           <li>Prototype sequence search client (no public services
3814             available yet)</li>
3815           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3816             PFAM</li>
3817           <li>URL Links created for matching database cross
3818             references as well as sequence ID</li>
3819           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3820         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3821         <ul>
3822           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3823             databases</li>
3824           <li>Generalised database reference retrieval and
3825             validation to all fetchable databases</li>
3826           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3827             sequence command</li>
3828         </ul> <em>Import and Export</em>
3829         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3830         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3831           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3832         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3833           File</li>
3834         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3835           triplet as name of colourscheme</li>
3836         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3837         <ul>
3838           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3839           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3840             alignments (experimental)</li>
3841           <li>Create new or select existing session to join</li>
3842           <li>load and save of vamsas documents</li>
3843         </ul> <em>Application command line</em>
3844         <ul>
3845           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3846             from applet)</li>
3847           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3848             of DAS servers to query for alignment features</li>
3849           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3850             that are also automatically queried for features</li>
3851           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3852             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3853         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3854         <ul>
3855           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3856             application (when using &quot;View in full
3857             application&quot;)</li>
3858         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3859         <ul>
3860           <li>feature group display control parameter</li>
3861           <li>debug parameter</li>
3862           <li>showbutton parameter</li>
3863         </ul> <em>Applet API methods</em>
3864         <ul>
3865           <li>newView public method</li>
3866           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3867           <li>Feature display control methods</li>
3868           <li>get list of currently selected sequences</li>
3869         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3870         <ul>
3871           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3872           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3873             Jalview release.</li>
3874           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3875             property controls execution of obfuscator</li>
3876           <li>Build target for generating source distribution</li>
3877           <li>Debug flag for javacc</li>
3878           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3879             jalview.bin.Cache</li>
3880           <li>Continuous Build Integration for stable and
3881             development version of Application, Applet and source
3882             distribution</li>
3883         </ul></td>
3884       <td>
3885         <ul>
3886           <li>selected region output includes visible annotations
3887             (for certain formats)</li>
3888           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3889             for editing</li>
3890           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3891           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3892           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3893           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3894             comments</li>
3895           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3896             filenames containing a ':'</li>
3897           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3898             global sequence features</li>
3899           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3900             references from alignment sequences goes to zero</li>
3901           <li>Close of tree branch colour box without colour
3902             selection causes cascading exceptions</li>
3903           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3904           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3905             file parsing fails.</li>
3906           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3907           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3908             not a valid output format</li>
3909           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3910             vamsas</li>
3911           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3912           <li>error messages passed up and output when data read
3913             fails</li>
3914           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3915             sequence is edited</li>
3916           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3917             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3918           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3919             filetype</li>
3920           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3921             import fixed for PFAM records</li>
3922           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3923             window list</li>
3924           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3925             can be read and written correctly to annotation file</li>
3926           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3927             correctly</li>
3928           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3929             non-italic font for representatives in Applet</li>
3930           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3931             Macs.</li>
3932           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3933             Applet)</li>
3934           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3935             due to null pointer exceptions</li>
3936           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3937             first column of alignment</li>
3938           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3939             July 2008</li>
3940           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3941             file is case-insensitive</li>
3942           <li>Sequence features read from Features file appended to
3943             all sequences with matching IDs</li>
3944           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3945             containing a sub-sequence</li>
3946           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3947           <li>feature and annotation file applet parameters
3948             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3949           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3950           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3951             splash-screen version check to complete</li>
3952           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3953             when passing them to the launchApp service</li>
3954           <li>display name and local features preserved in results
3955             retrieved from web service</li>
3956           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3957             sequence fetcher initialisation</li>
3958           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3959             dasobert DAS client</li>
3960           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3961             association</li>
3962           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3963             sequences
3964           </li>
3965         </ul>
3966       </td>
3967     </tr>
3968     <tr>
3969       <td>
3970         <div align="center">
3971           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3972         </div>
3973       </td>
3974       <td>
3975         <ul>
3976           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3977           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3978           <li>Slide sequences</li>
3979           <li>Edit sequence in place</li>
3980           <li>EMBL CDS features</li>
3981           <li>DAS Feature mapping</li>
3982           <li>Feature ordering</li>
3983           <li>Alignment Properties</li>
3984           <li>Annotation Scores</li>
3985           <li>Sort by scores</li>
3986           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3987         </ul>
3988       </td>
3989       <td>
3990         <ul>
3991           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3992           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3993           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3994           <li>Feature group display state in XML</li>
3995           <li>Feature ordering in XML</li>
3996           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3997           <li>Stockholm alignment properties</li>
3998           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3999           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
4000           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
4001           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
4002         </ul>
4003       </td>
4004
4005     </tr>
4006     <tr>
4007       <td>
4008         <div align="center">
4009           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
4010         </div>
4011       </td>
4012       <td>
4013         <ul>
4014           <li>Non standard characters can be read and displayed
4015           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
4016             applet via textbox
4017           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
4018             name &amp; description
4019           <li>Preference setting to display sequence name in
4020             italics
4021           <li>Annotation file format extended to allow
4022             Sequence_groups to be defined
4023           <li>Default opening of alignment overview panel can be
4024             specified in preferences
4025           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
4026             sequences
4027         </ul>
4028       </td>
4029       <td>
4030         <ul>
4031           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
4032             installed
4033           <li>Annotation file export / import bugs fixed
4034           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
4035         </ul>
4036       </td>
4037     </tr>
4038     <tr>
4039       <td>
4040         <div align="center">
4041           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
4042         </div>
4043       </td>
4044       <td>
4045         <ul>
4046           <li>Multiple views on alignment
4047           <li>Sequence feature editing
4048           <li>&quot;Reload&quot; alignment
4049           <li>&quot;Save&quot; to current filename
4050           <li>Background dependent text colour
4051           <li>Right align sequence ids
4052           <li>User-defined lower case residue colours
4053           <li>Format Menu
4054           <li>Select Menu
4055           <li>Menu item accelerator keys
4056           <li>Control-V pastes to current alignment
4057           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
4058           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
4059           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
4060
4061           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
4062         </ul>
4063       </td>
4064       <td>
4065         <ul>
4066           <li>New memory efficient Undo/Redo System
4067           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
4068             calculations
4069           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
4070             edits
4071           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
4072             of alignment)
4073           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
4074
4075           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
4076             display correctly
4077           <li>Re-instated Zoom function for PCA
4078           <li>Sequence descriptions conserved in web service
4079             analysis results
4080           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
4081             &#8739;
4082           <li>WsDbFetch query/result association resolved
4083           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
4084           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
4085
4086         </ul>
4087       </td>
4088     </tr>
4089     <tr>
4090       <td>
4091         <div align="center">
4092           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
4093         </div>
4094       </td>
4095       <td>
4096         <ul>
4097           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
4098         </ul>
4099       </td>
4100       <td>
4101         <ul>
4102           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
4103             sequence id panel has been resized</li>
4104           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
4105             rendered</li>
4106           <li>Annotation files with sequence references - all
4107             elements in file are relative to sequence position</li>
4108           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
4109         </ul>
4110       </td>
4111     </tr>
4112     <tr>
4113       <td>
4114         <div align="center">
4115           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
4116         </div>
4117       </td>
4118       <td>
4119         <ul>
4120           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
4121           <li>DAS Feature fetching</li>
4122           <li>Hide sequences and columns</li>
4123           <li>Export Annotations and Features</li>
4124           <li>GFF file reading / writing</li>
4125           <li>Associate structures with sequences from local PDB
4126             files</li>
4127           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
4128           <li>Recently opened files / URL lists</li>
4129           <li>Applet can launch the full application</li>
4130           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
4131             required)</li>
4132           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
4133           <li>Applet can load sequences from parameter
4134             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
4135           </li>
4136         </ul>
4137       </td>
4138       <td>
4139         <ul>
4140           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
4141           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
4142           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
4143         </ul>
4144       </td>
4145     </tr>
4146     <tr>
4147       <td>
4148         <div align="center">
4149           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
4150         </div>
4151       </td>
4152       <td>
4153         <ul>
4154           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
4155           <li>Choose to match case when searching</li>
4156           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
4157             expand the visible width and height of the alignment</li>
4158         </ul>
4159       </td>
4160       <td>
4161         <ul>
4162           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
4163         </ul>
4164       </td>
4165     </tr>
4166     <tr>
4167       <td>
4168         <div align="center">
4169           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
4170         </div>
4171       </td>
4172       <td>&nbsp;</td>
4173       <td>
4174         <ul>
4175           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
4176           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
4177             value</li>
4178         </ul>
4179       </td>
4180     </tr>
4181     <tr>
4182       <td>
4183         <div align="center">
4184           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
4185         </div>
4186       </td>
4187       <td>
4188         <ul>
4189           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
4190           <li>Keyboard editing</li>
4191           <li>Create sequence features from searches</li>
4192           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
4193             alignments</li>
4194           <li>Features file allows grouping of features</li>
4195           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
4196           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
4197           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
4198         </ul>
4199       </td>
4200       <td>
4201         <ul>
4202           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
4203           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
4204             descriptions saved.</li>
4205         </ul>
4206       </td>
4207     </tr>
4208     <tr>
4209       <td>
4210         <div align="center">
4211           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
4212         </div>
4213       </td>
4214       <td>
4215         <ul>
4216           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
4217           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
4218           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
4219             name for file output</li>
4220           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
4221           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
4222             used for HTML form input</li>
4223         </ul>
4224       </td>
4225       <td>
4226         <ul>
4227           <li>HTML output writes groups and features</li>
4228           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
4229           <li>File IO bugs</li>
4230         </ul>
4231       </td>
4232     </tr>
4233     <tr>
4234       <td>
4235         <div align="center">
4236           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
4237         </div>
4238       </td>
4239       <td>
4240         <ul>
4241           <li>View annotations in wrapped mode</li>
4242           <li>More options for PCA viewer</li>
4243         </ul>
4244       </td>
4245       <td>
4246         <ul>
4247           <li>GUI bugs resolved</li>
4248           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
4249         </ul>
4250       </td>
4251     </tr>
4252     <tr>
4253       <td height="63">
4254         <div align="center">
4255           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
4256         </div>
4257       </td>
4258       <td>
4259         <ul>
4260           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
4261           <li>Jar files are executable</li>
4262           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
4263         </ul>
4264       </td>
4265       <td>
4266         <ul>
4267           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
4268           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
4269           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4270         </ul>
4271       </td>
4272     </tr>
4273     <tr>
4274       <td>
4275         <div align="center">
4276           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
4277         </div>
4278       </td>
4279       <td>
4280         <ul>
4281           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
4282         </ul>
4283       </td>
4284       <td>
4285         <ul>
4286           <li>Several GUI bugs resolved</li>
4287         </ul>
4288       </td>
4289     </tr>
4290     <tr>
4291       <td>
4292         <div align="center">
4293           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
4294         </div>
4295       </td>
4296       <td>
4297         <ul>
4298           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
4299             size</li>
4300         </ul>
4301       </td>
4302       <td>
4303         <ul>
4304           <li>Improved JPred client reliability</li>
4305           <li>Improved loading of Jalview files</li>
4306         </ul>
4307       </td>
4308     </tr>
4309     <tr>
4310       <td>
4311         <div align="center">
4312           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
4313         </div>
4314       </td>
4315       <td>
4316         <ul>
4317           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
4318           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
4319           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
4320             to Colour Menu</li>
4321           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
4322           <li>Unix users can set default web browser</li>
4323           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
4324           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
4325         </ul>
4326       </td>
4327       <td>
4328         <ul>
4329           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
4330         </ul>
4331       </td>
4332     </tr>
4333     <tr>
4334       <td>
4335         <div align="center">
4336           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
4337         </div>
4338       </td>
4339       <td>&nbsp;</td>
4340       <td>
4341         <ul>
4342           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
4343             alignment order.</li>
4344         </ul>
4345       </td>
4346     </tr>
4347     <tr>
4348       <td>
4349         <div align="center">
4350           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
4351         </div>
4352       </td>
4353       <td>
4354         <ul>
4355           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
4356           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
4357           <li>Help file updated to describe how to add alignment
4358             annotations.</li>
4359           <li>Version and build date written to build properties
4360             file.</li>
4361           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
4362             at launch of Jalview.</li>
4363         </ul>
4364       </td>
4365       <td>
4366         <ul>
4367           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
4368           <li>FileChooser sorts columns.</li>
4369           <li>Can remove groups one by one.</li>
4370           <li>Filechooser icons installed.</li>
4371           <li>Finder ignores return character when searching.
4372             Return key will initiate a search.<br>
4373           </li>
4374         </ul>
4375       </td>
4376     </tr>
4377     <tr>
4378       <td>
4379         <div align="center">
4380           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
4381         </div>
4382       </td>
4383       <td>
4384         <ul>
4385           <li>New codebase</li>
4386         </ul>
4387       </td>
4388       <td>&nbsp;</td>
4389     </tr>
4390   </table>
4391   <p>&nbsp;</p>
4392 </body>
4393 </html>