src/jalview/datamodel/ContactMapHolderI.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.util.Collection;
   4
   5 public interface ContactMapHolderI
   6 {
   7   /**
   8    * resolve a contact list instance (if any) associated with the annotation row
   9    * and column position Columns of ContactMap are indexed relative to context
  10    * object (columns of alignment, positions on sequence relative to
  11    * sequence.getStart())
  12    *
  13    * @param _aa
  14    * @param column
  15    *          - base 0 column index
  16    * @return
  17    */
  18   ContactListI getContactListFor(AlignmentAnnotation _aa, int column);
  19
  20   AlignmentAnnotation addContactList(ContactMatrixI cm);
  21
  22   Collection<ContactMatrixI> getContactMaps();
  23
  24   public ContactMatrixI getContactMatrixFor(AlignmentAnnotation ann);
  25
  26   void addContactListFor(AlignmentAnnotation annotation, ContactMatrixI cm);
  27
  28 }