src/jalview/datamodel/FloatContactMatrix.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 public class FloatContactMatrix extends GroupSetHolder
  24         implements ContactMatrixI
  25 {
  26
  27   int maxrow = 0, maxcol = 0;
  28
  29   float[][] elements;
  30
  31   float maxscore;
  32
  33   public FloatContactMatrix(float[][] matrix)
  34   {
  35     maxcol = 0;
  36     for (float[] row : matrix)
  37     {
  38       if (row.length > maxcol)
  39       {
  40         maxcol = row.length;
  41       }
  42       maxscore = row[0];
  43       for (float f : row)
  44       {
  45         if (maxscore < f)
  46         {
  47           maxscore = f;
  48         }
  49       }
  50     }
  51     maxrow = matrix.length;
  52     elements = matrix;
  53   }
  54
  55   public FloatContactMatrix(float[][] elements2, GroupSet grps2)
  56   {
  57     this(elements2);
  58     setGroupSet(grps2);
  59   }
  60
  61   /**
  62    * getContactList(column) @returns the vector of predicted alignment errors
  63    * for reference position given by column
  64    */
  65   @Override
  66   public ContactListI getContactList(final int column)
  67   {
  68     if (column < 0 || column >= elements.length)
  69     {
  70       return null;
  71     }
  72
  73     return new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  74     {
  75       @Override
  76       public int getPosition()
  77       {
  78         return column;
  79       }
  80
  81       @Override
  82       public int getContactHeight()
  83       {
  84         return maxcol - 1;
  85       }
  86
  87       @Override
  88       public double getContactAt(int mcolumn)
  89       {
  90         if (mcolumn < 0 || mcolumn >= elements[column].length)
  91         {
  92           return -1;
  93         }
  94         return elements[column][mcolumn];
  95       }
  96     });
  97   }
  98
  99   /**
 100    * getElementAt(column, i) @returns the predicted superposition error for the
 101    * ith position when column is used as reference
 102    */
 103   @Override
 104   public double getElementAt(int _column, int i)
 105   {
 106     return elements[_column][i];
 107   }
 108
 109   @Override
 110   public float getMin()
 111   {
 112     return 0;
 113   }
 114
 115   @Override
 116   public float getMax()
 117   {
 118     return maxscore;
 119   }
 120
 121   @Override
 122   public String getAnnotDescr()
 123   {
 124     // TODO Auto-generated method stub
 125     return null;
 126   }
 127
 128   @Override
 129   public String getAnnotLabel()
 130   {
 131     // TODO Auto-generated method stub
 132     return null;
 133   }
 134
 135   @Override
 136   public String getType()
 137   {
 138     return null;
 139   }
 140
 141   @Override
 142   public int getWidth()
 143   {
 144     return maxcol;
 145   }
 146
 147   @Override
 148   public int getHeight()
 149   {
 150     return maxrow;
 151   }
 152 }