src/jalview/api/FeatureColourI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.api;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  24
  25 import java.awt.Color;
  26
  27 public interface FeatureColourI
  28 {
  29
  30   /**
  31    * Answers true when the feature colour varies across the score range
  32    *
  33    * @return
  34    */
  35   boolean isGraduatedColour();
  36
  37   /**
  38    * Returns the feature colour (when isGraduatedColour answers false)
  39    *
  40    * @return
  41    */
  42   Color getColour();
  43
  44   /**
  45    * Returns the minimum colour (when isGraduatedColour answers true)
  46    *
  47    * @return
  48    */
  49   Color getMinColour();
  50
  51   /**
  52    * Returns the maximum colour (when isGraduatedColour answers true)
  53    *
  54    * @return
  55    */
  56   Color getMaxColour();
  57
  58   /**
  59    * Answers true if the feature has a single colour, i.e. if isColourByLabel()
  60    * and isGraduatedColour() both answer false
  61    *
  62    * @return
  63    */
  64   boolean isSimpleColour();
  65
  66   /**
  67    * Answers true if the feature is coloured by label (description)
  68    *
  69    * @return
  70    */
  71   boolean isColourByLabel();
  72
  73   void setColourByLabel(boolean b);
  74
  75   /**
  76    * Answers true if the feature is coloured below a threshold value; only
  77    * applicable when isGraduatedColour answers true
  78    *
  79    * @return
  80    */
  81   boolean isBelowThreshold();
  82
  83   void setBelowThreshold(boolean b);
  84
  85   /**
  86    * Answers true if the feature is coloured above a threshold value; only
  87    * applicable when isGraduatedColour answers true
  88    *
  89    * @return
  90    */
  91   boolean isAboveThreshold();
  92
  93   void setAboveThreshold(boolean b);
  94
  95   /**
  96    * Answers true if the threshold is the minimum value (when
  97    * isAboveThreshold()) or maximum value (when isBelowThreshold()) of the
  98    * colour range; only applicable when isGraduatedColour and either
  99    * isAboveThreshold() or isBelowThreshold() answers true
 100    *
 101    * @return
 102    */
 103   boolean isThresholdMinMax();
 104
 105   void setThresholdMinMax(boolean b);
 106
 107   /**
 108    * Returns the threshold value (if any), else zero
 109    *
 110    * @return
 111    */
 112   float getThreshold();
 113
 114   void setThreshold(float f);
 115
 116   /**
 117    * Answers true if the colour varies between the actual minimum and maximum
 118    * score values of the feature, or false if between absolute minimum and
 119    * maximum values (or if not a graduated colour).
 120    *
 121    * @return
 122    */
 123   boolean isAutoScaled();
 124
 125   void setAutoScaled(boolean b);
 126
 127   /**
 128    * Returns the maximum score of the graduated colour range
 129    *
 130    * @return
 131    */
 132   float getMax();
 133
 134   /**
 135    * Returns the minimum score of the graduated colour range
 136    *
 137    * @return
 138    */
 139   float getMin();
 140
 141   /**
 142    * Answers true if either isAboveThreshold or isBelowThreshold answers true
 143    *
 144    * @return
 145    */
 146   boolean hasThreshold();
 147
 148   /**
 149    * Returns the computed colour for the given sequence feature. Answers null if
 150    * the score of this feature instance is outside the range to render (if any),
 151    * i.e. lies below or above a configured threshold.
 152    *
 153    * @param feature
 154    * @return
 155    */
 156   Color getColor(SequenceFeature feature);
 157
 158   /**
 159    * Update the min-max range for a graduated colour scheme
 160    *
 161    * @param min
 162    * @param max
 163    */
 164   void updateBounds(float min, float max);
 165
 166   /**
 167    * Returns the colour in Jalview features file format
 168    *
 169    * @return
 170    */
 171   String toJalviewFormat(String featureType);
 172 }