src/jalview/datamodel/ContactMapHolder.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.util.Collection;
   4 import java.util.Collections;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.HashSet;
   7 import java.util.Map;
   8
   9 import jalview.ws.datamodel.MappableContactMatrixI;
  10
  11 public class ContactMapHolder implements ContactMapHolderI
  12 {
  13
  14   Map<Object, ContactMatrixI> contactmaps = new HashMap<>();
  15
  16   @Override
  17   public Collection<ContactMatrixI> getContactMaps()
  18   {
  19     if (contactmaps != null && contactmaps.size() > 0)
  20     {
  21       // defensive copy, and return non redundant set of ContactMatrixI
  22       // instances
  23       return new HashSet<ContactMatrixI>(contactmaps.values());
  24     }
  25     return Collections.EMPTY_LIST;
  26   }
  27
  28   @Override
  29   public ContactListI getContactListFor(AlignmentAnnotation _aa, int column)
  30   {
  31     ContactMatrixI cm = contactmaps.get(_aa.annotationId);
  32     if (cm == null)
  33     {
  34       return null;
  35     }
  36     if (cm instanceof MappableContactMatrixI)
  37     {
  38       if (_aa.sequenceRef != null)
  39       {
  40         return ((MappableContactMatrixI) cm)
  41                 .getMappableContactList(_aa.sequenceRef, column);
  42       }
  43     }
  44     // TODO: could resolve sequence position to column position here
  45     // TODO: what about for complexes - where contactMatrix may involve two or
  46     // more sequences
  47     return cm.getContactList(column);
  48   }
  49
  50   @Override
  51   public AlignmentAnnotation addContactList(ContactMatrixI cm)
  52   {
  53
  54     AlignmentAnnotation aa = new AlignmentAnnotation(cm.getAnnotLabel(),
  55             cm.getAnnotDescr(), new Annotation[0]);
  56     aa.graph = AlignmentAnnotation.CONTACT_MAP;
  57     aa.graphMin = cm.getMin();
  58     aa.graphMax = cm.getMax();
  59     aa.editable = false;
  60     aa.calcId = cm.getType();
  61
  62     contactmaps.put(aa.annotationId, cm);
  63     // TODO: contact matrices could be intra or inter - more than one refseq
  64     // possible!
  65     if (cm instanceof MappableContactMatrixI)
  66     {
  67       aa.setSequenceRef(((MappableContactMatrixI) cm).getReferenceSeq());
  68     }
  69     return aa;
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public ContactMatrixI getContactMatrixFor(AlignmentAnnotation ann)
  74   {
  75     return contactmaps == null ? null : contactmaps.get(ann.annotationId);
  76   }
  77
  78   @Override
  79   public void addContactListFor(AlignmentAnnotation annotation,
  80           ContactMatrixI cm)
  81   {
  82     // update annotation with data from contact map
  83     annotation.graphMin = cm.getMin();
  84     annotation.graphMax = cm.getMax();
  85     annotation.editable = false;
  86     annotation.graph = AlignmentAnnotation.CONTACT_MAP;
  87     annotation.calcId = cm.getType();
  88     if (annotation.label == null || "".equals(annotation.label))
  89     {
  90       annotation.label = cm.getAnnotLabel();
  91
  92     }
  93     if (annotation.description == null || "".equals(annotation.description))
  94     {
  95       annotation.description = cm.getAnnotDescr();
  96     }
  97     contactmaps.put(annotation.annotationId, cm);
  98   }
  99 }