src/jalview/datamodel/AlignmentExportData.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 public class AlignmentExportData
  24 {
  25   private AlignmentI alignment;
  26
  27   private String[] omitHidden;
  28
  29   private int[] startEnd;
  30
  31   public AlignmentExportData(AlignmentI align, String[] ommit,
  32           int[] startEnd)
  33   {
  34     this.alignment = align;
  35     this.omitHidden = ommit;
  36     this.startEnd = startEnd;
  37   }
  38
  39   public AlignmentI getAlignment()
  40   {
  41     return alignment;
  42   }
  43
  44   public void setAlignment(AlignmentI alignment)
  45   {
  46     this.alignment = alignment;
  47   }
  48
  49   public String[] getOmitHidden()
  50   {
  51     return omitHidden;
  52   }
  53
  54   public void setOmitHidden(String[] omitHidden)
  55   {
  56     this.omitHidden = omitHidden;
  57   }
  58
  59   public int[] getStartEndPostions()
  60   {
  61     return startEnd;
  62   }
  63
  64   public void setStartEndPostions(int[] startEnd)
  65   {
  66     this.startEnd = startEnd;
  67   }
  68 }