src/jalview/datamodel/ContactRange.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 /**
  24  * bean for max/min positions for a given range
  25  *
  26  * @author jprocter
  27  *
  28  */
  29 public class ContactRange
  30 {
  31   int minPos;
  32
  33   double min;
  34
  35   int maxPos;
  36
  37   double max;
  38
  39   int from_column, to_column;
  40
  41   private double mean;
  42
  43   /**
  44    * update the bean with given values
  45    *
  46    * @param from_column
  47    * @param to_column
  48    * @param minPos
  49    * @param min
  50    * @param maxPos
  51    * @param max
  52    */
  53   public void update(int from_column, int to_column, int minPos, double min,
  54           int maxPos, double max, double mean)
  55   {
  56     this.from_column = from_column;
  57     this.to_column = to_column;
  58     this.minPos = minPos;
  59     this.min = min;
  60     this.maxPos = maxPos;
  61     this.max = max;
  62     this.mean = mean;
  63   }
  64
  65   /**
  66    * @return the minPos
  67    */
  68   public int getMinPos()
  69   {
  70     return minPos;
  71   }
  72
  73   /**
  74    * @param minPos
  75    *          the minPos to set
  76    */
  77   public void setMinPos(int minPos)
  78   {
  79     this.minPos = minPos;
  80   }
  81
  82   /**
  83    * @return the min
  84    */
  85   public double getMin()
  86   {
  87     return min;
  88   }
  89
  90   /**
  91    * @param min
  92    *          the min to set
  93    */
  94   public void setMin(double min)
  95   {
  96     this.min = min;
  97   }
  98
  99   /**
 100    * @return the maxPos
 101    */
 102   public int getMaxPos()
 103   {
 104     return maxPos;
 105   }
 106
 107   /**
 108    * @param maxPos
 109    *          the maxPos to set
 110    */
 111   public void setMaxPos(int maxPos)
 112   {
 113     this.maxPos = maxPos;
 114   }
 115
 116   /**
 117    * @return the max
 118    */
 119   public double getMax()
 120   {
 121     return max;
 122   }
 123
 124   /**
 125    * @param max
 126    *          the max to set
 127    */
 128   public void setMax(double max)
 129   {
 130     this.max = max;
 131   }
 132
 133   /**
 134    * @return the mean
 135    */
 136   public double getMean()
 137   {
 138     return mean;
 139   }
 140
 141   /**
 142    * @param mean
 143    *          the mean to set
 144    */
 145   public void setMean(double mean)
 146   {
 147     this.mean = mean;
 148   }
 149
 150   /**
 151    * @return the from_column
 152    */
 153   public int getFrom_column()
 154   {
 155     return from_column;
 156   }
 157
 158   /**
 159    * @param from_column
 160    *          the from_column to set
 161    */
 162   public void setFrom_column(int from_column)
 163   {
 164     this.from_column = from_column;
 165   }
 166
 167   /**
 168    * @return the to_column
 169    */
 170   public int getTo_column()
 171   {
 172     return to_column;
 173   }
 174
 175   /**
 176    * @param to_column
 177    *          the to_column to set
 178    */
 179   public void setTo_column(int to_column)
 180   {
 181     this.to_column = to_column;
 182   }
 183 }