help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>What's new in Jalview 2.10.4b1 ?</strong>
  28   </p>
  29   <p>This is the first patch release for Jalview 2.10.4. It includes
  30     the following new patches:</p>
  31   <ul>
  32     <li>HGVS nomenclature used for variant annotation retrieved
  33       from Uniprot</li>
  34     <li>Uniprot import fails for some sequences (Cannot import
  35       features with multiple variant elements)</li>
  36     <li>Clustal files with sequence positions in right-hand column
  37       are now parsed correctly</li>
  38     <li>Wrap view - export to SVG - IDs shown but not alignment
  39       area in exported graphic</li>
  40     <li>F2/Keyboard mode edits work when Overview window has input
  41       focus</li>
  42     <li>Windows specific fixes:
  43       <ul>
  44         <li>Annotation panel set too high when annotation added to
  45           view</li>
  46         <li>Updated search paths for Chimera default installation</li>
  47         <li>Windows File Shortcuts can be dragged onto the Jalview
  48           Desktop</li>
  49         <li>Drag URL from Chrome, Firefox, IE to Jalview desktop on
  50           Windows doesn't open file:<br /> Dragging the currently open
  51           URL and links from a page viewed in Firefox or Chrome on
  52           Windows is now fully supported.<br />
  53         <strong>If you are using Edge</strong>, only links in the page
  54           can be dragged.<br />
  55         <strong>With Internet Explorer</strong>, only the currently open
  56           URL in the browser can be dropped onto Jalview.
  57         </li>
  58       </ul>
  59     </li>
  60   </ul>
  61   <p>Highlights in the 2.10.4 series include:</p>
  62   <ul>
  63     <li>Numerous efficiency improvements in the renderer and overview when working with large alignments with lots of hidden columns</li>
  64     <li>Use of HTTPS when connecting to Uniprot, Ensembl and other EBI web services</li>
  65     <li>Critical patches for running Jalview on OSX with Java 10</li>
  66     <li>Easier adjustment of the Alignment ID panel and Annotation panel</li>
  67     <li>Improved support for mapping between 3D Structures and Uniprot Protein Sequences</li>
  68     <li>Improved support for discovering CDS and transcripts for Proteins and Ensembl gene IDs</li>
  69     <li>New buttons on the Structure Chooser for adding structures
  70       to an existing view, and disabling automatic superposition
  71       according to linked alignments</li>
  72     <li>Annotation transfer between Chimera and Jalview <em>(formerly only
  73         available in 'Experimental' mode)</em></li>
  74   </ul>
  75   <p>
  76     The full list of bugs fixed in this release can be found in the <a href="releases.html#Jalview.2.10.4">2.10.4
  77       Release Notes</a>.
  78   </p>
  79 </body>
  80 </html>